# TARGET T0154 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0154.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 44 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 T 0.072 0.045 0.002 0.010 0.004 0.014 0.853 3 I 0.055 0.011 0.002 0.011 0.079 0.009 0.834 4 P 0.154 0.014 0.007 0.026 0.051 0.033 0.716 5 A 0.237 0.031 0.014 0.024 0.104 0.058 0.531 6 F 0.300 0.064 0.016 0.026 0.151 0.047 0.397 7 H 0.122 0.015 0.012 0.015 0.132 0.040 0.664 8 P 0.041 0.005 0.046 0.038 0.290 0.345 0.235 9 G 0.058 0.019 0.050 0.039 0.310 0.252 0.273 10 E 0.109 0.015 0.085 0.076 0.213 0.116 0.387 11 L 0.226 0.017 0.033 0.098 0.116 0.044 0.466 12 N 0.580 0.019 0.029 0.080 0.099 0.024 0.169 13 V 0.735 0.016 0.026 0.101 0.017 0.021 0.084 14 Y 0.755 0.010 0.012 0.081 0.018 0.026 0.099 15 S 0.486 0.031 0.013 0.092 0.116 0.039 0.223 16 A 0.129 0.010 0.002 0.104 0.202 0.017 0.536 17 P 0.001 0.001 0.009 0.949 0.012 0.012 0.016 18 G 0.001 0.001 0.006 0.980 0.005 0.008 0.002 19 D 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.009 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 23 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 24 S 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 25 R 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.015 0.002 26 A 0.001 0.001 0.001 0.979 0.002 0.013 0.005 27 L 0.001 0.001 0.002 0.976 0.004 0.009 0.009 28 R 0.001 0.001 0.005 0.953 0.005 0.025 0.009 29 L 0.001 0.001 0.010 0.868 0.009 0.100 0.011 30 T 0.001 0.001 0.004 0.227 0.021 0.741 0.006 31 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.065 0.854 0.067 32 R 0.061 0.004 0.001 0.002 0.186 0.012 0.735 33 R 0.464 0.013 0.001 0.001 0.081 0.006 0.434 34 V 0.858 0.011 0.001 0.001 0.011 0.003 0.116 35 M 0.899 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.084 36 L 0.931 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.049 37 V 0.774 0.005 0.001 0.001 0.016 0.002 0.201 38 P 0.361 0.020 0.008 0.004 0.090 0.026 0.491 39 T 0.168 0.028 0.011 0.007 0.188 0.054 0.543 40 M 0.036 0.013 0.074 0.029 0.216 0.232 0.401 41 G 0.008 0.002 0.141 0.096 0.328 0.291 0.135 42 A 0.011 0.015 0.298 0.189 0.146 0.191 0.150 43 L 0.007 0.005 0.245 0.468 0.079 0.118 0.079 44 H 0.010 0.007 0.080 0.691 0.037 0.084 0.091 45 E 0.006 0.003 0.024 0.819 0.039 0.079 0.032 46 G 0.002 0.002 0.007 0.879 0.017 0.069 0.025 47 H 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.007 0.005 48 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 49 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 53 A 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.013 0.001 54 A 0.001 0.001 0.009 0.947 0.002 0.037 0.004 55 K 0.001 0.001 0.021 0.783 0.008 0.178 0.008 56 R 0.002 0.001 0.027 0.514 0.014 0.420 0.022 57 V 0.007 0.008 0.030 0.271 0.141 0.206 0.336 58 P 0.025 0.016 0.048 0.084 0.187 0.325 0.316 59 G 0.038 0.006 0.026 0.013 0.431 0.255 0.232 60 S 0.059 0.001 0.005 0.001 0.509 0.075 0.350 61 V 0.740 0.002 0.001 0.001 0.088 0.005 0.164 62 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 63 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 64 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 65 S 0.942 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.049 66 I 0.735 0.002 0.002 0.001 0.044 0.002 0.214 67 F 0.677 0.009 0.004 0.002 0.058 0.004 0.246 68 V 0.501 0.079 0.004 0.004 0.067 0.006 0.340 69 N 0.170 0.014 0.015 0.008 0.106 0.023 0.664 70 P 0.003 0.001 0.472 0.049 0.047 0.407 0.021 71 M 0.002 0.001 0.625 0.041 0.034 0.272 0.026 72 Q 0.003 0.007 0.640 0.052 0.067 0.150 0.081 73 F 0.019 0.069 0.108 0.061 0.308 0.082 0.354 74 G 0.012 0.012 0.060 0.017 0.137 0.132 0.630 75 A 0.022 0.030 0.109 0.018 0.201 0.356 0.265 76 G 0.038 0.024 0.144 0.025 0.240 0.260 0.270 77 E 0.023 0.035 0.039 0.011 0.436 0.030 0.426 78 D 0.030 0.078 0.016 0.015 0.133 0.019 0.710 79 L 0.005 0.008 0.570 0.173 0.032 0.132 0.080 80 D 0.003 0.003 0.450 0.181 0.051 0.270 0.044 81 A 0.002 0.014 0.416 0.153 0.130 0.241 0.044 82 Y 0.004 0.015 0.025 0.046 0.630 0.053 0.226 83 P 0.004 0.016 0.037 0.038 0.148 0.268 0.490 84 R 0.008 0.071 0.030 0.036 0.364 0.175 0.316 85 T 0.005 0.030 0.019 0.054 0.242 0.044 0.606 86 P 0.001 0.001 0.123 0.747 0.030 0.042 0.057 87 D 0.001 0.001 0.079 0.889 0.004 0.025 0.003 88 D 0.001 0.001 0.074 0.893 0.004 0.024 0.003 89 D 0.001 0.001 0.007 0.977 0.002 0.010 0.003 90 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.002 91 A 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.011 0.002 92 Q 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.009 0.002 93 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 94 R 0.001 0.001 0.006 0.976 0.001 0.014 0.002 95 A 0.001 0.001 0.010 0.930 0.004 0.051 0.004 96 E 0.001 0.001 0.010 0.312 0.013 0.663 0.002 97 G 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.972 0.013 98 V 0.026 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.947 99 E 0.525 0.001 0.001 0.001 0.313 0.002 0.159 100 I 0.990 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 101 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 102 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 103 T 0.850 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.136 104 P 0.274 0.006 0.001 0.001 0.258 0.003 0.458 105 T 0.094 0.011 0.002 0.003 0.185 0.007 0.698 106 T 0.002 0.002 0.622 0.263 0.028 0.061 0.022 107 A 0.004 0.001 0.593 0.283 0.018 0.089 0.013 108 A 0.006 0.001 0.678 0.199 0.015 0.075 0.026 109 M 0.050 0.024 0.229 0.445 0.040 0.113 0.100 110 Y 0.088 0.053 0.076 0.126 0.163 0.188 0.306 111 P 0.060 0.021 0.063 0.026 0.200 0.334 0.297 112 D 0.011 0.005 0.036 0.011 0.177 0.700 0.059 113 G 0.026 0.008 0.032 0.004 0.283 0.523 0.124 114 L 0.186 0.010 0.009 0.003 0.233 0.049 0.510 115 R 0.627 0.026 0.002 0.001 0.053 0.012 0.279 116 T 0.865 0.009 0.001 0.001 0.019 0.003 0.101 117 T 0.900 0.010 0.001 0.001 0.006 0.002 0.081 118 V 0.815 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.159 119 Q 0.551 0.014 0.001 0.001 0.032 0.004 0.396 120 P 0.120 0.024 0.040 0.047 0.175 0.075 0.518 121 G 0.028 0.011 0.080 0.066 0.270 0.157 0.388 122 P 0.021 0.012 0.143 0.152 0.173 0.226 0.272 123 L 0.011 0.009 0.179 0.383 0.092 0.133 0.192 124 A 0.008 0.010 0.226 0.426 0.076 0.113 0.141 125 A 0.012 0.003 0.234 0.436 0.080 0.128 0.106 126 E 0.013 0.012 0.200 0.527 0.043 0.140 0.065 127 L 0.016 0.041 0.087 0.455 0.109 0.183 0.109 128 E 0.013 0.013 0.036 0.220 0.079 0.508 0.131 129 G 0.007 0.011 0.023 0.056 0.215 0.383 0.306 130 G 0.011 0.023 0.022 0.024 0.285 0.095 0.540 131 P 0.011 0.047 0.029 0.022 0.293 0.127 0.471 132 R 0.010 0.026 0.036 0.023 0.287 0.104 0.516 133 P 0.005 0.008 0.091 0.039 0.204 0.373 0.279 134 T 0.010 0.013 0.116 0.098 0.187 0.407 0.169 135 H 0.020 0.010 0.173 0.381 0.088 0.209 0.120 136 F 0.014 0.021 0.061 0.667 0.037 0.082 0.117 137 A 0.005 0.006 0.014 0.862 0.030 0.045 0.039 138 G 0.003 0.001 0.007 0.930 0.009 0.035 0.015 139 V 0.002 0.001 0.001 0.984 0.001 0.007 0.004 140 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 141 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 142 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 143 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 144 L 0.002 0.001 0.006 0.988 0.001 0.003 0.001 145 K 0.001 0.001 0.012 0.963 0.001 0.021 0.001 146 L 0.003 0.001 0.031 0.891 0.003 0.066 0.005 147 L 0.003 0.001 0.113 0.751 0.008 0.110 0.014 148 Q 0.002 0.001 0.106 0.485 0.033 0.360 0.013 149 I 0.005 0.001 0.161 0.268 0.072 0.439 0.053 150 V 0.018 0.047 0.026 0.137 0.456 0.129 0.187 151 R 0.027 0.017 0.005 0.040 0.185 0.065 0.661 152 P 0.025 0.003 0.025 0.161 0.217 0.150 0.420 153 D 0.096 0.004 0.046 0.179 0.431 0.129 0.115 154 R 0.560 0.033 0.051 0.190 0.030 0.036 0.100 155 V 0.556 0.006 0.050 0.226 0.013 0.073 0.075 156 F 0.462 0.015 0.030 0.202 0.051 0.140 0.100 157 F 0.100 0.007 0.046 0.170 0.137 0.203 0.337 158 G 0.021 0.003 0.034 0.230 0.302 0.202 0.207 159 E 0.009 0.004 0.040 0.596 0.139 0.090 0.121 160 K 0.006 0.003 0.019 0.856 0.033 0.019 0.064 161 D 0.005 0.001 0.006 0.943 0.009 0.018 0.019 162 Y 0.002 0.001 0.003 0.975 0.005 0.008 0.007 163 Q 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.003 164 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 165 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 166 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 167 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 169 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 170 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 171 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.006 0.001 172 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.001 173 A 0.001 0.001 0.009 0.959 0.002 0.028 0.002 174 D 0.001 0.001 0.012 0.831 0.008 0.145 0.003 175 F 0.002 0.004 0.013 0.445 0.028 0.493 0.015 176 N 0.008 0.008 0.010 0.070 0.115 0.533 0.257 177 L 0.038 0.010 0.004 0.010 0.193 0.021 0.724 178 D 0.195 0.005 0.006 0.003 0.200 0.017 0.574 179 V 0.717 0.012 0.003 0.002 0.039 0.006 0.221 180 A 0.946 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.039 181 V 0.955 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 182 V 0.902 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.081 183 G 0.703 0.007 0.002 0.001 0.077 0.009 0.201 184 V 0.418 0.004 0.005 0.002 0.114 0.012 0.444 185 P 0.518 0.005 0.013 0.003 0.120 0.019 0.322 186 T 0.792 0.008 0.011 0.004 0.032 0.009 0.143 187 V 0.808 0.027 0.008 0.004 0.015 0.007 0.131 188 R 0.789 0.024 0.003 0.003 0.024 0.006 0.150 189 E 0.378 0.009 0.028 0.006 0.054 0.061 0.464 190 A 0.069 0.005 0.037 0.006 0.179 0.617 0.086 191 D 0.020 0.002 0.015 0.003 0.156 0.775 0.028 192 G 0.138 0.005 0.005 0.004 0.429 0.143 0.275 193 L 0.329 0.035 0.008 0.013 0.097 0.033 0.486 194 A 0.747 0.059 0.010 0.010 0.030 0.018 0.126 195 M 0.773 0.017 0.027 0.015 0.030 0.027 0.111 196 S 0.667 0.014 0.037 0.015 0.057 0.029 0.181 197 S 0.554 0.009 0.044 0.024 0.111 0.076 0.184 198 R 0.265 0.010 0.152 0.091 0.171 0.156 0.154 199 N 0.173 0.009 0.156 0.063 0.184 0.140 0.274 200 R 0.185 0.011 0.085 0.045 0.194 0.173 0.308 201 Y 0.201 0.073 0.046 0.033 0.084 0.161 0.402 202 L 0.017 0.024 0.002 0.005 0.064 0.007 0.880 203 D 0.002 0.002 0.001 0.004 0.010 0.001 0.981 204 P 0.001 0.001 0.009 0.967 0.005 0.015 0.004 205 A 0.001 0.001 0.016 0.964 0.002 0.015 0.002 206 Q 0.001 0.001 0.018 0.969 0.001 0.010 0.002 207 R 0.001 0.001 0.003 0.987 0.002 0.006 0.001 208 A 0.001 0.001 0.005 0.960 0.003 0.029 0.003 209 A 0.001 0.001 0.006 0.935 0.002 0.054 0.003 210 A 0.001 0.001 0.003 0.944 0.008 0.030 0.015 211 V 0.001 0.001 0.006 0.955 0.004 0.030 0.004 212 A 0.001 0.001 0.004 0.969 0.004 0.020 0.004 213 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.003 0.006 0.004 214 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.001 215 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 216 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 217 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 218 T 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.016 0.002 219 A 0.001 0.001 0.001 0.970 0.003 0.020 0.007 220 A 0.001 0.001 0.001 0.967 0.005 0.013 0.014 221 A 0.001 0.001 0.001 0.972 0.008 0.011 0.008 222 H 0.001 0.001 0.001 0.974 0.005 0.011 0.008 223 A 0.001 0.001 0.001 0.973 0.006 0.011 0.008 224 A 0.001 0.001 0.002 0.965 0.006 0.018 0.009 225 T 0.001 0.001 0.004 0.887 0.006 0.095 0.008 226 A 0.001 0.001 0.006 0.347 0.016 0.616 0.014 227 G 0.001 0.001 0.008 0.121 0.071 0.703 0.096 228 A 0.002 0.007 0.031 0.117 0.211 0.121 0.511 229 Q 0.006 0.025 0.072 0.168 0.249 0.078 0.403 230 A 0.004 0.010 0.029 0.262 0.148 0.078 0.469 231 A 0.001 0.001 0.015 0.883 0.025 0.020 0.055 232 L 0.001 0.001 0.004 0.976 0.006 0.008 0.007 233 D 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.006 0.004 234 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.002 235 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.008 0.002 236 R 0.001 0.001 0.001 0.976 0.002 0.017 0.003 237 A 0.001 0.001 0.002 0.964 0.003 0.023 0.007 238 V 0.001 0.001 0.007 0.953 0.005 0.019 0.014 239 L 0.001 0.001 0.025 0.928 0.005 0.032 0.008 240 D 0.001 0.001 0.028 0.819 0.010 0.133 0.009 241 A 0.001 0.001 0.024 0.751 0.020 0.180 0.023 242 A 0.002 0.003 0.050 0.395 0.152 0.077 0.320 243 P 0.002 0.002 0.176 0.149 0.054 0.549 0.067 244 G 0.003 0.001 0.102 0.037 0.059 0.761 0.036 245 V 0.053 0.020 0.024 0.035 0.316 0.065 0.488 246 A 0.163 0.096 0.003 0.004 0.075 0.034 0.625 247 V 0.274 0.004 0.001 0.001 0.039 0.004 0.678 248 D 0.414 0.001 0.001 0.001 0.444 0.002 0.139 249 Y 0.989 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 250 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 251 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 252 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 253 R 0.834 0.003 0.001 0.001 0.018 0.001 0.144 254 D 0.371 0.015 0.001 0.001 0.051 0.003 0.557 255 I 0.034 0.010 0.182 0.016 0.107 0.499 0.152 256 G 0.008 0.002 0.097 0.008 0.076 0.781 0.029 257 L 0.027 0.008 0.125 0.021 0.217 0.471 0.131 258 G 0.039 0.018 0.011 0.009 0.401 0.069 0.454 259 P 0.114 0.031 0.006 0.004 0.171 0.028 0.646 260 M 0.275 0.069 0.009 0.008 0.078 0.020 0.541 261 P 0.277 0.021 0.016 0.013 0.060 0.038 0.574 262 L 0.141 0.018 0.036 0.022 0.104 0.090 0.589 263 N 0.145 0.015 0.037 0.030 0.212 0.119 0.441 264 G 0.095 0.006 0.023 0.033 0.448 0.147 0.249 265 S 0.255 0.007 0.015 0.025 0.209 0.136 0.354 266 G 0.683 0.011 0.001 0.009 0.022 0.005 0.268 267 R 0.913 0.006 0.001 0.010 0.014 0.001 0.055 268 L 0.963 0.003 0.001 0.012 0.002 0.001 0.017 269 L 0.960 0.001 0.002 0.022 0.002 0.001 0.012 270 V 0.950 0.001 0.003 0.029 0.003 0.001 0.013 271 A 0.928 0.001 0.007 0.028 0.005 0.003 0.028 272 A 0.851 0.003 0.018 0.062 0.016 0.012 0.038 273 R 0.712 0.004 0.027 0.096 0.040 0.042 0.078 274 L 0.445 0.011 0.026 0.058 0.130 0.147 0.184 275 G 0.089 0.007 0.015 0.009 0.210 0.520 0.150 276 T 0.137 0.006 0.030 0.007 0.228 0.342 0.250 277 T 0.567 0.012 0.011 0.006 0.102 0.037 0.265 278 R 0.845 0.024 0.004 0.003 0.019 0.006 0.099 279 L 0.824 0.007 0.008 0.004 0.018 0.018 0.121 280 L 0.820 0.014 0.008 0.003 0.038 0.044 0.074 281 D 0.602 0.010 0.015 0.006 0.089 0.070 0.208 282 N 0.449 0.006 0.022 0.005 0.135 0.106 0.277 283 I 0.614 0.010 0.015 0.006 0.097 0.050 0.208 284 A 0.721 0.027 0.011 0.004 0.065 0.038 0.133 285 I 0.628 0.071 0.004 0.006 0.042 0.009 0.241 286 E 0.362 0.036 0.004 0.004 0.037 0.021 0.536 287 I 0.077 0.011 0.085 0.029 0.112 0.568 0.118 288 G 0.046 0.011 0.118 0.014 0.195 0.556 0.060 289 T 0.128 0.027 0.128 0.022 0.266 0.157 0.273 290 F 0.214 0.106 0.062 0.020 0.114 0.109 0.376 291 A 0.160 0.062 0.039 0.017 0.149 0.216 0.359 292 G 0.118 0.032 0.033 0.011 0.280 0.201 0.326 293 T 0.082 0.030 0.016 0.010 0.309 0.070 0.483 294 D 0.085 0.092 0.013 0.012 0.269 0.085 0.444 295 R 0.032 0.028 0.010 0.010 0.140 0.054 0.725 296 P 0.013 0.012 0.037 0.029 0.188 0.410 0.312 297 D 0.006 0.007 0.031 0.079 0.200 0.576 0.100 298 G 0.024 0.011 0.035 0.233 0.281 0.229 0.186 299 Y 0.094 0.021 0.020 0.566 0.060 0.060 0.179 300 R 0.202 0.020 0.018 0.624 0.033 0.019 0.085 301 A 0.229 0.013 0.039 0.645 0.012 0.017 0.045 302 I 0.253 0.007 0.048 0.605 0.014 0.035 0.038 303 L 0.260 0.005 0.069 0.542 0.019 0.041 0.065 304 E 0.224 0.006 0.082 0.527 0.036 0.037 0.088 305 S 0.206 0.005 0.103 0.437 0.079 0.066 0.104 306 H 0.228 0.008 0.103 0.339 0.073 0.120 0.129 307 W 0.168 0.030 0.056 0.262 0.117 0.162 0.205 308 R 0.061 0.019 0.025 0.145 0.011 0.134 0.605 309 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996