# TARGET T0152 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0152.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.005 0.005 0.025 0.095 0.852 2 T 0.064 0.039 0.016 0.071 0.162 0.648 3 K 0.077 0.021 0.028 0.090 0.244 0.540 4 P 0.073 0.013 0.052 0.138 0.272 0.452 5 T 0.085 0.033 0.044 0.142 0.269 0.428 6 S 0.075 0.032 0.031 0.130 0.262 0.470 7 A 0.042 0.015 0.027 0.154 0.278 0.484 8 G 0.026 0.011 0.033 0.183 0.313 0.434 9 Q 0.016 0.009 0.048 0.286 0.299 0.342 10 A 0.017 0.009 0.057 0.370 0.266 0.282 11 D 0.020 0.008 0.058 0.468 0.247 0.200 12 D 0.024 0.008 0.054 0.499 0.237 0.178 13 A 0.018 0.006 0.046 0.589 0.185 0.156 14 L 0.027 0.008 0.053 0.516 0.225 0.170 15 V 0.029 0.007 0.068 0.544 0.210 0.142 16 R 0.046 0.011 0.075 0.347 0.269 0.252 17 L 0.072 0.006 0.060 0.273 0.236 0.352 18 A 0.214 0.025 0.030 0.179 0.167 0.384 19 R 0.277 0.055 0.016 0.121 0.123 0.409 20 E 0.233 0.032 0.013 0.076 0.228 0.417 21 R 0.137 0.008 0.032 0.059 0.271 0.493 22 F 0.059 0.010 0.020 0.032 0.285 0.595 23 D 0.045 0.020 0.015 0.016 0.236 0.668 24 L 0.020 0.007 0.004 0.008 0.139 0.823 25 P 0.031 0.028 0.010 0.011 0.167 0.753 26 D 0.046 0.026 0.014 0.016 0.249 0.649 27 Q 0.057 0.013 0.041 0.023 0.318 0.547 28 V 0.076 0.014 0.132 0.043 0.372 0.363 29 R 0.130 0.016 0.126 0.050 0.346 0.332 30 R 0.230 0.031 0.079 0.039 0.280 0.341 31 L 0.218 0.027 0.044 0.041 0.221 0.449 32 A 0.129 0.020 0.021 0.027 0.182 0.621 33 R 0.071 0.034 0.019 0.023 0.215 0.639 34 P 0.035 0.003 0.009 0.017 0.176 0.760 35 P 0.081 0.037 0.019 0.023 0.234 0.606 36 V 0.077 0.033 0.016 0.022 0.318 0.534 37 P 0.067 0.012 0.051 0.038 0.377 0.456 38 S 0.091 0.030 0.069 0.032 0.531 0.246 39 L 0.079 0.031 0.076 0.033 0.586 0.194 40 E 0.052 0.007 0.041 0.016 0.606 0.277 41 P 0.127 0.008 0.028 0.012 0.522 0.304 42 P 0.338 0.022 0.012 0.008 0.269 0.352 43 Y 0.650 0.019 0.004 0.004 0.117 0.205 44 G 0.792 0.003 0.002 0.002 0.051 0.149 45 L 0.899 0.006 0.002 0.001 0.017 0.075 46 R 0.857 0.003 0.002 0.001 0.026 0.111 47 V 0.869 0.004 0.002 0.001 0.025 0.100 48 A 0.639 0.014 0.002 0.001 0.065 0.280 49 Q 0.292 0.017 0.004 0.005 0.152 0.529 50 L 0.037 0.002 0.249 0.178 0.341 0.192 51 T 0.005 0.003 0.269 0.366 0.259 0.097 52 D 0.003 0.005 0.198 0.582 0.116 0.097 53 A 0.001 0.001 0.017 0.957 0.012 0.013 54 E 0.001 0.001 0.009 0.980 0.007 0.004 55 M 0.001 0.001 0.015 0.980 0.004 0.001 56 L 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 57 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 58 E 0.001 0.001 0.005 0.985 0.008 0.002 59 W 0.001 0.001 0.011 0.965 0.020 0.005 60 M 0.001 0.002 0.007 0.967 0.019 0.005 61 N 0.001 0.001 0.006 0.947 0.025 0.020 62 R 0.001 0.001 0.006 0.494 0.154 0.344 63 P 0.002 0.001 0.024 0.711 0.103 0.160 64 H 0.012 0.010 0.047 0.806 0.081 0.043 65 L 0.023 0.009 0.055 0.817 0.063 0.032 66 A 0.018 0.003 0.071 0.831 0.049 0.028 67 A 0.008 0.001 0.108 0.824 0.047 0.013 68 A 0.011 0.002 0.070 0.797 0.090 0.030 69 W 0.005 0.001 0.066 0.699 0.169 0.060 70 E 0.004 0.003 0.108 0.455 0.337 0.093 71 Y 0.002 0.002 0.077 0.268 0.480 0.171 72 D 0.004 0.004 0.050 0.148 0.457 0.338 73 W 0.005 0.005 0.012 0.038 0.405 0.535 74 P 0.008 0.007 0.013 0.066 0.298 0.608 75 A 0.009 0.002 0.039 0.665 0.173 0.111 76 S 0.009 0.001 0.033 0.822 0.085 0.049 77 R 0.009 0.002 0.039 0.885 0.040 0.025 78 W 0.008 0.002 0.015 0.929 0.021 0.026 79 R 0.003 0.001 0.009 0.959 0.014 0.013 80 Q 0.001 0.001 0.007 0.968 0.012 0.010 81 H 0.001 0.001 0.005 0.978 0.007 0.009 82 L 0.001 0.001 0.010 0.969 0.011 0.008 83 N 0.001 0.001 0.017 0.956 0.017 0.009 84 A 0.001 0.001 0.029 0.911 0.035 0.023 85 Q 0.002 0.002 0.025 0.882 0.044 0.045 86 L 0.005 0.009 0.027 0.742 0.120 0.096 87 E 0.004 0.007 0.021 0.458 0.253 0.257 88 G 0.004 0.006 0.013 0.036 0.705 0.235 89 T 0.010 0.005 0.021 0.008 0.808 0.149 90 Y 0.031 0.019 0.019 0.004 0.746 0.182 91 S 0.151 0.029 0.017 0.002 0.570 0.231 92 L 0.526 0.009 0.007 0.001 0.155 0.302 93 P 0.787 0.006 0.006 0.002 0.059 0.140 94 L 0.927 0.006 0.003 0.002 0.024 0.039 95 I 0.965 0.003 0.002 0.001 0.012 0.015 96 G 0.966 0.001 0.001 0.001 0.016 0.016 97 S 0.962 0.002 0.001 0.001 0.024 0.009 98 W 0.888 0.005 0.001 0.001 0.079 0.026 99 H 0.192 0.002 0.005 0.004 0.754 0.043 100 G 0.069 0.003 0.019 0.007 0.838 0.064 101 T 0.613 0.031 0.004 0.005 0.248 0.098 102 D 0.737 0.013 0.001 0.005 0.081 0.163 103 G 0.770 0.005 0.001 0.003 0.021 0.200 104 G 0.940 0.006 0.001 0.002 0.010 0.041 105 Y 0.939 0.001 0.003 0.004 0.010 0.042 106 L 0.957 0.001 0.003 0.003 0.011 0.024 107 E 0.943 0.002 0.003 0.005 0.015 0.031 108 L 0.876 0.004 0.005 0.011 0.036 0.067 109 Y 0.741 0.014 0.008 0.022 0.070 0.145 110 W 0.512 0.021 0.028 0.046 0.174 0.220 111 A 0.215 0.011 0.066 0.110 0.366 0.232 112 A 0.091 0.012 0.107 0.175 0.430 0.186 113 K 0.049 0.011 0.100 0.207 0.431 0.202 114 D 0.074 0.011 0.064 0.149 0.428 0.275 115 L 0.096 0.025 0.059 0.142 0.348 0.330 116 I 0.116 0.035 0.074 0.102 0.370 0.304 117 S 0.124 0.019 0.114 0.109 0.366 0.267 118 H 0.108 0.011 0.123 0.114 0.330 0.314 119 Y 0.119 0.027 0.157 0.100 0.319 0.279 120 Y 0.130 0.035 0.112 0.077 0.356 0.290 121 D 0.140 0.035 0.043 0.042 0.325 0.415 122 A 0.072 0.026 0.027 0.039 0.394 0.442 123 D 0.039 0.035 0.009 0.006 0.781 0.129 124 P 0.053 0.006 0.017 0.003 0.853 0.070 125 Y 0.072 0.013 0.022 0.002 0.835 0.057 126 D 0.316 0.025 0.012 0.001 0.572 0.074 127 L 0.622 0.007 0.003 0.002 0.143 0.223 128 G 0.818 0.014 0.003 0.002 0.064 0.100 129 L 0.873 0.014 0.002 0.002 0.040 0.068 130 H 0.923 0.007 0.004 0.002 0.023 0.041 131 A 0.930 0.003 0.003 0.001 0.020 0.043 132 A 0.958 0.004 0.001 0.002 0.013 0.022 133 I 0.911 0.005 0.003 0.003 0.027 0.050 134 A 0.582 0.027 0.004 0.005 0.131 0.251 135 D 0.183 0.018 0.030 0.012 0.438 0.319 136 L 0.034 0.004 0.361 0.045 0.458 0.098 137 S 0.020 0.009 0.389 0.076 0.439 0.067 138 K 0.021 0.010 0.394 0.115 0.383 0.077 139 V 0.023 0.011 0.053 0.093 0.410 0.410 140 N 0.027 0.028 0.027 0.118 0.445 0.356 141 R 0.018 0.006 0.026 0.327 0.366 0.256 142 G 0.013 0.008 0.024 0.413 0.246 0.295 143 F 0.007 0.012 0.038 0.819 0.065 0.059 144 G 0.005 0.003 0.026 0.888 0.019 0.058 145 P 0.001 0.001 0.016 0.971 0.005 0.008 146 L 0.001 0.001 0.015 0.976 0.004 0.005 147 L 0.001 0.001 0.010 0.987 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 149 P 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 150 R 0.001 0.001 0.004 0.982 0.008 0.007 151 I 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.005 152 V 0.001 0.001 0.005 0.979 0.011 0.004 153 A 0.001 0.001 0.006 0.966 0.020 0.007 154 S 0.001 0.001 0.006 0.950 0.028 0.016 155 V 0.001 0.001 0.011 0.921 0.034 0.033 156 F 0.002 0.008 0.016 0.772 0.119 0.083 157 A 0.003 0.004 0.023 0.419 0.361 0.189 158 N 0.003 0.004 0.018 0.055 0.519 0.401 159 E 0.006 0.008 0.017 0.012 0.689 0.268 160 P 0.015 0.004 0.031 0.010 0.652 0.287 161 R 0.065 0.016 0.045 0.009 0.507 0.358 162 C 0.323 0.048 0.024 0.006 0.296 0.302 163 R 0.480 0.007 0.012 0.008 0.123 0.369 164 R 0.834 0.014 0.004 0.005 0.031 0.111 165 I 0.882 0.007 0.003 0.007 0.027 0.074 166 M 0.837 0.010 0.004 0.011 0.048 0.089 167 F 0.651 0.012 0.004 0.012 0.096 0.225 168 D 0.255 0.012 0.010 0.011 0.296 0.417 169 P 0.134 0.030 0.011 0.010 0.344 0.472 170 D 0.053 0.029 0.011 0.024 0.545 0.338 171 H 0.016 0.011 0.029 0.182 0.592 0.169 172 R 0.005 0.005 0.015 0.303 0.499 0.173 173 N 0.004 0.004 0.010 0.840 0.099 0.043 174 T 0.001 0.001 0.002 0.982 0.009 0.006 175 A 0.002 0.001 0.002 0.990 0.004 0.002 176 T 0.005 0.001 0.005 0.983 0.004 0.002 177 R 0.005 0.001 0.007 0.982 0.004 0.002 178 R 0.006 0.001 0.006 0.978 0.007 0.002 179 L 0.005 0.001 0.005 0.980 0.007 0.004 180 C 0.006 0.001 0.007 0.960 0.018 0.007 181 E 0.007 0.001 0.021 0.920 0.037 0.014 182 W 0.010 0.001 0.033 0.810 0.103 0.042 183 A 0.015 0.002 0.029 0.629 0.151 0.173 184 G 0.019 0.001 0.002 0.010 0.117 0.850 185 C 0.160 0.011 0.002 0.005 0.099 0.722 186 K 0.398 0.021 0.003 0.007 0.100 0.471 187 F 0.462 0.035 0.012 0.010 0.146 0.334 188 L 0.317 0.007 0.073 0.021 0.239 0.343 189 G 0.270 0.009 0.083 0.020 0.277 0.341 190 E 0.397 0.040 0.066 0.023 0.222 0.252 191 H 0.394 0.026 0.023 0.022 0.185 0.350 192 D 0.356 0.065 0.017 0.028 0.179 0.355 193 T 0.146 0.034 0.013 0.024 0.553 0.229 194 T 0.041 0.007 0.018 0.039 0.703 0.192 195 N 0.022 0.008 0.014 0.036 0.708 0.211 196 R 0.069 0.014 0.026 0.049 0.661 0.181 197 R 0.155 0.020 0.042 0.123 0.301 0.359 198 M 0.382 0.027 0.076 0.164 0.157 0.194 199 A 0.667 0.012 0.058 0.124 0.065 0.074 200 L 0.801 0.010 0.033 0.091 0.027 0.039 201 Y 0.813 0.004 0.020 0.084 0.032 0.047 202 A 0.838 0.004 0.008 0.090 0.027 0.033 203 L 0.647 0.005 0.008 0.110 0.080 0.150 204 E 0.366 0.011 0.009 0.148 0.183 0.282 205 A 0.117 0.009 0.115 0.359 0.255 0.145 206 P 0.133 0.011 0.169 0.341 0.240 0.107 207 T 0.076 0.008 0.283 0.340 0.201 0.092 208 T 0.063 0.021 0.114 0.314 0.163 0.325 209 A 0.031 0.015 0.043 0.279 0.100 0.532 210 A 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.973