# TARGET T0151 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0151.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.110 0.074 0.042 0.042 0.130 0.045 0.044 0.184 0.123 0.147 0.059 2 A 0.080 0.137 0.076 0.060 0.148 0.043 0.042 0.192 0.099 0.081 0.042 3 G 0.105 0.123 0.083 0.030 0.198 0.014 0.024 0.140 0.094 0.147 0.044 4 D 0.166 0.103 0.045 0.025 0.210 0.023 0.066 0.126 0.077 0.100 0.059 5 T 0.070 0.334 0.119 0.046 0.201 0.036 0.048 0.073 0.026 0.030 0.018 6 T 0.154 0.135 0.023 0.020 0.348 0.015 0.029 0.069 0.029 0.103 0.075 7 I 0.274 0.040 0.001 0.001 0.667 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 8 T 0.095 0.089 0.005 0.002 0.774 0.007 0.009 0.009 0.001 0.002 0.007 9 I 0.435 0.028 0.005 0.001 0.475 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.053 10 V 0.173 0.012 0.003 0.021 0.078 0.048 0.045 0.048 0.050 0.272 0.249 11 G 0.030 0.309 0.263 0.102 0.126 0.018 0.025 0.029 0.026 0.054 0.018 12 N 0.160 0.203 0.145 0.019 0.255 0.011 0.012 0.042 0.040 0.050 0.062 13 L 0.081 0.093 0.053 0.073 0.124 0.086 0.105 0.103 0.108 0.112 0.062 14 T 0.040 0.198 0.148 0.081 0.114 0.045 0.106 0.145 0.072 0.043 0.009 15 A 0.029 0.112 0.112 0.062 0.053 0.073 0.114 0.099 0.100 0.210 0.037 16 D 0.149 0.203 0.070 0.007 0.455 0.004 0.006 0.020 0.029 0.018 0.039 17 P 0.059 0.076 0.031 0.007 0.115 0.012 0.025 0.150 0.384 0.109 0.033 18 E 0.075 0.070 0.014 0.004 0.150 0.022 0.163 0.199 0.169 0.111 0.023 19 L 0.367 0.074 0.012 0.008 0.242 0.023 0.032 0.054 0.038 0.060 0.090 20 R 0.103 0.276 0.070 0.008 0.358 0.014 0.027 0.030 0.018 0.047 0.049 21 F 0.112 0.268 0.025 0.009 0.437 0.005 0.002 0.006 0.005 0.062 0.068 22 T 0.012 0.245 0.687 0.025 0.019 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 23 P 0.001 0.003 0.029 0.024 0.001 0.045 0.082 0.514 0.291 0.007 0.002 24 S 0.001 0.573 0.327 0.074 0.009 0.003 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 25 G 0.005 0.005 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.003 0.009 0.660 0.305 26 A 0.023 0.635 0.077 0.003 0.211 0.011 0.014 0.007 0.005 0.011 0.004 27 A 0.381 0.057 0.006 0.001 0.509 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 28 V 0.309 0.122 0.023 0.020 0.450 0.020 0.016 0.004 0.002 0.003 0.033 29 A 0.203 0.158 0.010 0.003 0.596 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.020 30 N 0.379 0.022 0.003 0.001 0.502 0.002 0.004 0.002 0.001 0.007 0.077 31 F 0.341 0.062 0.005 0.006 0.560 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 32 T 0.246 0.099 0.012 0.002 0.611 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 33 V 0.284 0.106 0.014 0.002 0.516 0.002 0.003 0.007 0.003 0.004 0.059 34 A 0.350 0.072 0.017 0.010 0.318 0.012 0.018 0.023 0.014 0.042 0.124 35 S 0.139 0.223 0.092 0.058 0.277 0.049 0.041 0.030 0.017 0.035 0.039 36 T 0.120 0.228 0.122 0.054 0.242 0.016 0.015 0.036 0.037 0.066 0.063 37 P 0.096 0.097 0.055 0.036 0.168 0.036 0.055 0.174 0.186 0.065 0.032 38 R 0.093 0.106 0.054 0.023 0.145 0.024 0.063 0.197 0.126 0.114 0.055 39 I 0.139 0.144 0.054 0.014 0.218 0.015 0.039 0.147 0.069 0.104 0.058 40 Y 0.058 0.228 0.077 0.032 0.184 0.040 0.048 0.146 0.063 0.090 0.035 41 D 0.162 0.162 0.095 0.020 0.280 0.011 0.015 0.103 0.050 0.054 0.046 42 R 0.033 0.039 0.043 0.028 0.036 0.030 0.066 0.457 0.176 0.072 0.019 43 Q 0.031 0.131 0.159 0.162 0.057 0.077 0.071 0.149 0.040 0.101 0.023 44 T 0.037 0.224 0.098 0.126 0.069 0.045 0.032 0.107 0.048 0.156 0.059 45 G 0.058 0.063 0.075 0.059 0.062 0.035 0.023 0.117 0.055 0.315 0.138 46 E 0.123 0.243 0.069 0.016 0.195 0.015 0.023 0.159 0.065 0.056 0.036 47 W 0.232 0.144 0.051 0.017 0.261 0.011 0.016 0.137 0.048 0.034 0.049 48 K 0.127 0.154 0.073 0.039 0.203 0.038 0.047 0.186 0.072 0.034 0.026 49 D 0.162 0.130 0.056 0.033 0.180 0.032 0.056 0.172 0.072 0.063 0.043 50 G 0.096 0.149 0.090 0.056 0.148 0.030 0.036 0.116 0.070 0.139 0.070 51 E 0.202 0.139 0.043 0.021 0.254 0.025 0.030 0.092 0.073 0.060 0.061 52 A 0.162 0.205 0.044 0.020 0.326 0.025 0.019 0.056 0.049 0.056 0.038 53 L 0.164 0.093 0.040 0.025 0.296 0.022 0.065 0.097 0.057 0.082 0.059 54 F 0.387 0.052 0.019 0.015 0.251 0.010 0.010 0.027 0.028 0.061 0.140 55 L 0.077 0.318 0.050 0.026 0.431 0.017 0.013 0.023 0.011 0.016 0.018 56 R 0.346 0.032 0.003 0.002 0.509 0.003 0.009 0.023 0.008 0.020 0.046 57 C 0.247 0.059 0.003 0.003 0.634 0.002 0.004 0.015 0.004 0.007 0.021 58 N 0.257 0.077 0.010 0.003 0.564 0.009 0.013 0.018 0.002 0.003 0.043 59 I 0.330 0.087 0.027 0.009 0.308 0.010 0.009 0.031 0.009 0.028 0.151 60 W 0.034 0.062 0.035 0.221 0.035 0.128 0.064 0.147 0.101 0.121 0.051 61 R 0.005 0.048 0.109 0.276 0.010 0.083 0.043 0.227 0.103 0.078 0.018 62 E 0.010 0.066 0.049 0.018 0.018 0.007 0.022 0.596 0.132 0.065 0.017 63 A 0.004 0.014 0.007 0.002 0.004 0.001 0.006 0.805 0.134 0.021 0.003 64 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.888 0.097 0.005 0.001 65 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.930 0.047 0.002 0.001 66 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.902 0.067 0.017 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.848 0.135 0.011 0.001 68 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.824 0.156 0.004 0.001 69 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.067 0.819 0.097 0.006 0.001 70 S 0.010 0.005 0.002 0.002 0.012 0.008 0.105 0.591 0.129 0.127 0.009 71 L 0.134 0.070 0.011 0.003 0.086 0.006 0.021 0.229 0.166 0.184 0.091 72 T 0.014 0.080 0.141 0.068 0.053 0.089 0.052 0.337 0.102 0.058 0.005 73 R 0.008 0.105 0.087 0.088 0.027 0.039 0.218 0.276 0.093 0.052 0.006 74 G 0.031 0.019 0.021 0.040 0.019 0.010 0.011 0.029 0.045 0.569 0.206 75 A 0.024 0.522 0.063 0.011 0.271 0.019 0.041 0.029 0.011 0.007 0.003 76 R 0.444 0.014 0.001 0.001 0.509 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.027 77 V 0.174 0.088 0.002 0.005 0.696 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.011 78 I 0.293 0.035 0.003 0.001 0.627 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.033 79 V 0.450 0.044 0.011 0.005 0.374 0.005 0.003 0.005 0.002 0.006 0.096 80 S 0.086 0.016 0.006 0.123 0.046 0.123 0.088 0.021 0.033 0.313 0.145 81 G 0.015 0.159 0.398 0.304 0.061 0.006 0.003 0.003 0.003 0.034 0.014 82 R 0.095 0.369 0.086 0.004 0.406 0.001 0.004 0.009 0.006 0.007 0.012 83 L 0.435 0.070 0.009 0.001 0.409 0.003 0.006 0.007 0.003 0.004 0.054 84 K 0.135 0.148 0.037 0.037 0.325 0.117 0.107 0.026 0.009 0.032 0.027 85 Q 0.389 0.095 0.028 0.019 0.327 0.014 0.006 0.009 0.009 0.029 0.075 86 R 0.141 0.141 0.044 0.079 0.246 0.115 0.045 0.032 0.033 0.062 0.062 87 S 0.215 0.200 0.051 0.005 0.395 0.003 0.005 0.010 0.009 0.031 0.077 88 F 0.281 0.181 0.043 0.005 0.354 0.008 0.011 0.020 0.008 0.017 0.072 89 E 0.069 0.310 0.035 0.027 0.410 0.023 0.011 0.022 0.010 0.046 0.037 90 T 0.063 0.170 0.601 0.073 0.037 0.014 0.006 0.013 0.008 0.004 0.011 91 R 0.002 0.005 0.059 0.059 0.003 0.061 0.050 0.437 0.302 0.018 0.003 92 E 0.001 0.704 0.226 0.039 0.015 0.002 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 93 G 0.005 0.004 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.005 0.013 0.663 0.296 94 E 0.041 0.533 0.042 0.001 0.338 0.006 0.011 0.010 0.005 0.008 0.005 95 K 0.442 0.051 0.006 0.001 0.442 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.049 96 R 0.167 0.182 0.060 0.056 0.403 0.043 0.037 0.011 0.006 0.008 0.026 97 T 0.277 0.133 0.035 0.010 0.460 0.007 0.008 0.005 0.004 0.015 0.047 98 V 0.309 0.103 0.018 0.013 0.435 0.008 0.009 0.004 0.003 0.015 0.082 99 I 0.211 0.139 0.014 0.014 0.548 0.016 0.019 0.005 0.002 0.012 0.020 100 E 0.200 0.080 0.004 0.001 0.704 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 101 V 0.455 0.029 0.002 0.001 0.499 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 102 E 0.258 0.110 0.015 0.007 0.496 0.025 0.013 0.003 0.001 0.006 0.066 103 V 0.403 0.062 0.016 0.026 0.261 0.008 0.004 0.009 0.012 0.025 0.173 104 D 0.022 0.052 0.035 0.190 0.043 0.305 0.169 0.086 0.057 0.033 0.008 105 E 0.314 0.065 0.014 0.008 0.275 0.006 0.013 0.028 0.025 0.092 0.160 106 I 0.309 0.108 0.013 0.017 0.338 0.013 0.010 0.022 0.026 0.047 0.096 107 G 0.115 0.203 0.168 0.061 0.275 0.017 0.022 0.039 0.024 0.031 0.045 108 P 0.225 0.172 0.071 0.018 0.239 0.013 0.014 0.074 0.049 0.053 0.072 109 S 0.076 0.137 0.066 0.060 0.128 0.047 0.068 0.151 0.114 0.109 0.044 110 L 0.077 0.152 0.130 0.064 0.120 0.035 0.042 0.137 0.092 0.094 0.057 111 R 0.074 0.214 0.115 0.033 0.143 0.018 0.033 0.161 0.092 0.079 0.039 112 Y 0.056 0.167 0.097 0.042 0.107 0.040 0.067 0.199 0.114 0.080 0.031 113 A 0.070 0.125 0.087 0.053 0.102 0.033 0.045 0.168 0.119 0.145 0.052 114 T 0.072 0.136 0.085 0.060 0.108 0.037 0.055 0.147 0.095 0.147 0.058 115 A 0.079 0.182 0.105 0.055 0.147 0.035 0.041 0.110 0.069 0.116 0.062 116 K 0.082 0.123 0.086 0.073 0.117 0.045 0.045 0.128 0.091 0.139 0.071 117 V 0.071 0.125 0.101 0.081 0.124 0.044 0.054 0.123 0.076 0.144 0.056 118 N 0.067 0.133 0.090 0.083 0.110 0.041 0.049 0.126 0.083 0.159 0.058 119 K 0.083 0.149 0.140 0.073 0.150 0.031 0.031 0.090 0.063 0.130 0.059 120 A 0.071 0.152 0.078 0.047 0.127 0.039 0.062 0.159 0.110 0.110 0.046 121 S 0.083 0.120 0.110 0.052 0.138 0.026 0.040 0.120 0.090 0.159 0.063 122 R 0.079 0.139 0.089 0.055 0.122 0.046 0.063 0.157 0.099 0.106 0.044 123 S 0.063 0.146 0.122 0.071 0.127 0.040 0.053 0.127 0.076 0.124 0.050 124 G 0.068 0.125 0.087 0.068 0.108 0.047 0.057 0.129 0.099 0.156 0.056 125 G 0.079 0.145 0.137 0.069 0.134 0.032 0.039 0.114 0.078 0.119 0.055 126 F 0.070 0.138 0.077 0.045 0.122 0.037 0.063 0.162 0.111 0.126 0.049 127 G 0.060 0.129 0.100 0.076 0.112 0.041 0.052 0.114 0.089 0.171 0.057 128 S 0.091 0.137 0.098 0.057 0.141 0.033 0.039 0.107 0.083 0.149 0.067 129 G 0.063 0.150 0.098 0.049 0.124 0.033 0.055 0.159 0.112 0.111 0.046 130 S 0.077 0.123 0.078 0.046 0.126 0.029 0.044 0.127 0.102 0.186 0.062 131 R 0.073 0.163 0.116 0.056 0.141 0.030 0.044 0.127 0.088 0.117 0.046 132 P 0.053 0.130 0.083 0.049 0.103 0.038 0.065 0.168 0.107 0.155 0.049 133 A 0.077 0.144 0.112 0.042 0.131 0.022 0.033 0.137 0.102 0.145 0.054 134 P 0.061 0.182 0.122 0.044 0.121 0.030 0.047 0.159 0.102 0.095 0.037 135 A 0.060 0.140 0.087 0.041 0.122 0.032 0.066 0.190 0.115 0.109 0.039 136 Q 0.058 0.110 0.079 0.047 0.098 0.035 0.056 0.165 0.111 0.186 0.054 137 T 0.070 0.162 0.121 0.062 0.133 0.035 0.046 0.127 0.071 0.121 0.053 138 S 0.065 0.151 0.100 0.049 0.123 0.035 0.049 0.159 0.102 0.117 0.051 139 S 0.069 0.125 0.110 0.047 0.117 0.028 0.045 0.165 0.104 0.139 0.051 140 A 0.056 0.146 0.090 0.049 0.106 0.034 0.057 0.175 0.105 0.140 0.041 141 S 0.040 0.132 0.109 0.067 0.095 0.037 0.055 0.164 0.104 0.153 0.043 142 G 0.066 0.110 0.076 0.038 0.114 0.026 0.042 0.161 0.124 0.187 0.056 143 D 0.073 0.169 0.095 0.027 0.146 0.018 0.040 0.163 0.108 0.120 0.042 144 D 0.056 0.180 0.100 0.031 0.132 0.027 0.057 0.172 0.102 0.107 0.036 145 P 0.068 0.181 0.086 0.031 0.138 0.021 0.042 0.145 0.112 0.131 0.046 146 W 0.081 0.169 0.103 0.028 0.176 0.014 0.030 0.142 0.105 0.105 0.047 147 G 0.051 0.172 0.104 0.025 0.115 0.018 0.045 0.220 0.132 0.088 0.030 148 S 0.070 0.190 0.105 0.019 0.144 0.013 0.035 0.170 0.093 0.124 0.037 149 A 0.052 0.216 0.126 0.037 0.120 0.028 0.055 0.172 0.086 0.076 0.031 150 P 0.059 0.182 0.149 0.047 0.127 0.029 0.044 0.150 0.090 0.090 0.035 151 A 0.040 0.099 0.064 0.042 0.076 0.041 0.094 0.249 0.137 0.126 0.032 152 S 0.049 0.119 0.085 0.054 0.090 0.034 0.049 0.104 0.081 0.272 0.062 153 G 0.060 0.189 0.161 0.081 0.126 0.032 0.035 0.093 0.079 0.097 0.047 154 S 0.076 0.217 0.121 0.022 0.184 0.013 0.028 0.127 0.099 0.071 0.042 155 F 0.090 0.161 0.064 0.012 0.179 0.013 0.040 0.142 0.136 0.118 0.046 156 G 0.080 0.239 0.091 0.017 0.189 0.014 0.033 0.111 0.084 0.105 0.038 157 G 0.082 0.175 0.089 0.032 0.146 0.030 0.047 0.144 0.107 0.093 0.054 158 G 0.060 0.179 0.120 0.038 0.107 0.021 0.036 0.137 0.134 0.128 0.039 159 D 0.068 0.108 0.047 0.024 0.128 0.014 0.029 0.196 0.193 0.150 0.043 160 D 0.015 0.061 0.031 0.033 0.034 0.025 0.058 0.278 0.249 0.191 0.023 161 E 0.046 0.079 0.071 0.036 0.064 0.015 0.034 0.109 0.129 0.365 0.053 162 P 0.054 0.390 0.203 0.025 0.152 0.013 0.021 0.064 0.036 0.022 0.018 163 P 0.106 0.292 0.092 0.007 0.274 0.008 0.024 0.069 0.046 0.039 0.043 164 F 0.133 0.201 0.108 0.018 0.267 0.009 0.011 0.062 0.056 0.078 0.058