# TARGET T0151 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0151.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.170 0.191 0.072 0.037 0.285 0.015 0.022 0.049 0.038 0.065 0.055 2 R 0.170 0.146 0.053 0.038 0.257 0.058 0.074 0.065 0.036 0.048 0.055 3 Y 0.240 0.120 0.054 0.017 0.292 0.012 0.011 0.045 0.047 0.074 0.089 4 A 0.219 0.138 0.053 0.024 0.309 0.016 0.018 0.065 0.045 0.051 0.064 5 T 0.202 0.114 0.055 0.029 0.302 0.021 0.024 0.061 0.045 0.069 0.078 6 A 0.109 0.251 0.061 0.026 0.323 0.010 0.013 0.067 0.050 0.055 0.036 7 K 0.198 0.172 0.039 0.005 0.420 0.005 0.017 0.054 0.021 0.036 0.032 8 V 0.249 0.211 0.043 0.011 0.339 0.014 0.015 0.030 0.013 0.018 0.057 9 N 0.181 0.167 0.044 0.022 0.412 0.015 0.016 0.057 0.025 0.017 0.044 10 K 0.099 0.072 0.037 0.026 0.130 0.017 0.029 0.204 0.209 0.116 0.061 11 A 0.059 0.123 0.042 0.023 0.126 0.029 0.081 0.215 0.125 0.148 0.030 12 S 0.072 0.270 0.089 0.031 0.181 0.020 0.050 0.128 0.056 0.071 0.033 13 R 0.091 0.143 0.139 0.092 0.084 0.052 0.072 0.113 0.066 0.085 0.063 14 S 0.019 0.130 0.158 0.164 0.052 0.094 0.095 0.130 0.082 0.057 0.019 15 G 0.045 0.126 0.092 0.101 0.060 0.035 0.031 0.029 0.042 0.344 0.093 16 G 0.037 0.167 0.289 0.182 0.073 0.026 0.015 0.024 0.026 0.103 0.058 17 F 0.066 0.197 0.095 0.062 0.141 0.073 0.083 0.069 0.059 0.100 0.056 18 G 0.076 0.106 0.200 0.151 0.115 0.044 0.039 0.043 0.048 0.112 0.067 19 S 0.081 0.162 0.100 0.056 0.148 0.058 0.069 0.075 0.058 0.128 0.066 20 G 0.072 0.096 0.157 0.174 0.118 0.057 0.029 0.054 0.054 0.122 0.067 21 S 0.077 0.127 0.094 0.065 0.134 0.047 0.074 0.086 0.078 0.158 0.059 22 R 0.068 0.115 0.122 0.116 0.131 0.058 0.047 0.089 0.065 0.135 0.055 23 P 0.092 0.121 0.086 0.055 0.130 0.030 0.047 0.101 0.098 0.176 0.065 24 A 0.053 0.139 0.198 0.126 0.098 0.045 0.057 0.126 0.059 0.066 0.034 25 P 0.051 0.104 0.094 0.075 0.078 0.064 0.070 0.153 0.099 0.167 0.046 26 A 0.054 0.153 0.084 0.055 0.099 0.038 0.066 0.162 0.112 0.140 0.038 27 Q 0.055 0.070 0.073 0.064 0.084 0.026 0.027 0.121 0.095 0.280 0.104 28 T 0.136 0.122 0.038 0.020 0.184 0.027 0.043 0.191 0.132 0.066 0.041 29 S 0.070 0.102 0.051 0.024 0.125 0.020 0.050 0.276 0.118 0.111 0.053 30 S 0.081 0.177 0.100 0.040 0.112 0.025 0.034 0.186 0.099 0.102 0.044 31 A 0.038 0.208 0.277 0.068 0.090 0.014 0.018 0.129 0.065 0.069 0.023 32 S 0.020 0.078 0.032 0.026 0.043 0.028 0.088 0.450 0.163 0.057 0.017 33 G 0.013 0.055 0.073 0.041 0.042 0.026 0.052 0.344 0.182 0.158 0.014 34 D 0.035 0.147 0.047 0.020 0.102 0.026 0.068 0.189 0.107 0.222 0.038 35 D 0.180 0.107 0.079 0.008 0.228 0.003 0.011 0.118 0.125 0.049 0.092 36 P 0.008 0.026 0.016 0.009 0.014 0.016 0.108 0.491 0.275 0.034 0.005 37 W 0.017 0.538 0.122 0.011 0.129 0.009 0.041 0.059 0.032 0.036 0.006 38 G 0.051 0.035 0.026 0.035 0.027 0.009 0.008 0.033 0.040 0.498 0.238 39 S 0.055 0.181 0.078 0.031 0.122 0.029 0.058 0.124 0.152 0.140 0.030 40 A 0.051 0.253 0.274 0.056 0.107 0.008 0.016 0.095 0.063 0.047 0.030 41 P 0.062 0.201 0.077 0.018 0.115 0.031 0.106 0.178 0.098 0.076 0.039 42 A 0.086 0.131 0.129 0.069 0.160 0.041 0.042 0.128 0.074 0.096 0.044 43 S 0.045 0.117 0.106 0.090 0.084 0.064 0.172 0.128 0.057 0.098 0.037 44 G 0.059 0.102 0.107 0.119 0.109 0.057 0.029 0.059 0.058 0.230 0.069 45 S 0.128 0.147 0.090 0.048 0.199 0.021 0.038 0.094 0.070 0.102 0.063 46 F 0.099 0.113 0.082 0.064 0.145 0.040 0.057 0.064 0.059 0.185 0.092 47 G 0.042 0.129 0.201 0.197 0.096 0.060 0.053 0.056 0.039 0.086 0.042 48 G 0.073 0.141 0.111 0.064 0.107 0.034 0.033 0.074 0.070 0.219 0.075 49 G 0.037 0.138 0.217 0.168 0.074 0.055 0.041 0.057 0.050 0.112 0.051 50 D 0.075 0.133 0.076 0.038 0.132 0.043 0.075 0.144 0.123 0.119 0.044 51 D 0.065 0.084 0.082 0.043 0.094 0.022 0.037 0.111 0.134 0.257 0.072 52 E 0.083 0.196 0.173 0.070 0.140 0.041 0.051 0.086 0.065 0.056 0.040 53 P 0.050 0.262 0.227 0.041 0.146 0.022 0.030 0.082 0.067 0.044 0.030 54 P 0.092 0.221 0.084 0.012 0.184 0.014 0.045 0.137 0.108 0.066 0.036 55 F 0.096 0.138 0.068 0.019 0.163 0.014 0.022 0.091 0.097 0.223 0.069