# TARGET T0151 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0151.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 133 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.148 0.083 0.037 0.033 0.165 0.030 0.027 0.113 0.099 0.183 0.082 2 A 0.053 0.152 0.113 0.097 0.127 0.066 0.062 0.153 0.080 0.071 0.028 3 G 0.104 0.162 0.111 0.028 0.199 0.011 0.020 0.110 0.078 0.136 0.041 4 D 0.144 0.085 0.036 0.020 0.180 0.021 0.062 0.149 0.115 0.121 0.067 5 T 0.080 0.272 0.114 0.043 0.200 0.041 0.058 0.091 0.033 0.045 0.024 6 T 0.143 0.169 0.025 0.016 0.389 0.014 0.028 0.062 0.026 0.077 0.052 7 I 0.297 0.039 0.001 0.001 0.648 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 8 T 0.106 0.111 0.008 0.003 0.731 0.010 0.010 0.009 0.002 0.002 0.009 9 I 0.430 0.033 0.005 0.001 0.466 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.058 10 V 0.203 0.014 0.003 0.026 0.083 0.056 0.050 0.040 0.041 0.222 0.262 11 G 0.029 0.298 0.289 0.123 0.131 0.017 0.018 0.022 0.019 0.038 0.016 12 N 0.167 0.202 0.128 0.019 0.264 0.011 0.013 0.044 0.040 0.049 0.062 13 L 0.095 0.106 0.052 0.058 0.144 0.069 0.102 0.115 0.107 0.095 0.056 14 T 0.052 0.189 0.127 0.071 0.127 0.044 0.096 0.145 0.077 0.059 0.014 15 A 0.039 0.137 0.145 0.076 0.069 0.062 0.088 0.094 0.090 0.165 0.036 16 D 0.116 0.275 0.123 0.014 0.339 0.006 0.009 0.025 0.030 0.024 0.039 17 P 0.074 0.108 0.038 0.008 0.154 0.014 0.028 0.141 0.301 0.099 0.036 18 E 0.100 0.077 0.016 0.005 0.183 0.024 0.138 0.190 0.156 0.084 0.027 19 L 0.356 0.076 0.014 0.009 0.258 0.023 0.031 0.051 0.036 0.060 0.086 20 R 0.118 0.260 0.061 0.007 0.379 0.013 0.024 0.028 0.016 0.044 0.050 21 F 0.118 0.256 0.026 0.010 0.443 0.006 0.002 0.007 0.006 0.060 0.068 22 T 0.015 0.255 0.658 0.030 0.025 0.003 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 23 P 0.002 0.003 0.031 0.029 0.001 0.054 0.090 0.490 0.289 0.009 0.002 24 S 0.001 0.545 0.332 0.091 0.010 0.003 0.006 0.007 0.003 0.002 0.001 25 G 0.005 0.006 0.004 0.005 0.005 0.002 0.002 0.004 0.011 0.660 0.295 26 A 0.026 0.605 0.083 0.004 0.220 0.013 0.017 0.008 0.006 0.014 0.005 27 A 0.391 0.059 0.008 0.001 0.488 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.044 28 V 0.309 0.127 0.024 0.018 0.446 0.018 0.015 0.003 0.002 0.003 0.034 29 A 0.210 0.155 0.009 0.003 0.592 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.021 30 N 0.400 0.021 0.003 0.002 0.488 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.073 31 F 0.312 0.068 0.005 0.005 0.587 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 32 T 0.278 0.071 0.007 0.001 0.612 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 33 V 0.298 0.093 0.011 0.002 0.524 0.002 0.002 0.005 0.002 0.004 0.057 34 A 0.337 0.077 0.019 0.010 0.342 0.011 0.015 0.017 0.011 0.039 0.121 35 S 0.164 0.208 0.098 0.051 0.295 0.037 0.031 0.025 0.015 0.033 0.043 36 T 0.108 0.232 0.132 0.065 0.219 0.023 0.020 0.038 0.040 0.066 0.058 37 P 0.113 0.135 0.076 0.037 0.212 0.029 0.046 0.130 0.132 0.055 0.036 38 R 0.101 0.114 0.055 0.020 0.157 0.022 0.056 0.195 0.129 0.100 0.051 39 I 0.131 0.155 0.060 0.014 0.214 0.017 0.046 0.146 0.064 0.102 0.052 40 Y 0.059 0.245 0.077 0.040 0.178 0.041 0.045 0.136 0.059 0.087 0.033 41 D 0.131 0.188 0.170 0.040 0.183 0.019 0.020 0.096 0.054 0.054 0.046 42 R 0.026 0.037 0.057 0.046 0.031 0.047 0.082 0.376 0.196 0.082 0.020 43 Q 0.030 0.213 0.184 0.154 0.064 0.044 0.048 0.096 0.039 0.100 0.029 44 T 0.047 0.144 0.087 0.101 0.066 0.035 0.021 0.064 0.047 0.262 0.126 45 G 0.097 0.148 0.082 0.041 0.150 0.037 0.036 0.109 0.073 0.148 0.078 46 E 0.176 0.157 0.055 0.021 0.211 0.017 0.027 0.118 0.084 0.079 0.055 47 W 0.182 0.137 0.053 0.033 0.229 0.029 0.047 0.116 0.065 0.057 0.053 48 K 0.143 0.167 0.077 0.043 0.234 0.032 0.041 0.112 0.063 0.049 0.039 49 D 0.169 0.123 0.088 0.040 0.213 0.029 0.042 0.080 0.057 0.087 0.073 50 G 0.119 0.239 0.125 0.048 0.219 0.024 0.027 0.061 0.047 0.052 0.039 51 E 0.191 0.150 0.050 0.014 0.266 0.017 0.028 0.080 0.081 0.060 0.063 52 A 0.163 0.224 0.040 0.015 0.334 0.021 0.021 0.049 0.050 0.048 0.034 53 L 0.161 0.077 0.029 0.021 0.306 0.023 0.072 0.089 0.062 0.096 0.064 54 F 0.387 0.053 0.019 0.013 0.258 0.007 0.007 0.018 0.021 0.065 0.152 55 L 0.078 0.338 0.054 0.027 0.425 0.016 0.010 0.016 0.008 0.013 0.016 56 R 0.352 0.036 0.003 0.001 0.518 0.002 0.007 0.016 0.005 0.014 0.046 57 C 0.257 0.059 0.003 0.003 0.628 0.003 0.004 0.012 0.004 0.006 0.022 58 N 0.263 0.080 0.010 0.003 0.557 0.009 0.013 0.017 0.002 0.004 0.042 59 I 0.333 0.089 0.026 0.010 0.320 0.012 0.010 0.031 0.009 0.025 0.135 60 W 0.033 0.053 0.033 0.247 0.032 0.139 0.064 0.129 0.091 0.131 0.048 61 R 0.006 0.048 0.127 0.324 0.011 0.077 0.038 0.187 0.086 0.077 0.019 62 E 0.012 0.062 0.042 0.017 0.019 0.007 0.020 0.593 0.144 0.064 0.019 63 A 0.005 0.018 0.009 0.002 0.005 0.002 0.006 0.788 0.140 0.022 0.003 64 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.880 0.103 0.006 0.001 65 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.927 0.049 0.002 0.001 66 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.903 0.068 0.015 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.859 0.126 0.009 0.001 68 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.819 0.162 0.004 0.001 69 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.061 0.827 0.097 0.005 0.001 70 S 0.009 0.005 0.002 0.002 0.012 0.008 0.106 0.575 0.134 0.139 0.007 71 L 0.161 0.074 0.011 0.002 0.096 0.005 0.017 0.193 0.149 0.184 0.106 72 T 0.015 0.080 0.161 0.076 0.053 0.086 0.044 0.323 0.101 0.055 0.006 73 R 0.006 0.093 0.082 0.098 0.023 0.043 0.224 0.292 0.091 0.043 0.005 74 G 0.026 0.015 0.019 0.037 0.016 0.009 0.010 0.025 0.043 0.608 0.192 75 A 0.018 0.558 0.073 0.012 0.237 0.020 0.039 0.024 0.009 0.007 0.002 76 R 0.437 0.015 0.001 0.001 0.516 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 77 V 0.177 0.084 0.002 0.004 0.702 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.010 78 I 0.281 0.035 0.003 0.001 0.645 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 79 V 0.459 0.042 0.011 0.005 0.373 0.005 0.003 0.004 0.001 0.005 0.093 80 S 0.095 0.017 0.006 0.115 0.051 0.113 0.084 0.020 0.032 0.312 0.155 81 G 0.017 0.167 0.405 0.281 0.067 0.006 0.003 0.003 0.003 0.033 0.015 82 R 0.101 0.357 0.078 0.004 0.420 0.001 0.004 0.009 0.006 0.006 0.013 83 L 0.447 0.066 0.009 0.001 0.393 0.004 0.006 0.007 0.003 0.004 0.061 84 K 0.124 0.164 0.041 0.041 0.328 0.119 0.099 0.025 0.008 0.028 0.023 85 Q 0.422 0.080 0.021 0.014 0.324 0.011 0.006 0.009 0.008 0.028 0.078 86 R 0.135 0.158 0.047 0.083 0.260 0.109 0.039 0.029 0.028 0.053 0.057 87 S 0.229 0.190 0.045 0.004 0.407 0.003 0.004 0.009 0.007 0.027 0.076 88 F 0.286 0.176 0.042 0.004 0.359 0.008 0.011 0.020 0.007 0.016 0.071 89 E 0.077 0.299 0.035 0.028 0.403 0.025 0.012 0.024 0.010 0.047 0.039 90 T 0.068 0.175 0.582 0.074 0.044 0.015 0.006 0.014 0.008 0.004 0.011 91 R 0.003 0.006 0.071 0.067 0.004 0.062 0.050 0.423 0.288 0.021 0.004 92 E 0.001 0.671 0.241 0.045 0.018 0.003 0.006 0.009 0.004 0.002 0.001 93 G 0.006 0.005 0.004 0.005 0.005 0.002 0.001 0.005 0.013 0.644 0.311 94 E 0.045 0.522 0.041 0.002 0.344 0.007 0.012 0.010 0.005 0.008 0.005 95 K 0.443 0.046 0.005 0.001 0.451 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.045 96 R 0.190 0.168 0.044 0.044 0.454 0.031 0.025 0.008 0.004 0.006 0.025 97 T 0.313 0.108 0.024 0.007 0.484 0.005 0.005 0.002 0.002 0.008 0.043 98 V 0.310 0.106 0.016 0.012 0.442 0.008 0.008 0.003 0.002 0.011 0.083 99 I 0.208 0.133 0.011 0.011 0.579 0.013 0.013 0.003 0.001 0.010 0.018 100 E 0.233 0.052 0.002 0.001 0.701 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 101 V 0.430 0.030 0.001 0.001 0.523 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 102 E 0.228 0.157 0.019 0.007 0.479 0.025 0.011 0.002 0.001 0.006 0.065 103 V 0.410 0.045 0.012 0.019 0.234 0.006 0.003 0.009 0.026 0.038 0.198 104 D 0.017 0.056 0.049 0.208 0.037 0.234 0.167 0.094 0.099 0.031 0.008 105 E 0.201 0.099 0.022 0.006 0.281 0.007 0.030 0.053 0.056 0.155 0.091 106 I 0.268 0.135 0.037 0.021 0.313 0.014 0.011 0.024 0.027 0.068 0.082 107 G 0.083 0.135 0.168 0.152 0.156 0.053 0.066 0.056 0.039 0.042 0.050 108 P 0.144 0.192 0.086 0.026 0.177 0.011 0.012 0.097 0.092 0.093 0.069 109 S 0.068 0.243 0.056 0.017 0.247 0.024 0.084 0.147 0.068 0.031 0.014 110 L 0.424 0.030 0.005 0.005 0.313 0.005 0.007 0.054 0.033 0.031 0.094 111 R 0.098 0.181 0.034 0.034 0.297 0.038 0.077 0.137 0.044 0.026 0.032 112 Y 0.294 0.100 0.023 0.006 0.309 0.007 0.020 0.063 0.028 0.065 0.084 113 A 0.092 0.236 0.108 0.047 0.232 0.049 0.048 0.070 0.044 0.040 0.035 114 T 0.143 0.134 0.094 0.069 0.148 0.033 0.034 0.055 0.048 0.124 0.117 115 A 0.057 0.167 0.188 0.085 0.109 0.033 0.029 0.088 0.082 0.113 0.049