# TARGET T0151 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0151.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.146 0.084 0.043 0.037 0.172 0.030 0.026 0.100 0.091 0.189 0.082 2 A 0.053 0.158 0.115 0.094 0.125 0.067 0.068 0.146 0.077 0.069 0.027 3 G 0.112 0.149 0.107 0.029 0.202 0.012 0.021 0.101 0.076 0.142 0.049 4 D 0.149 0.091 0.033 0.017 0.196 0.019 0.052 0.145 0.122 0.112 0.064 5 T 0.084 0.220 0.094 0.045 0.190 0.051 0.076 0.115 0.042 0.055 0.027 6 T 0.154 0.150 0.021 0.017 0.376 0.014 0.028 0.066 0.027 0.088 0.058 7 I 0.285 0.043 0.001 0.001 0.653 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 8 T 0.107 0.115 0.008 0.003 0.729 0.008 0.009 0.009 0.002 0.002 0.009 9 I 0.438 0.034 0.005 0.001 0.455 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.061 10 V 0.204 0.015 0.004 0.031 0.085 0.059 0.048 0.040 0.041 0.207 0.265 11 G 0.029 0.289 0.291 0.125 0.124 0.018 0.019 0.025 0.022 0.040 0.017 12 N 0.147 0.214 0.140 0.018 0.257 0.011 0.014 0.049 0.047 0.050 0.055 13 L 0.101 0.102 0.049 0.052 0.146 0.070 0.104 0.117 0.105 0.098 0.057 14 T 0.052 0.197 0.124 0.068 0.137 0.041 0.095 0.145 0.073 0.054 0.013 15 A 0.037 0.138 0.144 0.077 0.067 0.063 0.087 0.089 0.085 0.176 0.036 16 D 0.130 0.248 0.100 0.011 0.391 0.005 0.007 0.023 0.027 0.021 0.038 17 P 0.067 0.095 0.032 0.007 0.139 0.012 0.026 0.151 0.339 0.098 0.034 18 E 0.085 0.064 0.013 0.005 0.153 0.025 0.162 0.211 0.169 0.089 0.024 19 L 0.342 0.076 0.014 0.009 0.243 0.027 0.038 0.061 0.041 0.065 0.083 20 R 0.117 0.260 0.060 0.007 0.361 0.015 0.026 0.031 0.018 0.050 0.055 21 F 0.115 0.254 0.024 0.010 0.435 0.006 0.002 0.007 0.006 0.069 0.073 22 T 0.012 0.243 0.685 0.027 0.020 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 23 P 0.001 0.002 0.024 0.024 0.001 0.045 0.085 0.513 0.296 0.007 0.002 24 S 0.001 0.542 0.345 0.088 0.008 0.003 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 25 G 0.005 0.006 0.004 0.005 0.005 0.002 0.002 0.004 0.010 0.644 0.315 26 A 0.022 0.629 0.072 0.003 0.223 0.011 0.014 0.006 0.005 0.011 0.004 27 A 0.420 0.046 0.005 0.001 0.478 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.044 28 V 0.299 0.132 0.024 0.021 0.448 0.022 0.017 0.003 0.002 0.003 0.032 29 A 0.219 0.146 0.008 0.003 0.594 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 30 N 0.387 0.022 0.003 0.002 0.500 0.003 0.004 0.002 0.001 0.006 0.071 31 F 0.317 0.065 0.004 0.004 0.587 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 32 T 0.282 0.072 0.007 0.001 0.606 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 33 V 0.301 0.091 0.011 0.002 0.519 0.002 0.002 0.005 0.002 0.004 0.061 34 A 0.334 0.080 0.021 0.012 0.328 0.013 0.016 0.019 0.012 0.040 0.125 35 S 0.150 0.212 0.102 0.057 0.285 0.042 0.035 0.028 0.016 0.034 0.040 36 T 0.116 0.202 0.116 0.068 0.211 0.027 0.023 0.042 0.047 0.080 0.067 37 P 0.111 0.140 0.082 0.041 0.216 0.029 0.045 0.117 0.124 0.060 0.036 38 R 0.108 0.113 0.054 0.021 0.160 0.022 0.053 0.181 0.127 0.105 0.056 39 I 0.134 0.165 0.066 0.014 0.222 0.018 0.045 0.129 0.059 0.098 0.051 40 Y 0.062 0.245 0.078 0.043 0.182 0.044 0.047 0.127 0.055 0.083 0.034 41 D 0.122 0.186 0.193 0.049 0.163 0.022 0.021 0.090 0.053 0.055 0.046 42 R 0.027 0.037 0.062 0.054 0.031 0.051 0.082 0.358 0.193 0.085 0.021 43 Q 0.026 0.219 0.199 0.171 0.060 0.042 0.042 0.082 0.036 0.095 0.028 44 T 0.046 0.136 0.085 0.102 0.064 0.034 0.021 0.060 0.048 0.273 0.132 45 G 0.102 0.157 0.077 0.036 0.160 0.035 0.036 0.099 0.077 0.146 0.075 46 E 0.190 0.158 0.052 0.019 0.228 0.017 0.028 0.097 0.080 0.073 0.057 47 W 0.190 0.133 0.054 0.037 0.229 0.032 0.049 0.095 0.062 0.062 0.059 48 K 0.151 0.175 0.084 0.045 0.247 0.030 0.038 0.083 0.056 0.049 0.042 49 D 0.169 0.137 0.098 0.040 0.230 0.027 0.037 0.062 0.053 0.079 0.070 50 G 0.123 0.241 0.126 0.044 0.237 0.023 0.027 0.050 0.043 0.046 0.039 51 E 0.197 0.170 0.058 0.015 0.281 0.016 0.027 0.057 0.063 0.053 0.063 52 A 0.170 0.219 0.041 0.015 0.340 0.021 0.021 0.040 0.047 0.048 0.039 53 L 0.157 0.082 0.032 0.022 0.307 0.023 0.069 0.077 0.063 0.103 0.065 54 F 0.373 0.057 0.023 0.015 0.257 0.007 0.007 0.016 0.021 0.070 0.153 55 L 0.076 0.353 0.055 0.025 0.419 0.015 0.010 0.014 0.007 0.012 0.015 56 R 0.348 0.038 0.003 0.001 0.519 0.002 0.007 0.015 0.005 0.014 0.047 57 C 0.262 0.060 0.003 0.003 0.622 0.003 0.004 0.012 0.004 0.006 0.023 58 N 0.261 0.081 0.010 0.003 0.556 0.009 0.013 0.016 0.002 0.004 0.044 59 I 0.328 0.092 0.028 0.010 0.325 0.011 0.009 0.028 0.009 0.025 0.135 60 W 0.034 0.054 0.033 0.233 0.033 0.139 0.068 0.133 0.092 0.132 0.049 61 R 0.007 0.051 0.127 0.313 0.013 0.079 0.039 0.181 0.085 0.084 0.022 62 E 0.014 0.068 0.044 0.018 0.023 0.009 0.021 0.577 0.144 0.062 0.020 63 A 0.006 0.021 0.011 0.002 0.006 0.002 0.007 0.777 0.140 0.024 0.004 64 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.872 0.108 0.007 0.001 65 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.924 0.051 0.002 0.001 66 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.900 0.069 0.016 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.851 0.132 0.010 0.001 68 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.805 0.174 0.004 0.001 69 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.065 0.815 0.105 0.006 0.001 70 S 0.010 0.005 0.002 0.002 0.012 0.008 0.113 0.553 0.137 0.151 0.008 71 L 0.169 0.084 0.013 0.003 0.109 0.005 0.018 0.174 0.138 0.183 0.104 72 T 0.017 0.089 0.189 0.082 0.060 0.084 0.040 0.287 0.092 0.056 0.006 73 R 0.006 0.085 0.074 0.093 0.022 0.044 0.237 0.298 0.095 0.043 0.005 74 G 0.025 0.016 0.020 0.041 0.016 0.010 0.010 0.025 0.042 0.608 0.187 75 A 0.018 0.574 0.071 0.009 0.250 0.015 0.031 0.018 0.007 0.005 0.002 76 R 0.444 0.014 0.001 0.001 0.514 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 77 V 0.173 0.084 0.002 0.005 0.702 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.010 78 I 0.274 0.037 0.003 0.001 0.653 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 79 V 0.458 0.043 0.010 0.004 0.380 0.004 0.002 0.003 0.001 0.004 0.090 80 S 0.111 0.015 0.005 0.093 0.054 0.106 0.077 0.018 0.029 0.313 0.180 81 G 0.017 0.183 0.409 0.266 0.072 0.006 0.003 0.003 0.003 0.027 0.013 82 R 0.114 0.334 0.075 0.004 0.435 0.001 0.004 0.009 0.005 0.006 0.014 83 L 0.451 0.064 0.008 0.002 0.388 0.004 0.006 0.008 0.003 0.005 0.063 84 K 0.130 0.149 0.037 0.040 0.328 0.123 0.105 0.026 0.008 0.029 0.024 85 Q 0.425 0.078 0.020 0.014 0.321 0.012 0.006 0.009 0.008 0.028 0.078 86 R 0.141 0.153 0.046 0.084 0.265 0.104 0.036 0.029 0.029 0.053 0.061 87 S 0.232 0.184 0.043 0.004 0.402 0.003 0.005 0.011 0.009 0.029 0.079 88 F 0.284 0.173 0.041 0.004 0.365 0.008 0.011 0.019 0.007 0.017 0.071 89 E 0.077 0.298 0.032 0.028 0.406 0.024 0.012 0.023 0.011 0.050 0.039 90 T 0.066 0.173 0.594 0.072 0.042 0.013 0.005 0.013 0.008 0.004 0.011 91 R 0.003 0.006 0.069 0.062 0.004 0.059 0.048 0.435 0.290 0.020 0.004 92 E 0.001 0.673 0.238 0.045 0.017 0.003 0.006 0.009 0.004 0.002 0.001 93 G 0.006 0.004 0.003 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.013 0.662 0.294 94 E 0.042 0.531 0.044 0.002 0.338 0.006 0.011 0.010 0.005 0.007 0.005 95 K 0.436 0.050 0.006 0.001 0.455 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.043 96 R 0.188 0.171 0.046 0.046 0.439 0.035 0.029 0.009 0.005 0.006 0.027 97 T 0.298 0.117 0.028 0.009 0.474 0.006 0.006 0.003 0.002 0.011 0.045 98 V 0.305 0.114 0.019 0.013 0.440 0.008 0.008 0.003 0.002 0.011 0.076 99 I 0.236 0.127 0.011 0.013 0.546 0.013 0.013 0.003 0.001 0.011 0.024 100 E 0.215 0.065 0.003 0.001 0.703 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 101 V 0.436 0.028 0.001 0.001 0.520 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 102 E 0.254 0.138 0.014 0.006 0.490 0.026 0.008 0.002 0.001 0.004 0.057 103 V 0.419 0.044 0.011 0.017 0.193 0.006 0.003 0.006 0.020 0.039 0.241 104 D 0.051 0.135 0.098 0.172 0.110 0.109 0.082 0.050 0.107 0.066 0.019 105 E 0.271 0.094 0.031 0.010 0.318 0.008 0.021 0.022 0.031 0.075 0.118 106 I 0.167 0.179 0.071 0.054 0.302 0.027 0.027 0.029 0.031 0.050 0.063 107 G 0.034 0.127 0.249 0.266 0.089 0.082 0.059 0.030 0.023 0.022 0.018 108 P 0.141 0.191 0.111 0.026 0.188 0.029 0.030 0.061 0.068 0.086 0.070 109 S 0.105 0.152 0.081 0.022 0.195 0.015 0.031 0.066 0.092 0.167 0.074