# TARGET T0150 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0150.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 77 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.048 0.074 0.046 0.019 0.060 0.012 0.021 0.431 0.130 0.127 0.029 2 S 0.028 0.044 0.014 0.005 0.033 0.007 0.010 0.626 0.149 0.066 0.017 3 V 0.005 0.025 0.012 0.010 0.011 0.012 0.017 0.788 0.101 0.014 0.005 4 D 0.005 0.025 0.009 0.001 0.012 0.001 0.006 0.834 0.078 0.026 0.004 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.881 0.100 0.012 0.001 6 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.934 0.057 0.002 0.001 7 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.959 0.030 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.940 0.045 0.009 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.917 0.069 0.008 0.001 10 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.924 0.065 0.003 0.001 11 K 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.934 0.046 0.004 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.914 0.057 0.009 0.001 13 Q 0.007 0.009 0.003 0.001 0.006 0.003 0.032 0.787 0.130 0.018 0.005 14 D 0.003 0.003 0.004 0.005 0.005 0.010 0.038 0.723 0.132 0.073 0.004 15 T 0.002 0.665 0.250 0.015 0.030 0.004 0.008 0.018 0.004 0.003 0.001 16 G 0.019 0.018 0.015 0.009 0.012 0.004 0.005 0.025 0.025 0.629 0.239 17 K 0.066 0.407 0.069 0.004 0.261 0.005 0.020 0.086 0.039 0.028 0.015 18 I 0.289 0.099 0.008 0.001 0.538 0.002 0.003 0.022 0.006 0.007 0.025 19 V 0.200 0.102 0.045 0.038 0.368 0.082 0.049 0.052 0.009 0.018 0.038 20 M 0.062 0.107 0.060 0.131 0.076 0.081 0.081 0.137 0.054 0.127 0.084 21 G 0.017 0.068 0.210 0.380 0.033 0.027 0.010 0.104 0.031 0.086 0.035 22 A 0.046 0.089 0.021 0.005 0.076 0.015 0.030 0.546 0.139 0.025 0.007 23 R 0.040 0.015 0.007 0.005 0.033 0.007 0.017 0.763 0.074 0.017 0.023 24 K 0.011 0.031 0.004 0.001 0.021 0.001 0.003 0.873 0.041 0.009 0.004 25 S 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.925 0.059 0.004 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.059 0.003 0.001 27 Q 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.953 0.032 0.001 0.001 28 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.964 0.024 0.002 0.001 29 A 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.868 0.102 0.005 0.004 30 K 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.006 0.024 0.752 0.197 0.012 0.001 31 M 0.001 0.760 0.145 0.021 0.009 0.005 0.013 0.035 0.007 0.004 0.001 32 G 0.007 0.040 0.042 0.007 0.009 0.003 0.002 0.015 0.019 0.738 0.117 33 G 0.083 0.080 0.026 0.006 0.092 0.020 0.081 0.090 0.101 0.304 0.116 34 A 0.234 0.176 0.013 0.001 0.461 0.001 0.001 0.004 0.004 0.024 0.080 35 K 0.063 0.196 0.034 0.069 0.337 0.104 0.133 0.039 0.008 0.008 0.009 36 L 0.242 0.029 0.001 0.001 0.718 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 37 I 0.143 0.025 0.001 0.001 0.820 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 38 I 0.294 0.029 0.002 0.001 0.656 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 39 V 0.339 0.038 0.007 0.001 0.423 0.002 0.004 0.003 0.001 0.009 0.174 40 A 0.134 0.204 0.065 0.030 0.247 0.036 0.032 0.047 0.060 0.075 0.070 41 R 0.024 0.067 0.039 0.090 0.064 0.133 0.128 0.160 0.172 0.095 0.027 42 N 0.150 0.025 0.014 0.015 0.093 0.011 0.024 0.025 0.066 0.436 0.142 43 A 0.016 0.381 0.374 0.039 0.080 0.005 0.008 0.021 0.026 0.041 0.008 44 R 0.034 0.457 0.161 0.015 0.138 0.009 0.013 0.098 0.043 0.018 0.013 45 P 0.002 0.007 0.003 0.002 0.010 0.005 0.015 0.451 0.486 0.016 0.002 46 D 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.004 0.046 0.592 0.218 0.120 0.009 47 I 0.012 0.028 0.004 0.001 0.017 0.001 0.017 0.597 0.185 0.130 0.008 48 K 0.007 0.008 0.001 0.001 0.011 0.004 0.020 0.692 0.225 0.026 0.005 49 E 0.003 0.019 0.009 0.009 0.011 0.013 0.050 0.743 0.133 0.008 0.002 50 D 0.018 0.009 0.004 0.001 0.010 0.001 0.013 0.678 0.125 0.128 0.013 51 I 0.006 0.015 0.006 0.001 0.006 0.001 0.002 0.745 0.167 0.045 0.005 52 E 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.867 0.113 0.003 0.001 53 Y 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.897 0.077 0.005 0.001 54 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.857 0.124 0.010 0.001 55 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.806 0.168 0.012 0.002 56 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 0.722 0.224 0.008 0.001 57 L 0.005 0.006 0.002 0.003 0.005 0.007 0.070 0.530 0.234 0.132 0.006 58 S 0.009 0.677 0.139 0.004 0.119 0.004 0.005 0.012 0.018 0.012 0.002 59 G 0.138 0.002 0.001 0.003 0.015 0.002 0.008 0.010 0.043 0.391 0.388 60 I 0.035 0.569 0.133 0.003 0.250 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 61 P 0.158 0.106 0.009 0.004 0.680 0.005 0.009 0.006 0.002 0.002 0.018 62 V 0.393 0.033 0.002 0.001 0.532 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.031 63 Y 0.240 0.056 0.004 0.003 0.649 0.004 0.005 0.002 0.001 0.004 0.032 64 E 0.227 0.086 0.008 0.001 0.639 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.030 65 F 0.299 0.107 0.029 0.010 0.367 0.006 0.005 0.006 0.004 0.026 0.140 66 E 0.093 0.249 0.108 0.057 0.263 0.039 0.051 0.048 0.022 0.034 0.036 67 G 0.040 0.070 0.055 0.073 0.051 0.107 0.116 0.159 0.121 0.153 0.056 68 T 0.035 0.388 0.233 0.042 0.120 0.011 0.012 0.082 0.041 0.027 0.010 69 S 0.019 0.012 0.006 0.005 0.017 0.005 0.009 0.427 0.364 0.114 0.023 70 V 0.017 0.109 0.030 0.006 0.053 0.013 0.061 0.562 0.127 0.016 0.005 71 E 0.113 0.041 0.011 0.004 0.122 0.005 0.030 0.481 0.092 0.062 0.039 72 L 0.013 0.036 0.023 0.009 0.026 0.009 0.014 0.582 0.244 0.038 0.005 73 G 0.007 0.014 0.015 0.018 0.011 0.006 0.014 0.637 0.233 0.039 0.006 74 T 0.006 0.009 0.004 0.002 0.007 0.005 0.059 0.691 0.198 0.017 0.003 75 L 0.009 0.011 0.009 0.016 0.010 0.030 0.221 0.518 0.110 0.062 0.005 76 L 0.006 0.538 0.180 0.031 0.085 0.027 0.053 0.047 0.024 0.007 0.001 77 G 0.085 0.006 0.007 0.011 0.012 0.003 0.001 0.004 0.022 0.600 0.249 78 R 0.045 0.503 0.105 0.007 0.266 0.005 0.009 0.020 0.022 0.009 0.008 79 P 0.254 0.031 0.008 0.015 0.150 0.017 0.019 0.025 0.061 0.173 0.248 80 H 0.045 0.393 0.182 0.057 0.244 0.011 0.012 0.011 0.014 0.020 0.009 81 T 0.344 0.084 0.014 0.003 0.396 0.006 0.022 0.022 0.012 0.029 0.069 82 V 0.314 0.098 0.010 0.008 0.466 0.004 0.003 0.004 0.003 0.016 0.073 83 S 0.186 0.082 0.006 0.007 0.656 0.019 0.013 0.004 0.001 0.006 0.019 84 A 0.388 0.016 0.001 0.001 0.565 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 85 L 0.272 0.076 0.007 0.010 0.570 0.017 0.006 0.003 0.001 0.003 0.036 86 A 0.154 0.112 0.016 0.001 0.662 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 87 V 0.421 0.049 0.004 0.001 0.342 0.001 0.004 0.006 0.005 0.030 0.135 88 V 0.051 0.260 0.162 0.096 0.235 0.039 0.042 0.015 0.013 0.061 0.027 89 D 0.060 0.360 0.324 0.061 0.163 0.008 0.003 0.006 0.003 0.004 0.009 90 P 0.002 0.004 0.002 0.010 0.003 0.038 0.118 0.393 0.398 0.030 0.002 91 G 0.013 0.087 0.129 0.045 0.023 0.024 0.045 0.200 0.138 0.256 0.041 92 E 0.058 0.062 0.016 0.005 0.091 0.007 0.015 0.275 0.210 0.213 0.047 93 S 0.026 0.063 0.024 0.004 0.047 0.007 0.016 0.548 0.208 0.041 0.016 94 R 0.008 0.012 0.005 0.003 0.014 0.003 0.019 0.722 0.177 0.032 0.007 95 I 0.007 0.010 0.004 0.003 0.008 0.005 0.017 0.763 0.152 0.028 0.003 96 L 0.022 0.016 0.003 0.003 0.027 0.004 0.025 0.633 0.219 0.037 0.011 97 A 0.017 0.031 0.010 0.007 0.037 0.008 0.065 0.579 0.200 0.036 0.010 98 L 0.041 0.045 0.020 0.010 0.055 0.015 0.071 0.359 0.136 0.221 0.028 99 G 0.059 0.217 0.116 0.025 0.148 0.013 0.027 0.205 0.084 0.070 0.036 100 G 0.034 0.097 0.069 0.025 0.064 0.021 0.039 0.380 0.190 0.059 0.022 101 K 0.017 0.074 0.051 0.020 0.048 0.030 0.086 0.396 0.187 0.079 0.013 102 E 0.061 0.082 0.047 0.017 0.095 0.022 0.055 0.251 0.140 0.184 0.046