# TARGET T0149 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0149.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.009 0.007 0.015 0.252 0.691 2 N 0.056 0.021 0.006 0.019 0.170 0.728 3 P 0.112 0.024 0.010 0.020 0.155 0.679 4 I 0.227 0.017 0.007 0.018 0.181 0.549 5 A 0.378 0.009 0.005 0.010 0.087 0.512 6 V 0.897 0.006 0.002 0.006 0.016 0.073 7 T 0.973 0.002 0.001 0.002 0.005 0.017 8 L 0.981 0.003 0.001 0.002 0.003 0.011 9 L 0.896 0.001 0.004 0.006 0.022 0.072 10 T 0.679 0.006 0.005 0.007 0.056 0.247 11 G 0.283 0.008 0.009 0.006 0.199 0.495 12 F 0.172 0.021 0.025 0.008 0.387 0.386 13 L 0.033 0.009 0.051 0.011 0.590 0.306 14 G 0.008 0.015 0.051 0.011 0.718 0.198 15 A 0.007 0.007 0.015 0.020 0.714 0.237 16 G 0.004 0.010 0.007 0.015 0.375 0.589 17 K 0.009 0.018 0.013 0.674 0.147 0.138 18 T 0.003 0.002 0.009 0.880 0.050 0.056 19 T 0.001 0.001 0.008 0.983 0.005 0.003 20 L 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.007 0.989 0.004 0.001 22 R 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 23 H 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.002 24 I 0.001 0.001 0.006 0.976 0.011 0.006 25 L 0.001 0.002 0.030 0.923 0.032 0.012 26 N 0.006 0.007 0.046 0.803 0.095 0.043 27 E 0.019 0.009 0.051 0.469 0.259 0.194 28 Q 0.007 0.008 0.039 0.084 0.802 0.060 29 H 0.002 0.001 0.033 0.025 0.890 0.048 30 G 0.005 0.001 0.030 0.007 0.902 0.055 31 Y 0.151 0.008 0.006 0.002 0.710 0.122 32 K 0.640 0.013 0.001 0.001 0.074 0.272 33 I 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 34 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 35 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 36 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 37 E 0.923 0.003 0.001 0.001 0.012 0.062 38 N 0.465 0.004 0.006 0.002 0.216 0.307 39 E 0.175 0.009 0.014 0.004 0.625 0.172 40 F 0.124 0.017 0.046 0.015 0.652 0.145 41 G 0.135 0.022 0.035 0.013 0.642 0.153 42 E 0.309 0.037 0.026 0.017 0.400 0.212 43 V 0.416 0.057 0.014 0.029 0.176 0.307 44 S 0.201 0.027 0.013 0.049 0.312 0.398 45 V 0.066 0.023 0.024 0.167 0.346 0.374 46 D 0.032 0.009 0.044 0.382 0.289 0.244 47 D 0.005 0.001 0.086 0.811 0.080 0.018 48 Q 0.005 0.001 0.037 0.904 0.041 0.012 49 L 0.005 0.002 0.038 0.918 0.030 0.007 50 I 0.007 0.002 0.029 0.925 0.029 0.009 51 G 0.007 0.001 0.035 0.919 0.029 0.010 52 D 0.024 0.003 0.037 0.738 0.133 0.065 53 R 0.021 0.005 0.035 0.470 0.209 0.260 54 A 0.013 0.002 0.003 0.011 0.207 0.763 55 T 0.080 0.003 0.005 0.006 0.239 0.667 56 Q 0.382 0.007 0.007 0.006 0.155 0.442 57 I 0.890 0.011 0.003 0.006 0.023 0.067 58 K 0.938 0.002 0.002 0.004 0.014 0.041 59 T 0.929 0.007 0.003 0.003 0.015 0.043 60 L 0.751 0.006 0.006 0.007 0.101 0.129 61 T 0.343 0.011 0.015 0.009 0.375 0.247 62 N 0.093 0.007 0.015 0.012 0.603 0.270 63 G 0.125 0.015 0.018 0.013 0.606 0.223 64 C 0.357 0.045 0.015 0.028 0.317 0.237 65 I 0.442 0.043 0.020 0.041 0.208 0.246 66 C 0.388 0.034 0.024 0.053 0.248 0.253 67 C 0.168 0.023 0.041 0.095 0.377 0.296 68 S 0.068 0.018 0.027 0.076 0.373 0.438 69 R 0.032 0.012 0.056 0.237 0.355 0.308 70 S 0.012 0.003 0.085 0.528 0.246 0.126 71 N 0.006 0.002 0.065 0.717 0.160 0.051 72 E 0.004 0.003 0.043 0.821 0.088 0.041 73 L 0.004 0.002 0.019 0.915 0.027 0.033 74 E 0.003 0.001 0.010 0.956 0.015 0.016 75 D 0.002 0.001 0.009 0.963 0.012 0.014 76 A 0.001 0.001 0.009 0.977 0.007 0.006 77 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.005 0.004 78 L 0.001 0.001 0.007 0.979 0.008 0.005 79 D 0.001 0.001 0.006 0.969 0.015 0.010 80 L 0.001 0.001 0.008 0.945 0.020 0.026 81 L 0.002 0.003 0.023 0.881 0.037 0.055 82 D 0.003 0.002 0.034 0.800 0.069 0.092 83 N 0.004 0.002 0.032 0.709 0.084 0.170 84 L 0.006 0.003 0.057 0.728 0.111 0.095 85 D 0.005 0.002 0.085 0.618 0.193 0.098 86 K 0.004 0.001 0.116 0.409 0.320 0.150 87 G 0.004 0.002 0.098 0.346 0.382 0.166 88 N 0.011 0.005 0.114 0.186 0.481 0.203 89 I 0.010 0.013 0.051 0.066 0.441 0.419 90 Q 0.019 0.011 0.037 0.009 0.405 0.519 91 F 0.077 0.003 0.006 0.003 0.421 0.490 92 D 0.228 0.002 0.003 0.001 0.191 0.576 93 R 0.976 0.003 0.001 0.001 0.004 0.016 94 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 95 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 96 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 97 E 0.769 0.007 0.002 0.004 0.041 0.177 98 C 0.190 0.006 0.016 0.016 0.217 0.555 99 T 0.058 0.011 0.018 0.012 0.331 0.570 100 G 0.044 0.029 0.020 0.011 0.452 0.443 101 M 0.043 0.018 0.044 0.044 0.578 0.272 102 A 0.029 0.007 0.104 0.104 0.569 0.186 103 D 0.016 0.012 0.050 0.110 0.604 0.208 104 P 0.006 0.003 0.074 0.455 0.321 0.141 105 G 0.012 0.002 0.046 0.504 0.276 0.161 106 P 0.022 0.008 0.075 0.654 0.146 0.095 107 I 0.020 0.005 0.099 0.817 0.041 0.017 108 I 0.019 0.001 0.101 0.837 0.030 0.011 109 Q 0.019 0.001 0.134 0.794 0.034 0.017 110 T 0.015 0.001 0.081 0.813 0.052 0.038 111 F 0.029 0.004 0.039 0.755 0.089 0.085 112 F 0.053 0.023 0.035 0.633 0.134 0.122 113 S 0.078 0.010 0.030 0.429 0.207 0.247 114 H 0.036 0.005 0.055 0.192 0.367 0.345 115 E 0.019 0.004 0.193 0.187 0.424 0.173 116 V 0.028 0.008 0.186 0.155 0.462 0.160 117 L 0.025 0.014 0.137 0.122 0.486 0.216 118 C 0.020 0.007 0.143 0.119 0.505 0.205 119 Q 0.029 0.006 0.142 0.164 0.407 0.251 120 R 0.079 0.011 0.170 0.132 0.407 0.201 121 Y 0.201 0.021 0.086 0.112 0.331 0.248 122 L 0.368 0.032 0.039 0.066 0.292 0.203 123 L 0.294 0.018 0.045 0.068 0.364 0.212 124 D 0.198 0.002 0.020 0.019 0.400 0.360 125 G 0.631 0.005 0.011 0.017 0.159 0.176 126 V 0.926 0.005 0.002 0.004 0.019 0.045 127 I 0.977 0.002 0.001 0.002 0.004 0.014 128 A 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 129 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 130 V 0.952 0.006 0.001 0.001 0.008 0.033 131 D 0.707 0.007 0.001 0.007 0.077 0.200 132 A 0.075 0.003 0.229 0.228 0.298 0.168 133 V 0.019 0.004 0.411 0.214 0.294 0.058 134 H 0.010 0.003 0.437 0.249 0.270 0.031 135 A 0.014 0.006 0.162 0.330 0.340 0.149 136 D 0.015 0.012 0.134 0.381 0.347 0.111 137 E 0.008 0.003 0.119 0.338 0.360 0.172 138 Q 0.008 0.004 0.057 0.270 0.381 0.280 139 M 0.007 0.006 0.051 0.339 0.364 0.234 140 N 0.006 0.006 0.061 0.375 0.322 0.230 141 Q 0.010 0.008 0.103 0.495 0.260 0.125 142 F 0.007 0.003 0.142 0.626 0.153 0.070 143 T 0.009 0.003 0.107 0.690 0.109 0.081 144 I 0.011 0.005 0.079 0.733 0.080 0.093 145 A 0.017 0.005 0.025 0.814 0.051 0.087 146 Q 0.012 0.001 0.046 0.837 0.065 0.038 147 S 0.016 0.005 0.076 0.783 0.077 0.044 148 Q 0.021 0.004 0.110 0.725 0.095 0.044 149 V 0.046 0.006 0.163 0.628 0.111 0.046 150 G 0.049 0.005 0.151 0.516 0.185 0.093 151 Y 0.073 0.017 0.109 0.213 0.513 0.074 152 A 0.069 0.003 0.014 0.031 0.739 0.145 153 D 0.080 0.001 0.009 0.006 0.704 0.200 154 R 0.875 0.005 0.001 0.002 0.080 0.037 155 I 0.979 0.002 0.001 0.001 0.006 0.013 156 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 157 L 0.972 0.003 0.001 0.001 0.006 0.018 158 T 0.720 0.014 0.001 0.004 0.064 0.197 159 K 0.090 0.004 0.169 0.044 0.449 0.243 160 T 0.043 0.010 0.271 0.036 0.469 0.171 161 D 0.029 0.009 0.339 0.041 0.441 0.140 162 V 0.030 0.020 0.076 0.049 0.467 0.359 163 A 0.034 0.035 0.031 0.092 0.376 0.432 164 G 0.014 0.009 0.012 0.098 0.314 0.554 165 E 0.005 0.002 0.042 0.427 0.305 0.218 166 A 0.006 0.004 0.025 0.624 0.176 0.165 167 E 0.009 0.001 0.016 0.798 0.102 0.074 168 K 0.005 0.003 0.007 0.931 0.027 0.027 169 L 0.002 0.001 0.004 0.975 0.008 0.010 170 H 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.005 171 E 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.004 172 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 173 L 0.002 0.001 0.006 0.981 0.005 0.005 174 A 0.002 0.001 0.018 0.964 0.008 0.007 175 R 0.006 0.003 0.020 0.888 0.036 0.047 176 I 0.006 0.009 0.014 0.709 0.063 0.199 177 N 0.007 0.010 0.016 0.054 0.688 0.226 178 A 0.005 0.001 0.033 0.022 0.838 0.100 179 R 0.016 0.004 0.041 0.014 0.870 0.056 180 A 0.144 0.018 0.027 0.009 0.726 0.076 181 P 0.483 0.010 0.014 0.010 0.147 0.336 182 V 0.806 0.022 0.012 0.010 0.049 0.102 183 Y 0.858 0.009 0.008 0.010 0.049 0.067 184 T 0.768 0.016 0.010 0.019 0.076 0.112 185 V 0.496 0.014 0.022 0.019 0.218 0.232 186 T 0.181 0.015 0.051 0.026 0.523 0.204 187 H 0.043 0.004 0.165 0.024 0.655 0.109 188 G 0.043 0.005 0.126 0.019 0.682 0.124 189 D 0.102 0.019 0.117 0.014 0.497 0.252 190 I 0.185 0.065 0.009 0.009 0.283 0.448 191 D 0.048 0.009 0.010 0.022 0.334 0.578 192 L 0.004 0.001 0.490 0.287 0.191 0.027 193 G 0.004 0.001 0.623 0.220 0.141 0.012 194 L 0.004 0.001 0.673 0.218 0.096 0.009 195 L 0.050 0.008 0.166 0.492 0.154 0.130 196 F 0.083 0.026 0.102 0.481 0.163 0.146 197 N 0.084 0.006 0.035 0.113 0.288 0.474 198 T 0.083 0.005 0.105 0.071 0.367 0.368 199 N 0.091 0.021 0.130 0.062 0.370 0.326 200 G 0.217 0.015 0.157 0.088 0.290 0.232 201 F 0.223 0.041 0.081 0.081 0.259 0.315 202 M 0.155 0.036 0.050 0.096 0.314 0.350 203 L 0.076 0.012 0.062 0.117 0.361 0.372 204 E 0.029 0.008 0.062 0.097 0.459 0.346 205 E 0.025 0.010 0.109 0.110 0.518 0.228 206 N 0.048 0.014 0.098 0.121 0.439 0.280 207 V 0.074 0.032 0.137 0.148 0.371 0.238 208 V 0.086 0.036 0.102 0.135 0.353 0.288 209 S 0.080 0.023 0.127 0.147 0.409 0.214 210 T 0.059 0.022 0.120 0.157 0.426 0.216 211 K 0.052 0.017 0.095 0.133 0.485 0.217 212 P 0.053 0.021 0.090 0.108 0.503 0.225 213 R 0.049 0.017 0.069 0.108 0.482 0.274 214 F 0.095 0.038 0.054 0.096 0.431 0.286 215 H 0.089 0.039 0.030 0.083 0.346 0.412 216 F 0.096 0.026 0.028 0.061 0.393 0.396 217 I 0.063 0.022 0.095 0.166 0.392 0.262 218 A 0.054 0.027 0.147 0.202 0.379 0.191 219 D 0.047 0.017 0.269 0.183 0.390 0.095 220 K 0.040 0.013 0.222 0.176 0.405 0.143 221 Q 0.029 0.009 0.203 0.128 0.528 0.103 222 N 0.022 0.009 0.159 0.108 0.548 0.154 223 D 0.049 0.010 0.040 0.026 0.484 0.392 224 I 0.175 0.017 0.017 0.009 0.369 0.413 225 S 0.351 0.012 0.010 0.005 0.219 0.403 226 S 0.723 0.011 0.006 0.005 0.090 0.165 227 I 0.859 0.006 0.004 0.006 0.042 0.083 228 V 0.893 0.004 0.003 0.006 0.029 0.065 229 V 0.865 0.005 0.004 0.007 0.052 0.066 230 E 0.741 0.011 0.003 0.006 0.091 0.147 231 L 0.439 0.011 0.007 0.008 0.216 0.319 232 D 0.158 0.009 0.012 0.004 0.343 0.473 233 Y 0.096 0.011 0.010 0.003 0.370 0.510 234 P 0.074 0.015 0.013 0.004 0.254 0.641 235 V 0.072 0.046 0.005 0.005 0.182 0.689 236 D 0.024 0.010 0.004 0.016 0.125 0.820 237 I 0.001 0.001 0.034 0.914 0.032 0.018 238 S 0.001 0.001 0.020 0.949 0.024 0.007 239 E 0.001 0.001 0.023 0.961 0.013 0.002 240 V 0.001 0.001 0.005 0.983 0.007 0.004 241 S 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 242 R 0.001 0.001 0.004 0.977 0.012 0.007 243 V 0.001 0.001 0.005 0.980 0.009 0.005 244 M 0.001 0.001 0.006 0.976 0.012 0.005 245 E 0.001 0.001 0.010 0.945 0.025 0.019 246 N 0.001 0.001 0.011 0.792 0.087 0.109 247 L 0.003 0.002 0.017 0.697 0.131 0.150 248 L 0.005 0.008 0.029 0.673 0.170 0.115 249 L 0.006 0.006 0.083 0.608 0.214 0.083 250 E 0.006 0.002 0.115 0.505 0.278 0.093 251 S 0.008 0.004 0.087 0.409 0.310 0.181 252 A 0.014 0.012 0.067 0.117 0.535 0.254 253 D 0.013 0.003 0.047 0.046 0.541 0.350 254 K 0.094 0.007 0.060 0.031 0.421 0.387 255 L 0.603 0.020 0.020 0.012 0.165 0.180 256 L 0.871 0.007 0.003 0.004 0.035 0.079 257 R 0.955 0.006 0.001 0.001 0.012 0.025 258 Y 0.941 0.003 0.001 0.001 0.020 0.033 259 K 0.873 0.001 0.005 0.005 0.065 0.052 260 G 0.853 0.001 0.009 0.008 0.082 0.047 261 M 0.941 0.005 0.002 0.004 0.030 0.018 262 L 0.949 0.007 0.002 0.003 0.023 0.016 263 W 0.898 0.006 0.003 0.003 0.041 0.048 264 I 0.686 0.012 0.021 0.006 0.198 0.076 265 D 0.129 0.004 0.050 0.013 0.688 0.117 266 G 0.048 0.006 0.054 0.015 0.791 0.086 267 E 0.096 0.019 0.034 0.019 0.731 0.100 268 P 0.145 0.008 0.037 0.045 0.554 0.211 269 N 0.499 0.010 0.017 0.042 0.221 0.211 270 R 0.822 0.007 0.007 0.022 0.067 0.074 271 L 0.922 0.003 0.004 0.015 0.019 0.037 272 L 0.971 0.002 0.002 0.007 0.007 0.010 273 F 0.961 0.001 0.002 0.010 0.013 0.012 274 Q 0.895 0.001 0.004 0.025 0.042 0.033 275 G 0.781 0.007 0.008 0.035 0.103 0.066 276 V 0.670 0.012 0.016 0.045 0.162 0.094 277 Q 0.514 0.008 0.027 0.038 0.262 0.151 278 R 0.511 0.011 0.034 0.045 0.226 0.173 279 L 0.602 0.020 0.025 0.046 0.159 0.148 280 Y 0.606 0.020 0.018 0.053 0.135 0.168 281 S 0.485 0.018 0.013 0.043 0.168 0.273 282 A 0.310 0.026 0.016 0.052 0.200 0.396 283 D 0.163 0.019 0.018 0.041 0.352 0.407 284 W 0.102 0.013 0.053 0.083 0.442 0.308 285 D 0.069 0.018 0.059 0.069 0.475 0.310 286 R 0.065 0.017 0.072 0.076 0.498 0.272 287 P 0.095 0.026 0.052 0.068 0.387 0.371 288 W 0.084 0.024 0.054 0.090 0.387 0.362 289 G 0.084 0.031 0.052 0.065 0.545 0.224 290 D 0.057 0.012 0.095 0.070 0.602 0.164 291 E 0.045 0.005 0.085 0.036 0.655 0.174 292 K 0.091 0.018 0.052 0.023 0.512 0.303 293 P 0.184 0.080 0.016 0.013 0.218 0.488 294 H 0.179 0.016 0.005 0.004 0.162 0.633 295 S 0.285 0.005 0.003 0.003 0.139 0.565 296 T 0.838 0.004 0.001 0.003 0.028 0.127 297 M 0.978 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 298 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 299 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 300 I 0.918 0.003 0.001 0.001 0.012 0.065 301 G 0.396 0.005 0.015 0.003 0.282 0.299 302 I 0.110 0.008 0.021 0.002 0.486 0.372 303 Q 0.017 0.010 0.020 0.002 0.534 0.416 304 L 0.009 0.055 0.011 0.008 0.450 0.468 305 P 0.003 0.003 0.003 0.013 0.157 0.822 306 E 0.001 0.001 0.024 0.939 0.027 0.010 307 E 0.001 0.001 0.008 0.964 0.020 0.008 308 E 0.001 0.001 0.012 0.980 0.007 0.001 309 I 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.003 310 R 0.001 0.001 0.003 0.987 0.007 0.002 311 A 0.001 0.001 0.006 0.946 0.036 0.011 312 A 0.001 0.001 0.004 0.931 0.035 0.029 313 F 0.001 0.003 0.009 0.951 0.025 0.011 314 A 0.001 0.001 0.036 0.891 0.059 0.013 315 G 0.001 0.001 0.073 0.812 0.080 0.034 316 L 0.001 0.002 0.043 0.695 0.094 0.165 317 R 0.001 0.002 0.015 0.449 0.086 0.446 318 K 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.984