# TARGET T0148 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0148.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 P 0.025 0.015 0.003 0.005 0.020 0.020 0.912 3 S 0.066 0.057 0.010 0.011 0.142 0.037 0.677 4 F 0.108 0.031 0.015 0.020 0.062 0.022 0.741 5 D 0.201 0.007 0.022 0.024 0.151 0.054 0.542 6 I 0.272 0.020 0.046 0.042 0.130 0.110 0.381 7 V 0.216 0.026 0.038 0.049 0.115 0.036 0.520 8 S 0.159 0.016 0.029 0.062 0.110 0.073 0.552 9 E 0.119 0.016 0.019 0.061 0.196 0.161 0.427 10 I 0.057 0.036 0.011 0.058 0.242 0.056 0.539 11 T 0.023 0.017 0.002 0.093 0.182 0.016 0.668 12 L 0.002 0.001 0.004 0.883 0.056 0.013 0.041 13 H 0.001 0.001 0.002 0.973 0.010 0.007 0.007 14 E 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.012 0.004 15 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.004 16 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.001 17 N 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.002 18 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.003 19 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 21 N 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.015 0.003 23 N 0.001 0.001 0.002 0.958 0.005 0.028 0.006 24 R 0.002 0.001 0.008 0.893 0.018 0.065 0.014 25 V 0.003 0.002 0.017 0.791 0.019 0.141 0.026 26 L 0.011 0.013 0.037 0.629 0.046 0.148 0.115 27 S 0.019 0.004 0.090 0.481 0.053 0.277 0.075 28 T 0.038 0.003 0.072 0.296 0.150 0.347 0.095 29 R 0.086 0.014 0.036 0.169 0.213 0.125 0.358 30 Y 0.264 0.040 0.014 0.109 0.113 0.039 0.421 31 D 0.264 0.038 0.021 0.055 0.068 0.052 0.502 32 F 0.203 0.028 0.081 0.043 0.101 0.168 0.377 33 R 0.048 0.006 0.076 0.021 0.117 0.668 0.064 34 G 0.032 0.002 0.034 0.004 0.169 0.666 0.092 35 V 0.158 0.016 0.005 0.002 0.213 0.025 0.582 36 E 0.340 0.022 0.002 0.001 0.122 0.020 0.493 37 A 0.713 0.009 0.001 0.001 0.050 0.004 0.223 38 V 0.879 0.005 0.001 0.001 0.015 0.001 0.098 39 I 0.941 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.052 40 E 0.959 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 41 L 0.793 0.020 0.002 0.001 0.010 0.005 0.170 42 N 0.317 0.007 0.011 0.001 0.123 0.137 0.405 43 E 0.051 0.003 0.050 0.002 0.244 0.574 0.076 44 K 0.017 0.002 0.036 0.001 0.144 0.774 0.025 45 N 0.183 0.005 0.029 0.001 0.221 0.328 0.233 46 E 0.729 0.010 0.002 0.001 0.043 0.006 0.210 47 T 0.961 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 48 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 49 K 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 50 I 0.943 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.047 51 T 0.801 0.008 0.001 0.001 0.027 0.005 0.156 52 T 0.257 0.015 0.007 0.004 0.153 0.037 0.527 53 E 0.040 0.013 0.038 0.018 0.396 0.219 0.276 54 S 0.029 0.008 0.049 0.066 0.302 0.207 0.340 55 D 0.011 0.003 0.066 0.459 0.143 0.205 0.113 56 F 0.020 0.011 0.046 0.669 0.065 0.113 0.075 57 Q 0.022 0.010 0.034 0.800 0.036 0.045 0.053 58 L 0.009 0.002 0.009 0.932 0.009 0.018 0.022 59 E 0.008 0.001 0.006 0.940 0.012 0.018 0.016 60 Q 0.003 0.001 0.003 0.959 0.006 0.018 0.009 61 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 62 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 65 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 67 G 0.001 0.001 0.001 0.976 0.004 0.017 0.002 68 S 0.001 0.001 0.001 0.976 0.002 0.017 0.004 69 C 0.001 0.001 0.002 0.960 0.006 0.019 0.010 70 I 0.001 0.001 0.007 0.947 0.004 0.027 0.013 71 K 0.001 0.001 0.010 0.866 0.012 0.103 0.008 72 R 0.001 0.001 0.005 0.263 0.022 0.703 0.007 73 G 0.001 0.001 0.003 0.021 0.036 0.896 0.043 74 I 0.013 0.015 0.003 0.010 0.151 0.022 0.786 75 E 0.047 0.027 0.005 0.005 0.056 0.014 0.847 76 H 0.026 0.007 0.506 0.138 0.070 0.135 0.118 77 S 0.041 0.006 0.516 0.130 0.081 0.127 0.099 78 S 0.078 0.005 0.560 0.130 0.047 0.088 0.093 79 L 0.188 0.020 0.223 0.177 0.081 0.104 0.208 80 D 0.130 0.044 0.127 0.138 0.107 0.113 0.342 81 I 0.070 0.020 0.109 0.124 0.206 0.145 0.326 82 P 0.028 0.006 0.080 0.095 0.156 0.430 0.204 83 A 0.048 0.013 0.115 0.149 0.157 0.246 0.272 84 E 0.107 0.024 0.076 0.221 0.128 0.090 0.353 85 S 0.192 0.023 0.075 0.223 0.105 0.094 0.288 86 E 0.204 0.015 0.097 0.194 0.121 0.150 0.219 87 H 0.140 0.027 0.056 0.179 0.138 0.261 0.199 88 H 0.116 0.011 0.022 0.090 0.216 0.285 0.259 89 G 0.084 0.007 0.021 0.030 0.334 0.218 0.306 90 K 0.136 0.008 0.027 0.021 0.244 0.121 0.442 91 L 0.635 0.017 0.024 0.016 0.070 0.035 0.204 92 Y 0.823 0.008 0.006 0.011 0.021 0.007 0.125 93 S 0.906 0.003 0.003 0.010 0.011 0.003 0.064 94 K 0.956 0.002 0.003 0.010 0.005 0.002 0.022 95 E 0.978 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.014 96 I 0.964 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.023 97 K 0.965 0.003 0.001 0.005 0.003 0.001 0.022 98 L 0.865 0.006 0.007 0.015 0.009 0.015 0.084 99 K 0.606 0.013 0.037 0.036 0.100 0.055 0.153 100 Q 0.211 0.008 0.098 0.089 0.240 0.241 0.113 101 G 0.097 0.007 0.084 0.065 0.251 0.342 0.155 102 I 0.120 0.046 0.041 0.103 0.202 0.100 0.389 103 E 0.040 0.008 0.019 0.137 0.132 0.052 0.613 104 T 0.002 0.001 0.037 0.787 0.053 0.065 0.056 105 E 0.001 0.001 0.031 0.853 0.030 0.057 0.026 106 M 0.001 0.001 0.014 0.917 0.008 0.045 0.015 107 A 0.001 0.001 0.004 0.941 0.007 0.028 0.018 108 K 0.002 0.001 0.002 0.965 0.006 0.017 0.008 109 K 0.004 0.001 0.002 0.970 0.005 0.010 0.008 110 I 0.002 0.001 0.001 0.986 0.002 0.005 0.003 111 T 0.002 0.001 0.001 0.987 0.002 0.005 0.003 112 K 0.002 0.001 0.003 0.979 0.002 0.012 0.002 113 L 0.003 0.001 0.002 0.970 0.002 0.021 0.002 114 V 0.004 0.001 0.003 0.969 0.004 0.016 0.004 115 K 0.002 0.001 0.005 0.928 0.010 0.045 0.010 116 D 0.004 0.001 0.010 0.817 0.033 0.086 0.049 117 S 0.001 0.001 0.019 0.510 0.017 0.438 0.013 118 K 0.003 0.001 0.008 0.079 0.027 0.849 0.033 119 I 0.043 0.010 0.008 0.114 0.067 0.040 0.718 120 K 0.369 0.084 0.009 0.175 0.048 0.029 0.285 121 V 0.607 0.012 0.020 0.146 0.020 0.029 0.167 122 Q 0.646 0.006 0.036 0.155 0.041 0.025 0.090 123 T 0.754 0.002 0.036 0.111 0.031 0.022 0.043 124 Q 0.717 0.004 0.041 0.109 0.021 0.072 0.037 125 I 0.565 0.017 0.031 0.135 0.049 0.120 0.084 126 Q 0.258 0.004 0.040 0.055 0.133 0.312 0.199 127 G 0.049 0.001 0.024 0.015 0.159 0.652 0.100 128 E 0.185 0.006 0.045 0.016 0.225 0.351 0.172 129 Q 0.806 0.032 0.005 0.007 0.030 0.016 0.104 130 V 0.906 0.014 0.002 0.006 0.007 0.005 0.060 131 R 0.894 0.006 0.003 0.006 0.015 0.010 0.066 132 V 0.708 0.014 0.006 0.007 0.050 0.026 0.190 133 T 0.286 0.012 0.006 0.005 0.219 0.049 0.423 134 G 0.045 0.007 0.059 0.053 0.420 0.159 0.257 135 K 0.011 0.016 0.156 0.082 0.294 0.130 0.311 136 S 0.013 0.011 0.151 0.223 0.177 0.101 0.323 137 R 0.002 0.002 0.157 0.527 0.088 0.098 0.126 138 D 0.001 0.003 0.061 0.713 0.051 0.112 0.058 139 D 0.001 0.001 0.026 0.802 0.030 0.088 0.051 140 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.004 0.007 0.002 141 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.002 0.002 142 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 144 I 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.005 0.001 145 Q 0.001 0.001 0.011 0.962 0.001 0.025 0.001 146 L 0.001 0.001 0.037 0.862 0.002 0.095 0.003 147 V 0.004 0.016 0.052 0.690 0.042 0.158 0.038 148 K 0.020 0.016 0.057 0.329 0.049 0.299 0.229 149 S 0.005 0.004 0.228 0.267 0.095 0.268 0.132 150 A 0.003 0.003 0.285 0.175 0.130 0.353 0.052 151 E 0.005 0.008 0.341 0.074 0.098 0.353 0.120 152 L 0.018 0.015 0.098 0.114 0.148 0.323 0.284 153 G 0.018 0.008 0.031 0.044 0.180 0.476 0.243 154 Q 0.028 0.008 0.007 0.045 0.617 0.033 0.262 155 P 0.146 0.020 0.006 0.051 0.090 0.034 0.653 156 F 0.408 0.044 0.020 0.088 0.044 0.029 0.365 157 Q 0.490 0.029 0.042 0.076 0.053 0.023 0.287 158 F 0.418 0.039 0.073 0.137 0.070 0.027 0.235 159 N 0.359 0.010 0.077 0.190 0.076 0.044 0.244 160 N 0.264 0.013 0.083 0.164 0.101 0.104 0.271 161 F 0.147 0.018 0.067 0.157 0.122 0.140 0.349 162 R 0.073 0.011 0.035 0.081 0.049 0.120 0.631 163 D 0.002 0.001 0.006 0.018 0.011 0.008 0.955