# TARGET T0148 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0148.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.161 0.103 0.026 0.199 0.026 0.043 0.081 0.108 0.068 0.051 2 P 0.112 0.249 0.096 0.011 0.289 0.006 0.010 0.059 0.055 0.062 0.051 3 S 0.155 0.140 0.042 0.011 0.336 0.012 0.038 0.125 0.065 0.042 0.035 4 F 0.126 0.156 0.023 0.012 0.304 0.011 0.015 0.138 0.099 0.074 0.042 5 D 0.246 0.069 0.025 0.012 0.301 0.017 0.036 0.145 0.039 0.027 0.084 6 I 0.139 0.072 0.017 0.008 0.177 0.009 0.015 0.338 0.118 0.064 0.045 7 V 0.126 0.068 0.011 0.015 0.162 0.020 0.037 0.325 0.136 0.048 0.051 8 S 0.036 0.156 0.069 0.050 0.143 0.034 0.046 0.309 0.106 0.039 0.012 9 E 0.110 0.037 0.011 0.002 0.112 0.005 0.057 0.260 0.127 0.197 0.083 10 I 0.094 0.272 0.039 0.006 0.251 0.016 0.041 0.175 0.054 0.026 0.025 11 T 0.110 0.147 0.053 0.019 0.155 0.012 0.024 0.259 0.061 0.094 0.065 12 L 0.007 0.006 0.004 0.003 0.015 0.004 0.009 0.702 0.235 0.013 0.003 13 H 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.886 0.092 0.003 0.001 14 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.921 0.058 0.007 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.944 0.045 0.002 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.011 0.928 0.052 0.002 0.001 17 N 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.931 0.050 0.008 0.001 18 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.064 0.004 0.001 19 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.928 0.060 0.002 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.931 0.044 0.004 0.001 21 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.905 0.059 0.016 0.002 22 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.888 0.098 0.004 0.001 23 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.840 0.126 0.013 0.001 24 R 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.005 0.064 0.828 0.080 0.008 0.001 25 V 0.017 0.005 0.001 0.001 0.014 0.007 0.064 0.723 0.117 0.042 0.008 26 L 0.036 0.037 0.007 0.007 0.071 0.019 0.070 0.510 0.165 0.060 0.019 27 S 0.017 0.014 0.005 0.015 0.024 0.068 0.191 0.377 0.166 0.114 0.009 28 T 0.097 0.095 0.057 0.033 0.153 0.022 0.043 0.185 0.102 0.168 0.046 29 R 0.098 0.120 0.039 0.029 0.201 0.030 0.051 0.200 0.120 0.079 0.032 30 Y 0.144 0.171 0.053 0.025 0.263 0.021 0.031 0.091 0.070 0.062 0.069 31 D 0.258 0.110 0.035 0.012 0.237 0.014 0.024 0.065 0.065 0.090 0.089 32 F 0.138 0.070 0.069 0.066 0.106 0.032 0.018 0.068 0.108 0.223 0.102 33 R 0.003 0.043 0.057 0.218 0.011 0.199 0.323 0.087 0.046 0.012 0.002 34 G 0.021 0.013 0.019 0.063 0.014 0.019 0.008 0.029 0.098 0.597 0.119 35 V 0.125 0.302 0.036 0.010 0.393 0.007 0.012 0.025 0.031 0.038 0.022 36 E 0.349 0.017 0.005 0.014 0.235 0.019 0.036 0.022 0.029 0.108 0.166 37 A 0.167 0.234 0.036 0.018 0.499 0.003 0.002 0.003 0.003 0.012 0.023 38 V 0.311 0.068 0.012 0.002 0.550 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.043 39 I 0.266 0.159 0.021 0.003 0.495 0.003 0.002 0.003 0.002 0.006 0.041 40 E 0.283 0.158 0.022 0.001 0.468 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.055 41 L 0.178 0.217 0.029 0.016 0.387 0.034 0.020 0.021 0.008 0.031 0.060 42 N 0.096 0.213 0.294 0.129 0.119 0.030 0.011 0.031 0.023 0.019 0.036 43 E 0.009 0.019 0.043 0.069 0.014 0.060 0.077 0.359 0.290 0.054 0.006 44 K 0.013 0.231 0.157 0.098 0.041 0.032 0.116 0.124 0.090 0.083 0.015 45 N 0.084 0.100 0.025 0.009 0.108 0.005 0.005 0.013 0.028 0.356 0.266 46 E 0.094 0.313 0.058 0.012 0.415 0.021 0.030 0.014 0.008 0.019 0.017 47 T 0.384 0.045 0.004 0.001 0.546 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 48 I 0.225 0.105 0.004 0.003 0.645 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 49 K 0.256 0.073 0.007 0.001 0.640 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 50 I 0.323 0.116 0.010 0.001 0.503 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.042 51 T 0.294 0.049 0.017 0.021 0.205 0.041 0.020 0.013 0.013 0.129 0.198 52 T 0.021 0.363 0.404 0.091 0.094 0.005 0.003 0.005 0.004 0.005 0.006 53 E 0.019 0.037 0.021 0.035 0.023 0.050 0.087 0.358 0.262 0.092 0.017 54 S 0.035 0.200 0.152 0.026 0.124 0.026 0.034 0.204 0.122 0.059 0.017 55 D 0.036 0.024 0.007 0.009 0.040 0.017 0.032 0.433 0.240 0.114 0.048 56 F 0.042 0.105 0.038 0.008 0.088 0.007 0.028 0.427 0.096 0.123 0.037 57 Q 0.037 0.250 0.052 0.003 0.070 0.002 0.008 0.452 0.081 0.033 0.013 58 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.855 0.116 0.006 0.002 59 E 0.003 0.004 0.002 0.003 0.003 0.002 0.010 0.915 0.053 0.002 0.002 60 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.890 0.075 0.025 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.072 0.004 0.001 62 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.049 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.936 0.047 0.005 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.971 0.022 0.001 0.001 65 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.050 0.011 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.889 0.093 0.012 0.001 67 G 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.944 0.036 0.002 0.001 68 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.869 0.102 0.009 0.001 69 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.892 0.061 0.019 0.003 70 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.825 0.135 0.014 0.003 71 K 0.001 0.010 0.003 0.003 0.004 0.005 0.049 0.808 0.087 0.028 0.001 72 R 0.001 0.726 0.195 0.002 0.043 0.003 0.007 0.012 0.007 0.003 0.001 73 G 0.232 0.006 0.003 0.001 0.027 0.001 0.002 0.005 0.010 0.332 0.381 74 I 0.131 0.386 0.062 0.002 0.319 0.005 0.008 0.012 0.010 0.021 0.045 75 E 0.184 0.122 0.024 0.025 0.315 0.028 0.023 0.057 0.042 0.055 0.125 76 H 0.092 0.067 0.027 0.021 0.135 0.019 0.013 0.186 0.348 0.069 0.023 77 S 0.025 0.048 0.026 0.014 0.073 0.016 0.056 0.452 0.201 0.074 0.014 78 S 0.120 0.072 0.021 0.008 0.160 0.009 0.035 0.139 0.101 0.273 0.062 79 L 0.131 0.239 0.037 0.008 0.385 0.006 0.016 0.055 0.034 0.053 0.037 80 D 0.227 0.115 0.054 0.025 0.236 0.021 0.021 0.035 0.027 0.119 0.121 81 I 0.068 0.210 0.092 0.054 0.175 0.018 0.021 0.138 0.125 0.070 0.031 82 P 0.016 0.080 0.082 0.080 0.038 0.037 0.072 0.291 0.180 0.106 0.017 83 A 0.107 0.093 0.047 0.013 0.145 0.018 0.083 0.213 0.121 0.119 0.040 84 E 0.124 0.276 0.076 0.012 0.282 0.010 0.015 0.087 0.041 0.040 0.039 85 S 0.142 0.143 0.037 0.019 0.281 0.026 0.046 0.129 0.067 0.052 0.057 86 E 0.110 0.237 0.097 0.020 0.216 0.023 0.043 0.113 0.056 0.055 0.031 87 H 0.148 0.073 0.065 0.047 0.118 0.049 0.076 0.152 0.074 0.113 0.085 88 H 0.029 0.191 0.167 0.208 0.069 0.069 0.057 0.071 0.047 0.071 0.021 89 G 0.034 0.096 0.130 0.245 0.051 0.036 0.023 0.058 0.055 0.207 0.065 90 K 0.051 0.174 0.100 0.032 0.127 0.042 0.076 0.154 0.094 0.115 0.035 91 L 0.226 0.176 0.038 0.008 0.359 0.009 0.022 0.050 0.026 0.043 0.042 92 Y 0.257 0.145 0.017 0.006 0.470 0.006 0.014 0.025 0.009 0.018 0.034 93 S 0.364 0.093 0.008 0.002 0.466 0.005 0.003 0.010 0.003 0.005 0.040 94 K 0.205 0.127 0.019 0.015 0.537 0.021 0.011 0.032 0.005 0.007 0.021 95 E 0.513 0.022 0.003 0.002 0.378 0.002 0.002 0.008 0.002 0.006 0.064 96 I 0.150 0.222 0.020 0.010 0.538 0.009 0.004 0.020 0.004 0.004 0.019 97 K 0.224 0.184 0.031 0.001 0.494 0.001 0.002 0.020 0.003 0.004 0.036 98 L 0.307 0.101 0.041 0.012 0.217 0.015 0.017 0.180 0.037 0.015 0.058 99 K 0.047 0.072 0.037 0.072 0.070 0.125 0.128 0.333 0.070 0.028 0.019 100 Q 0.044 0.139 0.113 0.130 0.066 0.056 0.040 0.222 0.073 0.076 0.042 101 G 0.031 0.090 0.118 0.121 0.052 0.061 0.027 0.240 0.076 0.130 0.053 102 I 0.087 0.134 0.044 0.012 0.103 0.014 0.023 0.364 0.089 0.081 0.050 103 E 0.038 0.226 0.111 0.016 0.055 0.008 0.012 0.410 0.064 0.041 0.019 104 T 0.004 0.035 0.012 0.008 0.011 0.012 0.009 0.793 0.096 0.016 0.004 105 E 0.006 0.015 0.008 0.006 0.011 0.009 0.021 0.830 0.070 0.016 0.007 106 M 0.004 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.007 0.807 0.079 0.080 0.006 107 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.892 0.079 0.014 0.001 108 K 0.001 0.013 0.003 0.002 0.005 0.002 0.012 0.897 0.059 0.004 0.001 109 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.915 0.052 0.008 0.002 110 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.903 0.076 0.009 0.001 111 T 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.865 0.101 0.005 0.001 112 K 0.003 0.006 0.003 0.001 0.006 0.003 0.017 0.828 0.115 0.016 0.002 113 L 0.005 0.008 0.002 0.001 0.015 0.007 0.054 0.819 0.071 0.015 0.002 114 V 0.035 0.012 0.004 0.005 0.027 0.008 0.044 0.582 0.179 0.077 0.025 115 K 0.006 0.035 0.028 0.021 0.016 0.056 0.148 0.527 0.135 0.024 0.003 116 D 0.028 0.064 0.026 0.020 0.056 0.019 0.046 0.381 0.181 0.158 0.021 117 S 0.027 0.072 0.065 0.038 0.051 0.056 0.104 0.229 0.188 0.153 0.018 118 K 0.037 0.112 0.079 0.051 0.061 0.031 0.073 0.222 0.142 0.161 0.031 119 I 0.188 0.293 0.029 0.002 0.343 0.002 0.003 0.032 0.025 0.041 0.042 120 K 0.116 0.255 0.067 0.013 0.416 0.012 0.017 0.049 0.019 0.013 0.023 121 V 0.436 0.057 0.012 0.003 0.369 0.004 0.003 0.048 0.013 0.009 0.046 122 Q 0.216 0.049 0.014 0.039 0.255 0.069 0.058 0.162 0.041 0.031 0.065 123 T 0.196 0.158 0.028 0.014 0.416 0.009 0.009 0.073 0.031 0.030 0.037 124 Q 0.191 0.196 0.040 0.007 0.377 0.006 0.020 0.087 0.027 0.019 0.031 125 I 0.307 0.069 0.035 0.029 0.200 0.046 0.058 0.081 0.025 0.053 0.097 126 Q 0.023 0.193 0.148 0.242 0.066 0.092 0.109 0.069 0.028 0.022 0.011 127 G 0.040 0.072 0.078 0.214 0.033 0.046 0.026 0.083 0.104 0.222 0.082 128 E 0.034 0.179 0.071 0.038 0.125 0.044 0.089 0.164 0.139 0.094 0.023 129 Q 0.256 0.091 0.020 0.006 0.448 0.005 0.019 0.040 0.030 0.038 0.047 130 V 0.155 0.204 0.015 0.002 0.573 0.003 0.007 0.014 0.005 0.006 0.015 131 R 0.239 0.085 0.014 0.002 0.569 0.002 0.004 0.008 0.005 0.012 0.061 132 V 0.347 0.100 0.040 0.023 0.282 0.030 0.016 0.023 0.018 0.031 0.092 133 T 0.015 0.086 0.048 0.130 0.048 0.178 0.306 0.100 0.047 0.033 0.010 134 G 0.048 0.025 0.024 0.032 0.025 0.006 0.003 0.005 0.026 0.573 0.233 135 K 0.010 0.318 0.464 0.082 0.062 0.008 0.005 0.012 0.013 0.019 0.007 136 S 0.031 0.516 0.288 0.012 0.095 0.003 0.004 0.015 0.005 0.017 0.014 137 R 0.010 0.019 0.008 0.009 0.019 0.034 0.070 0.563 0.238 0.022 0.007 138 D 0.004 0.014 0.011 0.008 0.009 0.017 0.020 0.702 0.153 0.052 0.011 139 D 0.008 0.020 0.003 0.001 0.013 0.001 0.005 0.752 0.124 0.068 0.006 140 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.086 0.010 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.038 0.001 0.001 142 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.967 0.026 0.001 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.037 0.001 0.001 144 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.067 0.001 0.001 145 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.938 0.056 0.001 0.001 146 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.921 0.042 0.014 0.001 147 V 0.025 0.091 0.031 0.003 0.049 0.006 0.039 0.507 0.132 0.106 0.012 148 K 0.014 0.402 0.154 0.029 0.039 0.013 0.032 0.217 0.055 0.041 0.005 149 S 0.010 0.087 0.033 0.019 0.040 0.012 0.033 0.402 0.293 0.060 0.010 150 A 0.009 0.018 0.016 0.014 0.012 0.027 0.102 0.450 0.265 0.073 0.016 151 E 0.048 0.032 0.007 0.005 0.057 0.018 0.110 0.194 0.165 0.307 0.058 152 L 0.066 0.310 0.032 0.007 0.205 0.010 0.013 0.121 0.120 0.086 0.030 153 G 0.047 0.014 0.016 0.028 0.028 0.039 0.058 0.080 0.158 0.439 0.094 154 Q 0.032 0.471 0.269 0.015 0.133 0.002 0.002 0.016 0.017 0.031 0.011 155 P 0.226 0.175 0.047 0.009 0.377 0.007 0.025 0.038 0.028 0.021 0.047 156 F 0.228 0.153 0.029 0.010 0.512 0.007 0.005 0.012 0.010 0.012 0.024 157 Q 0.274 0.125 0.015 0.002 0.514 0.003 0.003 0.004 0.003 0.009 0.048 158 F 0.308 0.122 0.027 0.015 0.411 0.010 0.006 0.017 0.010 0.014 0.060 159 N 0.144 0.076 0.033 0.056 0.197 0.097 0.108 0.080 0.054 0.075 0.079 160 N 0.207 0.133 0.057 0.026 0.365 0.008 0.009 0.033 0.026 0.053 0.084 161 F 0.111 0.123 0.060 0.041 0.206 0.029 0.044 0.140 0.090 0.101 0.055 162 R 0.079 0.225 0.127 0.059 0.187 0.044 0.054 0.076 0.043 0.061 0.045 163 D 0.180 0.151 0.062 0.019 0.283 0.012 0.017 0.074 0.062 0.071 0.069