# TARGET T0147 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0147.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 80 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.001 0.002 0.004 0.099 0.878 2 Y 0.126 0.045 0.004 0.012 0.070 0.743 3 P 0.172 0.060 0.003 0.013 0.067 0.685 4 V 0.148 0.020 0.007 0.014 0.098 0.712 5 D 0.265 0.013 0.009 0.016 0.149 0.548 6 L 0.533 0.008 0.021 0.027 0.168 0.243 7 H 0.680 0.023 0.018 0.029 0.127 0.123 8 M 0.758 0.012 0.011 0.026 0.101 0.093 9 H 0.702 0.007 0.012 0.026 0.105 0.148 10 T 0.406 0.018 0.013 0.023 0.177 0.363 11 V 0.248 0.025 0.021 0.038 0.256 0.410 12 A 0.071 0.012 0.034 0.025 0.403 0.455 13 S 0.033 0.030 0.035 0.031 0.522 0.348 14 T 0.013 0.010 0.089 0.061 0.630 0.196 15 H 0.009 0.007 0.140 0.061 0.671 0.112 16 A 0.011 0.009 0.165 0.071 0.627 0.117 17 Y 0.016 0.020 0.100 0.098 0.509 0.257 18 S 0.028 0.025 0.044 0.126 0.411 0.367 19 T 0.017 0.024 0.015 0.147 0.180 0.618 20 L 0.001 0.001 0.006 0.977 0.010 0.006 21 S 0.001 0.001 0.002 0.985 0.010 0.003 22 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.006 0.002 23 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 24 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 25 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.010 0.004 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.986 0.010 0.003 27 A 0.001 0.001 0.008 0.969 0.020 0.003 28 K 0.001 0.001 0.018 0.955 0.022 0.004 29 Q 0.001 0.001 0.023 0.937 0.031 0.008 30 K 0.001 0.001 0.013 0.815 0.077 0.094 31 G 0.006 0.001 0.002 0.014 0.121 0.856 32 I 0.113 0.001 0.001 0.002 0.111 0.772 33 K 0.817 0.002 0.002 0.001 0.036 0.142 34 L 0.987 0.003 0.001 0.001 0.003 0.007 35 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 36 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 37 I 0.946 0.001 0.001 0.002 0.014 0.035 38 T 0.819 0.008 0.003 0.006 0.068 0.095 39 D 0.330 0.011 0.009 0.016 0.220 0.414 40 H 0.075 0.023 0.029 0.024 0.363 0.487 41 G 0.036 0.013 0.129 0.043 0.482 0.297 42 P 0.021 0.006 0.155 0.084 0.521 0.214 43 D 0.019 0.018 0.176 0.141 0.482 0.164 44 M 0.013 0.011 0.098 0.185 0.469 0.224 45 E 0.016 0.007 0.064 0.201 0.409 0.302 46 D 0.014 0.014 0.074 0.308 0.379 0.212 47 A 0.014 0.018 0.090 0.387 0.275 0.216 48 P 0.017 0.005 0.096 0.444 0.209 0.229 49 H 0.010 0.003 0.055 0.634 0.135 0.163 50 H 0.011 0.005 0.034 0.734 0.111 0.105 51 W 0.012 0.003 0.029 0.738 0.115 0.102 52 H 0.012 0.002 0.015 0.809 0.083 0.080 53 F 0.012 0.002 0.011 0.849 0.067 0.058 54 I 0.008 0.001 0.007 0.838 0.067 0.080 55 N 0.005 0.001 0.004 0.896 0.031 0.062 56 M 0.010 0.003 0.009 0.843 0.048 0.087 57 R 0.007 0.002 0.009 0.859 0.053 0.070 58 I 0.004 0.001 0.008 0.871 0.042 0.073 59 W 0.004 0.001 0.009 0.839 0.049 0.097 60 P 0.003 0.001 0.020 0.898 0.042 0.036 61 R 0.003 0.001 0.032 0.867 0.059 0.037 62 V 0.005 0.003 0.059 0.710 0.126 0.098 63 V 0.008 0.004 0.123 0.406 0.372 0.086 64 D 0.007 0.001 0.089 0.233 0.472 0.198 65 G 0.009 0.001 0.014 0.012 0.451 0.512 66 V 0.102 0.007 0.006 0.006 0.314 0.565 67 G 0.421 0.022 0.003 0.004 0.128 0.423 68 I 0.670 0.049 0.003 0.004 0.070 0.204 69 L 0.591 0.022 0.007 0.003 0.300 0.078 70 R 0.454 0.008 0.005 0.001 0.433 0.098 71 G 0.276 0.001 0.003 0.001 0.611 0.109 72 I 0.811 0.009 0.001 0.001 0.135 0.044 73 E 0.943 0.006 0.001 0.001 0.017 0.033 74 A 0.961 0.004 0.001 0.001 0.009 0.025 75 N 0.950 0.002 0.001 0.001 0.019 0.028 76 I 0.921 0.006 0.001 0.001 0.027 0.043 77 K 0.817 0.009 0.002 0.001 0.098 0.073 78 N 0.324 0.012 0.008 0.004 0.551 0.102 79 V 0.052 0.003 0.019 0.009 0.841 0.076 80 D 0.045 0.005 0.022 0.012 0.836 0.079 81 G 0.263 0.025 0.018 0.027 0.463 0.204 82 E 0.526 0.034 0.006 0.024 0.112 0.299 83 I 0.719 0.026 0.005 0.025 0.056 0.169 84 D 0.581 0.022 0.007 0.030 0.092 0.268 85 C 0.403 0.025 0.012 0.064 0.149 0.347 86 S 0.135 0.006 0.026 0.117 0.255 0.460 87 G 0.078 0.007 0.102 0.229 0.341 0.244 88 K 0.063 0.008 0.178 0.330 0.300 0.120 89 M 0.054 0.015 0.184 0.346 0.291 0.110 90 F 0.058 0.014 0.160 0.377 0.274 0.117 91 D 0.052 0.013 0.085 0.227 0.450 0.173 92 S 0.040 0.011 0.126 0.207 0.514 0.102 93 L 0.067 0.012 0.069 0.122 0.571 0.159 94 D 0.158 0.006 0.036 0.051 0.477 0.272 95 L 0.573 0.010 0.013 0.031 0.168 0.206 96 I 0.868 0.008 0.005 0.014 0.034 0.070 97 I 0.954 0.003 0.002 0.008 0.011 0.022 98 A 0.945 0.002 0.002 0.012 0.013 0.025 99 G 0.916 0.004 0.003 0.017 0.024 0.037 100 F 0.801 0.003 0.007 0.043 0.058 0.088 101 H 0.670 0.009 0.015 0.054 0.125 0.128 102 E 0.390 0.015 0.051 0.104 0.276 0.163 103 P 0.283 0.020 0.057 0.098 0.339 0.203 104 V 0.145 0.017 0.049 0.093 0.436 0.260 105 F 0.080 0.017 0.033 0.062 0.598 0.211 106 A 0.036 0.007 0.041 0.123 0.535 0.258 107 P 0.030 0.008 0.034 0.109 0.539 0.281 108 H 0.026 0.012 0.059 0.217 0.474 0.212 109 D 0.036 0.018 0.051 0.240 0.299 0.357 110 K 0.026 0.006 0.110 0.551 0.191 0.117 111 A 0.022 0.004 0.080 0.656 0.136 0.102 112 T 0.020 0.005 0.056 0.710 0.100 0.109 113 N 0.012 0.004 0.024 0.869 0.041 0.050 114 T 0.006 0.001 0.007 0.957 0.014 0.016 115 Q 0.004 0.001 0.004 0.978 0.006 0.007 116 A 0.007 0.001 0.003 0.976 0.005 0.007 117 M 0.004 0.001 0.002 0.987 0.003 0.004 118 I 0.005 0.001 0.003 0.987 0.003 0.002 119 A 0.004 0.001 0.003 0.984 0.004 0.004 120 T 0.002 0.001 0.005 0.980 0.006 0.006 121 I 0.005 0.001 0.006 0.970 0.009 0.010 122 A 0.004 0.001 0.006 0.958 0.016 0.014 123 S 0.012 0.003 0.009 0.678 0.194 0.105 124 G 0.007 0.001 0.004 0.023 0.532 0.433 125 N 0.021 0.003 0.008 0.007 0.668 0.293 126 V 0.168 0.010 0.013 0.009 0.602 0.198 127 H 0.439 0.026 0.023 0.013 0.249 0.250 128 I 0.814 0.025 0.011 0.007 0.060 0.083 129 I 0.756 0.012 0.011 0.012 0.090 0.119 130 S 0.531 0.030 0.008 0.020 0.128 0.283 131 H 0.171 0.024 0.012 0.022 0.475 0.297 132 P 0.060 0.009 0.028 0.049 0.610 0.245 133 G 0.036 0.010 0.045 0.050 0.664 0.196 134 N 0.067 0.023 0.087 0.117 0.577 0.130 135 P 0.089 0.018 0.121 0.245 0.329 0.198 136 K 0.104 0.017 0.129 0.303 0.275 0.172 137 Y 0.108 0.014 0.122 0.373 0.259 0.124 138 E 0.106 0.018 0.084 0.365 0.253 0.175 139 I 0.087 0.008 0.055 0.307 0.304 0.240 140 D 0.066 0.007 0.037 0.315 0.302 0.273 141 V 0.036 0.006 0.041 0.336 0.332 0.249 142 K 0.031 0.005 0.041 0.196 0.377 0.350 143 A 0.089 0.012 0.066 0.255 0.291 0.287 144 V 0.160 0.031 0.050 0.335 0.193 0.230 145 A 0.105 0.015 0.041 0.530 0.123 0.186 146 E 0.090 0.009 0.022 0.451 0.104 0.323 147 A 0.007 0.001 0.013 0.940 0.018 0.021 148 A 0.004 0.001 0.008 0.959 0.017 0.011 149 A 0.004 0.001 0.005 0.963 0.016 0.011 150 K 0.005 0.001 0.004 0.959 0.016 0.016 151 H 0.003 0.001 0.002 0.966 0.013 0.015 152 Q 0.004 0.001 0.003 0.952 0.021 0.020 153 V 0.005 0.001 0.004 0.951 0.020 0.018 154 A 0.007 0.002 0.010 0.927 0.032 0.022 155 L 0.008 0.001 0.022 0.907 0.040 0.022 156 E 0.010 0.001 0.016 0.884 0.052 0.037 157 I 0.015 0.002 0.012 0.777 0.084 0.111 158 N 0.020 0.003 0.003 0.098 0.168 0.707 159 N 0.074 0.009 0.006 0.057 0.181 0.674 160 S 0.278 0.027 0.012 0.084 0.171 0.429 161 S 0.423 0.026 0.024 0.077 0.176 0.274 162 F 0.529 0.025 0.036 0.054 0.180 0.175 163 L 0.425 0.021 0.047 0.063 0.225 0.220 164 H 0.242 0.017 0.033 0.057 0.349 0.302 165 S 0.084 0.013 0.030 0.050 0.489 0.333 166 R 0.031 0.009 0.039 0.047 0.545 0.330 167 K 0.019 0.010 0.150 0.078 0.577 0.167 168 G 0.017 0.009 0.143 0.072 0.542 0.216 169 S 0.045 0.031 0.135 0.096 0.432 0.261 170 E 0.073 0.027 0.072 0.113 0.364 0.351 171 D 0.061 0.026 0.038 0.107 0.307 0.461 172 N 0.026 0.015 0.028 0.129 0.298 0.504 173 C 0.008 0.003 0.019 0.465 0.133 0.371 174 R 0.001 0.001 0.006 0.956 0.020 0.017 175 E 0.002 0.001 0.004 0.976 0.012 0.007 176 V 0.003 0.001 0.003 0.983 0.007 0.004 177 A 0.002 0.001 0.004 0.985 0.006 0.003 178 A 0.002 0.001 0.004 0.982 0.009 0.003 179 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.003 180 V 0.001 0.001 0.005 0.980 0.010 0.004 181 R 0.001 0.001 0.013 0.967 0.012 0.006 182 D 0.003 0.001 0.019 0.934 0.027 0.017 183 A 0.008 0.001 0.011 0.780 0.067 0.133 184 G 0.008 0.001 0.001 0.005 0.065 0.921 185 G 0.123 0.003 0.001 0.003 0.074 0.796 186 W 0.726 0.006 0.002 0.003 0.042 0.222 187 V 0.907 0.012 0.002 0.002 0.020 0.056 188 A 0.912 0.005 0.004 0.002 0.026 0.051 189 L 0.792 0.012 0.004 0.003 0.066 0.123 190 G 0.347 0.008 0.007 0.007 0.294 0.337 191 S 0.151 0.043 0.015 0.007 0.529 0.256 192 D 0.043 0.029 0.042 0.023 0.707 0.156 193 S 0.014 0.014 0.141 0.043 0.695 0.093 194 H 0.017 0.017 0.087 0.037 0.657 0.185 195 T 0.012 0.013 0.057 0.043 0.617 0.257 196 A 0.003 0.003 0.415 0.134 0.367 0.078 197 F 0.001 0.003 0.525 0.100 0.335 0.035 198 T 0.002 0.003 0.485 0.176 0.295 0.039 199 M 0.005 0.002 0.125 0.480 0.305 0.082 200 G 0.005 0.003 0.051 0.500 0.257 0.184 201 E 0.015 0.016 0.049 0.643 0.142 0.135 202 F 0.006 0.001 0.020 0.933 0.020 0.021 203 E 0.004 0.001 0.009 0.968 0.010 0.009 204 E 0.002 0.001 0.005 0.986 0.003 0.004 205 C 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 206 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 207 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 208 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 209 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 210 D 0.001 0.001 0.015 0.976 0.006 0.002 211 A 0.001 0.001 0.019 0.940 0.025 0.015 212 V 0.002 0.001 0.017 0.764 0.072 0.145 213 D 0.002 0.001 0.001 0.010 0.071 0.916 214 F 0.006 0.008 0.001 0.002 0.100 0.883 215 P 0.006 0.002 0.002 0.006 0.117 0.867 216 P 0.009 0.002 0.332 0.413 0.176 0.069 217 E 0.036 0.001 0.434 0.348 0.141 0.039 218 R 0.035 0.002 0.449 0.391 0.098 0.026 219 I 0.081 0.010 0.136 0.584 0.083 0.107 220 L 0.098 0.012 0.123 0.546 0.117 0.103 221 N 0.085 0.003 0.060 0.543 0.142 0.167 222 V 0.096 0.005 0.033 0.407 0.163 0.296 223 S 0.046 0.024 0.013 0.250 0.165 0.501 224 P 0.027 0.002 0.014 0.530 0.115 0.312 225 R 0.010 0.001 0.013 0.807 0.078 0.091 226 R 0.008 0.002 0.011 0.870 0.048 0.061 227 L 0.007 0.001 0.012 0.915 0.029 0.036 228 L 0.005 0.001 0.012 0.925 0.027 0.030 229 N 0.005 0.001 0.016 0.927 0.034 0.017 230 F 0.004 0.002 0.018 0.947 0.020 0.010 231 L 0.003 0.001 0.026 0.926 0.033 0.011 232 E 0.002 0.001 0.040 0.919 0.029 0.009 233 S 0.002 0.001 0.022 0.914 0.041 0.020 234 R 0.003 0.001 0.018 0.778 0.089 0.111 235 G 0.003 0.001 0.002 0.034 0.121 0.839 236 M 0.020 0.007 0.011 0.047 0.223 0.693 237 A 0.072 0.009 0.011 0.053 0.244 0.611 238 P 0.108 0.020 0.038 0.088 0.279 0.467 239 I 0.124 0.010 0.203 0.169 0.219 0.275 240 A 0.068 0.006 0.361 0.185 0.205 0.175 241 E 0.062 0.005 0.350 0.248 0.177 0.158 242 F 0.056 0.010 0.159 0.200 0.223 0.351 243 A 0.038 0.025 0.058 0.156 0.193 0.530 244 D 0.015 0.005 0.027 0.101 0.144 0.708 245 L 0.001 0.001 0.005 0.019 0.045 0.930