# TARGET T0147 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0147.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 80 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 Y 0.158 0.029 0.003 0.014 0.007 0.012 0.776 3 P 0.326 0.046 0.005 0.015 0.133 0.019 0.456 4 V 0.414 0.008 0.004 0.011 0.042 0.014 0.507 5 D 0.558 0.005 0.004 0.008 0.087 0.016 0.320 6 L 0.804 0.008 0.006 0.006 0.049 0.014 0.113 7 H 0.869 0.006 0.007 0.005 0.016 0.012 0.086 8 M 0.870 0.004 0.010 0.009 0.024 0.016 0.067 9 H 0.788 0.008 0.009 0.008 0.042 0.015 0.130 10 T 0.570 0.015 0.012 0.010 0.066 0.019 0.308 11 V 0.478 0.075 0.016 0.012 0.087 0.032 0.301 12 A 0.253 0.057 0.019 0.016 0.111 0.058 0.486 13 S 0.086 0.027 0.018 0.009 0.213 0.090 0.556 14 T 0.012 0.005 0.083 0.033 0.274 0.515 0.077 15 H 0.013 0.007 0.108 0.021 0.286 0.462 0.102 16 A 0.055 0.028 0.119 0.026 0.206 0.143 0.424 17 Y 0.088 0.043 0.034 0.016 0.125 0.125 0.569 18 S 0.025 0.044 0.006 0.007 0.442 0.052 0.424 19 T 0.007 0.053 0.001 0.017 0.264 0.005 0.654 20 L 0.001 0.001 0.005 0.978 0.005 0.005 0.007 21 S 0.001 0.001 0.003 0.989 0.002 0.005 0.001 22 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 23 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.002 27 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 28 K 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.004 0.920 0.001 0.073 0.002 30 K 0.001 0.001 0.003 0.256 0.009 0.730 0.002 31 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.908 0.060 32 I 0.009 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.962 33 K 0.387 0.001 0.001 0.001 0.417 0.002 0.193 34 L 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 35 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 36 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 37 I 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 38 T 0.579 0.003 0.001 0.001 0.075 0.005 0.335 39 D 0.168 0.008 0.012 0.007 0.225 0.051 0.530 40 H 0.027 0.022 0.057 0.029 0.294 0.147 0.425 41 G 0.015 0.014 0.113 0.070 0.297 0.203 0.287 42 P 0.011 0.012 0.118 0.085 0.258 0.225 0.292 43 D 0.013 0.022 0.095 0.152 0.260 0.183 0.276 44 M 0.010 0.013 0.082 0.169 0.203 0.235 0.288 45 E 0.008 0.008 0.070 0.198 0.145 0.250 0.321 46 D 0.007 0.010 0.103 0.363 0.142 0.117 0.258 47 A 0.006 0.007 0.134 0.470 0.080 0.147 0.156 48 P 0.004 0.005 0.074 0.525 0.054 0.148 0.191 49 H 0.003 0.004 0.043 0.661 0.057 0.075 0.157 50 H 0.004 0.002 0.023 0.786 0.037 0.061 0.087 51 W 0.002 0.002 0.015 0.845 0.027 0.046 0.064 52 H 0.002 0.002 0.007 0.905 0.022 0.025 0.038 53 F 0.003 0.001 0.005 0.928 0.013 0.028 0.022 54 I 0.004 0.001 0.006 0.915 0.011 0.044 0.019 55 N 0.004 0.001 0.007 0.908 0.012 0.044 0.024 56 M 0.007 0.002 0.011 0.894 0.016 0.041 0.029 57 R 0.011 0.002 0.019 0.842 0.018 0.071 0.037 58 I 0.007 0.003 0.030 0.785 0.024 0.088 0.063 59 W 0.012 0.003 0.042 0.684 0.036 0.068 0.155 60 P 0.013 0.002 0.079 0.673 0.023 0.121 0.087 61 R 0.022 0.002 0.089 0.599 0.051 0.148 0.089 62 V 0.029 0.007 0.103 0.469 0.082 0.176 0.135 63 V 0.055 0.009 0.078 0.262 0.153 0.160 0.282 64 D 0.023 0.003 0.047 0.128 0.197 0.509 0.093 65 G 0.058 0.004 0.026 0.025 0.128 0.613 0.147 66 V 0.278 0.009 0.003 0.006 0.050 0.015 0.638 67 G 0.620 0.020 0.002 0.003 0.042 0.006 0.307 68 I 0.786 0.028 0.003 0.003 0.020 0.007 0.154 69 L 0.687 0.010 0.006 0.002 0.035 0.009 0.252 70 R 0.620 0.005 0.015 0.002 0.112 0.033 0.213 71 G 0.773 0.006 0.011 0.001 0.048 0.043 0.117 72 I 0.880 0.007 0.005 0.001 0.026 0.016 0.065 73 E 0.924 0.002 0.002 0.001 0.019 0.004 0.049 74 A 0.876 0.004 0.001 0.001 0.012 0.002 0.105 75 N 0.905 0.005 0.001 0.001 0.009 0.002 0.077 76 I 0.875 0.018 0.002 0.001 0.012 0.004 0.087 77 K 0.810 0.029 0.002 0.001 0.030 0.009 0.119 78 N 0.406 0.007 0.011 0.002 0.068 0.047 0.459 79 V 0.044 0.003 0.019 0.003 0.152 0.720 0.060 80 D 0.032 0.002 0.016 0.004 0.183 0.699 0.062 81 G 0.290 0.007 0.007 0.008 0.299 0.050 0.340 82 E 0.590 0.052 0.002 0.006 0.039 0.010 0.301 83 I 0.748 0.046 0.004 0.011 0.027 0.009 0.155 84 D 0.635 0.016 0.010 0.020 0.034 0.026 0.260 85 C 0.463 0.020 0.028 0.045 0.117 0.053 0.274 86 S 0.258 0.013 0.038 0.076 0.121 0.060 0.434 87 G 0.069 0.008 0.244 0.308 0.085 0.105 0.182 88 K 0.056 0.006 0.277 0.318 0.092 0.115 0.135 89 M 0.043 0.010 0.224 0.355 0.067 0.151 0.150 90 F 0.023 0.007 0.153 0.439 0.093 0.130 0.155 91 D 0.034 0.008 0.126 0.353 0.110 0.180 0.189 92 S 0.029 0.004 0.110 0.430 0.098 0.206 0.124 93 L 0.092 0.009 0.056 0.310 0.131 0.196 0.206 94 D 0.185 0.006 0.030 0.166 0.164 0.114 0.335 95 L 0.588 0.009 0.012 0.151 0.064 0.024 0.152 96 I 0.747 0.007 0.008 0.153 0.024 0.009 0.052 97 I 0.838 0.004 0.007 0.118 0.006 0.009 0.019 98 A 0.851 0.003 0.008 0.100 0.006 0.011 0.022 99 G 0.813 0.003 0.013 0.087 0.015 0.025 0.042 100 F 0.647 0.006 0.023 0.125 0.048 0.056 0.095 101 H 0.529 0.010 0.034 0.117 0.071 0.056 0.181 102 E 0.359 0.014 0.063 0.122 0.100 0.081 0.261 103 P 0.300 0.018 0.070 0.123 0.137 0.148 0.203 104 V 0.201 0.025 0.069 0.128 0.167 0.141 0.270 105 F 0.102 0.031 0.051 0.105 0.197 0.121 0.394 106 A 0.051 0.010 0.061 0.142 0.189 0.275 0.271 107 P 0.027 0.005 0.072 0.128 0.184 0.339 0.245 108 H 0.028 0.010 0.100 0.200 0.191 0.161 0.309 109 D 0.024 0.013 0.089 0.239 0.109 0.116 0.410 110 K 0.017 0.005 0.097 0.492 0.069 0.121 0.200 111 A 0.016 0.005 0.065 0.567 0.067 0.121 0.159 112 T 0.013 0.008 0.034 0.679 0.056 0.062 0.149 113 N 0.009 0.003 0.010 0.851 0.024 0.024 0.079 114 T 0.006 0.001 0.003 0.947 0.009 0.012 0.022 115 Q 0.005 0.001 0.002 0.975 0.003 0.007 0.008 116 A 0.003 0.001 0.001 0.981 0.003 0.005 0.005 117 M 0.004 0.001 0.001 0.987 0.002 0.004 0.002 118 I 0.004 0.001 0.001 0.987 0.001 0.004 0.002 119 A 0.003 0.001 0.002 0.985 0.001 0.007 0.002 120 T 0.003 0.001 0.005 0.973 0.002 0.013 0.004 121 I 0.005 0.001 0.010 0.947 0.004 0.029 0.004 122 A 0.005 0.001 0.013 0.829 0.011 0.131 0.010 123 S 0.010 0.002 0.019 0.494 0.123 0.211 0.140 124 G 0.008 0.004 0.020 0.140 0.204 0.457 0.167 125 N 0.018 0.003 0.025 0.023 0.214 0.533 0.184 126 V 0.177 0.021 0.016 0.017 0.161 0.046 0.562 127 H 0.424 0.025 0.009 0.010 0.067 0.026 0.439 128 I 0.751 0.019 0.017 0.015 0.038 0.030 0.131 129 I 0.704 0.020 0.017 0.016 0.042 0.033 0.169 130 S 0.523 0.027 0.018 0.025 0.118 0.045 0.245 131 H 0.300 0.015 0.011 0.029 0.151 0.038 0.457 132 P 0.097 0.015 0.044 0.070 0.123 0.351 0.299 133 G 0.072 0.013 0.061 0.083 0.171 0.410 0.189 134 N 0.105 0.016 0.113 0.196 0.196 0.143 0.232 135 P 0.113 0.022 0.148 0.340 0.078 0.122 0.177 136 K 0.140 0.035 0.174 0.336 0.060 0.116 0.139 137 Y 0.145 0.022 0.144 0.320 0.083 0.127 0.159 138 E 0.110 0.010 0.099 0.310 0.112 0.192 0.167 139 I 0.061 0.010 0.079 0.290 0.141 0.137 0.282 140 D 0.037 0.010 0.071 0.298 0.123 0.121 0.340 141 V 0.022 0.005 0.076 0.329 0.101 0.271 0.195 142 K 0.031 0.005 0.089 0.226 0.105 0.359 0.184 143 A 0.067 0.016 0.069 0.331 0.125 0.079 0.314 144 V 0.126 0.028 0.027 0.434 0.066 0.044 0.275 145 A 0.108 0.018 0.026 0.491 0.064 0.051 0.242 146 E 0.062 0.014 0.012 0.525 0.081 0.051 0.255 147 A 0.004 0.001 0.008 0.934 0.016 0.012 0.025 148 A 0.002 0.001 0.004 0.969 0.008 0.006 0.010 149 A 0.001 0.001 0.003 0.978 0.003 0.008 0.006 150 K 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.010 0.006 151 H 0.002 0.001 0.001 0.966 0.004 0.019 0.007 152 Q 0.006 0.001 0.002 0.946 0.008 0.028 0.010 153 V 0.006 0.001 0.003 0.944 0.008 0.021 0.018 154 A 0.011 0.003 0.008 0.929 0.009 0.014 0.026 155 L 0.012 0.002 0.014 0.914 0.010 0.034 0.014 156 E 0.008 0.001 0.016 0.841 0.014 0.104 0.016 157 I 0.003 0.001 0.012 0.470 0.060 0.428 0.026 158 N 0.006 0.001 0.009 0.089 0.124 0.685 0.085 159 N 0.048 0.013 0.019 0.082 0.173 0.110 0.554 160 S 0.183 0.031 0.050 0.095 0.117 0.118 0.406 161 S 0.270 0.024 0.099 0.118 0.124 0.121 0.243 162 F 0.263 0.051 0.108 0.122 0.099 0.079 0.278 163 L 0.244 0.053 0.076 0.126 0.133 0.092 0.276 164 H 0.132 0.017 0.058 0.107 0.165 0.185 0.335 165 S 0.034 0.013 0.036 0.093 0.293 0.225 0.306 166 R 0.017 0.010 0.029 0.036 0.238 0.160 0.510 167 K 0.014 0.007 0.128 0.080 0.182 0.374 0.214 168 G 0.014 0.010 0.215 0.088 0.133 0.337 0.203 169 S 0.021 0.017 0.223 0.080 0.213 0.174 0.272 170 E 0.042 0.027 0.098 0.137 0.198 0.123 0.377 171 D 0.029 0.028 0.057 0.146 0.153 0.111 0.476 172 N 0.018 0.018 0.022 0.188 0.182 0.073 0.499 173 C 0.010 0.004 0.009 0.546 0.060 0.030 0.342 174 R 0.001 0.001 0.005 0.980 0.003 0.007 0.004 175 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.004 0.002 176 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 177 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 178 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 179 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 180 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 181 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.007 0.001 182 D 0.001 0.001 0.002 0.949 0.002 0.046 0.001 183 A 0.001 0.001 0.002 0.295 0.010 0.692 0.002 184 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.957 0.031 185 G 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.986 186 W 0.507 0.009 0.001 0.001 0.062 0.002 0.419 187 V 0.920 0.007 0.001 0.001 0.007 0.002 0.064 188 A 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 189 L 0.962 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.025 190 G 0.717 0.005 0.002 0.002 0.062 0.007 0.205 191 S 0.139 0.010 0.011 0.007 0.214 0.033 0.586 192 D 0.047 0.009 0.054 0.022 0.271 0.262 0.335 193 S 0.030 0.024 0.102 0.038 0.197 0.361 0.247 194 H 0.021 0.030 0.101 0.055 0.292 0.226 0.276 195 T 0.016 0.020 0.063 0.052 0.287 0.088 0.474 196 A 0.013 0.015 0.201 0.134 0.169 0.214 0.254 197 F 0.007 0.007 0.245 0.132 0.128 0.371 0.110 198 T 0.007 0.011 0.220 0.209 0.132 0.226 0.196 199 M 0.004 0.007 0.122 0.493 0.092 0.140 0.141 200 G 0.005 0.006 0.072 0.547 0.062 0.217 0.091 201 E 0.003 0.004 0.033 0.705 0.053 0.091 0.111 202 F 0.001 0.001 0.006 0.942 0.011 0.013 0.026 203 E 0.001 0.001 0.002 0.985 0.003 0.006 0.004 204 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 205 C 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 206 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 207 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 208 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 209 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 210 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 211 A 0.001 0.001 0.002 0.930 0.002 0.065 0.001 212 V 0.001 0.001 0.003 0.450 0.020 0.519 0.008 213 D 0.001 0.002 0.002 0.026 0.042 0.793 0.133 214 F 0.001 0.003 0.001 0.002 0.055 0.006 0.932 215 P 0.011 0.012 0.004 0.004 0.044 0.007 0.917 216 P 0.012 0.004 0.361 0.276 0.111 0.123 0.113 217 E 0.032 0.005 0.350 0.347 0.075 0.089 0.102 218 R 0.097 0.008 0.297 0.393 0.065 0.042 0.097 219 I 0.249 0.019 0.073 0.469 0.030 0.043 0.117 220 L 0.280 0.014 0.049 0.415 0.046 0.080 0.116 221 N 0.264 0.011 0.039 0.346 0.072 0.126 0.142 222 V 0.109 0.015 0.026 0.255 0.159 0.090 0.345 223 S 0.044 0.012 0.024 0.161 0.162 0.071 0.526 224 P 0.021 0.003 0.039 0.381 0.099 0.093 0.363 225 R 0.009 0.004 0.054 0.710 0.049 0.077 0.098 226 R 0.007 0.003 0.035 0.798 0.038 0.045 0.074 227 L 0.004 0.002 0.019 0.872 0.015 0.034 0.054 228 L 0.004 0.001 0.008 0.937 0.014 0.016 0.020 229 N 0.007 0.001 0.007 0.950 0.008 0.012 0.016 230 F 0.002 0.001 0.006 0.965 0.006 0.009 0.011 231 L 0.002 0.001 0.006 0.965 0.006 0.013 0.008 232 E 0.001 0.001 0.009 0.942 0.005 0.035 0.006 233 S 0.001 0.001 0.006 0.833 0.009 0.143 0.008 234 R 0.001 0.001 0.006 0.443 0.038 0.478 0.034 235 G 0.001 0.004 0.009 0.123 0.183 0.367 0.313 236 M 0.004 0.012 0.013 0.064 0.242 0.049 0.616 237 A 0.013 0.019 0.040 0.147 0.180 0.068 0.533 238 P 0.016 0.015 0.079 0.268 0.072 0.076 0.474 239 I 0.016 0.005 0.133 0.438 0.068 0.045 0.295 240 A 0.030 0.007 0.165 0.515 0.062 0.080 0.141 241 E 0.023 0.004 0.152 0.500 0.071 0.124 0.126 242 F 0.018 0.016 0.088 0.436 0.136 0.161 0.144 243 A 0.024 0.009 0.028 0.226 0.138 0.254 0.320 244 D 0.009 0.012 0.014 0.075 0.003 0.286 0.601 245 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999