# TARGET T0146 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0146.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.015 0.003 0.002 0.006 0.071 0.904 2 F 0.062 0.057 0.008 0.020 0.108 0.746 3 T 0.111 0.064 0.017 0.028 0.282 0.498 4 P 0.068 0.019 0.046 0.041 0.374 0.452 5 F 0.027 0.014 0.034 0.039 0.483 0.403 6 P 0.028 0.012 0.031 0.032 0.482 0.416 7 P 0.044 0.028 0.039 0.086 0.366 0.437 8 R 0.058 0.023 0.049 0.109 0.355 0.406 9 Q 0.088 0.028 0.065 0.142 0.344 0.334 10 P 0.096 0.019 0.074 0.216 0.273 0.321 11 T 0.113 0.025 0.079 0.217 0.250 0.315 12 A 0.095 0.017 0.127 0.260 0.272 0.228 13 S 0.092 0.015 0.168 0.225 0.307 0.193 14 A 0.077 0.013 0.148 0.208 0.350 0.205 15 R 0.090 0.012 0.093 0.133 0.451 0.220 16 L 0.101 0.010 0.047 0.062 0.482 0.299 17 P 0.110 0.006 0.032 0.018 0.424 0.409 18 L 0.419 0.009 0.025 0.013 0.235 0.299 19 T 0.862 0.008 0.007 0.003 0.042 0.077 20 L 0.954 0.004 0.003 0.001 0.012 0.024 21 M 0.957 0.007 0.001 0.001 0.009 0.025 22 T 0.835 0.010 0.005 0.002 0.069 0.079 23 L 0.096 0.002 0.207 0.018 0.611 0.066 24 D 0.021 0.002 0.219 0.014 0.705 0.038 25 D 0.032 0.004 0.280 0.013 0.646 0.026 26 W 0.198 0.004 0.028 0.008 0.524 0.238 27 A 0.739 0.010 0.004 0.002 0.089 0.157 28 L 0.970 0.002 0.001 0.001 0.007 0.020 29 A 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 30 T 0.978 0.003 0.001 0.001 0.004 0.014 31 I 0.913 0.005 0.002 0.001 0.019 0.060 32 T 0.447 0.005 0.003 0.002 0.093 0.450 33 G 0.053 0.006 0.020 0.009 0.363 0.549 34 A 0.011 0.006 0.306 0.112 0.408 0.157 35 D 0.007 0.010 0.237 0.199 0.390 0.156 36 S 0.003 0.003 0.165 0.656 0.145 0.028 37 E 0.001 0.001 0.035 0.870 0.068 0.025 38 K 0.001 0.001 0.038 0.889 0.054 0.017 39 Y 0.002 0.002 0.040 0.898 0.049 0.009 40 M 0.003 0.001 0.018 0.937 0.030 0.011 41 Q 0.005 0.001 0.016 0.933 0.033 0.012 42 G 0.002 0.001 0.013 0.929 0.033 0.023 43 Q 0.005 0.002 0.019 0.855 0.066 0.053 44 V 0.006 0.004 0.021 0.834 0.072 0.063 45 T 0.013 0.006 0.024 0.684 0.125 0.148 46 A 0.022 0.007 0.030 0.493 0.180 0.268 47 D 0.034 0.009 0.046 0.373 0.200 0.338 48 V 0.012 0.004 0.390 0.338 0.185 0.071 49 S 0.008 0.003 0.484 0.257 0.179 0.068 50 Q 0.012 0.004 0.425 0.229 0.225 0.105 51 M 0.026 0.015 0.060 0.173 0.368 0.359 52 A 0.019 0.011 0.033 0.098 0.538 0.302 53 E 0.022 0.007 0.076 0.236 0.521 0.137 54 D 0.044 0.004 0.066 0.188 0.563 0.135 55 Q 0.207 0.011 0.043 0.103 0.481 0.155 56 H 0.620 0.017 0.010 0.039 0.092 0.221 57 L 0.789 0.018 0.012 0.044 0.055 0.083 58 L 0.795 0.003 0.033 0.058 0.049 0.061 59 A 0.794 0.011 0.040 0.049 0.045 0.061 60 A 0.840 0.005 0.025 0.030 0.048 0.052 61 H 0.841 0.008 0.013 0.024 0.052 0.063 62 C 0.687 0.116 0.005 0.015 0.057 0.121 63 D 0.148 0.029 0.002 0.007 0.779 0.035 64 A 0.012 0.002 0.009 0.008 0.955 0.014 65 K 0.014 0.001 0.003 0.002 0.968 0.011 66 G 0.097 0.010 0.005 0.004 0.863 0.021 67 K 0.653 0.030 0.001 0.004 0.075 0.237 68 M 0.876 0.064 0.001 0.002 0.019 0.038 69 W 0.921 0.005 0.003 0.003 0.031 0.037 70 S 0.864 0.004 0.008 0.003 0.056 0.064 71 N 0.804 0.004 0.017 0.007 0.095 0.073 72 L 0.883 0.002 0.015 0.009 0.053 0.038 73 R 0.962 0.003 0.004 0.004 0.015 0.012 74 L 0.976 0.001 0.002 0.004 0.010 0.007 75 F 0.974 0.001 0.001 0.003 0.012 0.009 76 R 0.953 0.004 0.001 0.003 0.026 0.013 77 D 0.785 0.008 0.003 0.006 0.155 0.043 78 G 0.120 0.002 0.006 0.009 0.805 0.058 79 D 0.053 0.001 0.012 0.013 0.856 0.065 80 G 0.478 0.012 0.005 0.011 0.376 0.118 81 F 0.920 0.005 0.001 0.004 0.027 0.044 82 A 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 83 W 0.987 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 84 I 0.964 0.003 0.001 0.001 0.010 0.022 85 E 0.647 0.011 0.002 0.002 0.070 0.267 86 R 0.077 0.006 0.007 0.007 0.343 0.559 87 R 0.004 0.001 0.351 0.100 0.474 0.070 88 S 0.002 0.001 0.405 0.128 0.425 0.040 89 V 0.002 0.002 0.357 0.165 0.433 0.042 90 R 0.003 0.002 0.051 0.372 0.289 0.282 91 E 0.004 0.002 0.023 0.716 0.147 0.107 92 P 0.005 0.004 0.029 0.796 0.102 0.063 93 Q 0.007 0.003 0.016 0.857 0.055 0.062 94 L 0.002 0.001 0.011 0.956 0.017 0.013 95 T 0.001 0.001 0.012 0.963 0.015 0.009 96 E 0.001 0.001 0.017 0.962 0.012 0.008 97 L 0.001 0.001 0.016 0.952 0.017 0.012 98 K 0.001 0.001 0.019 0.945 0.021 0.013 99 K 0.006 0.001 0.017 0.803 0.085 0.089 100 Y 0.035 0.002 0.024 0.438 0.210 0.291 101 A 0.162 0.022 0.035 0.274 0.209 0.298 102 V 0.302 0.035 0.035 0.190 0.192 0.246 103 F 0.255 0.008 0.040 0.155 0.209 0.334 104 S 0.352 0.005 0.021 0.092 0.160 0.370 105 K 0.677 0.007 0.008 0.053 0.061 0.194 106 V 0.786 0.009 0.002 0.028 0.027 0.147 107 T 0.856 0.004 0.002 0.018 0.022 0.099 108 I 0.844 0.005 0.003 0.010 0.022 0.116 109 A 0.725 0.005 0.004 0.014 0.044 0.208 110 P 0.417 0.008 0.007 0.017 0.119 0.432 111 D 0.118 0.010 0.008 0.023 0.223 0.618 112 D 0.058 0.011 0.014 0.059 0.339 0.519 113 E 0.019 0.002 0.073 0.616 0.212 0.078 114 R 0.044 0.002 0.056 0.728 0.132 0.038 115 V 0.091 0.005 0.048 0.739 0.090 0.027 116 L 0.155 0.003 0.033 0.716 0.057 0.036 117 L 0.253 0.005 0.036 0.641 0.044 0.022 118 G 0.178 0.003 0.038 0.701 0.048 0.033 119 V 0.159 0.004 0.021 0.711 0.051 0.053 120 A 0.112 0.008 0.018 0.679 0.071 0.112 121 G 0.068 0.006 0.009 0.373 0.153 0.390 122 F 0.024 0.004 0.012 0.270 0.196 0.494 123 Q 0.025 0.006 0.028 0.427 0.201 0.312 124 A 0.009 0.002 0.043 0.805 0.088 0.054 125 R 0.009 0.002 0.039 0.849 0.064 0.037 126 A 0.011 0.001 0.034 0.877 0.054 0.023 127 A 0.014 0.002 0.025 0.876 0.051 0.032 128 L 0.015 0.003 0.020 0.858 0.054 0.050 129 A 0.018 0.002 0.035 0.831 0.068 0.046 130 N 0.017 0.001 0.035 0.817 0.075 0.054 131 L 0.013 0.002 0.039 0.810 0.069 0.067 132 F 0.028 0.006 0.045 0.554 0.164 0.203 133 S 0.039 0.007 0.057 0.446 0.217 0.234 134 E 0.040 0.008 0.032 0.236 0.263 0.421 135 L 0.032 0.011 0.026 0.133 0.321 0.477 136 P 0.032 0.009 0.030 0.099 0.332 0.499 137 S 0.027 0.008 0.136 0.156 0.458 0.214 138 K 0.027 0.006 0.188 0.213 0.401 0.164 139 E 0.064 0.011 0.198 0.228 0.353 0.146 140 K 0.143 0.018 0.104 0.244 0.282 0.209 141 Q 0.199 0.026 0.082 0.288 0.207 0.199 142 V 0.271 0.025 0.079 0.218 0.242 0.164 143 V 0.202 0.012 0.077 0.199 0.320 0.190 144 K 0.172 0.009 0.037 0.084 0.435 0.263 145 E 0.199 0.010 0.033 0.046 0.462 0.250 146 G 0.269 0.007 0.015 0.021 0.335 0.352 147 A 0.690 0.009 0.008 0.013 0.114 0.166 148 T 0.872 0.009 0.003 0.008 0.036 0.072 149 T 0.897 0.006 0.003 0.009 0.025 0.060 150 L 0.862 0.007 0.003 0.008 0.039 0.080 151 L 0.703 0.011 0.005 0.010 0.087 0.184 152 W 0.458 0.009 0.008 0.011 0.227 0.287 153 F 0.253 0.015 0.018 0.015 0.379 0.319 154 E 0.206 0.029 0.030 0.019 0.399 0.317 155 H 0.213 0.068 0.039 0.021 0.393 0.267 156 P 0.106 0.024 0.046 0.030 0.522 0.272 157 A 0.043 0.009 0.106 0.039 0.700 0.103 158 E 0.047 0.009 0.106 0.034 0.710 0.094 159 R 0.108 0.006 0.035 0.013 0.640 0.197 160 F 0.525 0.013 0.009 0.006 0.196 0.251 161 L 0.811 0.017 0.003 0.003 0.036 0.129 162 I 0.917 0.008 0.002 0.002 0.019 0.052 163 V 0.900 0.010 0.003 0.002 0.026 0.059 164 T 0.608 0.026 0.002 0.002 0.078 0.283 165 D 0.196 0.008 0.004 0.010 0.271 0.512 166 E 0.011 0.001 0.238 0.196 0.437 0.116 167 A 0.004 0.002 0.312 0.255 0.355 0.072 168 T 0.003 0.002 0.320 0.375 0.233 0.068 169 A 0.003 0.002 0.038 0.760 0.080 0.118 170 N 0.003 0.001 0.012 0.891 0.048 0.046 171 M 0.004 0.001 0.021 0.910 0.040 0.023 172 L 0.006 0.001 0.015 0.918 0.040 0.020 173 T 0.004 0.001 0.024 0.901 0.050 0.020 174 D 0.004 0.001 0.020 0.908 0.046 0.022 175 K 0.004 0.001 0.021 0.876 0.054 0.045 176 L 0.005 0.005 0.022 0.842 0.057 0.070 177 R 0.003 0.002 0.062 0.723 0.108 0.101 178 G 0.003 0.002 0.056 0.573 0.165 0.202 179 E 0.002 0.002 0.067 0.380 0.251 0.297 180 A 0.003 0.006 0.052 0.142 0.350 0.447 181 E 0.004 0.004 0.078 0.100 0.518 0.296 182 L 0.003 0.006 0.086 0.094 0.497 0.315 183 N 0.003 0.008 0.039 0.069 0.481 0.399 184 N 0.002 0.003 0.013 0.069 0.201 0.713 185 S 0.001 0.001 0.020 0.767 0.101 0.109 186 Q 0.001 0.001 0.023 0.847 0.093 0.035 187 Q 0.002 0.001 0.038 0.884 0.063 0.012 188 W 0.004 0.001 0.042 0.901 0.041 0.012 189 L 0.003 0.001 0.030 0.896 0.051 0.020 190 A 0.001 0.001 0.007 0.946 0.026 0.019 191 L 0.005 0.002 0.004 0.899 0.043 0.047 192 N 0.006 0.004 0.018 0.857 0.064 0.050 193 I 0.014 0.003 0.045 0.815 0.081 0.043 194 E 0.010 0.001 0.051 0.830 0.070 0.037 195 A 0.008 0.001 0.028 0.795 0.075 0.092 196 G 0.016 0.003 0.005 0.073 0.135 0.768 197 F 0.045 0.009 0.007 0.022 0.149 0.767 198 P 0.105 0.023 0.019 0.039 0.238 0.577 199 V 0.134 0.038 0.049 0.066 0.329 0.384 200 I 0.079 0.017 0.045 0.088 0.287 0.484 201 D 0.077 0.010 0.082 0.095 0.334 0.402 202 A 0.104 0.019 0.171 0.163 0.319 0.224 203 A 0.099 0.023 0.140 0.131 0.376 0.230 204 N 0.057 0.012 0.150 0.142 0.506 0.133 205 S 0.031 0.008 0.117 0.099 0.597 0.148 206 G 0.027 0.005 0.133 0.124 0.569 0.141 207 Q 0.082 0.013 0.058 0.155 0.476 0.217 208 F 0.158 0.024 0.015 0.179 0.223 0.401 209 I 0.212 0.047 0.009 0.185 0.163 0.385 210 P 0.075 0.013 0.041 0.692 0.110 0.069 211 Q 0.034 0.001 0.171 0.672 0.092 0.030 212 A 0.087 0.004 0.181 0.612 0.092 0.024 213 T 0.060 0.007 0.159 0.649 0.086 0.040 214 N 0.150 0.008 0.025 0.225 0.182 0.410 215 L 0.329 0.005 0.069 0.080 0.228 0.289 216 Q 0.421 0.014 0.068 0.062 0.226 0.208 217 A 0.549 0.027 0.049 0.054 0.211 0.111 218 L 0.424 0.015 0.046 0.048 0.299 0.170 219 G 0.411 0.003 0.024 0.022 0.294 0.246 220 G 0.740 0.007 0.008 0.010 0.113 0.122 221 I 0.816 0.018 0.003 0.007 0.050 0.106 222 S 0.846 0.017 0.002 0.004 0.044 0.086 223 F 0.624 0.012 0.017 0.015 0.178 0.154 224 K 0.253 0.014 0.049 0.026 0.427 0.231 225 K 0.144 0.012 0.037 0.030 0.606 0.171 226 G 0.075 0.005 0.018 0.026 0.651 0.225 227 C 0.113 0.026 0.004 0.019 0.396 0.443 228 Y 0.202 0.122 0.003 0.027 0.318 0.329 229 T 0.337 0.030 0.003 0.061 0.240 0.329 230 G 0.242 0.014 0.008 0.132 0.277 0.326 231 Q 0.178 0.017 0.013 0.610 0.103 0.079 232 E 0.196 0.004 0.005 0.714 0.030 0.051 233 M 0.110 0.002 0.004 0.859 0.011 0.015 234 V 0.094 0.001 0.004 0.882 0.010 0.009 235 A 0.097 0.002 0.005 0.865 0.020 0.012 236 R 0.081 0.002 0.006 0.848 0.041 0.021 237 A 0.047 0.001 0.006 0.848 0.058 0.040 238 K 0.037 0.005 0.009 0.799 0.081 0.069 239 F 0.034 0.006 0.016 0.673 0.155 0.117 240 R 0.032 0.006 0.016 0.423 0.289 0.235 241 G 0.024 0.005 0.006 0.047 0.328 0.589 242 A 0.041 0.014 0.005 0.025 0.290 0.624 243 N 0.067 0.008 0.006 0.019 0.220 0.680 244 K 0.220 0.018 0.058 0.045 0.226 0.431 245 R 0.452 0.006 0.118 0.040 0.150 0.234 246 A 0.803 0.007 0.065 0.019 0.047 0.060 247 L 0.890 0.006 0.015 0.012 0.024 0.053 248 W 0.932 0.003 0.004 0.011 0.014 0.037 249 L 0.945 0.003 0.004 0.011 0.011 0.026 250 L 0.939 0.003 0.003 0.009 0.014 0.032 251 A 0.883 0.009 0.004 0.012 0.038 0.054 252 G 0.584 0.011 0.011 0.019 0.134 0.241 253 S 0.213 0.023 0.030 0.021 0.426 0.286 254 A 0.091 0.006 0.058 0.022 0.552 0.272 255 S 0.071 0.016 0.049 0.017 0.511 0.335 256 R 0.071 0.081 0.021 0.014 0.382 0.432 257 L 0.037 0.019 0.007 0.008 0.186 0.743 258 P 0.039 0.042 0.018 0.016 0.218 0.668 259 E 0.036 0.029 0.030 0.016 0.717 0.172 260 A 0.059 0.018 0.033 0.022 0.728 0.139 261 G 0.060 0.006 0.021 0.016 0.753 0.144 262 E 0.290 0.036 0.011 0.017 0.455 0.191 263 D 0.594 0.052 0.005 0.022 0.101 0.226 264 L 0.715 0.022 0.005 0.026 0.072 0.158 265 E 0.795 0.014 0.008 0.026 0.058 0.098 266 L 0.744 0.012 0.014 0.038 0.066 0.126 267 K 0.615 0.011 0.032 0.057 0.140 0.145 268 M 0.559 0.018 0.035 0.044 0.183 0.161 269 G 0.292 0.013 0.058 0.046 0.489 0.103 270 E 0.039 0.004 0.172 0.074 0.678 0.033 271 N 0.014 0.002 0.176 0.050 0.715 0.042 272 W 0.050 0.007 0.056 0.011 0.771 0.105 273 R 0.292 0.011 0.011 0.003 0.322 0.360 274 R 0.690 0.020 0.002 0.001 0.064 0.223 275 T 0.920 0.006 0.001 0.001 0.020 0.053 276 G 0.924 0.002 0.001 0.001 0.021 0.052 277 T 0.962 0.003 0.001 0.002 0.008 0.024 278 V 0.957 0.002 0.001 0.004 0.010 0.026 279 L 0.929 0.003 0.002 0.006 0.022 0.038 280 A 0.801 0.007 0.013 0.021 0.086 0.073 281 A 0.580 0.015 0.029 0.034 0.220 0.122 282 V 0.401 0.019 0.033 0.053 0.316 0.179 283 K 0.192 0.023 0.020 0.045 0.379 0.340 284 L 0.081 0.023 0.016 0.058 0.652 0.169 285 E 0.021 0.004 0.055 0.187 0.622 0.109 286 D 0.031 0.008 0.072 0.217 0.582 0.090 287 G 0.063 0.016 0.086 0.314 0.437 0.084 288 Q 0.163 0.015 0.045 0.366 0.172 0.239 289 V 0.412 0.015 0.046 0.353 0.072 0.101 290 V 0.538 0.009 0.037 0.327 0.040 0.050 291 V 0.616 0.005 0.029 0.297 0.022 0.032 292 Q 0.542 0.003 0.036 0.365 0.024 0.030 293 V 0.553 0.003 0.024 0.349 0.030 0.042 294 V 0.594 0.008 0.015 0.275 0.045 0.064 295 M 0.491 0.009 0.014 0.275 0.086 0.124 296 N 0.240 0.008 0.025 0.286 0.233 0.208 297 N 0.101 0.009 0.052 0.258 0.367 0.214 298 D 0.090 0.017 0.061 0.143 0.506 0.183 299 M 0.063 0.016 0.071 0.133 0.531 0.186 300 E 0.058 0.010 0.085 0.113 0.568 0.167 301 P 0.063 0.010 0.123 0.135 0.520 0.148 302 D 0.102 0.004 0.037 0.042 0.509 0.305 303 S 0.447 0.012 0.022 0.024 0.247 0.249 304 I 0.844 0.012 0.006 0.009 0.048 0.080 305 F 0.924 0.004 0.004 0.008 0.022 0.037 306 R 0.901 0.004 0.006 0.009 0.039 0.041 307 V 0.826 0.008 0.007 0.012 0.074 0.073 308 R 0.511 0.004 0.018 0.017 0.310 0.141 309 D 0.285 0.008 0.027 0.021 0.451 0.208 310 D 0.354 0.045 0.020 0.013 0.373 0.195 311 A 0.297 0.025 0.019 0.009 0.420 0.231 312 N 0.256 0.003 0.014 0.007 0.314 0.405 313 T 0.724 0.013 0.008 0.006 0.110 0.139 314 L 0.873 0.017 0.003 0.004 0.031 0.073 315 H 0.884 0.007 0.002 0.004 0.024 0.079 316 I 0.794 0.006 0.014 0.006 0.053 0.126 317 E 0.401 0.008 0.022 0.008 0.150 0.412 318 P 0.222 0.010 0.027 0.007 0.232 0.502 319 L 0.102 0.012 0.011 0.005 0.272 0.598 320 P 0.103 0.024 0.016 0.006 0.259 0.591 321 Y 0.279 0.023 0.022 0.017 0.208 0.451 322 S 0.270 0.018 0.034 0.024 0.259 0.395 323 L 0.122 0.017 0.033 0.055 0.227 0.547 324 E 0.044 0.008 0.016 0.039 0.151 0.742 325 E 0.002 0.003 0.003 0.009 0.053 0.929