# TARGET T0144 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0144.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 396 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.006 0.002 0.006 0.136 0.839 2 S 0.049 0.146 0.004 0.018 0.110 0.673 3 N 0.051 0.022 0.003 0.011 0.332 0.581 4 P 0.099 0.004 0.024 0.037 0.483 0.353 5 K 0.534 0.029 0.020 0.020 0.296 0.102 6 V 0.882 0.010 0.003 0.004 0.061 0.039 7 F 0.900 0.004 0.002 0.004 0.029 0.060 8 F 0.864 0.012 0.002 0.004 0.032 0.086 9 D 0.811 0.007 0.006 0.010 0.070 0.095 10 M 0.664 0.004 0.009 0.014 0.139 0.170 11 A 0.660 0.019 0.012 0.014 0.181 0.114 12 I 0.474 0.024 0.021 0.023 0.336 0.122 13 A 0.205 0.005 0.011 0.015 0.582 0.180 14 G 0.194 0.010 0.012 0.007 0.573 0.203 15 N 0.364 0.023 0.006 0.004 0.404 0.200 16 P 0.435 0.046 0.006 0.004 0.276 0.232 17 A 0.404 0.008 0.007 0.003 0.291 0.287 18 G 0.635 0.007 0.004 0.002 0.192 0.160 19 R 0.887 0.006 0.001 0.001 0.041 0.065 20 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 21 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 22 M 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 23 E 0.972 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 24 L 0.864 0.006 0.003 0.001 0.039 0.086 25 Y 0.599 0.017 0.014 0.004 0.238 0.127 26 A 0.134 0.005 0.094 0.014 0.643 0.110 27 D 0.043 0.007 0.151 0.035 0.661 0.103 28 T 0.068 0.050 0.114 0.085 0.551 0.131 29 T 0.071 0.016 0.023 0.102 0.349 0.439 30 P 0.040 0.007 0.023 0.496 0.191 0.243 31 R 0.032 0.007 0.023 0.724 0.131 0.084 32 T 0.013 0.003 0.011 0.907 0.033 0.034 33 A 0.004 0.001 0.009 0.970 0.011 0.006 34 E 0.002 0.001 0.008 0.977 0.009 0.004 35 N 0.003 0.001 0.006 0.965 0.013 0.012 36 F 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.006 37 R 0.002 0.001 0.004 0.986 0.004 0.004 38 A 0.003 0.001 0.008 0.975 0.009 0.005 39 L 0.005 0.001 0.011 0.954 0.022 0.008 40 C 0.017 0.004 0.017 0.810 0.116 0.036 41 T 0.016 0.005 0.022 0.570 0.251 0.137 42 G 0.011 0.002 0.022 0.169 0.435 0.360 43 E 0.037 0.023 0.054 0.094 0.390 0.403 44 K 0.098 0.048 0.048 0.074 0.284 0.448 45 G 0.113 0.014 0.069 0.057 0.375 0.373 46 V 0.210 0.106 0.040 0.038 0.301 0.304 47 G 0.086 0.049 0.033 0.033 0.697 0.101 48 R 0.025 0.004 0.048 0.029 0.835 0.059 49 S 0.013 0.002 0.033 0.009 0.893 0.049 50 G 0.068 0.013 0.017 0.004 0.814 0.085 51 K 0.282 0.050 0.007 0.003 0.233 0.424 52 P 0.436 0.053 0.009 0.003 0.148 0.350 53 L 0.473 0.036 0.015 0.005 0.183 0.288 54 H 0.353 0.034 0.019 0.009 0.254 0.331 55 Y 0.344 0.043 0.032 0.015 0.328 0.238 56 K 0.321 0.014 0.020 0.013 0.390 0.241 57 G 0.278 0.009 0.021 0.015 0.510 0.167 58 S 0.326 0.012 0.019 0.020 0.406 0.216 59 T 0.648 0.022 0.022 0.027 0.169 0.112 60 F 0.771 0.026 0.024 0.019 0.081 0.079 61 H 0.844 0.008 0.020 0.013 0.055 0.060 62 R 0.864 0.011 0.014 0.011 0.045 0.054 63 V 0.744 0.025 0.011 0.014 0.080 0.126 64 I 0.420 0.024 0.010 0.011 0.448 0.087 65 P 0.066 0.002 0.018 0.010 0.816 0.087 66 N 0.061 0.003 0.029 0.010 0.845 0.051 67 F 0.474 0.044 0.017 0.009 0.407 0.048 68 M 0.707 0.051 0.005 0.012 0.087 0.138 69 C 0.678 0.052 0.008 0.011 0.104 0.147 70 Q 0.499 0.031 0.014 0.013 0.191 0.253 71 G 0.241 0.024 0.010 0.013 0.217 0.494 72 G 0.173 0.057 0.008 0.009 0.257 0.495 73 D 0.090 0.053 0.010 0.009 0.507 0.331 74 F 0.057 0.030 0.035 0.019 0.573 0.287 75 T 0.027 0.025 0.049 0.015 0.665 0.219 76 A 0.037 0.042 0.055 0.014 0.706 0.147 77 G 0.041 0.038 0.049 0.015 0.558 0.299 78 N 0.026 0.046 0.061 0.015 0.569 0.283 79 G 0.027 0.018 0.057 0.011 0.602 0.285 80 T 0.060 0.056 0.054 0.012 0.477 0.341 81 G 0.069 0.039 0.035 0.010 0.457 0.389 82 A 0.088 0.025 0.042 0.020 0.430 0.394 83 E 0.216 0.072 0.048 0.035 0.308 0.321 84 S 0.268 0.070 0.064 0.050 0.334 0.214 85 I 0.262 0.041 0.050 0.039 0.530 0.077 86 Y 0.159 0.012 0.031 0.025 0.634 0.139 87 G 0.073 0.006 0.018 0.015 0.708 0.179 88 A 0.137 0.036 0.025 0.014 0.524 0.263 89 K 0.155 0.077 0.022 0.016 0.231 0.498 90 F 0.133 0.053 0.039 0.015 0.267 0.493 91 A 0.076 0.029 0.038 0.023 0.299 0.536 92 D 0.079 0.066 0.058 0.040 0.442 0.314 93 E 0.072 0.020 0.106 0.091 0.520 0.191 94 N 0.055 0.015 0.104 0.105 0.555 0.167 95 F 0.067 0.026 0.104 0.125 0.543 0.134 96 I 0.065 0.032 0.082 0.166 0.415 0.240 97 K 0.056 0.035 0.088 0.114 0.490 0.215 98 R 0.080 0.021 0.065 0.059 0.571 0.204 99 H 0.093 0.041 0.045 0.037 0.538 0.245 100 T 0.089 0.046 0.014 0.018 0.480 0.353 101 G 0.076 0.015 0.009 0.014 0.594 0.292 102 P 0.148 0.006 0.016 0.023 0.543 0.263 103 G 0.387 0.029 0.019 0.022 0.389 0.154 104 I 0.755 0.042 0.010 0.012 0.109 0.072 105 L 0.816 0.014 0.010 0.011 0.046 0.103 106 S 0.789 0.012 0.023 0.015 0.061 0.100 107 M 0.751 0.016 0.039 0.025 0.091 0.079 108 A 0.633 0.019 0.045 0.028 0.131 0.143 109 N 0.467 0.018 0.026 0.025 0.218 0.245 110 A 0.271 0.069 0.019 0.017 0.208 0.416 111 G 0.094 0.042 0.007 0.006 0.416 0.435 112 A 0.057 0.033 0.027 0.008 0.576 0.299 113 G 0.020 0.027 0.030 0.005 0.766 0.152 114 T 0.014 0.021 0.037 0.005 0.892 0.032 115 N 0.032 0.020 0.027 0.005 0.790 0.126 116 G 0.073 0.012 0.014 0.003 0.763 0.135 117 S 0.346 0.031 0.007 0.002 0.386 0.228 118 Q 0.723 0.026 0.003 0.001 0.090 0.156 119 F 0.914 0.004 0.002 0.001 0.030 0.048 120 F 0.958 0.003 0.001 0.001 0.013 0.024 121 I 0.946 0.003 0.001 0.001 0.018 0.030 122 C 0.919 0.004 0.001 0.002 0.025 0.049 123 T 0.813 0.006 0.002 0.002 0.061 0.116 124 E 0.510 0.014 0.004 0.005 0.206 0.261 125 K 0.253 0.018 0.012 0.006 0.271 0.440 126 T 0.147 0.026 0.036 0.010 0.420 0.361 127 E 0.125 0.018 0.119 0.017 0.435 0.286 128 W 0.166 0.025 0.197 0.020 0.440 0.152 129 L 0.112 0.019 0.133 0.024 0.547 0.166 130 D 0.075 0.013 0.038 0.011 0.700 0.162 131 G 0.043 0.016 0.033 0.012 0.742 0.154 132 K 0.086 0.003 0.014 0.008 0.581 0.308 133 H 0.706 0.013 0.005 0.005 0.154 0.117 134 V 0.929 0.008 0.001 0.002 0.022 0.039 135 V 0.963 0.005 0.001 0.001 0.011 0.019 136 F 0.898 0.002 0.003 0.002 0.039 0.056 137 G 0.825 0.003 0.005 0.003 0.078 0.087 138 K 0.760 0.019 0.004 0.005 0.101 0.111 139 V 0.570 0.026 0.005 0.012 0.174 0.214 140 I 0.293 0.031 0.010 0.019 0.537 0.111 141 E 0.112 0.013 0.012 0.026 0.719 0.118 142 G 0.046 0.007 0.016 0.073 0.750 0.108 143 M 0.062 0.013 0.026 0.414 0.397 0.088 144 N 0.130 0.038 0.014 0.580 0.088 0.151 145 V 0.011 0.002 0.005 0.968 0.007 0.007 146 V 0.005 0.001 0.002 0.989 0.002 0.001 147 R 0.007 0.001 0.002 0.987 0.003 0.001 148 D 0.008 0.001 0.002 0.984 0.004 0.001 149 I 0.006 0.001 0.002 0.983 0.005 0.004 150 E 0.005 0.001 0.003 0.975 0.008 0.008 151 K 0.012 0.001 0.004 0.861 0.045 0.077 152 V 0.027 0.010 0.012 0.537 0.110 0.305 153 G 0.030 0.013 0.008 0.053 0.213 0.683 154 S 0.046 0.036 0.030 0.043 0.537 0.309 155 G 0.029 0.018 0.026 0.020 0.779 0.128 156 S 0.010 0.003 0.019 0.009 0.868 0.091 157 G 0.023 0.007 0.012 0.003 0.756 0.199 158 K 0.102 0.052 0.008 0.002 0.498 0.338 159 T 0.163 0.044 0.008 0.001 0.255 0.528 160 S 0.239 0.039 0.011 0.001 0.254 0.456 161 R 0.449 0.017 0.007 0.001 0.168 0.358 162 P 0.635 0.006 0.004 0.001 0.079 0.275 163 V 0.865 0.006 0.001 0.001 0.026 0.101 164 T 0.941 0.004 0.001 0.001 0.013 0.041 165 I 0.926 0.003 0.001 0.001 0.010 0.059 166 A 0.778 0.004 0.002 0.004 0.059 0.153 167 D 0.489 0.011 0.004 0.008 0.127 0.361 168 C 0.310 0.007 0.008 0.015 0.255 0.405 169 G 0.226 0.023 0.013 0.014 0.347 0.378 170 Q 0.127 0.040 0.012 0.017 0.201 0.604 171 L 0.063 0.027 0.016 0.037 0.107 0.750 172 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.978