# TARGET T0144 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0144.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 396 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 2 S 0.060 0.086 0.004 0.005 0.020 0.033 0.793 3 N 0.044 0.013 0.002 0.003 0.255 0.018 0.666 4 P 0.107 0.005 0.011 0.009 0.230 0.066 0.573 5 K 0.586 0.007 0.008 0.009 0.143 0.031 0.215 6 V 0.940 0.010 0.002 0.003 0.011 0.004 0.031 7 F 0.965 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.026 8 F 0.964 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 9 D 0.854 0.001 0.002 0.002 0.025 0.004 0.112 10 M 0.823 0.006 0.006 0.005 0.035 0.015 0.110 11 A 0.803 0.011 0.010 0.008 0.036 0.030 0.102 12 I 0.690 0.008 0.018 0.011 0.056 0.115 0.102 13 A 0.218 0.008 0.022 0.011 0.131 0.538 0.072 14 G 0.174 0.004 0.012 0.002 0.286 0.397 0.125 15 N 0.487 0.008 0.002 0.001 0.166 0.018 0.319 16 P 0.705 0.035 0.001 0.001 0.033 0.009 0.216 17 A 0.781 0.007 0.004 0.001 0.046 0.036 0.125 18 G 0.781 0.003 0.004 0.001 0.114 0.028 0.069 19 R 0.855 0.004 0.005 0.001 0.022 0.007 0.107 20 I 0.950 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.040 21 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 22 M 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 23 E 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 24 L 0.867 0.012 0.004 0.004 0.016 0.003 0.093 25 Y 0.531 0.014 0.012 0.008 0.048 0.011 0.375 26 A 0.065 0.003 0.351 0.070 0.104 0.303 0.103 27 D 0.010 0.001 0.250 0.068 0.112 0.500 0.058 28 T 0.013 0.028 0.142 0.133 0.209 0.277 0.198 29 T 0.013 0.018 0.002 0.097 0.432 0.018 0.419 30 P 0.001 0.001 0.007 0.815 0.052 0.054 0.070 31 R 0.001 0.002 0.010 0.912 0.013 0.046 0.015 32 T 0.001 0.001 0.012 0.957 0.002 0.023 0.004 33 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.002 0.004 0.002 34 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.005 0.001 35 N 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.014 0.001 36 F 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.010 0.003 37 R 0.001 0.001 0.013 0.970 0.002 0.013 0.002 38 A 0.001 0.001 0.014 0.947 0.005 0.031 0.002 39 L 0.001 0.001 0.019 0.915 0.006 0.054 0.004 40 C 0.009 0.013 0.013 0.792 0.033 0.105 0.036 41 T 0.018 0.005 0.024 0.434 0.098 0.317 0.103 42 G 0.030 0.003 0.021 0.126 0.334 0.318 0.169 43 E 0.050 0.013 0.043 0.086 0.213 0.180 0.415 44 K 0.135 0.046 0.050 0.085 0.192 0.136 0.356 45 G 0.209 0.020 0.037 0.058 0.207 0.153 0.317 46 V 0.179 0.105 0.031 0.038 0.180 0.098 0.368 47 G 0.107 0.040 0.035 0.025 0.149 0.104 0.539 48 R 0.060 0.011 0.042 0.018 0.156 0.468 0.244 49 S 0.020 0.005 0.023 0.012 0.127 0.771 0.042 50 G 0.038 0.007 0.018 0.007 0.344 0.418 0.168 51 K 0.171 0.077 0.012 0.009 0.171 0.028 0.534 52 P 0.373 0.246 0.018 0.008 0.053 0.043 0.258 53 L 0.346 0.037 0.043 0.010 0.098 0.165 0.300 54 H 0.176 0.023 0.061 0.010 0.147 0.246 0.337 55 Y 0.096 0.019 0.048 0.010 0.165 0.105 0.557 56 K 0.049 0.010 0.098 0.018 0.141 0.518 0.166 57 G 0.050 0.009 0.071 0.016 0.277 0.444 0.132 58 S 0.143 0.048 0.024 0.021 0.179 0.040 0.544 59 T 0.296 0.077 0.030 0.050 0.075 0.073 0.397 60 F 0.429 0.023 0.100 0.122 0.054 0.084 0.188 61 H 0.453 0.020 0.154 0.097 0.049 0.050 0.178 62 R 0.514 0.009 0.111 0.102 0.042 0.049 0.174 63 V 0.475 0.024 0.084 0.122 0.051 0.088 0.156 64 I 0.341 0.034 0.045 0.037 0.113 0.040 0.389 65 P 0.053 0.004 0.084 0.014 0.118 0.637 0.090 66 N 0.022 0.002 0.048 0.005 0.075 0.822 0.025 67 F 0.396 0.046 0.040 0.008 0.072 0.117 0.322 68 M 0.749 0.054 0.005 0.002 0.026 0.020 0.144 69 C 0.777 0.031 0.004 0.002 0.031 0.023 0.131 70 Q 0.569 0.029 0.008 0.003 0.094 0.071 0.226 71 G 0.230 0.013 0.013 0.006 0.229 0.224 0.285 72 G 0.108 0.031 0.017 0.005 0.302 0.214 0.323 73 D 0.074 0.041 0.030 0.008 0.258 0.098 0.490 74 F 0.064 0.044 0.071 0.016 0.214 0.266 0.327 75 T 0.051 0.072 0.095 0.028 0.173 0.264 0.317 76 A 0.046 0.037 0.091 0.022 0.248 0.232 0.322 77 G 0.056 0.036 0.064 0.023 0.233 0.305 0.283 78 N 0.053 0.080 0.055 0.017 0.283 0.196 0.316 79 G 0.038 0.039 0.029 0.011 0.354 0.139 0.389 80 T 0.037 0.039 0.035 0.020 0.220 0.334 0.315 81 G 0.031 0.032 0.027 0.024 0.295 0.274 0.316 82 A 0.043 0.034 0.054 0.052 0.263 0.143 0.412 83 E 0.091 0.066 0.092 0.089 0.172 0.145 0.345 84 S 0.117 0.061 0.125 0.095 0.148 0.128 0.325 85 I 0.109 0.040 0.169 0.113 0.100 0.252 0.217 86 Y 0.085 0.023 0.098 0.110 0.101 0.404 0.179 87 G 0.080 0.014 0.099 0.076 0.171 0.251 0.309 88 A 0.108 0.016 0.062 0.080 0.227 0.128 0.379 89 K 0.188 0.080 0.051 0.094 0.157 0.087 0.342 90 F 0.166 0.058 0.042 0.095 0.129 0.057 0.453 91 A 0.114 0.035 0.061 0.098 0.135 0.135 0.422 92 D 0.073 0.021 0.099 0.150 0.154 0.168 0.336 93 E 0.060 0.013 0.137 0.190 0.159 0.261 0.181 94 N 0.087 0.016 0.110 0.164 0.135 0.295 0.195 95 F 0.125 0.023 0.089 0.119 0.152 0.170 0.322 96 I 0.120 0.052 0.075 0.103 0.146 0.125 0.378 97 K 0.183 0.040 0.092 0.102 0.149 0.152 0.282 98 R 0.124 0.028 0.078 0.066 0.137 0.238 0.329 99 H 0.080 0.048 0.051 0.049 0.189 0.246 0.337 100 T 0.050 0.026 0.020 0.037 0.385 0.145 0.335 101 G 0.037 0.013 0.012 0.013 0.491 0.078 0.357 102 P 0.063 0.010 0.021 0.019 0.233 0.347 0.307 103 G 0.371 0.016 0.017 0.013 0.169 0.218 0.196 104 I 0.762 0.024 0.020 0.020 0.037 0.018 0.120 105 L 0.870 0.010 0.010 0.011 0.012 0.007 0.081 106 S 0.827 0.009 0.016 0.017 0.026 0.009 0.096 107 M 0.804 0.015 0.018 0.013 0.024 0.012 0.115 108 A 0.569 0.012 0.025 0.012 0.062 0.055 0.266 109 N 0.277 0.021 0.035 0.015 0.187 0.195 0.271 110 A 0.108 0.046 0.021 0.015 0.245 0.124 0.441 111 G 0.028 0.017 0.025 0.005 0.302 0.075 0.549 112 A 0.010 0.007 0.052 0.005 0.236 0.576 0.114 113 G 0.010 0.012 0.073 0.003 0.157 0.553 0.191 114 T 0.026 0.032 0.086 0.007 0.265 0.139 0.446 115 N 0.058 0.020 0.062 0.011 0.215 0.416 0.217 116 G 0.086 0.015 0.127 0.014 0.244 0.339 0.175 117 S 0.288 0.029 0.032 0.011 0.116 0.038 0.485 118 Q 0.731 0.020 0.016 0.012 0.046 0.032 0.143 119 F 0.907 0.006 0.006 0.008 0.012 0.010 0.050 120 F 0.898 0.006 0.007 0.013 0.010 0.008 0.058 121 I 0.887 0.026 0.005 0.011 0.009 0.005 0.057 122 C 0.793 0.020 0.008 0.012 0.021 0.012 0.134 123 T 0.450 0.018 0.016 0.016 0.145 0.065 0.291 124 E 0.180 0.011 0.015 0.014 0.289 0.110 0.383 125 K 0.053 0.024 0.021 0.007 0.332 0.128 0.435 126 T 0.066 0.046 0.045 0.026 0.304 0.056 0.457 127 E 0.038 0.014 0.226 0.060 0.129 0.315 0.219 128 W 0.051 0.019 0.224 0.045 0.106 0.356 0.199 129 L 0.052 0.033 0.163 0.037 0.210 0.294 0.211 130 D 0.028 0.016 0.034 0.017 0.300 0.459 0.146 131 G 0.023 0.003 0.022 0.005 0.261 0.515 0.171 132 K 0.170 0.009 0.017 0.004 0.316 0.193 0.292 133 H 0.728 0.031 0.004 0.001 0.039 0.019 0.177 134 V 0.881 0.008 0.001 0.001 0.010 0.003 0.095 135 V 0.918 0.008 0.002 0.002 0.008 0.005 0.057 136 F 0.877 0.005 0.007 0.009 0.017 0.019 0.065 137 G 0.749 0.005 0.015 0.025 0.057 0.040 0.110 138 K 0.750 0.016 0.016 0.040 0.030 0.016 0.132 139 V 0.679 0.016 0.022 0.091 0.031 0.050 0.111 140 I 0.428 0.015 0.031 0.215 0.067 0.109 0.134 141 E 0.109 0.014 0.031 0.336 0.104 0.312 0.094 142 G 0.047 0.006 0.010 0.428 0.095 0.293 0.120 143 M 0.009 0.002 0.007 0.898 0.020 0.025 0.040 144 N 0.005 0.001 0.007 0.956 0.007 0.011 0.012 145 V 0.003 0.001 0.005 0.972 0.003 0.012 0.004 146 V 0.003 0.001 0.003 0.982 0.002 0.006 0.003 147 R 0.002 0.001 0.004 0.981 0.003 0.007 0.003 148 D 0.002 0.001 0.005 0.975 0.004 0.011 0.004 149 I 0.003 0.001 0.014 0.953 0.005 0.020 0.005 150 E 0.004 0.001 0.018 0.895 0.007 0.067 0.008 151 K 0.004 0.001 0.014 0.786 0.011 0.173 0.011 152 V 0.009 0.004 0.012 0.345 0.254 0.163 0.213 153 G 0.025 0.042 0.010 0.049 0.207 0.171 0.496 154 S 0.015 0.023 0.007 0.007 0.059 0.031 0.858 155 G 0.020 0.010 0.040 0.006 0.118 0.349 0.458 156 S 0.009 0.004 0.036 0.004 0.211 0.672 0.063 157 G 0.021 0.005 0.018 0.002 0.562 0.242 0.150 158 K 0.111 0.030 0.003 0.001 0.274 0.010 0.571 159 T 0.286 0.233 0.002 0.001 0.027 0.007 0.445 160 S 0.328 0.021 0.007 0.001 0.067 0.018 0.557 161 R 0.390 0.015 0.013 0.001 0.285 0.024 0.271 162 P 0.526 0.014 0.008 0.001 0.088 0.011 0.353 163 V 0.862 0.004 0.001 0.001 0.010 0.002 0.121 164 T 0.954 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.033 165 I 0.914 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.070 166 A 0.713 0.009 0.004 0.001 0.066 0.014 0.193 167 D 0.439 0.018 0.008 0.003 0.143 0.022 0.367 168 C 0.285 0.006 0.017 0.005 0.156 0.192 0.338 169 G 0.492 0.017 0.007 0.007 0.150 0.133 0.193 170 Q 0.560 0.043 0.004 0.009 0.060 0.028 0.296 171 L 0.097 0.022 0.001 0.005 0.003 0.006 0.866 172 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997