# TARGET T0144 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0144.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 396 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.121 0.160 0.093 0.032 0.243 0.015 0.026 0.072 0.066 0.115 0.058 2 S 0.172 0.143 0.070 0.032 0.245 0.038 0.043 0.050 0.046 0.086 0.075 3 N 0.113 0.252 0.134 0.042 0.310 0.011 0.012 0.024 0.026 0.038 0.038 4 P 0.109 0.165 0.057 0.021 0.216 0.016 0.042 0.113 0.122 0.097 0.042 5 K 0.141 0.188 0.030 0.006 0.407 0.012 0.041 0.073 0.051 0.029 0.021 6 V 0.274 0.073 0.007 0.002 0.542 0.003 0.006 0.020 0.008 0.016 0.049 7 F 0.233 0.091 0.021 0.013 0.497 0.014 0.023 0.031 0.008 0.023 0.045 8 F 0.260 0.116 0.027 0.022 0.429 0.012 0.008 0.018 0.009 0.028 0.070 9 D 0.247 0.111 0.028 0.014 0.427 0.015 0.025 0.024 0.012 0.028 0.069 10 M 0.224 0.161 0.017 0.002 0.520 0.002 0.005 0.016 0.009 0.015 0.030 11 A 0.319 0.076 0.010 0.004 0.493 0.006 0.018 0.027 0.005 0.006 0.038 12 I 0.186 0.066 0.028 0.077 0.181 0.199 0.078 0.037 0.016 0.054 0.077 13 A 0.037 0.171 0.082 0.269 0.107 0.115 0.095 0.046 0.026 0.033 0.019 14 G 0.047 0.022 0.014 0.043 0.021 0.030 0.031 0.029 0.109 0.548 0.107 15 N 0.012 0.367 0.471 0.051 0.073 0.004 0.005 0.004 0.004 0.005 0.004 16 P 0.189 0.142 0.074 0.043 0.185 0.040 0.066 0.068 0.046 0.050 0.095 17 A 0.039 0.094 0.109 0.129 0.058 0.132 0.190 0.068 0.078 0.075 0.028 18 G 0.033 0.133 0.163 0.248 0.069 0.074 0.031 0.045 0.047 0.126 0.031 19 R 0.353 0.102 0.012 0.001 0.454 0.001 0.004 0.010 0.011 0.016 0.037 20 I 0.245 0.151 0.011 0.002 0.551 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.028 21 V 0.298 0.053 0.007 0.004 0.549 0.008 0.011 0.012 0.004 0.006 0.048 22 M 0.349 0.089 0.010 0.005 0.451 0.003 0.002 0.009 0.008 0.015 0.058 23 E 0.225 0.132 0.022 0.003 0.548 0.002 0.004 0.016 0.008 0.006 0.034 24 L 0.266 0.129 0.037 0.008 0.355 0.013 0.017 0.042 0.020 0.033 0.080 25 Y 0.128 0.228 0.072 0.042 0.252 0.012 0.018 0.063 0.068 0.053 0.064 26 A 0.019 0.045 0.018 0.019 0.041 0.021 0.031 0.300 0.436 0.058 0.013 27 D 0.012 0.013 0.010 0.009 0.017 0.017 0.170 0.380 0.256 0.103 0.012 28 T 0.032 0.078 0.046 0.022 0.049 0.020 0.102 0.186 0.128 0.314 0.024 29 T 0.024 0.535 0.263 0.017 0.088 0.004 0.005 0.030 0.010 0.010 0.012 30 P 0.021 0.221 0.100 0.018 0.101 0.022 0.016 0.323 0.142 0.024 0.013 31 R 0.014 0.007 0.007 0.002 0.017 0.003 0.019 0.729 0.155 0.029 0.018 32 T 0.003 0.008 0.004 0.001 0.003 0.002 0.009 0.720 0.165 0.082 0.004 33 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.831 0.144 0.010 0.001 34 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.013 0.897 0.074 0.003 0.001 35 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.859 0.096 0.027 0.002 36 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.825 0.162 0.008 0.001 37 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.803 0.183 0.002 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.856 0.091 0.005 0.001 39 L 0.004 0.003 0.002 0.003 0.005 0.009 0.107 0.694 0.122 0.050 0.003 40 C 0.040 0.038 0.011 0.008 0.055 0.011 0.068 0.465 0.119 0.152 0.032 41 T 0.014 0.103 0.055 0.045 0.040 0.065 0.133 0.311 0.121 0.103 0.010 42 G 0.052 0.088 0.108 0.075 0.087 0.062 0.066 0.121 0.078 0.200 0.063 43 E 0.132 0.095 0.060 0.047 0.120 0.041 0.074 0.154 0.115 0.098 0.065 44 K 0.064 0.154 0.065 0.074 0.122 0.058 0.080 0.100 0.072 0.149 0.064 45 G 0.054 0.148 0.224 0.150 0.104 0.044 0.020 0.035 0.027 0.139 0.055 46 V 0.069 0.284 0.107 0.036 0.216 0.024 0.027 0.048 0.038 0.114 0.036 47 G 0.051 0.129 0.308 0.124 0.076 0.028 0.028 0.105 0.054 0.054 0.042 48 R 0.013 0.030 0.074 0.101 0.017 0.130 0.143 0.280 0.135 0.066 0.012 49 S 0.014 0.346 0.127 0.100 0.062 0.050 0.101 0.105 0.049 0.039 0.008 50 G 0.022 0.009 0.009 0.022 0.013 0.015 0.016 0.026 0.066 0.634 0.169 51 K 0.027 0.393 0.344 0.050 0.109 0.010 0.011 0.019 0.015 0.013 0.009 52 P 0.156 0.228 0.074 0.025 0.251 0.020 0.045 0.050 0.040 0.041 0.073 53 L 0.099 0.141 0.067 0.037 0.187 0.032 0.082 0.089 0.115 0.105 0.045 54 H 0.187 0.131 0.069 0.036 0.205 0.027 0.034 0.045 0.044 0.122 0.098 55 Y 0.120 0.134 0.117 0.108 0.135 0.051 0.022 0.048 0.052 0.119 0.092 56 K 0.014 0.049 0.041 0.113 0.028 0.166 0.259 0.132 0.106 0.080 0.013 57 G 0.055 0.047 0.054 0.085 0.051 0.016 0.011 0.037 0.077 0.443 0.125 58 S 0.090 0.305 0.105 0.016 0.280 0.007 0.013 0.059 0.061 0.039 0.024 59 T 0.138 0.084 0.032 0.015 0.188 0.024 0.067 0.201 0.130 0.068 0.054 60 F 0.186 0.090 0.023 0.017 0.247 0.008 0.018 0.104 0.095 0.128 0.083 61 H 0.138 0.161 0.039 0.022 0.302 0.025 0.038 0.088 0.080 0.067 0.040 62 R 0.189 0.146 0.041 0.007 0.334 0.006 0.027 0.114 0.062 0.031 0.044 63 V 0.191 0.097 0.023 0.020 0.171 0.027 0.045 0.060 0.058 0.195 0.113 64 I 0.081 0.259 0.246 0.141 0.155 0.015 0.008 0.020 0.013 0.025 0.037 65 P 0.004 0.016 0.017 0.087 0.007 0.279 0.357 0.140 0.070 0.020 0.003 66 N 0.068 0.056 0.057 0.073 0.077 0.011 0.018 0.079 0.115 0.316 0.130 67 F 0.167 0.141 0.027 0.024 0.282 0.019 0.024 0.070 0.061 0.109 0.077 68 M 0.152 0.143 0.032 0.009 0.448 0.009 0.036 0.052 0.030 0.048 0.040 69 C 0.306 0.129 0.045 0.012 0.333 0.009 0.012 0.021 0.016 0.038 0.079 70 Q 0.117 0.124 0.079 0.098 0.169 0.055 0.058 0.059 0.042 0.113 0.086 71 G 0.047 0.161 0.126 0.120 0.113 0.049 0.043 0.081 0.076 0.131 0.053 72 G 0.054 0.130 0.108 0.108 0.110 0.053 0.057 0.062 0.080 0.174 0.066 73 D 0.122 0.202 0.110 0.023 0.299 0.014 0.023 0.056 0.048 0.052 0.049 74 F 0.101 0.091 0.033 0.012 0.110 0.012 0.029 0.134 0.207 0.198 0.073 75 T 0.044 0.190 0.154 0.071 0.113 0.043 0.114 0.107 0.059 0.081 0.024 76 A 0.042 0.161 0.109 0.112 0.093 0.076 0.078 0.089 0.066 0.127 0.047 77 G 0.053 0.085 0.189 0.156 0.064 0.053 0.048 0.067 0.066 0.158 0.060 78 N 0.045 0.196 0.157 0.093 0.094 0.054 0.066 0.080 0.055 0.123 0.036 79 G 0.035 0.079 0.111 0.153 0.058 0.079 0.046 0.074 0.071 0.226 0.067 80 T 0.044 0.165 0.167 0.096 0.089 0.074 0.100 0.088 0.059 0.087 0.030 81 G 0.048 0.063 0.108 0.146 0.069 0.058 0.039 0.068 0.059 0.216 0.125 82 A 0.084 0.114 0.133 0.071 0.147 0.026 0.025 0.112 0.120 0.118 0.050 83 E 0.072 0.237 0.146 0.032 0.162 0.017 0.035 0.115 0.096 0.062 0.026 84 S 0.095 0.133 0.058 0.014 0.185 0.011 0.044 0.189 0.130 0.097 0.044 85 I 0.050 0.034 0.014 0.018 0.057 0.049 0.102 0.228 0.173 0.242 0.033 86 Y 0.046 0.148 0.071 0.060 0.094 0.049 0.108 0.179 0.088 0.123 0.035 87 G 0.052 0.062 0.069 0.126 0.055 0.057 0.036 0.094 0.103 0.242 0.104 88 A 0.072 0.290 0.151 0.035 0.185 0.011 0.023 0.090 0.079 0.042 0.023 89 K 0.088 0.224 0.093 0.029 0.150 0.017 0.049 0.136 0.082 0.087 0.045 90 F 0.089 0.252 0.123 0.024 0.191 0.010 0.022 0.108 0.053 0.083 0.045 91 A 0.047 0.160 0.072 0.039 0.088 0.059 0.094 0.209 0.106 0.091 0.036 92 D 0.133 0.164 0.094 0.017 0.210 0.009 0.014 0.115 0.092 0.091 0.059 93 E 0.026 0.065 0.032 0.020 0.052 0.026 0.045 0.328 0.302 0.082 0.019 94 N 0.075 0.087 0.039 0.020 0.108 0.017 0.046 0.145 0.130 0.270 0.063 95 F 0.119 0.164 0.069 0.020 0.197 0.011 0.015 0.103 0.099 0.126 0.077 96 I 0.065 0.137 0.056 0.031 0.144 0.038 0.089 0.210 0.122 0.071 0.038 97 K 0.105 0.153 0.066 0.026 0.208 0.013 0.027 0.117 0.112 0.124 0.050 98 R 0.106 0.141 0.061 0.024 0.200 0.024 0.056 0.130 0.093 0.113 0.053 99 H 0.159 0.109 0.051 0.032 0.225 0.021 0.033 0.110 0.082 0.109 0.070 100 T 0.079 0.121 0.098 0.079 0.124 0.037 0.053 0.118 0.084 0.160 0.046 101 G 0.044 0.175 0.237 0.127 0.112 0.055 0.042 0.084 0.037 0.068 0.019 102 P 0.061 0.122 0.042 0.038 0.076 0.059 0.157 0.207 0.118 0.086 0.036 103 G 0.036 0.099 0.165 0.181 0.071 0.024 0.014 0.079 0.052 0.197 0.082 104 I 0.187 0.167 0.026 0.005 0.366 0.005 0.021 0.134 0.039 0.024 0.026 105 L 0.340 0.069 0.019 0.009 0.359 0.015 0.020 0.067 0.021 0.022 0.059 106 S 0.131 0.185 0.069 0.054 0.263 0.040 0.038 0.091 0.038 0.043 0.044 107 M 0.138 0.119 0.049 0.025 0.179 0.011 0.013 0.116 0.124 0.152 0.073 108 A 0.091 0.190 0.068 0.031 0.149 0.035 0.073 0.160 0.109 0.056 0.038 109 N 0.158 0.108 0.048 0.025 0.243 0.026 0.059 0.083 0.058 0.106 0.084 110 A 0.080 0.192 0.119 0.135 0.133 0.037 0.040 0.057 0.052 0.109 0.045 111 G 0.026 0.159 0.327 0.240 0.065 0.061 0.027 0.031 0.018 0.032 0.015 112 A 0.065 0.167 0.043 0.030 0.121 0.055 0.102 0.154 0.104 0.101 0.056 113 G 0.135 0.111 0.138 0.051 0.139 0.026 0.027 0.045 0.056 0.169 0.105 114 T 0.054 0.082 0.101 0.086 0.082 0.077 0.087 0.152 0.139 0.100 0.039 115 N 0.045 0.192 0.187 0.107 0.106 0.055 0.065 0.057 0.046 0.107 0.031 116 G 0.052 0.142 0.110 0.092 0.088 0.029 0.028 0.043 0.062 0.250 0.104 117 S 0.199 0.193 0.028 0.004 0.471 0.004 0.007 0.017 0.017 0.029 0.031 118 Q 0.241 0.116 0.019 0.020 0.425 0.029 0.037 0.023 0.018 0.026 0.045 119 F 0.265 0.076 0.008 0.002 0.599 0.001 0.002 0.003 0.001 0.006 0.036 120 F 0.211 0.131 0.014 0.005 0.593 0.005 0.004 0.006 0.002 0.003 0.025 121 I 0.242 0.104 0.014 0.001 0.571 0.002 0.003 0.006 0.003 0.008 0.045 122 C 0.310 0.094 0.016 0.004 0.458 0.005 0.007 0.009 0.007 0.021 0.071 123 T 0.187 0.121 0.044 0.035 0.211 0.018 0.021 0.028 0.049 0.188 0.097 124 E 0.026 0.412 0.324 0.034 0.157 0.008 0.010 0.011 0.007 0.006 0.005 125 K 0.157 0.169 0.053 0.020 0.196 0.024 0.036 0.038 0.061 0.131 0.115 126 T 0.075 0.322 0.168 0.022 0.324 0.006 0.008 0.015 0.023 0.016 0.020 127 E 0.044 0.124 0.055 0.025 0.100 0.027 0.071 0.234 0.239 0.058 0.022 128 W 0.098 0.073 0.034 0.011 0.097 0.027 0.118 0.187 0.122 0.179 0.054 129 L 0.071 0.080 0.058 0.099 0.082 0.090 0.054 0.095 0.095 0.192 0.084 130 D 0.017 0.107 0.157 0.266 0.045 0.087 0.131 0.083 0.059 0.037 0.010 131 G 0.021 0.042 0.052 0.062 0.022 0.030 0.030 0.113 0.220 0.352 0.057 132 K 0.060 0.201 0.043 0.012 0.193 0.014 0.058 0.129 0.168 0.087 0.034 133 H 0.253 0.093 0.014 0.005 0.467 0.004 0.008 0.020 0.031 0.051 0.053 134 V 0.228 0.110 0.011 0.001 0.613 0.001 0.003 0.006 0.003 0.005 0.021 135 V 0.394 0.049 0.014 0.013 0.365 0.026 0.010 0.016 0.006 0.021 0.087 136 F 0.099 0.052 0.036 0.244 0.108 0.061 0.052 0.043 0.039 0.149 0.116 137 G 0.036 0.168 0.247 0.232 0.087 0.036 0.024 0.032 0.020 0.086 0.032 138 K 0.081 0.372 0.107 0.004 0.354 0.002 0.006 0.033 0.011 0.012 0.018 139 V 0.384 0.090 0.023 0.008 0.255 0.019 0.019 0.076 0.015 0.018 0.093 140 I 0.021 0.070 0.048 0.103 0.058 0.246 0.184 0.175 0.042 0.038 0.014 141 E 0.033 0.100 0.086 0.107 0.039 0.033 0.046 0.269 0.099 0.150 0.039 142 G 0.018 0.044 0.072 0.052 0.021 0.014 0.007 0.229 0.142 0.341 0.060 143 M 0.009 0.048 0.009 0.006 0.030 0.011 0.020 0.668 0.180 0.013 0.006 144 N 0.010 0.009 0.004 0.001 0.010 0.001 0.011 0.888 0.056 0.006 0.005 145 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.898 0.079 0.014 0.001 146 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.897 0.089 0.004 0.001 147 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.925 0.060 0.002 0.001 148 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.894 0.084 0.009 0.001 149 I 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 0.694 0.255 0.025 0.003 150 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.005 0.050 0.721 0.205 0.007 0.001 151 K 0.016 0.015 0.002 0.002 0.020 0.009 0.062 0.413 0.140 0.310 0.011 152 V 0.044 0.407 0.238 0.010 0.204 0.007 0.010 0.027 0.014 0.024 0.015 153 G 0.158 0.152 0.029 0.015 0.226 0.013 0.016 0.071 0.050 0.156 0.114 154 S 0.054 0.252 0.379 0.037 0.079 0.019 0.024 0.091 0.042 0.012 0.011 155 G 0.003 0.005 0.025 0.072 0.004 0.151 0.133 0.383 0.178 0.039 0.007 156 S 0.004 0.633 0.168 0.096 0.045 0.009 0.008 0.017 0.012 0.007 0.001 157 G 0.005 0.002 0.002 0.006 0.004 0.002 0.004 0.014 0.032 0.749 0.178 158 K 0.010 0.640 0.181 0.003 0.139 0.002 0.004 0.007 0.005 0.007 0.002 159 T 0.308 0.141 0.028 0.002 0.438 0.001 0.002 0.005 0.004 0.006 0.066 160 S 0.086 0.087 0.092 0.112 0.089 0.158 0.199 0.037 0.037 0.056 0.049 161 R 0.013 0.564 0.265 0.030 0.101 0.005 0.005 0.005 0.004 0.005 0.003 162 P 0.297 0.107 0.032 0.006 0.452 0.003 0.011 0.008 0.007 0.017 0.059 163 V 0.161 0.222 0.013 0.001 0.592 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 164 T 0.148 0.150 0.013 0.001 0.657 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.020 165 I 0.402 0.055 0.006 0.002 0.445 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.077 166 A 0.089 0.131 0.047 0.095 0.165 0.135 0.117 0.093 0.047 0.043 0.036 167 D 0.239 0.084 0.079 0.031 0.223 0.015 0.012 0.022 0.020 0.098 0.177 168 C 0.064 0.292 0.075 0.088 0.175 0.022 0.022 0.064 0.100 0.064 0.035 169 G 0.025 0.054 0.064 0.104 0.034 0.045 0.060 0.069 0.090 0.347 0.109 170 Q 0.079 0.317 0.124 0.012 0.212 0.013 0.036 0.089 0.058 0.040 0.021 171 L 0.167 0.161 0.061 0.020 0.215 0.024 0.033 0.075 0.055 0.098 0.090 172 S 0.080 0.202 0.154 0.068 0.212 0.035 0.039 0.072 0.051 0.053 0.034