# TARGET T0142 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0142.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.155 0.024 0.007 0.007 0.209 0.597 2 S 0.125 0.042 0.005 0.005 0.179 0.644 3 P 0.088 0.012 0.010 0.006 0.188 0.698 4 P 0.085 0.010 0.240 0.016 0.421 0.228 5 A 0.088 0.006 0.223 0.011 0.479 0.193 6 Q 0.246 0.011 0.183 0.004 0.374 0.183 7 L 0.630 0.003 0.006 0.001 0.145 0.215 8 S 0.874 0.002 0.001 0.001 0.023 0.100 9 V 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 10 H 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 11 T 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 12 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 13 S 0.940 0.002 0.001 0.001 0.019 0.037 14 W 0.856 0.011 0.001 0.003 0.045 0.084 15 N 0.701 0.030 0.005 0.005 0.132 0.128 16 S 0.421 0.014 0.019 0.015 0.395 0.136 17 G 0.079 0.005 0.028 0.013 0.673 0.202 18 H 0.084 0.012 0.027 0.022 0.650 0.205 19 E 0.162 0.044 0.019 0.027 0.365 0.382 20 R 0.158 0.057 0.012 0.035 0.225 0.512 21 A 0.074 0.021 0.017 0.041 0.278 0.569 22 P 0.037 0.023 0.046 0.088 0.381 0.427 23 T 0.024 0.009 0.061 0.145 0.366 0.394 24 N 0.024 0.009 0.076 0.222 0.305 0.364 25 L 0.029 0.012 0.111 0.464 0.231 0.153 26 E 0.024 0.007 0.121 0.573 0.183 0.092 27 E 0.020 0.005 0.184 0.564 0.165 0.062 28 L 0.020 0.004 0.160 0.522 0.203 0.091 29 L 0.031 0.009 0.120 0.456 0.236 0.148 30 G 0.043 0.019 0.068 0.269 0.329 0.271 31 L 0.026 0.014 0.073 0.124 0.390 0.372 32 N 0.022 0.009 0.129 0.081 0.477 0.281 33 S 0.016 0.006 0.159 0.088 0.530 0.202 34 G 0.025 0.009 0.105 0.064 0.529 0.267 35 E 0.048 0.024 0.045 0.038 0.470 0.375 36 T 0.089 0.011 0.029 0.016 0.347 0.507 37 P 0.198 0.007 0.017 0.008 0.306 0.463 38 D 0.509 0.008 0.013 0.005 0.164 0.301 39 V 0.946 0.003 0.001 0.001 0.013 0.035 40 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 41 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 42 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 43 A 0.845 0.001 0.001 0.003 0.027 0.122 44 V 0.618 0.004 0.044 0.045 0.133 0.157 45 Q 0.607 0.016 0.060 0.050 0.149 0.119 46 G 0.536 0.019 0.069 0.096 0.159 0.121 47 F 0.311 0.015 0.046 0.088 0.225 0.315 48 G 0.307 0.026 0.051 0.136 0.225 0.255 49 F 0.207 0.011 0.058 0.206 0.265 0.253 50 Q 0.078 0.007 0.069 0.216 0.332 0.299 51 T 0.056 0.012 0.124 0.209 0.369 0.230 52 D 0.031 0.006 0.186 0.239 0.402 0.136 53 K 0.024 0.012 0.188 0.263 0.384 0.129 54 P 0.027 0.008 0.116 0.218 0.435 0.196 55 Q 0.029 0.014 0.070 0.180 0.446 0.261 56 Q 0.022 0.018 0.042 0.166 0.410 0.343 57 G 0.012 0.005 0.023 0.240 0.326 0.394 58 P 0.009 0.002 0.026 0.674 0.164 0.126 59 A 0.011 0.003 0.032 0.815 0.081 0.057 60 C 0.011 0.003 0.035 0.903 0.027 0.021 61 V 0.010 0.001 0.036 0.920 0.016 0.016 62 K 0.004 0.001 0.034 0.936 0.013 0.012 63 N 0.002 0.001 0.032 0.957 0.005 0.003 64 F 0.002 0.001 0.021 0.963 0.008 0.005 65 Q 0.002 0.001 0.071 0.910 0.013 0.004 66 S 0.003 0.001 0.067 0.883 0.033 0.013 67 L 0.004 0.001 0.050 0.820 0.080 0.045 68 L 0.017 0.007 0.089 0.590 0.200 0.096 69 T 0.026 0.007 0.103 0.214 0.503 0.147 70 S 0.035 0.006 0.124 0.085 0.593 0.156 71 K 0.046 0.002 0.041 0.011 0.651 0.250 72 G 0.224 0.002 0.019 0.004 0.365 0.385 73 Y 0.838 0.005 0.003 0.002 0.049 0.104 74 T 0.958 0.003 0.001 0.001 0.011 0.026 75 K 0.963 0.003 0.001 0.002 0.008 0.023 76 L 0.913 0.003 0.001 0.003 0.020 0.061 77 K 0.800 0.003 0.004 0.007 0.060 0.126 78 N 0.666 0.010 0.014 0.029 0.125 0.156 79 T 0.623 0.008 0.034 0.126 0.148 0.060 80 I 0.404 0.006 0.049 0.368 0.130 0.042 81 T 0.427 0.006 0.027 0.441 0.081 0.019 82 E 0.200 0.003 0.015 0.730 0.039 0.012 83 T 0.241 0.002 0.010 0.711 0.020 0.015 84 M 0.393 0.001 0.007 0.581 0.008 0.010 85 G 0.536 0.002 0.005 0.443 0.004 0.010 86 L 0.698 0.001 0.005 0.284 0.003 0.009 87 T 0.762 0.002 0.007 0.221 0.003 0.006 88 V 0.838 0.001 0.008 0.138 0.005 0.009 89 Y 0.849 0.002 0.007 0.115 0.012 0.014 90 C 0.809 0.006 0.008 0.110 0.027 0.040 91 L 0.558 0.008 0.018 0.160 0.146 0.110 92 E 0.128 0.004 0.166 0.286 0.339 0.077 93 K 0.063 0.004 0.170 0.181 0.497 0.086 94 H 0.050 0.012 0.150 0.168 0.491 0.129 95 L 0.076 0.008 0.105 0.090 0.507 0.214 96 D 0.100 0.009 0.153 0.073 0.430 0.236 97 Q 0.247 0.016 0.174 0.070 0.318 0.176 98 N 0.488 0.018 0.066 0.053 0.226 0.148 99 T 0.496 0.010 0.036 0.045 0.208 0.205 100 L 0.541 0.014 0.018 0.029 0.196 0.202 101 K 0.438 0.011 0.031 0.040 0.316 0.163 102 N 0.359 0.006 0.037 0.049 0.347 0.203 103 E 0.597 0.012 0.022 0.028 0.222 0.119 104 T 0.673 0.019 0.011 0.016 0.161 0.119 105 I 0.657 0.008 0.008 0.016 0.122 0.189 106 I 0.788 0.006 0.005 0.009 0.075 0.117 107 V 0.766 0.009 0.005 0.015 0.071 0.135 108 T 0.777 0.017 0.007 0.029 0.069 0.101 109 V 0.710 0.014 0.019 0.041 0.114 0.102 110 D 0.416 0.012 0.067 0.053 0.314 0.138 111 D 0.211 0.012 0.087 0.093 0.471 0.126 112 Q 0.135 0.017 0.076 0.072 0.498 0.202 113 K 0.123 0.008 0.008 0.008 0.467 0.385 114 K 0.200 0.047 0.005 0.002 0.309 0.436 115 S 0.351 0.020 0.003 0.001 0.219 0.406 116 G 0.638 0.010 0.006 0.002 0.159 0.184 117 G 0.825 0.006 0.003 0.001 0.068 0.098 118 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 119 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 120 T 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 121 S 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 122 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 123 T 0.985 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 124 I 0.964 0.003 0.001 0.001 0.018 0.014 125 Y 0.665 0.006 0.004 0.003 0.250 0.073 126 N 0.207 0.004 0.012 0.009 0.608 0.160 127 K 0.564 0.007 0.004 0.009 0.269 0.147 128 R 0.875 0.013 0.001 0.008 0.041 0.062 129 F 0.962 0.001 0.001 0.008 0.004 0.025 130 S 0.978 0.001 0.001 0.011 0.002 0.008 131 F 0.965 0.001 0.001 0.017 0.003 0.013 132 T 0.921 0.002 0.002 0.037 0.011 0.027 133 T 0.734 0.002 0.009 0.087 0.063 0.105 134 S 0.345 0.007 0.043 0.263 0.176 0.166 135 R 0.244 0.010 0.056 0.260 0.238 0.191 136 M 0.252 0.013 0.061 0.328 0.225 0.121 137 S 0.196 0.014 0.044 0.315 0.319 0.112 138 D 0.078 0.012 0.065 0.365 0.332 0.148 139 E 0.036 0.009 0.025 0.135 0.469 0.326 140 D 0.025 0.008 0.056 0.247 0.493 0.172 141 V 0.015 0.015 0.043 0.430 0.328 0.168 142 T 0.017 0.010 0.041 0.474 0.241 0.216 143 S 0.009 0.004 0.026 0.795 0.091 0.074 144 T 0.009 0.002 0.021 0.845 0.065 0.059 145 N 0.009 0.005 0.031 0.847 0.059 0.048 146 T 0.009 0.006 0.017 0.883 0.034 0.051 147 K 0.003 0.001 0.012 0.937 0.023 0.023 148 Y 0.001 0.001 0.006 0.971 0.012 0.010 149 A 0.001 0.001 0.004 0.974 0.007 0.014 150 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 151 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 152 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.003 153 R 0.001 0.001 0.002 0.988 0.007 0.002 154 L 0.001 0.001 0.005 0.974 0.015 0.005 155 D 0.001 0.001 0.009 0.942 0.031 0.017 156 Y 0.001 0.001 0.013 0.871 0.060 0.056 157 S 0.003 0.005 0.014 0.547 0.201 0.230 158 K 0.006 0.006 0.020 0.097 0.321 0.550 159 K 0.025 0.016 0.027 0.041 0.439 0.453 160 D 0.044 0.012 0.048 0.031 0.536 0.329 161 D 0.054 0.008 0.041 0.024 0.536 0.338 162 P 0.115 0.018 0.049 0.018 0.442 0.359 163 S 0.188 0.026 0.022 0.013 0.419 0.332 164 D 0.317 0.003 0.012 0.016 0.209 0.444 165 F 0.915 0.005 0.002 0.015 0.020 0.043 166 L 0.977 0.002 0.001 0.007 0.004 0.010 167 F 0.973 0.001 0.001 0.007 0.005 0.013 168 W 0.954 0.002 0.001 0.008 0.009 0.025 169 I 0.792 0.003 0.007 0.006 0.063 0.128 170 G 0.496 0.010 0.023 0.004 0.258 0.208 171 D 0.172 0.008 0.028 0.003 0.583 0.207 172 L 0.224 0.025 0.073 0.011 0.480 0.187 173 N 0.497 0.011 0.019 0.011 0.244 0.217 174 V 0.679 0.011 0.013 0.013 0.161 0.122 175 R 0.686 0.030 0.007 0.011 0.125 0.142 176 V 0.602 0.022 0.010 0.016 0.154 0.196 177 E 0.318 0.012 0.011 0.019 0.359 0.281 178 T 0.079 0.013 0.038 0.048 0.424 0.398 179 N 0.043 0.016 0.032 0.078 0.403 0.429 180 A 0.010 0.003 0.133 0.518 0.247 0.090 181 T 0.009 0.002 0.064 0.785 0.091 0.049 182 H 0.007 0.003 0.033 0.904 0.036 0.016 183 A 0.004 0.001 0.008 0.961 0.011 0.015 184 K 0.004 0.001 0.012 0.967 0.010 0.006 185 S 0.004 0.001 0.020 0.955 0.015 0.005 186 L 0.002 0.001 0.030 0.943 0.017 0.007 187 V 0.003 0.001 0.052 0.904 0.028 0.011 188 D 0.003 0.001 0.051 0.876 0.048 0.021 189 Q 0.005 0.001 0.020 0.789 0.094 0.091 190 N 0.015 0.003 0.008 0.282 0.223 0.468 191 N 0.015 0.009 0.007 0.214 0.225 0.530 192 I 0.003 0.001 0.054 0.782 0.112 0.047 193 D 0.004 0.001 0.108 0.738 0.117 0.032 194 G 0.005 0.001 0.138 0.708 0.107 0.040 195 L 0.013 0.004 0.059 0.719 0.083 0.121 196 M 0.019 0.008 0.022 0.776 0.079 0.096 197 A 0.006 0.001 0.022 0.865 0.059 0.048 198 F 0.008 0.001 0.014 0.852 0.058 0.067 199 D 0.007 0.003 0.022 0.760 0.091 0.118 200 Q 0.005 0.002 0.012 0.904 0.041 0.037 201 L 0.003 0.001 0.008 0.948 0.025 0.015 202 K 0.002 0.001 0.009 0.957 0.020 0.011 203 K 0.004 0.001 0.018 0.926 0.031 0.020 204 A 0.004 0.002 0.024 0.895 0.043 0.032 205 K 0.005 0.003 0.023 0.840 0.068 0.061 206 E 0.006 0.004 0.025 0.548 0.222 0.196 207 Q 0.006 0.002 0.039 0.183 0.397 0.373 208 K 0.029 0.010 0.072 0.094 0.502 0.293 209 L 0.093 0.040 0.084 0.096 0.440 0.248 210 F 0.133 0.027 0.049 0.067 0.529 0.195 211 D 0.079 0.008 0.059 0.077 0.623 0.154 212 G 0.104 0.010 0.061 0.043 0.638 0.145 213 W 0.227 0.017 0.068 0.043 0.519 0.126 214 T 0.386 0.054 0.036 0.028 0.250 0.244 215 E 0.391 0.028 0.057 0.026 0.228 0.271 216 P 0.239 0.017 0.048 0.022 0.259 0.415 217 Q 0.226 0.020 0.038 0.023 0.200 0.493 218 V 0.296 0.053 0.032 0.018 0.219 0.381 219 T 0.250 0.013 0.014 0.013 0.198 0.512 220 F 0.181 0.036 0.018 0.009 0.203 0.553 221 K 0.105 0.023 0.008 0.007 0.291 0.566 222 P 0.111 0.004 0.008 0.009 0.194 0.673 223 T 0.311 0.036 0.010 0.011 0.183 0.450 224 Y 0.427 0.064 0.006 0.012 0.133 0.357 225 K 0.332 0.024 0.009 0.020 0.121 0.495 226 F 0.216 0.064 0.016 0.018 0.147 0.539 227 K 0.126 0.088 0.015 0.015 0.522 0.233 228 P 0.073 0.011 0.020 0.007 0.676 0.213 229 N 0.022 0.011 0.018 0.003 0.820 0.125 230 T 0.027 0.053 0.041 0.005 0.806 0.067 231 D 0.039 0.060 0.067 0.013 0.619 0.201 232 E 0.033 0.040 0.065 0.012 0.680 0.169 233 Y 0.047 0.066 0.034 0.008 0.663 0.183 234 D 0.066 0.055 0.014 0.008 0.676 0.181 235 L 0.077 0.014 0.031 0.008 0.712 0.159 236 S 0.117 0.024 0.026 0.006 0.626 0.201 237 A 0.193 0.057 0.056 0.006 0.429 0.259 238 T 0.176 0.056 0.022 0.006 0.222 0.519 239 P 0.136 0.035 0.063 0.008 0.303 0.454 240 S 0.143 0.036 0.045 0.017 0.435 0.324 241 W 0.185 0.028 0.056 0.020 0.361 0.349 242 T 0.170 0.022 0.037 0.023 0.457 0.291 243 D 0.213 0.004 0.044 0.031 0.354 0.355 244 R 0.642 0.017 0.033 0.036 0.135 0.137 245 A 0.782 0.013 0.024 0.037 0.082 0.062 246 L 0.836 0.011 0.011 0.033 0.058 0.051 247 Y 0.739 0.019 0.014 0.033 0.085 0.110 248 K 0.350 0.017 0.022 0.025 0.330 0.256 249 S 0.078 0.008 0.044 0.024 0.554 0.292 250 G 0.040 0.008 0.041 0.013 0.644 0.254 251 T 0.051 0.024 0.047 0.015 0.679 0.184 252 G 0.076 0.020 0.051 0.027 0.591 0.236 253 K 0.127 0.011 0.071 0.045 0.535 0.210 254 T 0.250 0.011 0.045 0.047 0.406 0.242 255 I 0.492 0.020 0.026 0.042 0.173 0.248 256 Q 0.720 0.014 0.012 0.024 0.072 0.158 257 P 0.805 0.012 0.012 0.022 0.055 0.095 258 L 0.703 0.012 0.015 0.031 0.095 0.144 259 S 0.589 0.016 0.021 0.038 0.144 0.192 260 Y 0.446 0.015 0.046 0.053 0.239 0.203 261 N 0.333 0.019 0.063 0.064 0.340 0.180 262 S 0.268 0.027 0.069 0.065 0.355 0.215 263 L 0.198 0.018 0.062 0.049 0.499 0.174 264 T 0.086 0.006 0.064 0.051 0.588 0.204 265 N 0.141 0.015 0.050 0.052 0.459 0.284 266 Y 0.271 0.052 0.020 0.056 0.280 0.320 267 K 0.339 0.079 0.015 0.084 0.148 0.335 268 Q 0.185 0.057 0.117 0.150 0.338 0.153 269 T 0.069 0.009 0.199 0.118 0.521 0.084 270 E 0.068 0.010 0.169 0.142 0.511 0.100 271 H 0.082 0.030 0.101 0.094 0.521 0.172 272 R 0.108 0.016 0.009 0.010 0.440 0.417 273 P 0.159 0.008 0.021 0.005 0.310 0.496 274 V 0.543 0.013 0.039 0.006 0.232 0.167 275 L 0.873 0.010 0.015 0.002 0.057 0.044 276 A 0.952 0.003 0.002 0.001 0.014 0.028 277 K 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 278 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 279 R 0.923 0.001 0.001 0.001 0.008 0.067 280 V 0.827 0.003 0.001 0.001 0.015 0.153 281 T 0.589 0.011 0.001 0.001 0.032 0.366 282 L 0.036 0.004 0.001 0.001 0.022 0.938