# TARGET T0142 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0142.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 S 0.016 0.014 0.001 0.002 0.002 0.004 0.962 3 P 0.056 0.039 0.003 0.004 0.063 0.018 0.817 4 P 0.053 0.007 0.059 0.027 0.229 0.144 0.480 5 A 0.103 0.010 0.102 0.024 0.335 0.156 0.270 6 Q 0.349 0.010 0.060 0.011 0.159 0.083 0.328 7 L 0.760 0.007 0.003 0.002 0.031 0.008 0.189 8 S 0.960 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.029 9 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 10 H 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 11 T 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 12 V 0.936 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.053 13 S 0.757 0.004 0.002 0.002 0.018 0.003 0.214 14 W 0.539 0.009 0.029 0.012 0.105 0.090 0.215 15 N 0.374 0.027 0.045 0.025 0.156 0.152 0.222 16 S 0.130 0.012 0.065 0.043 0.193 0.188 0.370 17 G 0.057 0.010 0.034 0.038 0.261 0.291 0.310 18 H 0.050 0.010 0.024 0.014 0.303 0.281 0.318 19 E 0.070 0.024 0.015 0.014 0.353 0.078 0.446 20 R 0.097 0.051 0.008 0.022 0.239 0.027 0.557 21 A 0.041 0.018 0.014 0.043 0.090 0.037 0.758 22 P 0.020 0.010 0.061 0.163 0.107 0.122 0.517 23 T 0.017 0.007 0.112 0.286 0.131 0.169 0.278 24 N 0.015 0.007 0.120 0.420 0.087 0.133 0.217 25 L 0.017 0.009 0.087 0.493 0.084 0.080 0.230 26 E 0.019 0.009 0.087 0.579 0.062 0.086 0.157 27 E 0.018 0.005 0.107 0.626 0.051 0.090 0.103 28 L 0.018 0.009 0.124 0.643 0.037 0.091 0.079 29 L 0.020 0.009 0.101 0.548 0.060 0.156 0.105 30 G 0.023 0.010 0.083 0.324 0.083 0.318 0.158 31 L 0.012 0.008 0.056 0.145 0.154 0.203 0.423 32 N 0.011 0.009 0.077 0.076 0.132 0.185 0.511 33 S 0.011 0.010 0.136 0.055 0.168 0.352 0.268 34 G 0.016 0.008 0.102 0.025 0.251 0.313 0.286 35 E 0.043 0.031 0.033 0.015 0.381 0.063 0.433 36 T 0.119 0.037 0.018 0.008 0.150 0.072 0.596 37 P 0.195 0.010 0.005 0.002 0.099 0.018 0.671 38 D 0.458 0.002 0.003 0.001 0.318 0.007 0.213 39 V 0.969 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 40 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 41 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 42 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 43 A 0.859 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.111 44 V 0.661 0.005 0.008 0.008 0.077 0.022 0.218 45 Q 0.628 0.021 0.018 0.018 0.109 0.035 0.170 46 G 0.598 0.021 0.024 0.031 0.089 0.041 0.197 47 F 0.445 0.050 0.024 0.055 0.107 0.041 0.278 48 G 0.255 0.027 0.030 0.098 0.144 0.072 0.374 49 F 0.108 0.012 0.062 0.191 0.175 0.171 0.280 50 Q 0.045 0.011 0.091 0.266 0.170 0.219 0.199 51 T 0.031 0.008 0.120 0.243 0.163 0.215 0.220 52 D 0.020 0.007 0.190 0.301 0.093 0.255 0.135 53 K 0.027 0.006 0.176 0.271 0.112 0.290 0.119 54 P 0.032 0.012 0.137 0.256 0.138 0.209 0.216 55 Q 0.052 0.029 0.070 0.253 0.138 0.116 0.341 56 Q 0.036 0.012 0.070 0.280 0.093 0.135 0.374 57 G 0.026 0.005 0.048 0.361 0.088 0.099 0.375 58 P 0.013 0.004 0.045 0.675 0.041 0.082 0.140 59 A 0.017 0.011 0.029 0.755 0.033 0.063 0.092 60 C 0.005 0.002 0.025 0.915 0.008 0.022 0.022 61 V 0.003 0.001 0.011 0.966 0.004 0.008 0.007 62 K 0.006 0.001 0.014 0.964 0.003 0.009 0.005 63 N 0.003 0.001 0.012 0.963 0.002 0.015 0.004 64 F 0.005 0.001 0.011 0.957 0.003 0.019 0.004 65 Q 0.002 0.001 0.039 0.925 0.003 0.026 0.004 66 S 0.003 0.001 0.031 0.908 0.006 0.048 0.004 67 L 0.003 0.001 0.047 0.815 0.011 0.113 0.010 68 L 0.015 0.014 0.027 0.476 0.134 0.234 0.100 69 T 0.024 0.005 0.027 0.147 0.157 0.255 0.384 70 S 0.041 0.006 0.041 0.071 0.317 0.253 0.271 71 K 0.051 0.003 0.036 0.029 0.298 0.329 0.253 72 G 0.105 0.004 0.032 0.017 0.291 0.270 0.281 73 Y 0.705 0.014 0.008 0.013 0.042 0.021 0.198 74 T 0.880 0.009 0.002 0.010 0.011 0.004 0.082 75 K 0.894 0.006 0.003 0.022 0.011 0.005 0.059 76 L 0.882 0.006 0.003 0.027 0.011 0.008 0.062 77 K 0.788 0.004 0.006 0.044 0.024 0.020 0.114 78 N 0.622 0.005 0.016 0.125 0.054 0.047 0.131 79 T 0.534 0.009 0.015 0.163 0.103 0.046 0.130 80 I 0.565 0.009 0.018 0.203 0.075 0.045 0.086 81 T 0.587 0.016 0.012 0.213 0.036 0.034 0.103 82 E 0.600 0.005 0.009 0.207 0.055 0.038 0.087 83 T 0.755 0.002 0.008 0.129 0.038 0.024 0.043 84 M 0.829 0.004 0.006 0.103 0.014 0.010 0.034 85 G 0.836 0.002 0.006 0.110 0.011 0.008 0.027 86 L 0.802 0.002 0.011 0.137 0.009 0.011 0.028 87 T 0.841 0.003 0.013 0.083 0.012 0.012 0.037 88 V 0.803 0.003 0.014 0.083 0.026 0.014 0.056 89 Y 0.798 0.009 0.015 0.053 0.025 0.017 0.082 90 C 0.539 0.044 0.019 0.051 0.070 0.034 0.242 91 L 0.324 0.011 0.020 0.038 0.094 0.043 0.469 92 E 0.015 0.002 0.359 0.306 0.068 0.210 0.041 93 K 0.008 0.003 0.335 0.311 0.079 0.219 0.044 94 H 0.016 0.008 0.378 0.277 0.056 0.125 0.140 95 L 0.021 0.008 0.248 0.306 0.071 0.164 0.183 96 D 0.036 0.005 0.198 0.251 0.068 0.312 0.129 97 Q 0.058 0.013 0.219 0.261 0.113 0.172 0.164 98 N 0.121 0.023 0.109 0.225 0.111 0.127 0.285 99 T 0.149 0.015 0.084 0.178 0.152 0.171 0.251 100 L 0.144 0.019 0.055 0.146 0.194 0.148 0.293 101 K 0.115 0.011 0.046 0.089 0.126 0.103 0.511 102 N 0.147 0.013 0.045 0.066 0.128 0.154 0.446 103 E 0.211 0.023 0.047 0.077 0.150 0.126 0.366 104 T 0.377 0.026 0.030 0.065 0.118 0.051 0.333 105 I 0.440 0.026 0.028 0.062 0.105 0.047 0.293 106 I 0.466 0.033 0.029 0.055 0.067 0.063 0.288 107 V 0.419 0.027 0.030 0.058 0.095 0.149 0.222 108 T 0.397 0.025 0.027 0.064 0.112 0.151 0.224 109 V 0.224 0.026 0.050 0.083 0.146 0.190 0.281 110 D 0.125 0.017 0.078 0.084 0.225 0.189 0.282 111 D 0.145 0.024 0.115 0.099 0.136 0.270 0.211 112 Q 0.094 0.022 0.072 0.063 0.164 0.486 0.100 113 K 0.098 0.024 0.043 0.033 0.258 0.366 0.178 114 K 0.080 0.017 0.022 0.011 0.282 0.138 0.451 115 S 0.153 0.029 0.021 0.011 0.329 0.187 0.270 116 G 0.367 0.020 0.012 0.003 0.168 0.121 0.309 117 G 0.503 0.007 0.004 0.001 0.049 0.009 0.426 118 I 0.875 0.003 0.002 0.001 0.055 0.004 0.060 119 V 0.974 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 120 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 121 S 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 122 F 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 123 T 0.964 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 124 I 0.871 0.004 0.002 0.001 0.013 0.009 0.100 125 Y 0.407 0.011 0.019 0.003 0.140 0.296 0.124 126 N 0.075 0.002 0.027 0.003 0.184 0.668 0.042 127 K 0.223 0.005 0.019 0.004 0.316 0.267 0.167 128 R 0.831 0.019 0.002 0.002 0.022 0.015 0.110 129 F 0.935 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.056 130 S 0.967 0.001 0.001 0.002 0.013 0.002 0.016 131 F 0.979 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 132 T 0.960 0.001 0.002 0.006 0.005 0.005 0.021 133 T 0.911 0.002 0.005 0.016 0.014 0.005 0.048 134 S 0.699 0.004 0.021 0.040 0.033 0.020 0.184 135 R 0.538 0.017 0.063 0.079 0.070 0.064 0.169 136 M 0.339 0.026 0.100 0.156 0.115 0.084 0.180 137 S 0.134 0.026 0.110 0.204 0.129 0.117 0.280 138 D 0.033 0.009 0.072 0.157 0.184 0.402 0.143 139 E 0.018 0.007 0.041 0.069 0.153 0.493 0.219 140 D 0.015 0.012 0.135 0.270 0.151 0.204 0.212 141 V 0.010 0.006 0.120 0.344 0.151 0.245 0.122 142 T 0.005 0.003 0.147 0.376 0.086 0.258 0.125 143 S 0.006 0.005 0.103 0.525 0.083 0.171 0.106 144 T 0.012 0.004 0.067 0.545 0.076 0.193 0.104 145 N 0.013 0.008 0.084 0.563 0.074 0.121 0.135 146 T 0.016 0.008 0.040 0.661 0.045 0.057 0.174 147 K 0.005 0.002 0.032 0.823 0.026 0.054 0.058 148 Y 0.004 0.002 0.019 0.874 0.024 0.041 0.037 149 A 0.001 0.002 0.007 0.922 0.014 0.024 0.030 150 Y 0.001 0.001 0.002 0.984 0.004 0.005 0.004 151 D 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 152 T 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.002 153 R 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.009 0.001 154 L 0.001 0.001 0.004 0.963 0.003 0.025 0.003 155 D 0.003 0.001 0.012 0.806 0.006 0.165 0.008 156 Y 0.006 0.002 0.022 0.535 0.027 0.360 0.048 157 S 0.032 0.027 0.051 0.292 0.103 0.132 0.363 158 K 0.077 0.020 0.104 0.205 0.120 0.173 0.301 159 K 0.062 0.015 0.079 0.126 0.154 0.232 0.334 160 D 0.061 0.025 0.088 0.047 0.176 0.165 0.439 161 D 0.032 0.011 0.052 0.018 0.305 0.283 0.300 162 P 0.032 0.012 0.057 0.009 0.261 0.409 0.219 163 S 0.129 0.007 0.024 0.006 0.309 0.137 0.388 164 D 0.435 0.010 0.007 0.003 0.158 0.040 0.345 165 F 0.821 0.010 0.004 0.002 0.025 0.006 0.133 166 L 0.959 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.030 167 F 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 168 W 0.955 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 169 I 0.762 0.006 0.002 0.002 0.026 0.009 0.194 170 G 0.543 0.019 0.011 0.004 0.162 0.044 0.218 171 D 0.276 0.015 0.033 0.010 0.169 0.085 0.412 172 L 0.108 0.015 0.130 0.032 0.190 0.384 0.141 173 N 0.175 0.017 0.111 0.071 0.172 0.274 0.179 174 V 0.238 0.024 0.104 0.073 0.147 0.133 0.282 175 R 0.294 0.057 0.040 0.081 0.133 0.088 0.308 176 V 0.260 0.060 0.026 0.051 0.135 0.090 0.378 177 E 0.116 0.022 0.017 0.042 0.191 0.111 0.502 178 T 0.042 0.012 0.046 0.094 0.268 0.206 0.331 179 N 0.017 0.012 0.049 0.174 0.169 0.159 0.421 180 A 0.003 0.002 0.046 0.779 0.053 0.065 0.052 181 T 0.001 0.001 0.024 0.902 0.016 0.039 0.017 182 H 0.001 0.001 0.014 0.935 0.010 0.026 0.012 183 A 0.002 0.001 0.008 0.953 0.005 0.020 0.010 184 K 0.003 0.001 0.008 0.958 0.006 0.017 0.008 185 S 0.007 0.001 0.013 0.945 0.006 0.020 0.010 186 L 0.005 0.002 0.019 0.920 0.012 0.027 0.015 187 V 0.008 0.005 0.032 0.851 0.023 0.052 0.028 188 D 0.006 0.002 0.034 0.760 0.022 0.123 0.052 189 Q 0.002 0.002 0.027 0.549 0.033 0.340 0.046 190 N 0.003 0.003 0.017 0.313 0.126 0.445 0.094 191 N 0.007 0.022 0.014 0.213 0.182 0.117 0.445 192 I 0.002 0.004 0.058 0.769 0.055 0.044 0.068 193 D 0.003 0.001 0.075 0.835 0.018 0.045 0.023 194 G 0.003 0.001 0.091 0.813 0.015 0.059 0.018 195 L 0.003 0.002 0.052 0.817 0.029 0.062 0.035 196 M 0.005 0.003 0.040 0.782 0.024 0.089 0.057 197 A 0.004 0.001 0.039 0.749 0.023 0.137 0.046 198 F 0.003 0.001 0.032 0.733 0.029 0.133 0.069 199 D 0.006 0.007 0.035 0.675 0.041 0.141 0.094 200 Q 0.018 0.014 0.022 0.722 0.055 0.062 0.107 201 L 0.022 0.006 0.018 0.782 0.037 0.043 0.091 202 K 0.020 0.003 0.016 0.834 0.025 0.053 0.050 203 K 0.048 0.004 0.027 0.715 0.046 0.082 0.077 204 A 0.039 0.004 0.040 0.652 0.063 0.111 0.091 205 K 0.029 0.007 0.040 0.566 0.062 0.205 0.092 206 E 0.019 0.003 0.037 0.275 0.103 0.444 0.118 207 Q 0.019 0.004 0.036 0.105 0.169 0.422 0.247 208 K 0.045 0.017 0.038 0.055 0.196 0.116 0.534 209 L 0.117 0.050 0.072 0.104 0.158 0.131 0.367 210 F 0.121 0.038 0.099 0.108 0.107 0.132 0.396 211 D 0.099 0.018 0.129 0.092 0.135 0.241 0.286 212 G 0.130 0.010 0.088 0.092 0.165 0.294 0.222 213 W 0.237 0.036 0.060 0.078 0.162 0.082 0.345 214 T 0.319 0.053 0.033 0.037 0.100 0.049 0.409 215 E 0.333 0.033 0.018 0.013 0.097 0.043 0.463 216 P 0.276 0.025 0.010 0.006 0.087 0.029 0.566 217 Q 0.195 0.079 0.007 0.001 0.067 0.023 0.627 218 V 0.061 0.031 0.001 0.001 0.040 0.003 0.863 219 T 0.063 0.029 0.002 0.001 0.079 0.010 0.818 220 F 0.064 0.124 0.004 0.002 0.317 0.012 0.477 221 K 0.032 0.018 0.009 0.002 0.125 0.028 0.786 222 P 0.047 0.028 0.025 0.003 0.192 0.233 0.474 223 T 0.100 0.048 0.030 0.005 0.233 0.167 0.417 224 Y 0.162 0.051 0.011 0.006 0.334 0.036 0.400 225 K 0.325 0.050 0.007 0.006 0.079 0.019 0.514 226 F 0.369 0.102 0.006 0.003 0.058 0.013 0.450 227 K 0.273 0.038 0.012 0.004 0.051 0.028 0.594 228 P 0.053 0.012 0.052 0.008 0.100 0.665 0.109 229 N 0.024 0.011 0.039 0.007 0.157 0.673 0.089 230 T 0.063 0.022 0.038 0.009 0.298 0.103 0.467 231 D 0.075 0.092 0.047 0.020 0.190 0.231 0.346 232 E 0.058 0.041 0.084 0.019 0.173 0.357 0.267 233 Y 0.064 0.021 0.061 0.018 0.195 0.391 0.250 234 D 0.066 0.021 0.036 0.022 0.237 0.384 0.234 235 L 0.094 0.011 0.016 0.014 0.473 0.133 0.260 236 S 0.140 0.015 0.008 0.006 0.236 0.048 0.547 237 A 0.419 0.093 0.003 0.003 0.083 0.009 0.391 238 T 0.338 0.027 0.002 0.002 0.069 0.004 0.559 239 P 0.251 0.017 0.018 0.011 0.158 0.029 0.517 240 S 0.214 0.032 0.054 0.034 0.164 0.075 0.427 241 W 0.270 0.036 0.116 0.071 0.148 0.075 0.284 242 T 0.361 0.016 0.067 0.064 0.099 0.042 0.352 243 D 0.424 0.016 0.075 0.088 0.126 0.059 0.212 244 R 0.584 0.012 0.063 0.111 0.051 0.059 0.121 245 A 0.621 0.015 0.047 0.128 0.035 0.075 0.078 246 L 0.669 0.016 0.028 0.112 0.039 0.070 0.066 247 Y 0.639 0.028 0.017 0.065 0.050 0.063 0.138 248 K 0.418 0.026 0.015 0.047 0.121 0.095 0.278 249 S 0.168 0.014 0.017 0.028 0.267 0.190 0.316 250 G 0.070 0.013 0.020 0.016 0.332 0.213 0.337 251 T 0.063 0.015 0.027 0.025 0.300 0.102 0.468 252 G 0.087 0.014 0.055 0.059 0.174 0.184 0.428 253 K 0.137 0.019 0.086 0.089 0.197 0.185 0.287 254 T 0.265 0.025 0.063 0.096 0.150 0.097 0.305 255 I 0.413 0.027 0.047 0.126 0.072 0.053 0.262 256 Q 0.496 0.020 0.040 0.110 0.058 0.041 0.234 257 P 0.510 0.021 0.050 0.116 0.057 0.047 0.199 258 L 0.487 0.028 0.056 0.124 0.066 0.055 0.184 259 S 0.424 0.027 0.059 0.101 0.089 0.069 0.231 260 Y 0.324 0.022 0.067 0.093 0.123 0.102 0.270 261 N 0.249 0.016 0.067 0.075 0.158 0.181 0.255 262 S 0.202 0.018 0.058 0.049 0.200 0.150 0.324 263 L 0.138 0.015 0.068 0.045 0.152 0.151 0.430 264 T 0.142 0.010 0.090 0.045 0.195 0.260 0.258 265 N 0.288 0.022 0.068 0.042 0.144 0.154 0.283 266 Y 0.425 0.039 0.022 0.026 0.101 0.030 0.357 267 K 0.601 0.061 0.007 0.016 0.043 0.017 0.255 268 Q 0.465 0.031 0.014 0.015 0.088 0.070 0.317 269 T 0.252 0.016 0.010 0.008 0.187 0.089 0.439 270 E 0.126 0.011 0.008 0.004 0.350 0.113 0.388 271 H 0.115 0.010 0.009 0.006 0.536 0.072 0.251 272 R 0.187 0.009 0.008 0.004 0.370 0.025 0.398 273 P 0.468 0.032 0.008 0.002 0.072 0.012 0.406 274 V 0.784 0.010 0.003 0.001 0.039 0.004 0.158 275 L 0.893 0.006 0.005 0.001 0.023 0.002 0.070 276 A 0.943 0.003 0.005 0.001 0.004 0.001 0.043 277 K 0.967 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.025 278 F 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 279 R 0.955 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.037 280 V 0.823 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.157 281 T 0.635 0.016 0.001 0.001 0.003 0.007 0.338 282 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995