PFRMAT SS
TARGET T0142
METHOD Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net
METHOD This is a 4-layer network, with 
METHOD	window	units
METHOD	    5	   15
METHOD	    7	   15
METHOD	    9	   15
METHOD	   13	   11 (1 ABCDEFGHIST )
METHOD The input amino acid frequencies were determined from
METHOD alignment T0142.t2k-thin90.a2m.gz
METHOD with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1)
METHOD Counts were regularized to probabilities using
METHOD /projects/compbio/lib/recode3.20comp
METHOD Total sequence weight for alignment was 61
METHOD
MODEL 1
G E 0.227
S B 0.236
P B 0.303
P I 0.229
A I 0.184
Q A 0.251
L E 0.488
S E 0.673
V E 0.555
H E 0.713
T E 0.520
V E 0.378
S E 0.389
W E 0.300
N E 0.206
S H 0.166
G D 0.227
H S 0.351
E C 0.243
R B 0.338
A B 0.407
P B 0.201
T H 0.319
N S 0.257
L H 0.296
E H 0.420
E H 0.476
L H 0.475
L H 0.347
G H 0.223
L H 0.205
N S 0.163
S H 0.180
G S 0.192
E C 0.286
T B 0.215
P E 0.428
D E 0.324
V E 0.690
I E 0.731
A A 0.481
V E 0.207
A B 0.241
V A 0.317
Q B 0.199
G E 0.347
F E 0.201
G B 0.230
F H 0.266
Q H 0.269
T H 0.257
D H 0.308
K H 0.259
P H 0.247
Q H 0.250
Q H 0.199
G B 0.227
P H 0.422
A H 0.678
C H 0.788
V H 0.913
K H 0.941
N H 0.928
F H 0.848
Q H 0.790
S H 0.745
L H 0.466
L S 0.238
T H 0.172
S H 0.190
K I 0.179
G S 0.168
Y E 0.431
T E 0.539
K A 0.460
L E 0.347
K E 0.338
N E 0.246
T H 0.225
I E 0.248
T H 0.255
E H 0.290
T H 0.271
M E 0.442
G E 0.528
L E 0.530
T E 0.554
V E 0.507
Y E 0.380
C E 0.278
L B 0.405
E I 0.385
K H 0.424
H S 0.403
L B 0.268
D H 0.316
Q E 0.181
N A 0.274
T H 0.195
L E 0.271
K E 0.243
N E 0.188
E E 0.253
T B 0.271
I E 0.185
I E 0.152
V D 0.259
T H 0.183
V H 0.158
D H 0.170
D H 0.343
Q H 0.146
K S 0.210
K S 0.238
S B 0.194
G E 0.204
G E 0.483
I E 0.668
V E 0.599
T E 0.558
S E 0.542
F E 0.613
T E 0.445
I A 0.268
Y D 0.476
N I 0.265
K E 0.412
R E 0.571
F E 0.544
S E 0.570
F A 0.506
T E 0.327
T E 0.397
S H 0.271
R H 0.234
M H 0.277
S H 0.180
D B 0.202
E S 0.406
D E 0.258
V H 0.309
T S 0.225
S H 0.391
T H 0.496
N H 0.427
T H 0.511
K H 0.689
Y H 0.831
A H 0.836
Y H 0.877
D H 0.944
T H 0.946
R H 0.914
L H 0.791
D H 0.773
Y H 0.506
S S 0.196
K H 0.370
K H 0.224
D I 0.200
D I 0.216
P S 0.279
S E 0.277
D E 0.250
F E 0.606
L E 0.733
F E 0.730
W A 0.445
I S 0.197
G D 0.273
D E 0.257
L I 0.199
N E 0.224
V E 0.372
R E 0.406
V E 0.301
E E 0.262
T B 0.177
N B 0.275
A H 0.385
T H 0.685
H H 0.762
A H 0.797
K H 0.868
S H 0.901
L H 0.876
V H 0.783
D H 0.638
Q H 0.422
N S 0.267
N H 0.223
I H 0.565
D H 0.830
G H 0.833
L H 0.844
M H 0.787
A H 0.853
F H 0.888
D H 0.852
Q H 0.898
L H 0.911
K H 0.811
K H 0.756
A H 0.605
K H 0.409
E B 0.320
Q S 0.575
K B 0.254
L E 0.224
F E 0.234
D G 0.201
G S 0.223
W E 0.236
T E 0.188
E E 0.178
P B 0.236
Q E 0.339
V E 0.428
T E 0.291
F B 0.344
K B 0.383
P E 0.345
T E 0.331
Y E 0.344
K E 0.359
F E 0.348
K E 0.404
P H 0.306
N S 0.521
T B 0.293
D S 0.155
E I 0.173
Y E 0.171
D E 0.193
L S 0.178
S S 0.166
A B 0.192
T B 0.342
P E 0.258
S H 0.273
W S 0.276
T B 0.197
D H 0.331
R H 0.273
A H 0.292
L H 0.240
Y E 0.211
K B 0.221
S H 0.189
G H 0.167
T B 0.175
G B 0.171
K E 0.177
T E 0.324
I E 0.265
Q E 0.300
P E 0.298
L E 0.248
S E 0.215
Y E 0.229
N H 0.239
S H 0.176
L E 0.189
T H 0.192
N E 0.234
Y E 0.349
K E 0.371
Q E 0.224
T B 0.230
E G 0.245
H S 0.235
R B 0.420
P E 0.443
V E 0.412
L A 0.420
A E 0.625
K A 0.462
F E 0.598
R A 0.429
V E 0.490
T E 0.506
L E 0.333
END