PFRMAT SS TARGET T0142 METHOD Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net METHOD This is a 4-layer network, with METHOD window units METHOD 5 15 METHOD 7 15 METHOD 9 15 METHOD 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) METHOD The input amino acid frequencies were determined from METHOD alignment T0142.t2k-thin90.a2m.gz METHOD with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) METHOD Counts were regularized to probabilities using METHOD /projects/compbio/lib/recode3.20comp METHOD Total sequence weight for alignment was 61 METHOD MODEL 1 G E 0.227 S B 0.236 P B 0.303 P I 0.229 A I 0.184 Q A 0.251 L E 0.488 S E 0.673 V E 0.555 H E 0.713 T E 0.520 V E 0.378 S E 0.389 W E 0.300 N E 0.206 S H 0.166 G D 0.227 H S 0.351 E C 0.243 R B 0.338 A B 0.407 P B 0.201 T H 0.319 N S 0.257 L H 0.296 E H 0.420 E H 0.476 L H 0.475 L H 0.347 G H 0.223 L H 0.205 N S 0.163 S H 0.180 G S 0.192 E C 0.286 T B 0.215 P E 0.428 D E 0.324 V E 0.690 I E 0.731 A A 0.481 V E 0.207 A B 0.241 V A 0.317 Q B 0.199 G E 0.347 F E 0.201 G B 0.230 F H 0.266 Q H 0.269 T H 0.257 D H 0.308 K H 0.259 P H 0.247 Q H 0.250 Q H 0.199 G B 0.227 P H 0.422 A H 0.678 C H 0.788 V H 0.913 K H 0.941 N H 0.928 F H 0.848 Q H 0.790 S H 0.745 L H 0.466 L S 0.238 T H 0.172 S H 0.190 K I 0.179 G S 0.168 Y E 0.431 T E 0.539 K A 0.460 L E 0.347 K E 0.338 N E 0.246 T H 0.225 I E 0.248 T H 0.255 E H 0.290 T H 0.271 M E 0.442 G E 0.528 L E 0.530 T E 0.554 V E 0.507 Y E 0.380 C E 0.278 L B 0.405 E I 0.385 K H 0.424 H S 0.403 L B 0.268 D H 0.316 Q E 0.181 N A 0.274 T H 0.195 L E 0.271 K E 0.243 N E 0.188 E E 0.253 T B 0.271 I E 0.185 I E 0.152 V D 0.259 T H 0.183 V H 0.158 D H 0.170 D H 0.343 Q H 0.146 K S 0.210 K S 0.238 S B 0.194 G E 0.204 G E 0.483 I E 0.668 V E 0.599 T E 0.558 S E 0.542 F E 0.613 T E 0.445 I A 0.268 Y D 0.476 N I 0.265 K E 0.412 R E 0.571 F E 0.544 S E 0.570 F A 0.506 T E 0.327 T E 0.397 S H 0.271 R H 0.234 M H 0.277 S H 0.180 D B 0.202 E S 0.406 D E 0.258 V H 0.309 T S 0.225 S H 0.391 T H 0.496 N H 0.427 T H 0.511 K H 0.689 Y H 0.831 A H 0.836 Y H 0.877 D H 0.944 T H 0.946 R H 0.914 L H 0.791 D H 0.773 Y H 0.506 S S 0.196 K H 0.370 K H 0.224 D I 0.200 D I 0.216 P S 0.279 S E 0.277 D E 0.250 F E 0.606 L E 0.733 F E 0.730 W A 0.445 I S 0.197 G D 0.273 D E 0.257 L I 0.199 N E 0.224 V E 0.372 R E 0.406 V E 0.301 E E 0.262 T B 0.177 N B 0.275 A H 0.385 T H 0.685 H H 0.762 A H 0.797 K H 0.868 S H 0.901 L H 0.876 V H 0.783 D H 0.638 Q H 0.422 N S 0.267 N H 0.223 I H 0.565 D H 0.830 G H 0.833 L H 0.844 M H 0.787 A H 0.853 F H 0.888 D H 0.852 Q H 0.898 L H 0.911 K H 0.811 K H 0.756 A H 0.605 K H 0.409 E B 0.320 Q S 0.575 K B 0.254 L E 0.224 F E 0.234 D G 0.201 G S 0.223 W E 0.236 T E 0.188 E E 0.178 P B 0.236 Q E 0.339 V E 0.428 T E 0.291 F B 0.344 K B 0.383 P E 0.345 T E 0.331 Y E 0.344 K E 0.359 F E 0.348 K E 0.404 P H 0.306 N S 0.521 T B 0.293 D S 0.155 E I 0.173 Y E 0.171 D E 0.193 L S 0.178 S S 0.166 A B 0.192 T B 0.342 P E 0.258 S H 0.273 W S 0.276 T B 0.197 D H 0.331 R H 0.273 A H 0.292 L H 0.240 Y E 0.211 K B 0.221 S H 0.189 G H 0.167 T B 0.175 G B 0.171 K E 0.177 T E 0.324 I E 0.265 Q E 0.300 P E 0.298 L E 0.248 S E 0.215 Y E 0.229 N H 0.239 S H 0.176 L E 0.189 T H 0.192 N E 0.234 Y E 0.349 K E 0.371 Q E 0.224 T B 0.230 E G 0.245 H S 0.235 R B 0.420 P E 0.443 V E 0.412 L A 0.420 A E 0.625 K A 0.462 F E 0.598 R A 0.429 V E 0.490 T E 0.506 L E 0.333 END