# TARGET T0141 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0141.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.010 0.004 0.013 0.183 0.749 2 L 0.117 0.066 0.009 0.028 0.134 0.646 3 L 0.110 0.059 0.035 0.040 0.285 0.471 4 D 0.065 0.024 0.059 0.041 0.585 0.226 5 E 0.039 0.007 0.042 0.026 0.694 0.192 6 G 0.047 0.010 0.024 0.023 0.724 0.173 7 W 0.186 0.053 0.017 0.030 0.432 0.283 8 L 0.381 0.062 0.018 0.035 0.263 0.241 9 A 0.287 0.017 0.051 0.058 0.311 0.276 10 E 0.237 0.020 0.075 0.057 0.342 0.268 11 A 0.256 0.013 0.111 0.070 0.321 0.228 12 R 0.275 0.014 0.051 0.041 0.283 0.335 13 R 0.436 0.055 0.027 0.023 0.171 0.289 14 V 0.316 0.047 0.009 0.017 0.179 0.432 15 P 0.165 0.064 0.011 0.023 0.193 0.544 16 S 0.078 0.059 0.024 0.018 0.561 0.260 17 P 0.033 0.008 0.070 0.032 0.679 0.178 18 H 0.032 0.012 0.090 0.034 0.684 0.148 19 Y 0.061 0.063 0.100 0.037 0.606 0.133 20 D 0.081 0.024 0.039 0.035 0.435 0.387 21 C 0.091 0.077 0.047 0.035 0.351 0.399 22 R 0.037 0.038 0.032 0.025 0.441 0.426 23 P 0.026 0.020 0.080 0.029 0.568 0.277 24 D 0.021 0.016 0.079 0.029 0.612 0.243 25 D 0.029 0.011 0.090 0.028 0.666 0.177 26 E 0.053 0.025 0.044 0.021 0.564 0.293 27 N 0.091 0.022 0.019 0.007 0.333 0.527 28 P 0.154 0.006 0.016 0.007 0.297 0.521 29 S 0.362 0.005 0.011 0.005 0.136 0.481 30 L 0.949 0.006 0.002 0.002 0.011 0.031 31 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 32 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 33 V 0.948 0.001 0.001 0.003 0.010 0.038 34 H 0.763 0.005 0.003 0.007 0.069 0.153 35 N 0.263 0.010 0.020 0.013 0.280 0.414 36 I 0.170 0.024 0.027 0.015 0.361 0.404 37 S 0.059 0.020 0.022 0.018 0.364 0.518 38 L 0.031 0.021 0.012 0.031 0.397 0.509 39 P 0.016 0.006 0.015 0.073 0.415 0.475 40 P 0.003 0.002 0.066 0.571 0.264 0.093 41 G 0.002 0.001 0.083 0.665 0.205 0.044 42 E 0.004 0.002 0.079 0.702 0.175 0.038 43 F 0.008 0.006 0.035 0.794 0.095 0.062 44 G 0.014 0.009 0.025 0.777 0.072 0.102 45 G 0.024 0.005 0.039 0.639 0.125 0.167 46 P 0.024 0.004 0.043 0.674 0.098 0.157 47 W 0.019 0.005 0.025 0.785 0.055 0.112 48 I 0.009 0.003 0.020 0.908 0.028 0.033 49 D 0.009 0.002 0.024 0.923 0.025 0.016 50 A 0.007 0.001 0.035 0.922 0.024 0.011 51 L 0.004 0.001 0.029 0.941 0.019 0.007 52 F 0.002 0.001 0.028 0.941 0.016 0.012 53 T 0.003 0.001 0.035 0.803 0.067 0.092 54 G 0.008 0.001 0.045 0.500 0.138 0.307 55 T 0.029 0.021 0.019 0.140 0.205 0.587 56 I 0.066 0.124 0.015 0.069 0.184 0.542 57 D 0.027 0.024 0.021 0.034 0.719 0.175 58 P 0.006 0.003 0.137 0.065 0.722 0.067 59 N 0.005 0.004 0.110 0.030 0.797 0.055 60 A 0.011 0.021 0.064 0.041 0.783 0.080 61 H 0.019 0.024 0.039 0.077 0.386 0.455 62 P 0.033 0.021 0.141 0.252 0.336 0.218 63 Y 0.054 0.020 0.211 0.250 0.333 0.131 64 F 0.079 0.025 0.221 0.283 0.270 0.121 65 A 0.136 0.026 0.151 0.266 0.276 0.145 66 G 0.109 0.022 0.088 0.260 0.271 0.250 67 I 0.054 0.018 0.052 0.149 0.493 0.234 68 A 0.030 0.010 0.117 0.128 0.553 0.162 69 H 0.056 0.012 0.112 0.053 0.607 0.159 70 L 0.171 0.042 0.081 0.019 0.509 0.179 71 R 0.409 0.016 0.016 0.004 0.205 0.350 72 V 0.725 0.020 0.004 0.001 0.059 0.191 73 S 0.818 0.008 0.002 0.001 0.038 0.134 74 A 0.875 0.001 0.002 0.001 0.028 0.093 75 H 0.960 0.002 0.002 0.001 0.009 0.026 76 C 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 77 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 78 I 0.977 0.006 0.001 0.001 0.006 0.011 79 R 0.683 0.014 0.001 0.001 0.291 0.011 80 R 0.065 0.001 0.005 0.002 0.913 0.013 81 D 0.026 0.001 0.002 0.001 0.964 0.007 82 G 0.112 0.004 0.003 0.001 0.863 0.017 83 E 0.826 0.008 0.001 0.001 0.049 0.116 84 I 0.979 0.005 0.001 0.001 0.005 0.011 85 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 86 Q 0.980 0.003 0.001 0.001 0.005 0.012 87 Y 0.898 0.007 0.001 0.001 0.019 0.076 88 V 0.549 0.027 0.001 0.001 0.049 0.375 89 P 0.083 0.005 0.001 0.004 0.127 0.780 90 F 0.008 0.002 0.348 0.389 0.168 0.085 91 D 0.010 0.002 0.476 0.319 0.167 0.026 92 K 0.007 0.003 0.580 0.283 0.117 0.010 93 R 0.034 0.009 0.168 0.470 0.198 0.122 94 A 0.059 0.018 0.130 0.515 0.206 0.071 95 W 0.057 0.006 0.082 0.458 0.253 0.144 96 H 0.081 0.009 0.051 0.323 0.319 0.216 97 A 0.065 0.021 0.045 0.274 0.302 0.294 98 G 0.107 0.014 0.042 0.109 0.376 0.352 99 V 0.133 0.025 0.047 0.079 0.395 0.321 100 S 0.171 0.028 0.066 0.092 0.333 0.309 101 S 0.188 0.031 0.076 0.111 0.373 0.221 102 Y 0.163 0.022 0.076 0.112 0.453 0.173 103 Q 0.117 0.011 0.055 0.079 0.502 0.235 104 G 0.087 0.026 0.040 0.047 0.523 0.277 105 R 0.080 0.025 0.053 0.034 0.515 0.293 106 E 0.087 0.027 0.082 0.027 0.500 0.277 107 R 0.107 0.024 0.072 0.023 0.466 0.308 108 C 0.181 0.055 0.045 0.015 0.376 0.327 109 N 0.247 0.064 0.021 0.007 0.328 0.333 110 D 0.235 0.012 0.069 0.011 0.398 0.274 111 F 0.461 0.019 0.049 0.010 0.251 0.209 112 S 0.704 0.017 0.016 0.005 0.140 0.117 113 I 0.766 0.006 0.004 0.004 0.088 0.132 114 G 0.804 0.005 0.002 0.004 0.065 0.119 115 I 0.879 0.010 0.002 0.004 0.033 0.073 116 E 0.885 0.006 0.002 0.005 0.030 0.073 117 L 0.810 0.008 0.005 0.007 0.061 0.110 118 E 0.611 0.018 0.010 0.010 0.129 0.222 119 G 0.169 0.023 0.017 0.012 0.295 0.485 120 T 0.045 0.010 0.027 0.013 0.470 0.435 121 D 0.014 0.007 0.030 0.010 0.561 0.377 122 T 0.012 0.015 0.083 0.023 0.627 0.240 123 L 0.015 0.010 0.076 0.031 0.646 0.223 124 A 0.012 0.011 0.030 0.019 0.391 0.537 125 Y 0.011 0.035 0.009 0.025 0.282 0.639 126 T 0.003 0.004 0.002 0.034 0.069 0.889 127 D 0.001 0.001 0.003 0.976 0.008 0.013 128 A 0.001 0.001 0.002 0.984 0.010 0.004 129 Q 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.002 130 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 131 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 132 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 133 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 134 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 135 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 136 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 137 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 138 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 139 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 140 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.008 0.002 141 I 0.001 0.001 0.009 0.955 0.029 0.006 142 T 0.001 0.001 0.021 0.901 0.058 0.019 143 R 0.001 0.001 0.026 0.789 0.113 0.071 144 Y 0.003 0.004 0.018 0.428 0.198 0.350 145 P 0.003 0.002 0.008 0.012 0.168 0.807 146 A 0.009 0.009 0.003 0.008 0.243 0.728 147 I 0.008 0.004 0.011 0.011 0.320 0.645 148 A 0.006 0.003 0.556 0.095 0.288 0.053 149 N 0.019 0.001 0.663 0.050 0.226 0.041 150 N 0.038 0.004 0.701 0.067 0.161 0.029 151 M 0.228 0.026 0.106 0.118 0.219 0.303 152 T 0.277 0.052 0.054 0.142 0.207 0.267 153 G 0.234 0.021 0.068 0.156 0.203 0.317 154 H 0.120 0.011 0.283 0.176 0.270 0.140 155 C 0.062 0.014 0.379 0.137 0.285 0.124 156 N 0.079 0.012 0.317 0.106 0.333 0.153 157 I 0.075 0.056 0.130 0.077 0.398 0.263 158 A 0.051 0.019 0.032 0.035 0.497 0.366 159 P 0.068 0.020 0.063 0.042 0.475 0.332 160 E 0.088 0.027 0.080 0.040 0.565 0.201 161 R 0.211 0.045 0.072 0.040 0.442 0.190 162 K 0.265 0.057 0.046 0.041 0.281 0.310 163 T 0.148 0.110 0.039 0.038 0.280 0.385 164 D 0.039 0.060 0.007 0.011 0.562 0.321 165 P 0.015 0.013 0.028 0.014 0.729 0.201 166 G 0.003 0.013 0.024 0.002 0.936 0.022 167 P 0.007 0.006 0.031 0.003 0.935 0.017 168 S 0.011 0.008 0.060 0.010 0.827 0.083 169 F 0.044 0.086 0.016 0.013 0.669 0.172 170 D 0.036 0.041 0.022 0.061 0.337 0.503 171 W 0.001 0.001 0.050 0.857 0.064 0.027 172 A 0.001 0.001 0.022 0.875 0.078 0.024 173 R 0.001 0.001 0.021 0.950 0.023 0.005 174 F 0.002 0.001 0.011 0.952 0.026 0.008 175 R 0.003 0.001 0.020 0.952 0.022 0.003 176 A 0.003 0.001 0.045 0.846 0.084 0.021 177 L 0.002 0.001 0.029 0.790 0.114 0.065 178 V 0.002 0.015 0.019 0.628 0.140 0.196 179 T 0.003 0.005 0.014 0.108 0.249 0.621 180 P 0.014 0.009 0.045 0.096 0.369 0.467 181 S 0.024 0.009 0.052 0.082 0.372 0.462 182 S 0.020 0.019 0.099 0.090 0.440 0.332 183 H 0.036 0.017 0.102 0.072 0.468 0.304 184 K 0.025 0.010 0.295 0.093 0.380 0.197 185 E 0.038 0.025 0.191 0.106 0.307 0.335 186 M 0.036 0.025 0.068 0.097 0.236 0.539 187 T 0.002 0.004 0.002 0.011 0.035 0.947