# TARGET T0141 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0141.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 L 0.143 0.056 0.004 0.054 0.004 0.017 0.721 3 L 0.148 0.029 0.010 0.066 0.116 0.052 0.579 4 D 0.128 0.012 0.024 0.103 0.134 0.127 0.473 5 E 0.095 0.008 0.040 0.117 0.196 0.263 0.281 6 G 0.116 0.009 0.065 0.113 0.188 0.247 0.262 7 W 0.196 0.035 0.050 0.108 0.136 0.061 0.415 8 L 0.296 0.040 0.054 0.146 0.087 0.070 0.307 9 A 0.171 0.026 0.102 0.167 0.090 0.215 0.229 10 E 0.117 0.017 0.106 0.121 0.131 0.260 0.248 11 A 0.104 0.015 0.143 0.116 0.166 0.191 0.265 12 R 0.156 0.018 0.082 0.075 0.154 0.140 0.375 13 R 0.192 0.072 0.041 0.051 0.153 0.064 0.427 14 V 0.098 0.041 0.011 0.019 0.179 0.033 0.619 15 P 0.037 0.040 0.012 0.015 0.214 0.058 0.624 16 S 0.020 0.033 0.018 0.015 0.196 0.061 0.656 17 P 0.009 0.011 0.094 0.032 0.201 0.296 0.356 18 H 0.006 0.012 0.146 0.032 0.145 0.269 0.390 19 Y 0.009 0.021 0.283 0.048 0.161 0.201 0.278 20 D 0.017 0.016 0.162 0.052 0.160 0.258 0.335 21 C 0.017 0.040 0.110 0.044 0.223 0.123 0.443 22 R 0.015 0.049 0.052 0.036 0.148 0.055 0.643 23 P 0.014 0.010 0.086 0.047 0.118 0.225 0.499 24 D 0.009 0.014 0.173 0.044 0.108 0.465 0.187 25 D 0.021 0.015 0.151 0.028 0.201 0.273 0.312 26 E 0.060 0.050 0.055 0.024 0.279 0.090 0.443 27 N 0.159 0.071 0.009 0.006 0.164 0.034 0.557 28 P 0.123 0.004 0.001 0.001 0.065 0.004 0.801 29 S 0.324 0.001 0.001 0.001 0.468 0.002 0.205 30 L 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 31 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 34 H 0.876 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.102 35 N 0.379 0.004 0.008 0.004 0.131 0.026 0.447 36 I 0.125 0.035 0.029 0.013 0.299 0.071 0.428 37 S 0.058 0.020 0.025 0.022 0.483 0.097 0.296 38 L 0.022 0.017 0.035 0.051 0.403 0.107 0.365 39 P 0.010 0.027 0.032 0.102 0.227 0.089 0.514 40 P 0.002 0.002 0.123 0.490 0.071 0.178 0.134 41 G 0.001 0.001 0.109 0.689 0.053 0.106 0.041 42 E 0.002 0.002 0.129 0.684 0.042 0.101 0.040 43 F 0.003 0.006 0.082 0.717 0.029 0.091 0.072 44 G 0.006 0.008 0.049 0.684 0.021 0.154 0.078 45 G 0.010 0.003 0.030 0.731 0.031 0.137 0.058 46 P 0.010 0.004 0.020 0.811 0.028 0.050 0.078 47 W 0.006 0.004 0.013 0.867 0.024 0.020 0.065 48 I 0.005 0.002 0.010 0.923 0.011 0.020 0.029 49 D 0.005 0.001 0.012 0.925 0.013 0.025 0.019 50 A 0.005 0.001 0.016 0.914 0.015 0.033 0.015 51 L 0.005 0.001 0.018 0.865 0.026 0.057 0.027 52 F 0.007 0.008 0.032 0.717 0.019 0.173 0.043 53 T 0.010 0.004 0.040 0.377 0.059 0.425 0.086 54 G 0.013 0.004 0.035 0.186 0.144 0.461 0.157 55 T 0.015 0.018 0.016 0.043 0.280 0.067 0.561 56 I 0.017 0.059 0.013 0.028 0.193 0.024 0.667 57 D 0.008 0.015 0.011 0.010 0.065 0.021 0.869 58 P 0.002 0.003 0.122 0.056 0.105 0.622 0.090 59 N 0.002 0.002 0.126 0.046 0.087 0.666 0.071 60 A 0.007 0.013 0.245 0.125 0.168 0.228 0.214 61 H 0.019 0.025 0.104 0.166 0.203 0.166 0.317 62 P 0.033 0.020 0.186 0.261 0.111 0.202 0.188 63 Y 0.054 0.027 0.188 0.283 0.092 0.167 0.189 64 F 0.093 0.039 0.159 0.347 0.062 0.132 0.168 65 A 0.115 0.016 0.141 0.307 0.063 0.183 0.175 66 G 0.092 0.019 0.091 0.232 0.133 0.256 0.177 67 I 0.071 0.017 0.065 0.053 0.176 0.120 0.496 68 A 0.020 0.006 0.072 0.023 0.171 0.586 0.122 69 H 0.020 0.004 0.061 0.007 0.194 0.619 0.096 70 L 0.068 0.009 0.034 0.003 0.429 0.135 0.322 71 R 0.256 0.031 0.014 0.001 0.207 0.062 0.429 72 V 0.600 0.053 0.006 0.001 0.054 0.011 0.276 73 S 0.784 0.016 0.007 0.001 0.027 0.015 0.151 74 A 0.896 0.004 0.005 0.001 0.018 0.020 0.056 75 H 0.924 0.002 0.002 0.001 0.016 0.010 0.045 76 C 0.955 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.032 77 L 0.971 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 78 I 0.922 0.034 0.001 0.001 0.003 0.001 0.040 79 R 0.559 0.019 0.001 0.001 0.025 0.015 0.381 80 R 0.073 0.005 0.004 0.001 0.267 0.571 0.079 81 D 0.006 0.002 0.004 0.001 0.136 0.841 0.013 82 G 0.070 0.003 0.005 0.001 0.545 0.235 0.142 83 E 0.534 0.022 0.001 0.001 0.046 0.007 0.391 84 I 0.891 0.040 0.001 0.001 0.003 0.001 0.064 85 V 0.960 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 86 Q 0.961 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.030 87 Y 0.957 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.034 88 V 0.917 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.067 89 P 0.710 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.273 90 F 0.145 0.005 0.462 0.078 0.065 0.171 0.075 91 D 0.038 0.002 0.456 0.053 0.132 0.285 0.034 92 K 0.066 0.003 0.503 0.107 0.089 0.176 0.057 93 R 0.356 0.027 0.072 0.139 0.073 0.064 0.268 94 A 0.550 0.018 0.026 0.064 0.044 0.062 0.235 95 W 0.718 0.014 0.034 0.047 0.057 0.051 0.078 96 H 0.663 0.026 0.030 0.045 0.051 0.034 0.150 97 A 0.485 0.013 0.029 0.034 0.081 0.067 0.291 98 G 0.356 0.023 0.029 0.024 0.131 0.124 0.314 99 V 0.212 0.030 0.057 0.042 0.218 0.160 0.281 100 S 0.126 0.023 0.089 0.057 0.209 0.137 0.359 101 S 0.088 0.033 0.115 0.089 0.203 0.217 0.255 102 Y 0.078 0.027 0.095 0.075 0.194 0.321 0.211 103 Q 0.052 0.022 0.061 0.071 0.253 0.373 0.169 104 G 0.035 0.014 0.045 0.046 0.232 0.346 0.283 105 R 0.049 0.024 0.087 0.053 0.203 0.221 0.363 106 E 0.079 0.023 0.143 0.056 0.174 0.290 0.235 107 R 0.106 0.029 0.125 0.047 0.184 0.290 0.218 108 C 0.115 0.041 0.082 0.034 0.228 0.165 0.335 109 N 0.146 0.018 0.057 0.017 0.194 0.123 0.444 110 D 0.186 0.011 0.060 0.015 0.254 0.162 0.311 111 F 0.384 0.025 0.036 0.012 0.229 0.116 0.198 112 S 0.562 0.021 0.009 0.003 0.077 0.015 0.313 113 I 0.646 0.011 0.007 0.001 0.068 0.015 0.251 114 G 0.860 0.005 0.006 0.001 0.028 0.012 0.089 115 I 0.927 0.003 0.003 0.001 0.009 0.004 0.053 116 E 0.956 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 117 L 0.900 0.013 0.001 0.001 0.007 0.002 0.075 118 E 0.728 0.029 0.004 0.002 0.034 0.017 0.186 119 G 0.259 0.028 0.013 0.003 0.186 0.097 0.413 120 T 0.054 0.009 0.018 0.003 0.325 0.200 0.391 121 D 0.012 0.008 0.037 0.005 0.326 0.428 0.183 122 T 0.008 0.009 0.042 0.004 0.488 0.220 0.230 123 L 0.012 0.008 0.031 0.008 0.446 0.144 0.352 124 A 0.031 0.063 0.024 0.013 0.215 0.108 0.545 125 Y 0.009 0.030 0.009 0.017 0.226 0.023 0.687 126 T 0.003 0.006 0.001 0.033 0.093 0.005 0.860 127 D 0.001 0.001 0.006 0.984 0.002 0.006 0.001 128 A 0.001 0.001 0.005 0.989 0.002 0.004 0.001 129 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 130 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 131 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 132 Q 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 133 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.005 0.002 134 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 135 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 136 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 137 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 138 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 139 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 141 I 0.001 0.001 0.002 0.978 0.002 0.016 0.002 142 T 0.001 0.001 0.006 0.901 0.003 0.087 0.002 143 R 0.001 0.001 0.010 0.685 0.019 0.272 0.013 144 Y 0.002 0.004 0.011 0.243 0.249 0.336 0.156 145 P 0.004 0.004 0.009 0.011 0.217 0.173 0.583 146 A 0.021 0.048 0.011 0.011 0.258 0.028 0.623 147 I 0.021 0.009 0.009 0.004 0.061 0.011 0.886 148 A 0.003 0.001 0.728 0.077 0.026 0.142 0.023 149 N 0.005 0.001 0.709 0.068 0.030 0.168 0.018 150 N 0.014 0.010 0.742 0.051 0.037 0.083 0.064 151 M 0.219 0.115 0.104 0.084 0.064 0.074 0.339 152 T 0.263 0.031 0.053 0.051 0.085 0.124 0.394 153 G 0.277 0.031 0.057 0.066 0.120 0.161 0.288 154 H 0.142 0.024 0.069 0.065 0.126 0.101 0.474 155 C 0.145 0.012 0.080 0.047 0.269 0.154 0.293 156 N 0.189 0.017 0.067 0.025 0.202 0.141 0.359 157 I 0.169 0.096 0.025 0.013 0.223 0.038 0.437 158 A 0.068 0.019 0.011 0.007 0.156 0.029 0.711 159 P 0.042 0.024 0.095 0.027 0.213 0.306 0.293 160 E 0.050 0.014 0.094 0.025 0.254 0.250 0.313 161 R 0.126 0.035 0.131 0.043 0.270 0.097 0.296 162 K 0.225 0.084 0.059 0.050 0.091 0.056 0.434 163 T 0.268 0.082 0.051 0.040 0.130 0.097 0.333 164 D 0.114 0.041 0.035 0.034 0.148 0.090 0.538 165 P 0.029 0.013 0.072 0.057 0.218 0.364 0.246 166 G 0.016 0.015 0.111 0.026 0.217 0.324 0.291 167 P 0.010 0.004 0.121 0.017 0.188 0.494 0.167 168 S 0.015 0.014 0.068 0.016 0.272 0.400 0.216 169 F 0.025 0.119 0.015 0.015 0.363 0.026 0.436 170 D 0.032 0.048 0.016 0.065 0.087 0.039 0.713 171 W 0.001 0.001 0.055 0.893 0.011 0.024 0.015 172 A 0.001 0.001 0.043 0.938 0.005 0.008 0.005 173 R 0.001 0.001 0.020 0.967 0.002 0.008 0.003 174 F 0.001 0.001 0.006 0.980 0.002 0.008 0.003 175 R 0.001 0.001 0.017 0.959 0.002 0.018 0.003 176 A 0.001 0.001 0.024 0.904 0.004 0.064 0.003 177 L 0.001 0.001 0.042 0.808 0.006 0.135 0.006 178 V 0.005 0.016 0.031 0.484 0.133 0.254 0.077 179 T 0.006 0.013 0.020 0.127 0.156 0.402 0.277 180 P 0.005 0.008 0.030 0.078 0.407 0.115 0.357 181 S 0.012 0.008 0.100 0.082 0.204 0.124 0.469 182 S 0.017 0.023 0.118 0.119 0.182 0.113 0.429 183 H 0.008 0.012 0.132 0.146 0.205 0.090 0.406 184 K 0.013 0.006 0.146 0.196 0.158 0.237 0.243 185 E 0.016 0.012 0.134 0.220 0.093 0.271 0.254 186 M 0.012 0.031 0.055 0.128 0.022 0.112 0.640 187 T 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.002 0.984