# TARGET T0141 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0141.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.142 0.191 0.074 0.019 0.305 0.010 0.013 0.050 0.046 0.095 0.056 2 L 0.112 0.308 0.086 0.006 0.397 0.003 0.007 0.029 0.011 0.017 0.024 3 L 0.171 0.255 0.130 0.016 0.215 0.011 0.014 0.066 0.032 0.039 0.052 4 D 0.046 0.163 0.183 0.097 0.107 0.083 0.078 0.155 0.049 0.025 0.014 5 E 0.035 0.137 0.084 0.138 0.063 0.092 0.095 0.144 0.073 0.105 0.033 6 G 0.043 0.058 0.075 0.097 0.053 0.024 0.017 0.064 0.060 0.378 0.131 7 W 0.073 0.305 0.110 0.021 0.170 0.012 0.022 0.127 0.068 0.065 0.028 8 L 0.192 0.141 0.073 0.018 0.220 0.011 0.019 0.128 0.057 0.076 0.066 9 A 0.036 0.129 0.050 0.050 0.075 0.083 0.142 0.273 0.108 0.040 0.014 10 E 0.105 0.076 0.064 0.044 0.116 0.016 0.016 0.111 0.106 0.244 0.101 11 A 0.092 0.148 0.057 0.031 0.160 0.035 0.052 0.148 0.136 0.097 0.045 12 R 0.120 0.170 0.077 0.017 0.258 0.010 0.022 0.067 0.081 0.119 0.059 13 R 0.160 0.196 0.093 0.034 0.242 0.018 0.029 0.052 0.049 0.070 0.057 14 V 0.050 0.396 0.225 0.022 0.207 0.008 0.018 0.030 0.015 0.014 0.015 15 P 0.078 0.289 0.109 0.033 0.183 0.028 0.038 0.053 0.049 0.081 0.059 16 S 0.082 0.245 0.236 0.031 0.260 0.008 0.011 0.037 0.037 0.029 0.022 17 P 0.028 0.059 0.033 0.027 0.052 0.034 0.079 0.290 0.259 0.111 0.027 18 H 0.072 0.111 0.051 0.019 0.173 0.015 0.038 0.132 0.109 0.234 0.047 19 Y 0.082 0.095 0.028 0.020 0.126 0.018 0.029 0.116 0.127 0.266 0.093 20 D 0.083 0.169 0.098 0.025 0.186 0.015 0.038 0.107 0.075 0.155 0.049 21 C 0.071 0.296 0.201 0.025 0.157 0.011 0.021 0.083 0.053 0.055 0.028 22 R 0.046 0.376 0.255 0.023 0.142 0.009 0.026 0.062 0.024 0.022 0.016 23 P 0.054 0.199 0.130 0.042 0.126 0.039 0.071 0.187 0.092 0.037 0.023 24 D 0.038 0.114 0.065 0.038 0.085 0.038 0.119 0.250 0.135 0.083 0.032 25 D 0.057 0.074 0.037 0.030 0.104 0.043 0.041 0.124 0.209 0.246 0.036 26 E 0.075 0.210 0.120 0.024 0.210 0.013 0.020 0.083 0.121 0.095 0.029 27 N 0.154 0.256 0.070 0.002 0.348 0.002 0.006 0.014 0.027 0.068 0.053 28 P 0.432 0.072 0.005 0.001 0.338 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.134 29 S 0.002 0.008 0.006 0.030 0.010 0.249 0.612 0.061 0.012 0.010 0.001 30 L 0.358 0.062 0.007 0.002 0.539 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.023 31 L 0.138 0.085 0.002 0.002 0.766 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 32 V 0.235 0.025 0.001 0.001 0.696 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 33 V 0.343 0.054 0.007 0.004 0.445 0.005 0.009 0.005 0.001 0.006 0.122 34 H 0.200 0.124 0.031 0.031 0.326 0.038 0.036 0.035 0.026 0.058 0.094 35 N 0.234 0.112 0.039 0.018 0.249 0.010 0.011 0.026 0.039 0.100 0.162 36 I 0.083 0.162 0.043 0.038 0.222 0.023 0.048 0.105 0.118 0.123 0.036 37 S 0.060 0.079 0.039 0.047 0.095 0.078 0.219 0.117 0.088 0.138 0.039 38 L 0.100 0.169 0.161 0.076 0.177 0.035 0.029 0.041 0.039 0.103 0.069 39 P 0.049 0.310 0.256 0.044 0.106 0.014 0.016 0.072 0.054 0.048 0.031 40 P 0.036 0.086 0.044 0.013 0.069 0.016 0.029 0.289 0.263 0.135 0.020 41 G 0.016 0.037 0.021 0.012 0.032 0.016 0.049 0.502 0.251 0.051 0.013 42 E 0.011 0.018 0.014 0.010 0.017 0.025 0.066 0.524 0.183 0.118 0.015 43 F 0.013 0.029 0.014 0.007 0.024 0.009 0.032 0.590 0.183 0.087 0.012 44 G 0.016 0.022 0.011 0.007 0.021 0.005 0.012 0.523 0.238 0.128 0.018 45 G 0.009 0.053 0.028 0.009 0.030 0.003 0.010 0.656 0.177 0.020 0.004 46 P 0.002 0.014 0.007 0.003 0.007 0.004 0.017 0.843 0.096 0.007 0.002 47 W 0.006 0.006 0.003 0.001 0.006 0.002 0.019 0.838 0.088 0.026 0.004 48 I 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.810 0.146 0.026 0.001 49 D 0.001 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.004 0.810 0.158 0.008 0.001 50 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.830 0.130 0.004 0.001 51 L 0.003 0.003 0.001 0.002 0.004 0.006 0.132 0.706 0.111 0.030 0.003 52 F 0.018 0.012 0.007 0.011 0.017 0.016 0.059 0.286 0.137 0.394 0.043 53 T 0.008 0.222 0.045 0.055 0.039 0.116 0.195 0.210 0.064 0.041 0.006 54 G 0.026 0.036 0.031 0.022 0.035 0.006 0.005 0.029 0.042 0.594 0.175 55 T 0.065 0.128 0.114 0.031 0.113 0.014 0.078 0.142 0.074 0.191 0.049 56 I 0.040 0.472 0.104 0.014 0.213 0.007 0.015 0.037 0.024 0.052 0.022 57 D 0.148 0.188 0.109 0.023 0.388 0.006 0.009 0.036 0.031 0.022 0.041 58 P 0.008 0.026 0.014 0.009 0.019 0.015 0.050 0.346 0.429 0.077 0.007 59 N 0.009 0.027 0.020 0.010 0.021 0.014 0.117 0.301 0.217 0.247 0.016 60 A 0.066 0.116 0.043 0.016 0.106 0.029 0.064 0.147 0.114 0.246 0.054 61 H 0.096 0.185 0.107 0.032 0.210 0.018 0.025 0.109 0.073 0.079 0.066 62 P 0.079 0.077 0.044 0.014 0.123 0.018 0.045 0.285 0.197 0.081 0.037 63 Y 0.073 0.087 0.052 0.019 0.116 0.018 0.040 0.232 0.179 0.148 0.038 64 F 0.106 0.084 0.028 0.017 0.151 0.013 0.035 0.220 0.152 0.133 0.060 65 A 0.060 0.104 0.046 0.020 0.134 0.022 0.072 0.287 0.129 0.099 0.027 66 G 0.076 0.111 0.036 0.028 0.135 0.041 0.103 0.203 0.101 0.128 0.038 67 I 0.135 0.163 0.112 0.047 0.232 0.022 0.023 0.077 0.051 0.080 0.058 68 A 0.044 0.103 0.051 0.043 0.069 0.045 0.104 0.247 0.194 0.075 0.025 69 H 0.096 0.108 0.056 0.030 0.115 0.018 0.042 0.090 0.122 0.245 0.078 70 L 0.089 0.251 0.076 0.030 0.185 0.028 0.045 0.065 0.081 0.105 0.044 71 R 0.182 0.132 0.058 0.023 0.260 0.019 0.037 0.048 0.045 0.121 0.076 72 V 0.290 0.156 0.020 0.006 0.439 0.004 0.004 0.010 0.007 0.017 0.046 73 S 0.259 0.099 0.019 0.011 0.525 0.017 0.010 0.007 0.004 0.010 0.040 74 A 0.313 0.076 0.011 0.005 0.552 0.006 0.002 0.004 0.002 0.004 0.026 75 H 0.400 0.037 0.003 0.003 0.471 0.003 0.003 0.003 0.002 0.007 0.068 76 C 0.230 0.124 0.010 0.004 0.592 0.005 0.002 0.003 0.001 0.004 0.025 77 L 0.308 0.062 0.005 0.001 0.553 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.063 78 I 0.145 0.228 0.023 0.009 0.544 0.005 0.002 0.004 0.002 0.008 0.030 79 R 0.101 0.259 0.291 0.077 0.101 0.036 0.031 0.049 0.018 0.014 0.023 80 R 0.013 0.016 0.126 0.153 0.015 0.137 0.082 0.240 0.162 0.044 0.012 81 D 0.005 0.453 0.215 0.200 0.035 0.015 0.025 0.024 0.016 0.010 0.003 82 G 0.010 0.018 0.017 0.015 0.010 0.004 0.005 0.016 0.024 0.693 0.188 83 E 0.020 0.610 0.044 0.001 0.286 0.004 0.010 0.011 0.005 0.006 0.002 84 I 0.589 0.015 0.002 0.001 0.348 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.039 85 V 0.137 0.137 0.031 0.083 0.247 0.207 0.086 0.022 0.009 0.009 0.030 86 Q 0.144 0.243 0.052 0.004 0.495 0.002 0.003 0.009 0.007 0.010 0.032 87 Y 0.398 0.064 0.016 0.001 0.318 0.001 0.002 0.003 0.007 0.063 0.127 88 V 0.035 0.506 0.204 0.014 0.225 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 89 P 0.057 0.541 0.232 0.013 0.131 0.003 0.001 0.004 0.002 0.004 0.012 90 F 0.012 0.007 0.003 0.008 0.018 0.018 0.053 0.328 0.529 0.018 0.007 91 D 0.012 0.033 0.031 0.025 0.021 0.016 0.036 0.256 0.360 0.190 0.020 92 K 0.052 0.043 0.007 0.009 0.069 0.020 0.101 0.161 0.117 0.370 0.050 93 R 0.123 0.131 0.048 0.031 0.183 0.027 0.055 0.172 0.097 0.086 0.047 94 A 0.115 0.098 0.094 0.090 0.149 0.015 0.019 0.093 0.081 0.137 0.110 95 W 0.068 0.206 0.120 0.033 0.192 0.048 0.114 0.118 0.040 0.038 0.022 96 H 0.151 0.219 0.136 0.057 0.152 0.012 0.015 0.040 0.038 0.097 0.083 97 A 0.039 0.086 0.045 0.094 0.086 0.082 0.174 0.141 0.130 0.087 0.037 98 G 0.081 0.067 0.065 0.058 0.095 0.025 0.024 0.078 0.095 0.330 0.080 99 V 0.141 0.154 0.055 0.023 0.206 0.018 0.037 0.102 0.090 0.110 0.063 100 S 0.080 0.159 0.133 0.086 0.163 0.033 0.032 0.097 0.077 0.087 0.053 101 S 0.079 0.117 0.077 0.038 0.144 0.023 0.050 0.137 0.153 0.136 0.047 102 Y 0.136 0.118 0.076 0.028 0.155 0.025 0.045 0.144 0.077 0.136 0.060 103 Q 0.038 0.104 0.092 0.127 0.063 0.111 0.139 0.117 0.061 0.104 0.044 104 G 0.056 0.077 0.106 0.207 0.080 0.078 0.039 0.080 0.062 0.149 0.065 105 R 0.127 0.088 0.067 0.061 0.140 0.047 0.063 0.119 0.087 0.138 0.061 106 E 0.081 0.115 0.064 0.065 0.119 0.051 0.070 0.128 0.082 0.163 0.063 107 R 0.090 0.089 0.075 0.103 0.133 0.039 0.045 0.111 0.069 0.165 0.081 108 C 0.090 0.160 0.073 0.059 0.142 0.050 0.079 0.128 0.078 0.091 0.049 109 N 0.177 0.127 0.084 0.023 0.255 0.015 0.019 0.077 0.066 0.085 0.071 110 D 0.061 0.090 0.032 0.020 0.087 0.037 0.084 0.227 0.244 0.092 0.025 111 F 0.112 0.088 0.051 0.021 0.137 0.013 0.025 0.076 0.095 0.295 0.086 112 S 0.179 0.172 0.049 0.022 0.269 0.023 0.026 0.063 0.039 0.092 0.066 113 I 0.207 0.145 0.022 0.008 0.469 0.007 0.008 0.025 0.013 0.039 0.056 114 G 0.204 0.123 0.048 0.064 0.471 0.013 0.006 0.009 0.004 0.018 0.039 115 I 0.211 0.123 0.009 0.002 0.635 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.009 116 E 0.248 0.083 0.008 0.001 0.611 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.038 117 L 0.368 0.085 0.016 0.004 0.426 0.005 0.006 0.014 0.003 0.007 0.067 118 E 0.087 0.136 0.027 0.016 0.291 0.049 0.119 0.107 0.041 0.081 0.045 119 G 0.224 0.114 0.110 0.095 0.165 0.029 0.017 0.031 0.022 0.080 0.114 120 T 0.031 0.120 0.091 0.120 0.081 0.063 0.074 0.134 0.123 0.137 0.027 121 D 0.030 0.114 0.069 0.117 0.048 0.058 0.097 0.111 0.108 0.195 0.054 122 T 0.079 0.147 0.061 0.036 0.151 0.031 0.042 0.071 0.103 0.233 0.045 123 L 0.030 0.175 0.146 0.054 0.083 0.071 0.075 0.131 0.108 0.092 0.035 124 A 0.140 0.122 0.053 0.009 0.129 0.011 0.023 0.057 0.058 0.289 0.109 125 Y 0.075 0.393 0.143 0.008 0.214 0.005 0.008 0.061 0.027 0.047 0.020 126 T 0.017 0.575 0.273 0.006 0.045 0.003 0.002 0.058 0.009 0.006 0.006 127 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.858 0.120 0.007 0.002 128 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.051 0.002 0.001 129 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.050 0.010 0.001 130 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.029 0.001 0.001 131 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.955 0.033 0.002 0.001 132 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.034 0.008 0.001 133 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.069 0.004 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.957 0.038 0.001 0.001 135 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.978 0.016 0.001 0.001 136 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.021 0.001 0.001 137 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.040 0.003 0.001 138 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.037 0.001 0.001 139 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.020 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.918 0.072 0.003 0.001 141 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.813 0.151 0.009 0.001 142 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.072 0.765 0.138 0.020 0.001 143 R 0.002 0.024 0.007 0.003 0.007 0.029 0.472 0.267 0.116 0.072 0.002 144 Y 0.105 0.451 0.084 0.002 0.254 0.001 0.003 0.008 0.012 0.033 0.045 145 P 0.185 0.044 0.024 0.016 0.084 0.011 0.025 0.031 0.108 0.282 0.193 146 A 0.042 0.415 0.235 0.019 0.205 0.004 0.005 0.016 0.018 0.026 0.017 147 I 0.055 0.487 0.192 0.013 0.156 0.004 0.004 0.014 0.016 0.029 0.031 148 A 0.038 0.036 0.017 0.009 0.067 0.008 0.013 0.199 0.529 0.065 0.018 149 N 0.005 0.015 0.009 0.009 0.011 0.023 0.116 0.442 0.319 0.046 0.005 150 N 0.048 0.046 0.014 0.004 0.096 0.006 0.040 0.187 0.148 0.371 0.037 151 M 0.222 0.085 0.020 0.015 0.197 0.023 0.043 0.181 0.078 0.077 0.060 152 T 0.032 0.098 0.084 0.109 0.095 0.109 0.183 0.147 0.066 0.049 0.029 153 G 0.081 0.158 0.123 0.064 0.129 0.019 0.019 0.054 0.060 0.193 0.100 154 H 0.096 0.159 0.091 0.038 0.179 0.012 0.027 0.104 0.147 0.106 0.042 155 C 0.015 0.066 0.033 0.036 0.041 0.031 0.080 0.287 0.297 0.094 0.020 156 N 0.040 0.021 0.009 0.013 0.041 0.013 0.050 0.115 0.164 0.476 0.058 157 I 0.080 0.246 0.146 0.035 0.140 0.012 0.019 0.058 0.059 0.155 0.050 158 A 0.035 0.271 0.213 0.072 0.092 0.039 0.049 0.110 0.062 0.034 0.024 159 P 0.030 0.124 0.100 0.064 0.074 0.027 0.065 0.161 0.186 0.139 0.031 160 E 0.082 0.076 0.098 0.051 0.115 0.032 0.064 0.104 0.117 0.199 0.062 161 R 0.057 0.159 0.041 0.025 0.145 0.035 0.076 0.183 0.121 0.119 0.040 162 K 0.067 0.098 0.092 0.029 0.125 0.018 0.064 0.169 0.101 0.186 0.052 163 T 0.082 0.207 0.062 0.019 0.200 0.053 0.071 0.072 0.051 0.127 0.055 164 D 0.282 0.062 0.032 0.007 0.420 0.005 0.008 0.034 0.019 0.032 0.099 165 P 0.010 0.183 0.109 0.053 0.036 0.021 0.055 0.181 0.213 0.130 0.009 166 G 0.011 0.045 0.025 0.051 0.024 0.038 0.053 0.237 0.365 0.136 0.014 167 P 0.021 0.094 0.033 0.007 0.071 0.012 0.038 0.298 0.355 0.058 0.011 168 S 0.058 0.043 0.024 0.004 0.044 0.007 0.042 0.078 0.146 0.445 0.109 169 F 0.052 0.483 0.101 0.004 0.255 0.003 0.003 0.033 0.024 0.022 0.020 170 D 0.055 0.318 0.130 0.007 0.084 0.004 0.005 0.213 0.104 0.042 0.038 171 W 0.004 0.003 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.627 0.321 0.033 0.002 172 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.918 0.071 0.001 0.001 173 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.902 0.066 0.015 0.001 174 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.075 0.007 0.001 175 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.828 0.156 0.006 0.001 176 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.803 0.134 0.004 0.001 177 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.189 0.614 0.136 0.046 0.001 178 V 0.044 0.331 0.039 0.004 0.183 0.007 0.029 0.077 0.085 0.175 0.024 179 T 0.112 0.069 0.053 0.052 0.074 0.011 0.010 0.036 0.046 0.379 0.159 180 P 0.040 0.326 0.223 0.030 0.164 0.009 0.016 0.070 0.060 0.040 0.021 181 S 0.039 0.094 0.055 0.035 0.085 0.019 0.054 0.253 0.204 0.118 0.044 182 S 0.035 0.103 0.060 0.018 0.068 0.026 0.078 0.220 0.183 0.178 0.032 183 H 0.077 0.150 0.068 0.015 0.174 0.009 0.019 0.184 0.139 0.122 0.043 184 K 0.023 0.079 0.048 0.018 0.054 0.029 0.078 0.370 0.232 0.053 0.016 185 E 0.058 0.097 0.046 0.008 0.119 0.010 0.052 0.268 0.154 0.154 0.034 186 M 0.106 0.123 0.047 0.017 0.159 0.019 0.045 0.182 0.095 0.148 0.060 187 T 0.055 0.239 0.108 0.031 0.167 0.022 0.041 0.159 0.077 0.075 0.028