# TARGET T0140 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0140.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 341 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.001 0.003 0.010 0.089 0.887 2 R 0.064 0.035 0.013 0.026 0.153 0.709 3 G 0.098 0.013 0.018 0.028 0.222 0.622 4 S 0.153 0.010 0.043 0.031 0.213 0.550 5 H 0.308 0.027 0.055 0.033 0.199 0.378 6 H 0.450 0.026 0.032 0.027 0.174 0.291 7 H 0.426 0.029 0.013 0.013 0.157 0.362 8 H 0.277 0.025 0.005 0.009 0.205 0.478 9 H 0.119 0.013 0.018 0.012 0.298 0.540 10 H 0.067 0.013 0.128 0.041 0.423 0.328 11 G 0.126 0.010 0.144 0.039 0.372 0.308 12 S 0.363 0.033 0.092 0.024 0.243 0.245 13 R 0.448 0.017 0.030 0.022 0.169 0.315 14 L 0.609 0.020 0.021 0.016 0.167 0.166 15 Q 0.535 0.012 0.019 0.016 0.217 0.202 16 S 0.359 0.005 0.020 0.011 0.338 0.266 17 G 0.418 0.016 0.010 0.006 0.259 0.290 18 K 0.556 0.009 0.004 0.003 0.139 0.289 19 M 0.721 0.008 0.002 0.003 0.078 0.188 20 T 0.850 0.004 0.001 0.002 0.036 0.108 21 G 0.954 0.001 0.001 0.001 0.008 0.034 22 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 23 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 24 K 0.947 0.001 0.001 0.002 0.015 0.034 25 W 0.894 0.003 0.002 0.003 0.031 0.067 26 F 0.742 0.006 0.003 0.007 0.102 0.139 27 N 0.726 0.015 0.004 0.009 0.141 0.104 28 A 0.589 0.011 0.009 0.018 0.256 0.117 29 D 0.419 0.018 0.026 0.044 0.379 0.115 30 K 0.247 0.011 0.030 0.043 0.505 0.165 31 G 0.123 0.005 0.015 0.015 0.581 0.261 32 F 0.333 0.009 0.012 0.007 0.258 0.380 33 G 0.735 0.031 0.006 0.004 0.081 0.142 34 F 0.841 0.016 0.004 0.003 0.044 0.092 35 I 0.734 0.032 0.004 0.004 0.063 0.163 36 T 0.533 0.027 0.015 0.011 0.216 0.198 37 P 0.046 0.002 0.450 0.045 0.413 0.043 38 D 0.019 0.002 0.474 0.053 0.410 0.041 39 D 0.036 0.006 0.384 0.060 0.480 0.034 40 G 0.063 0.009 0.069 0.131 0.464 0.264 41 S 0.226 0.015 0.007 0.029 0.187 0.536 42 K 0.685 0.018 0.003 0.021 0.068 0.204 43 D 0.852 0.005 0.001 0.015 0.023 0.103 44 V 0.909 0.004 0.002 0.025 0.013 0.046 45 F 0.923 0.002 0.005 0.025 0.013 0.032 46 V 0.916 0.002 0.007 0.025 0.017 0.034 47 H 0.861 0.003 0.011 0.043 0.036 0.046 48 F 0.740 0.006 0.016 0.049 0.081 0.108 49 S 0.576 0.013 0.020 0.058 0.155 0.178 50 A 0.277 0.011 0.037 0.118 0.302 0.255 51 G 0.121 0.009 0.052 0.280 0.311 0.227 52 S 0.076 0.011 0.034 0.287 0.320 0.272 53 S 0.056 0.009 0.049 0.416 0.245 0.225 54 G 0.040 0.007 0.093 0.583 0.169 0.108 55 A 0.057 0.004 0.157 0.531 0.167 0.084 56 A 0.061 0.006 0.157 0.560 0.140 0.076 57 V 0.097 0.006 0.118 0.489 0.150 0.140 58 R 0.132 0.010 0.116 0.464 0.156 0.121 59 G 0.160 0.009 0.078 0.436 0.156 0.161 60 N 0.203 0.013 0.044 0.187 0.265 0.287 61 P 0.101 0.022 0.023 0.096 0.338 0.420 62 Q 0.109 0.024 0.011 0.018 0.748 0.090 63 Q 0.079 0.011 0.012 0.005 0.835 0.057 64 G 0.033 0.001 0.005 0.001 0.884 0.077 65 D 0.617 0.015 0.002 0.001 0.284 0.081 66 R 0.859 0.008 0.001 0.001 0.026 0.107 67 V 0.948 0.006 0.001 0.001 0.012 0.034 68 E 0.976 0.004 0.001 0.001 0.007 0.014 69 G 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 70 K 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 71 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 72 K 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 73 S 0.963 0.002 0.001 0.001 0.009 0.025 74 I 0.920 0.005 0.001 0.001 0.028 0.045 75 T 0.620 0.010 0.005 0.002 0.198 0.164 76 D 0.243 0.007 0.042 0.009 0.555 0.144 77 F 0.189 0.012 0.065 0.008 0.596 0.130 78 G 0.359 0.006 0.016 0.003 0.426 0.190 79 I 0.854 0.004 0.002 0.001 0.053 0.086 80 F 0.958 0.006 0.001 0.001 0.009 0.026 81 I 0.972 0.006 0.001 0.002 0.007 0.012 82 G 0.940 0.003 0.004 0.004 0.027 0.022 83 L 0.708 0.009 0.017 0.008 0.148 0.110 84 D 0.105 0.006 0.016 0.011 0.803 0.057 85 G 0.011 0.002 0.043 0.023 0.863 0.059 86 G 0.050 0.007 0.006 0.004 0.790 0.141 87 I 0.317 0.047 0.004 0.003 0.423 0.206 88 D 0.574 0.009 0.001 0.002 0.058 0.356 89 G 0.936 0.005 0.001 0.002 0.017 0.039 90 L 0.956 0.003 0.001 0.004 0.011 0.025 91 V 0.934 0.006 0.001 0.006 0.013 0.041 92 H 0.884 0.009 0.003 0.013 0.023 0.066 93 L 0.664 0.003 0.021 0.027 0.075 0.210 94 S 0.363 0.008 0.049 0.055 0.201 0.325 95 D 0.223 0.011 0.296 0.110 0.233 0.127 96 I 0.190 0.013 0.255 0.183 0.250 0.108 97 S 0.098 0.016 0.242 0.235 0.325 0.084 98 W 0.041 0.003 0.099 0.380 0.348 0.130 99 A 0.044 0.004 0.035 0.371 0.303 0.244 100 Q 0.086 0.029 0.032 0.447 0.196 0.210 101 A 0.107 0.043 0.021 0.253 0.141 0.435 102 E 0.073 0.014 0.021 0.219 0.100 0.574 103 A 0.005 0.002 0.008 0.058 0.043 0.884