# TARGET T0140 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0140.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 341 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 R 0.242 0.044 0.006 0.041 0.007 0.024 0.636 3 G 0.272 0.023 0.024 0.092 0.134 0.042 0.412 4 S 0.292 0.011 0.061 0.150 0.086 0.078 0.322 5 H 0.286 0.021 0.089 0.156 0.106 0.099 0.242 6 H 0.332 0.015 0.057 0.114 0.103 0.083 0.297 7 H 0.269 0.025 0.039 0.073 0.178 0.096 0.321 8 H 0.208 0.024 0.009 0.054 0.280 0.033 0.392 9 H 0.075 0.010 0.010 0.030 0.072 0.039 0.763 10 H 0.030 0.007 0.189 0.288 0.079 0.259 0.148 11 G 0.059 0.009 0.215 0.308 0.096 0.188 0.125 12 S 0.141 0.014 0.187 0.298 0.095 0.085 0.179 13 R 0.278 0.031 0.073 0.242 0.055 0.057 0.264 14 L 0.270 0.020 0.065 0.191 0.088 0.105 0.259 15 Q 0.259 0.010 0.061 0.126 0.148 0.222 0.173 16 S 0.227 0.010 0.044 0.064 0.176 0.243 0.235 17 G 0.291 0.023 0.024 0.032 0.199 0.077 0.354 18 K 0.363 0.009 0.015 0.022 0.153 0.085 0.353 19 M 0.570 0.011 0.007 0.013 0.094 0.052 0.252 20 T 0.723 0.003 0.003 0.004 0.076 0.022 0.170 21 G 0.892 0.006 0.001 0.002 0.020 0.003 0.076 22 I 0.962 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 23 V 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 24 K 0.956 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.032 25 W 0.916 0.005 0.004 0.005 0.009 0.004 0.058 26 F 0.852 0.005 0.010 0.014 0.033 0.013 0.074 27 N 0.829 0.008 0.010 0.018 0.028 0.015 0.090 28 A 0.631 0.011 0.036 0.041 0.053 0.070 0.159 29 D 0.464 0.019 0.043 0.051 0.121 0.168 0.136 30 K 0.263 0.009 0.051 0.039 0.233 0.268 0.136 31 G 0.146 0.007 0.026 0.014 0.217 0.404 0.185 32 F 0.345 0.009 0.020 0.009 0.132 0.149 0.337 33 G 0.708 0.005 0.009 0.004 0.097 0.034 0.144 34 F 0.897 0.007 0.003 0.002 0.019 0.006 0.066 35 I 0.928 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.050 36 T 0.741 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.245 37 P 0.143 0.005 0.174 0.035 0.047 0.523 0.075 38 D 0.009 0.001 0.090 0.010 0.048 0.833 0.009 39 D 0.019 0.002 0.149 0.015 0.108 0.670 0.037 40 G 0.100 0.006 0.021 0.015 0.315 0.280 0.263 41 S 0.422 0.013 0.005 0.006 0.101 0.080 0.373 42 K 0.834 0.020 0.001 0.003 0.017 0.004 0.121 43 D 0.897 0.006 0.001 0.004 0.010 0.002 0.081 44 V 0.907 0.004 0.006 0.010 0.011 0.005 0.059 45 F 0.904 0.003 0.006 0.012 0.013 0.007 0.054 46 V 0.848 0.005 0.012 0.026 0.022 0.011 0.076 47 H 0.807 0.008 0.015 0.037 0.028 0.012 0.093 48 F 0.617 0.011 0.037 0.064 0.046 0.029 0.195 49 S 0.384 0.014 0.083 0.095 0.097 0.076 0.251 50 A 0.234 0.012 0.072 0.126 0.140 0.146 0.269 51 G 0.078 0.013 0.046 0.158 0.166 0.105 0.433 52 S 0.027 0.011 0.017 0.155 0.150 0.032 0.609 53 S 0.019 0.007 0.042 0.412 0.058 0.112 0.350 54 G 0.011 0.004 0.065 0.613 0.036 0.094 0.177 55 A 0.016 0.003 0.091 0.687 0.037 0.069 0.097 56 A 0.030 0.003 0.088 0.674 0.042 0.077 0.087 57 V 0.039 0.009 0.087 0.647 0.049 0.085 0.085 58 R 0.078 0.009 0.095 0.574 0.045 0.100 0.098 59 G 0.119 0.004 0.074 0.441 0.053 0.199 0.111 60 N 0.171 0.024 0.055 0.223 0.113 0.222 0.193 61 P 0.078 0.012 0.014 0.044 0.153 0.050 0.650 62 Q 0.074 0.012 0.021 0.013 0.149 0.092 0.640 63 Q 0.051 0.008 0.043 0.011 0.184 0.599 0.105 64 G 0.117 0.002 0.024 0.003 0.255 0.444 0.156 65 D 0.475 0.009 0.005 0.001 0.072 0.007 0.431 66 R 0.924 0.009 0.001 0.001 0.008 0.002 0.056 67 V 0.943 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 68 E 0.948 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.040 69 G 0.942 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.049 70 K 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 71 I 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 72 K 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 73 S 0.957 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.032 74 I 0.829 0.007 0.001 0.001 0.030 0.005 0.127 75 T 0.568 0.016 0.005 0.001 0.068 0.023 0.319 76 D 0.396 0.011 0.026 0.001 0.171 0.194 0.202 77 F 0.289 0.012 0.031 0.003 0.196 0.361 0.108 78 G 0.526 0.009 0.021 0.002 0.143 0.126 0.172 79 I 0.749 0.005 0.005 0.002 0.040 0.022 0.177 80 F 0.951 0.008 0.001 0.001 0.008 0.002 0.029 81 I 0.943 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.044 82 G 0.923 0.013 0.001 0.001 0.006 0.002 0.054 83 L 0.799 0.021 0.003 0.003 0.016 0.011 0.147 84 D 0.385 0.013 0.016 0.003 0.124 0.139 0.320 85 G 0.037 0.004 0.019 0.004 0.221 0.657 0.058 86 G 0.020 0.004 0.020 0.004 0.294 0.575 0.083 87 I 0.139 0.018 0.013 0.010 0.210 0.059 0.551 88 D 0.368 0.030 0.009 0.014 0.134 0.081 0.364 89 G 0.713 0.010 0.010 0.027 0.099 0.056 0.086 90 L 0.924 0.010 0.002 0.014 0.006 0.006 0.039 91 V 0.935 0.004 0.002 0.017 0.005 0.004 0.033 92 H 0.887 0.009 0.003 0.017 0.011 0.005 0.068 93 L 0.244 0.007 0.175 0.325 0.039 0.051 0.160 94 S 0.090 0.004 0.310 0.321 0.104 0.072 0.098 95 D 0.043 0.007 0.387 0.330 0.054 0.121 0.057 96 I 0.043 0.017 0.185 0.405 0.077 0.123 0.150 97 S 0.039 0.010 0.167 0.250 0.056 0.160 0.318 98 W 0.028 0.002 0.197 0.239 0.102 0.337 0.094 99 A 0.040 0.003 0.237 0.285 0.115 0.214 0.106 100 Q 0.097 0.033 0.108 0.213 0.208 0.108 0.234 101 A 0.204 0.032 0.024 0.143 0.090 0.126 0.380 102 E 0.110 0.026 0.016 0.095 0.007 0.164 0.583 103 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994