# TARGET T0140 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0140.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 341 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.141 0.208 0.073 0.017 0.269 0.009 0.017 0.066 0.072 0.068 0.062 2 R 0.160 0.159 0.057 0.015 0.244 0.015 0.033 0.066 0.072 0.116 0.064 3 G 0.134 0.281 0.086 0.016 0.314 0.011 0.008 0.036 0.038 0.038 0.039 4 S 0.165 0.112 0.054 0.024 0.224 0.031 0.049 0.132 0.091 0.062 0.057 5 H 0.176 0.115 0.043 0.023 0.226 0.021 0.023 0.086 0.100 0.118 0.070 6 H 0.110 0.258 0.045 0.009 0.398 0.004 0.007 0.057 0.043 0.038 0.032 7 H 0.154 0.078 0.033 0.014 0.227 0.025 0.091 0.129 0.070 0.128 0.052 8 H 0.062 0.347 0.198 0.047 0.201 0.016 0.021 0.027 0.014 0.041 0.026 9 H 0.115 0.309 0.105 0.021 0.303 0.006 0.009 0.042 0.027 0.026 0.037 10 H 0.043 0.085 0.045 0.019 0.098 0.020 0.046 0.244 0.290 0.087 0.023 11 G 0.048 0.137 0.057 0.012 0.122 0.016 0.059 0.280 0.181 0.068 0.021 12 S 0.171 0.116 0.024 0.004 0.224 0.009 0.035 0.125 0.082 0.144 0.067 13 R 0.180 0.227 0.046 0.012 0.274 0.012 0.020 0.065 0.045 0.060 0.057 14 L 0.107 0.206 0.118 0.044 0.225 0.029 0.039 0.102 0.054 0.036 0.039 15 Q 0.091 0.113 0.065 0.060 0.103 0.066 0.119 0.156 0.106 0.078 0.043 16 S 0.070 0.146 0.090 0.105 0.106 0.044 0.044 0.078 0.107 0.156 0.055 17 G 0.068 0.180 0.111 0.083 0.148 0.039 0.054 0.077 0.113 0.084 0.043 18 K 0.162 0.184 0.094 0.022 0.296 0.012 0.011 0.023 0.042 0.087 0.066 19 M 0.228 0.172 0.034 0.009 0.380 0.007 0.008 0.016 0.017 0.056 0.073 20 T 0.193 0.043 0.022 0.043 0.177 0.071 0.121 0.044 0.037 0.131 0.118 21 G 0.106 0.326 0.127 0.048 0.337 0.004 0.001 0.003 0.003 0.020 0.024 22 I 0.101 0.210 0.017 0.001 0.664 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 23 V 0.527 0.032 0.003 0.001 0.393 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 24 K 0.116 0.207 0.038 0.060 0.408 0.076 0.034 0.017 0.003 0.008 0.033 25 W 0.392 0.068 0.015 0.002 0.418 0.002 0.003 0.013 0.004 0.011 0.071 26 F 0.194 0.190 0.047 0.024 0.351 0.023 0.015 0.048 0.021 0.030 0.058 27 N 0.202 0.179 0.037 0.011 0.448 0.008 0.013 0.033 0.009 0.017 0.044 28 A 0.201 0.142 0.061 0.020 0.194 0.018 0.036 0.125 0.085 0.055 0.065 29 D 0.089 0.120 0.088 0.066 0.104 0.067 0.124 0.207 0.079 0.032 0.024 30 K 0.070 0.203 0.126 0.126 0.109 0.078 0.060 0.067 0.041 0.072 0.048 31 G 0.039 0.122 0.110 0.259 0.074 0.081 0.042 0.039 0.042 0.136 0.057 32 F 0.131 0.090 0.060 0.071 0.145 0.070 0.041 0.041 0.064 0.182 0.106 33 G 0.117 0.264 0.112 0.042 0.272 0.018 0.014 0.019 0.020 0.063 0.058 34 F 0.240 0.181 0.048 0.004 0.405 0.002 0.005 0.012 0.010 0.034 0.059 35 I 0.117 0.320 0.074 0.006 0.421 0.008 0.007 0.006 0.003 0.011 0.026 36 T 0.111 0.291 0.079 0.004 0.488 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.015 37 P 0.028 0.028 0.019 0.012 0.028 0.017 0.045 0.423 0.361 0.029 0.010 38 D 0.004 0.015 0.035 0.048 0.006 0.082 0.188 0.355 0.193 0.069 0.005 39 D 0.025 0.383 0.098 0.061 0.102 0.031 0.048 0.090 0.060 0.084 0.019 40 G 0.027 0.031 0.023 0.054 0.027 0.034 0.039 0.062 0.083 0.434 0.185 41 S 0.059 0.291 0.116 0.020 0.239 0.017 0.029 0.048 0.050 0.102 0.029 42 K 0.332 0.121 0.013 0.001 0.467 0.001 0.002 0.005 0.004 0.010 0.043 43 D 0.267 0.140 0.026 0.009 0.482 0.010 0.016 0.010 0.004 0.006 0.030 44 V 0.336 0.106 0.016 0.009 0.386 0.008 0.008 0.018 0.010 0.021 0.083 45 F 0.212 0.179 0.040 0.014 0.459 0.013 0.010 0.015 0.007 0.014 0.037 46 V 0.418 0.064 0.006 0.004 0.374 0.007 0.006 0.027 0.014 0.015 0.064 47 H 0.183 0.171 0.048 0.025 0.357 0.025 0.023 0.059 0.026 0.026 0.057 48 F 0.233 0.132 0.041 0.013 0.284 0.010 0.016 0.086 0.047 0.045 0.093 49 S 0.103 0.157 0.058 0.034 0.158 0.033 0.045 0.138 0.105 0.104 0.065 50 A 0.079 0.216 0.122 0.041 0.182 0.015 0.028 0.139 0.086 0.066 0.027 51 G 0.057 0.084 0.052 0.033 0.078 0.073 0.122 0.237 0.121 0.110 0.034 52 S 0.094 0.250 0.160 0.035 0.219 0.013 0.016 0.089 0.034 0.041 0.049 53 S 0.059 0.144 0.056 0.014 0.093 0.009 0.019 0.351 0.156 0.069 0.030 54 G 0.028 0.047 0.021 0.005 0.050 0.006 0.017 0.571 0.190 0.054 0.010 55 A 0.018 0.031 0.011 0.007 0.028 0.009 0.033 0.653 0.161 0.038 0.010 56 A 0.022 0.032 0.013 0.008 0.036 0.017 0.064 0.627 0.120 0.053 0.009 57 V 0.036 0.020 0.007 0.006 0.048 0.010 0.031 0.585 0.172 0.066 0.019 58 R 0.068 0.036 0.009 0.011 0.083 0.015 0.024 0.381 0.229 0.113 0.031 59 G 0.027 0.060 0.025 0.017 0.070 0.031 0.076 0.403 0.215 0.063 0.012 60 N 0.087 0.166 0.058 0.010 0.186 0.003 0.011 0.086 0.091 0.261 0.040 61 P 0.147 0.302 0.117 0.009 0.265 0.006 0.015 0.052 0.031 0.025 0.029 62 Q 0.010 0.136 0.725 0.072 0.033 0.006 0.001 0.006 0.002 0.004 0.004 63 Q 0.001 0.013 0.005 0.017 0.004 0.124 0.692 0.116 0.027 0.001 0.001 64 G 0.009 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.021 0.796 0.155 65 D 0.032 0.419 0.027 0.002 0.464 0.004 0.028 0.007 0.004 0.009 0.003 66 R 0.500 0.010 0.001 0.001 0.468 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 67 V 0.102 0.119 0.008 0.050 0.633 0.050 0.011 0.004 0.001 0.005 0.017 68 E 0.499 0.004 0.001 0.001 0.189 0.002 0.004 0.002 0.001 0.069 0.228 69 G 0.045 0.459 0.208 0.028 0.239 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 70 K 0.030 0.561 0.052 0.001 0.354 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 71 I 0.784 0.003 0.001 0.001 0.158 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 72 K 0.001 0.008 0.002 0.061 0.006 0.759 0.161 0.002 0.001 0.001 0.001 73 S 0.392 0.067 0.009 0.001 0.452 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.074 74 I 0.194 0.203 0.024 0.052 0.326 0.040 0.005 0.012 0.008 0.036 0.100 75 T 0.011 0.302 0.624 0.012 0.038 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 76 D 0.116 0.043 0.097 0.047 0.055 0.052 0.070 0.303 0.158 0.015 0.045 77 F 0.004 0.376 0.368 0.149 0.028 0.006 0.007 0.010 0.010 0.033 0.008 78 G 0.054 0.082 0.072 0.071 0.075 0.027 0.005 0.008 0.013 0.246 0.348 79 I 0.078 0.323 0.037 0.006 0.464 0.008 0.013 0.035 0.012 0.016 0.009 80 F 0.404 0.064 0.006 0.001 0.459 0.001 0.005 0.009 0.003 0.006 0.041 81 I 0.151 0.205 0.021 0.014 0.542 0.020 0.011 0.012 0.005 0.004 0.015 82 G 0.298 0.065 0.014 0.002 0.519 0.001 0.002 0.005 0.002 0.008 0.084 83 L 0.166 0.191 0.126 0.035 0.223 0.014 0.020 0.049 0.032 0.060 0.084 84 D 0.024 0.112 0.190 0.227 0.060 0.139 0.108 0.073 0.031 0.027 0.008 85 G 0.027 0.105 0.071 0.164 0.045 0.141 0.160 0.096 0.086 0.081 0.023 86 G 0.054 0.052 0.054 0.049 0.056 0.023 0.019 0.038 0.070 0.423 0.162 87 I 0.205 0.177 0.038 0.010 0.304 0.014 0.023 0.050 0.056 0.064 0.060 88 D 0.086 0.040 0.031 0.082 0.083 0.134 0.165 0.079 0.094 0.142 0.063 89 G 0.032 0.208 0.253 0.205 0.121 0.017 0.012 0.041 0.029 0.062 0.021 90 L 0.296 0.136 0.024 0.004 0.401 0.002 0.005 0.028 0.017 0.038 0.049 91 V 0.094 0.299 0.086 0.010 0.424 0.014 0.019 0.020 0.006 0.008 0.019 92 H 0.220 0.221 0.041 0.003 0.433 0.002 0.003 0.011 0.003 0.011 0.053 93 L 0.174 0.053 0.012 0.013 0.199 0.020 0.023 0.193 0.168 0.075 0.071 94 S 0.021 0.102 0.070 0.049 0.065 0.046 0.052 0.362 0.178 0.042 0.013 95 D 0.090 0.068 0.018 0.005 0.135 0.009 0.072 0.309 0.107 0.140 0.047 96 I 0.108 0.115 0.043 0.025 0.090 0.036 0.050 0.163 0.102 0.184 0.084 97 S 0.043 0.345 0.128 0.055 0.138 0.018 0.030 0.118 0.074 0.032 0.020 98 W 0.025 0.040 0.026 0.037 0.031 0.031 0.069 0.275 0.273 0.168 0.026 99 A 0.035 0.082 0.051 0.022 0.064 0.018 0.107 0.234 0.159 0.191 0.036 100 Q 0.168 0.142 0.048 0.015 0.239 0.013 0.030 0.147 0.073 0.065 0.061 101 A 0.095 0.213 0.091 0.028 0.246 0.031 0.043 0.143 0.056 0.026 0.028 102 E 0.155 0.122 0.072 0.024 0.198 0.024 0.031 0.117 0.084 0.088 0.086 103 A 0.094 0.186 0.107 0.024 0.182 0.016 0.026 0.157 0.093 0.076 0.038