# TARGET T0139 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0139.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.115 0.021 0.016 0.037 0.417 0.394 2 G 0.144 0.040 0.009 0.036 0.276 0.494 3 I 0.160 0.053 0.012 0.049 0.278 0.447 4 S 0.097 0.014 0.020 0.069 0.326 0.474 5 R 0.086 0.019 0.084 0.289 0.290 0.231 6 E 0.078 0.012 0.068 0.499 0.177 0.166 7 T 0.070 0.007 0.033 0.632 0.120 0.138 8 S 0.064 0.006 0.022 0.690 0.091 0.127 9 S 0.050 0.006 0.018 0.773 0.060 0.092 10 D 0.032 0.002 0.027 0.864 0.038 0.037 11 V 0.041 0.002 0.037 0.850 0.040 0.030 12 A 0.055 0.007 0.046 0.812 0.048 0.032 13 L 0.084 0.005 0.040 0.797 0.044 0.030 14 A 0.045 0.001 0.023 0.866 0.035 0.031 15 S 0.016 0.001 0.019 0.888 0.030 0.047 16 H 0.011 0.002 0.017 0.934 0.016 0.019 17 I 0.006 0.002 0.015 0.945 0.015 0.017 18 L 0.004 0.001 0.027 0.941 0.017 0.010 19 T 0.005 0.001 0.034 0.922 0.026 0.012 20 A 0.004 0.001 0.026 0.915 0.032 0.022 21 L 0.007 0.003 0.019 0.908 0.034 0.030 22 R 0.019 0.004 0.024 0.783 0.077 0.094 23 E 0.047 0.005 0.020 0.492 0.170 0.267 24 K 0.079 0.010 0.012 0.107 0.203 0.590 25 Q 0.040 0.006 0.004 0.018 0.123 0.809 26 A 0.053 0.008 0.012 0.025 0.177 0.726 27 P 0.058 0.004 0.016 0.020 0.128 0.774 28 E 0.233 0.013 0.072 0.053 0.171 0.457 29 L 0.367 0.010 0.044 0.028 0.150 0.401 30 S 0.376 0.042 0.042 0.033 0.196 0.312 31 L 0.283 0.019 0.077 0.042 0.259 0.321 32 S 0.245 0.015 0.078 0.038 0.274 0.350 33 S 0.223 0.015 0.184 0.065 0.312 0.200 34 Q 0.210 0.016 0.139 0.075 0.358 0.202 35 D 0.183 0.030 0.112 0.101 0.312 0.263 36 L 0.155 0.009 0.323 0.149 0.257 0.107 37 E 0.128 0.007 0.243 0.249 0.227 0.147 38 L 0.145 0.013 0.250 0.295 0.192 0.105 39 V 0.164 0.018 0.090 0.198 0.283 0.247 40 T 0.140 0.023 0.052 0.123 0.369 0.292 41 K 0.090 0.019 0.070 0.175 0.413 0.233 42 E 0.058 0.023 0.040 0.197 0.383 0.298 43 D 0.039 0.013 0.023 0.080 0.438 0.407 44 P 0.017 0.002 0.158 0.395 0.317 0.111 45 K 0.031 0.003 0.178 0.435 0.298 0.055 46 A 0.068 0.007 0.190 0.454 0.238 0.043 47 L 0.218 0.009 0.070 0.501 0.125 0.078 48 A 0.442 0.011 0.044 0.369 0.074 0.059 49 V 0.581 0.007 0.024 0.283 0.055 0.051 50 A 0.560 0.007 0.016 0.286 0.058 0.074 51 L 0.357 0.009 0.023 0.331 0.092 0.189 52 N 0.290 0.009 0.029 0.242 0.196 0.234 53 W 0.165 0.009 0.083 0.266 0.292 0.186 54 D 0.226 0.020 0.063 0.271 0.270 0.150 55 I 0.119 0.009 0.095 0.419 0.249 0.110 56 K 0.066 0.006 0.052 0.418 0.266 0.192 57 K 0.047 0.006 0.036 0.615 0.157 0.140 58 T 0.042 0.005 0.018 0.608 0.135 0.192 59 E 0.043 0.004 0.017 0.636 0.117 0.183 60 T 0.041 0.008 0.026 0.700 0.084 0.142 61 V 0.043 0.007 0.034 0.786 0.057 0.074 62 Q 0.025 0.002 0.070 0.799 0.057 0.046 63 E 0.016 0.001 0.075 0.825 0.048 0.034 64 A 0.013 0.002 0.041 0.858 0.048 0.038 65 C 0.010 0.003 0.021 0.871 0.040 0.054 66 E 0.014 0.001 0.018 0.843 0.054 0.070 67 R 0.014 0.001 0.018 0.863 0.043 0.061 68 E 0.027 0.005 0.020 0.867 0.036 0.045 69 L 0.029 0.003 0.018 0.894 0.027 0.030 70 A 0.039 0.002 0.020 0.880 0.031 0.029 71 L 0.048 0.003 0.029 0.841 0.036 0.043 72 R 0.065 0.005 0.019 0.818 0.039 0.055 73 L 0.033 0.002 0.021 0.866 0.037 0.041 74 Q 0.035 0.003 0.025 0.820 0.061 0.056 75 Q 0.035 0.003 0.033 0.777 0.075 0.077 76 T 0.107 0.008 0.034 0.647 0.093 0.112 77 Q 0.089 0.008 0.039 0.634 0.103 0.127 78 S 0.091 0.012 0.052 0.549 0.133 0.163 79 L 0.084 0.006 0.085 0.562 0.124 0.139 80 H 0.071 0.009 0.139 0.384 0.175 0.223 81 S 0.048 0.012 0.071 0.332 0.151 0.385 82 L 0.024 0.015 0.023 0.198 0.088 0.651 83 R 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.980