# TARGET T0139 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0139.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.110 0.025 0.032 0.032 0.207 0.171 0.422 2 G 0.126 0.029 0.039 0.060 0.179 0.227 0.339 3 I 0.140 0.036 0.053 0.158 0.164 0.152 0.297 4 S 0.127 0.021 0.048 0.216 0.134 0.124 0.330 5 R 0.108 0.011 0.080 0.373 0.122 0.137 0.168 6 E 0.180 0.014 0.056 0.373 0.091 0.119 0.168 7 T 0.157 0.027 0.045 0.432 0.060 0.099 0.179 8 S 0.094 0.014 0.056 0.566 0.083 0.076 0.112 9 S 0.062 0.006 0.060 0.594 0.079 0.081 0.117 10 D 0.023 0.002 0.042 0.839 0.021 0.047 0.027 11 V 0.024 0.004 0.016 0.881 0.012 0.032 0.031 12 A 0.029 0.004 0.011 0.881 0.013 0.026 0.036 13 L 0.024 0.002 0.013 0.888 0.012 0.033 0.028 14 A 0.012 0.001 0.009 0.929 0.011 0.021 0.018 15 S 0.009 0.001 0.011 0.941 0.007 0.020 0.011 16 H 0.009 0.001 0.009 0.931 0.010 0.027 0.012 17 I 0.024 0.002 0.010 0.916 0.011 0.023 0.014 18 L 0.021 0.001 0.020 0.919 0.012 0.014 0.013 19 T 0.018 0.001 0.032 0.879 0.014 0.042 0.013 20 A 0.020 0.002 0.065 0.786 0.009 0.100 0.019 21 L 0.025 0.009 0.063 0.692 0.033 0.136 0.043 22 R 0.035 0.008 0.046 0.549 0.066 0.196 0.099 23 E 0.027 0.004 0.042 0.327 0.141 0.130 0.327 24 K 0.044 0.014 0.043 0.206 0.224 0.097 0.373 25 Q 0.043 0.020 0.036 0.133 0.253 0.107 0.407 26 A 0.046 0.009 0.028 0.072 0.216 0.061 0.568 27 P 0.066 0.006 0.043 0.042 0.189 0.141 0.513 28 E 0.205 0.022 0.106 0.066 0.135 0.150 0.316 29 L 0.288 0.024 0.059 0.073 0.156 0.065 0.336 30 S 0.380 0.041 0.020 0.062 0.084 0.036 0.377 31 L 0.248 0.013 0.029 0.093 0.153 0.049 0.415 32 S 0.167 0.017 0.052 0.075 0.131 0.106 0.453 33 S 0.152 0.019 0.173 0.226 0.119 0.125 0.187 34 Q 0.127 0.020 0.166 0.219 0.128 0.082 0.256 35 D 0.142 0.016 0.144 0.202 0.098 0.081 0.318 36 L 0.064 0.009 0.247 0.410 0.046 0.095 0.129 37 E 0.058 0.006 0.200 0.408 0.073 0.136 0.120 38 L 0.044 0.011 0.245 0.381 0.046 0.187 0.086 39 V 0.056 0.027 0.111 0.322 0.151 0.116 0.217 40 T 0.049 0.026 0.103 0.261 0.145 0.145 0.270 41 K 0.025 0.006 0.078 0.247 0.171 0.318 0.154 42 E 0.017 0.009 0.043 0.225 0.245 0.208 0.253 43 D 0.010 0.009 0.014 0.075 0.124 0.041 0.727 44 P 0.002 0.002 0.091 0.673 0.040 0.140 0.050 45 K 0.003 0.001 0.076 0.727 0.027 0.145 0.021 46 A 0.010 0.002 0.062 0.812 0.031 0.049 0.033 47 L 0.036 0.006 0.019 0.884 0.010 0.016 0.029 48 A 0.091 0.003 0.033 0.816 0.010 0.023 0.023 49 V 0.140 0.003 0.057 0.735 0.011 0.038 0.016 50 A 0.155 0.003 0.069 0.660 0.018 0.063 0.031 51 L 0.152 0.009 0.077 0.559 0.031 0.125 0.046 52 N 0.113 0.004 0.062 0.466 0.090 0.123 0.142 53 W 0.100 0.007 0.079 0.361 0.131 0.100 0.222 54 D 0.109 0.016 0.055 0.288 0.133 0.078 0.321 55 I 0.068 0.012 0.057 0.522 0.093 0.089 0.158 56 K 0.033 0.006 0.031 0.578 0.110 0.114 0.130 57 K 0.021 0.004 0.017 0.602 0.104 0.122 0.130 58 T 0.015 0.002 0.013 0.746 0.061 0.072 0.091 59 E 0.015 0.002 0.014 0.854 0.033 0.044 0.038 60 T 0.018 0.004 0.018 0.880 0.015 0.029 0.037 61 V 0.007 0.002 0.019 0.924 0.009 0.017 0.022 62 Q 0.005 0.001 0.013 0.949 0.007 0.013 0.012 63 E 0.005 0.001 0.010 0.932 0.008 0.036 0.010 64 A 0.002 0.001 0.005 0.891 0.012 0.078 0.012 65 C 0.004 0.001 0.005 0.854 0.020 0.073 0.042 66 E 0.006 0.001 0.010 0.867 0.027 0.057 0.033 67 R 0.006 0.001 0.008 0.904 0.022 0.045 0.014 68 E 0.010 0.002 0.009 0.904 0.016 0.037 0.023 69 L 0.027 0.004 0.008 0.894 0.012 0.027 0.028 70 A 0.043 0.002 0.013 0.860 0.015 0.035 0.032 71 L 0.048 0.002 0.020 0.831 0.019 0.045 0.035 72 R 0.045 0.003 0.019 0.824 0.021 0.043 0.046 73 L 0.020 0.002 0.023 0.864 0.022 0.035 0.033 74 Q 0.021 0.001 0.035 0.846 0.026 0.040 0.032 75 Q 0.021 0.002 0.032 0.845 0.020 0.044 0.036 76 T 0.024 0.008 0.029 0.824 0.022 0.043 0.049 77 Q 0.032 0.004 0.042 0.741 0.041 0.067 0.073 78 S 0.024 0.004 0.046 0.687 0.055 0.100 0.085 79 L 0.018 0.004 0.061 0.588 0.070 0.137 0.122 80 H 0.025 0.005 0.074 0.435 0.101 0.224 0.135 81 S 0.026 0.006 0.063 0.276 0.132 0.285 0.212 82 L 0.016 0.015 0.029 0.116 0.010 0.190 0.623 83 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998