# TARGET T0139 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0139.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.063 0.201 0.131 0.067 0.149 0.054 0.087 0.083 0.054 0.075 0.036 2 G 0.064 0.086 0.156 0.184 0.093 0.073 0.035 0.062 0.043 0.138 0.067 3 I 0.119 0.182 0.092 0.042 0.181 0.033 0.043 0.105 0.066 0.082 0.056 4 S 0.061 0.142 0.129 0.094 0.114 0.052 0.040 0.113 0.071 0.123 0.061 5 R 0.063 0.090 0.061 0.024 0.132 0.016 0.027 0.254 0.194 0.104 0.036 6 E 0.075 0.069 0.040 0.016 0.088 0.018 0.042 0.402 0.138 0.071 0.041 7 T 0.029 0.099 0.038 0.013 0.059 0.014 0.043 0.442 0.126 0.116 0.019 8 S 0.048 0.068 0.020 0.008 0.067 0.008 0.019 0.515 0.165 0.061 0.020 9 S 0.008 0.053 0.027 0.015 0.021 0.013 0.035 0.688 0.117 0.020 0.004 10 D 0.015 0.010 0.003 0.001 0.024 0.002 0.018 0.784 0.103 0.028 0.011 11 V 0.017 0.013 0.003 0.002 0.023 0.004 0.009 0.800 0.111 0.012 0.006 12 A 0.009 0.015 0.005 0.002 0.024 0.003 0.019 0.824 0.085 0.008 0.004 13 L 0.009 0.010 0.005 0.002 0.011 0.004 0.015 0.829 0.094 0.017 0.004 14 A 0.007 0.007 0.003 0.003 0.008 0.006 0.021 0.784 0.131 0.026 0.004 15 S 0.005 0.026 0.008 0.004 0.018 0.005 0.024 0.788 0.104 0.014 0.003 16 H 0.007 0.009 0.005 0.002 0.012 0.004 0.029 0.806 0.093 0.028 0.004 17 I 0.005 0.009 0.003 0.001 0.008 0.003 0.012 0.854 0.091 0.012 0.002 18 L 0.007 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.011 0.761 0.166 0.032 0.008 19 T 0.004 0.020 0.013 0.007 0.010 0.009 0.043 0.758 0.122 0.012 0.002 20 A 0.010 0.016 0.005 0.003 0.019 0.005 0.039 0.702 0.140 0.057 0.005 21 L 0.046 0.134 0.043 0.015 0.126 0.021 0.028 0.299 0.165 0.101 0.021 22 R 0.074 0.071 0.033 0.021 0.078 0.019 0.063 0.331 0.142 0.130 0.039 23 E 0.096 0.186 0.088 0.019 0.152 0.011 0.025 0.116 0.077 0.181 0.050 24 K 0.037 0.325 0.277 0.065 0.131 0.017 0.028 0.063 0.027 0.019 0.012 25 Q 0.032 0.370 0.335 0.025 0.104 0.010 0.019 0.042 0.024 0.024 0.014 26 A 0.091 0.343 0.175 0.015 0.212 0.009 0.020 0.061 0.031 0.016 0.025 27 P 0.052 0.277 0.134 0.028 0.191 0.043 0.055 0.106 0.062 0.033 0.018 28 E 0.220 0.138 0.041 0.005 0.349 0.006 0.018 0.073 0.054 0.042 0.055 29 L 0.227 0.132 0.029 0.013 0.351 0.022 0.016 0.048 0.036 0.058 0.068 30 S 0.145 0.239 0.064 0.009 0.413 0.005 0.010 0.028 0.016 0.027 0.044 31 L 0.184 0.153 0.040 0.013 0.242 0.011 0.013 0.095 0.110 0.082 0.057 32 S 0.090 0.193 0.088 0.038 0.236 0.020 0.045 0.114 0.065 0.072 0.040 33 S 0.090 0.130 0.055 0.028 0.177 0.028 0.074 0.205 0.098 0.084 0.033 34 Q 0.058 0.100 0.080 0.041 0.107 0.035 0.063 0.194 0.092 0.162 0.070 35 D 0.108 0.237 0.069 0.015 0.299 0.012 0.021 0.112 0.047 0.045 0.033 36 L 0.113 0.057 0.012 0.005 0.172 0.004 0.010 0.293 0.213 0.082 0.038 37 E 0.024 0.103 0.031 0.013 0.072 0.026 0.053 0.485 0.163 0.023 0.009 38 L 0.113 0.073 0.021 0.003 0.159 0.004 0.030 0.328 0.109 0.096 0.064 39 V 0.082 0.090 0.036 0.015 0.107 0.025 0.054 0.274 0.145 0.118 0.053 40 T 0.044 0.310 0.121 0.028 0.136 0.007 0.017 0.126 0.101 0.092 0.019 41 K 0.018 0.052 0.039 0.012 0.044 0.016 0.082 0.495 0.202 0.034 0.006 42 E 0.020 0.112 0.063 0.024 0.043 0.060 0.138 0.295 0.097 0.121 0.027 43 D 0.269 0.060 0.010 0.001 0.519 0.001 0.004 0.067 0.023 0.015 0.031 44 P 0.003 0.019 0.011 0.002 0.008 0.003 0.007 0.552 0.362 0.031 0.002 45 K 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.003 0.028 0.786 0.126 0.038 0.002 46 A 0.014 0.026 0.005 0.002 0.019 0.004 0.017 0.774 0.104 0.030 0.005 47 L 0.024 0.018 0.006 0.003 0.065 0.004 0.018 0.753 0.086 0.016 0.008 48 A 0.079 0.018 0.007 0.008 0.112 0.008 0.014 0.625 0.097 0.017 0.015 49 V 0.048 0.065 0.011 0.007 0.145 0.010 0.033 0.570 0.083 0.019 0.009 50 A 0.125 0.047 0.007 0.003 0.192 0.006 0.035 0.461 0.066 0.033 0.024 51 L 0.051 0.119 0.054 0.021 0.164 0.024 0.051 0.360 0.085 0.053 0.018 52 N 0.118 0.069 0.022 0.013 0.159 0.016 0.048 0.269 0.094 0.124 0.068 53 W 0.067 0.179 0.057 0.018 0.178 0.028 0.043 0.194 0.116 0.088 0.032 54 D 0.163 0.110 0.032 0.009 0.247 0.009 0.026 0.179 0.084 0.078 0.063 55 I 0.054 0.033 0.008 0.004 0.069 0.007 0.015 0.395 0.301 0.083 0.031 56 K 0.015 0.081 0.042 0.026 0.039 0.032 0.070 0.511 0.130 0.045 0.009 57 K 0.060 0.072 0.030 0.008 0.078 0.007 0.020 0.368 0.159 0.167 0.029 58 T 0.040 0.109 0.038 0.011 0.088 0.012 0.023 0.450 0.153 0.059 0.018 59 E 0.012 0.025 0.012 0.009 0.023 0.017 0.050 0.701 0.114 0.028 0.010 60 T 0.019 0.031 0.012 0.003 0.026 0.004 0.018 0.718 0.094 0.064 0.012 61 V 0.009 0.008 0.003 0.002 0.009 0.003 0.006 0.792 0.136 0.027 0.006 62 Q 0.003 0.009 0.005 0.003 0.007 0.004 0.009 0.853 0.099 0.007 0.002 63 E 0.003 0.008 0.005 0.003 0.007 0.003 0.017 0.865 0.077 0.010 0.003 64 A 0.005 0.006 0.005 0.004 0.007 0.008 0.034 0.806 0.083 0.038 0.003 65 C 0.009 0.022 0.006 0.003 0.016 0.003 0.012 0.778 0.110 0.036 0.005 66 E 0.004 0.011 0.005 0.003 0.007 0.007 0.017 0.811 0.110 0.024 0.003 67 R 0.005 0.019 0.009 0.004 0.013 0.007 0.037 0.819 0.069 0.015 0.003 68 E 0.011 0.007 0.004 0.003 0.012 0.005 0.017 0.820 0.093 0.022 0.007 69 L 0.008 0.012 0.004 0.002 0.015 0.004 0.012 0.820 0.102 0.018 0.004 70 A 0.008 0.009 0.003 0.002 0.015 0.003 0.013 0.834 0.092 0.017 0.004 71 L 0.013 0.024 0.009 0.004 0.028 0.007 0.022 0.782 0.085 0.020 0.005 72 R 0.018 0.028 0.009 0.003 0.034 0.004 0.019 0.772 0.086 0.023 0.006 73 L 0.020 0.013 0.004 0.003 0.031 0.005 0.015 0.765 0.117 0.019 0.008 74 Q 0.014 0.033 0.012 0.010 0.029 0.017 0.041 0.731 0.090 0.017 0.005 75 Q 0.035 0.022 0.010 0.004 0.043 0.008 0.027 0.692 0.097 0.049 0.015 76 T 0.041 0.046 0.012 0.006 0.066 0.011 0.027 0.608 0.119 0.045 0.019 77 Q 0.022 0.059 0.023 0.017 0.045 0.021 0.040 0.591 0.130 0.040 0.012 78 S 0.043 0.055 0.023 0.007 0.081 0.010 0.033 0.579 0.105 0.046 0.017 79 L 0.046 0.028 0.011 0.013 0.056 0.018 0.036 0.522 0.180 0.066 0.023 80 H 0.041 0.069 0.029 0.020 0.074 0.021 0.046 0.416 0.169 0.086 0.029 81 S 0.057 0.091 0.029 0.011 0.115 0.008 0.031 0.382 0.166 0.086 0.026 82 L 0.043 0.073 0.030 0.014 0.092 0.025 0.074 0.351 0.165 0.114 0.021 83 R 0.093 0.126 0.056 0.021 0.147 0.022 0.063 0.229 0.095 0.101 0.046