# TARGET T0138 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0138.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.004 0.004 0.018 0.111 0.843 2 L 0.081 0.030 0.010 0.055 0.123 0.700 3 S 0.169 0.018 0.013 0.080 0.173 0.547 4 Q 0.234 0.012 0.063 0.307 0.165 0.219 5 I 0.361 0.015 0.053 0.265 0.152 0.154 6 A 0.449 0.011 0.054 0.245 0.133 0.108 7 I 0.455 0.018 0.061 0.229 0.116 0.121 8 C 0.469 0.013 0.083 0.206 0.114 0.115 9 I 0.401 0.007 0.140 0.204 0.133 0.116 10 W 0.370 0.012 0.098 0.204 0.159 0.157 11 V 0.279 0.030 0.065 0.161 0.217 0.248 12 E 0.107 0.015 0.020 0.100 0.320 0.438 13 S 0.016 0.003 0.036 0.247 0.392 0.306 14 T 0.003 0.001 0.058 0.745 0.146 0.047 15 A 0.004 0.002 0.050 0.837 0.089 0.018 16 I 0.005 0.002 0.031 0.904 0.044 0.014 17 L 0.007 0.001 0.014 0.941 0.020 0.017 18 Q 0.009 0.001 0.015 0.937 0.022 0.016 19 D 0.006 0.001 0.013 0.950 0.017 0.014 20 C 0.006 0.001 0.010 0.957 0.014 0.013 21 Q 0.007 0.001 0.022 0.939 0.017 0.013 22 R 0.009 0.001 0.030 0.906 0.029 0.025 23 A 0.017 0.002 0.029 0.841 0.051 0.060 24 L 0.029 0.007 0.025 0.725 0.086 0.129 25 S 0.034 0.005 0.055 0.574 0.194 0.138 26 A 0.021 0.004 0.070 0.462 0.264 0.180 27 D 0.020 0.006 0.055 0.443 0.252 0.224 28 R 0.019 0.003 0.078 0.623 0.204 0.074 29 Y 0.014 0.002 0.063 0.690 0.148 0.082 30 Q 0.026 0.004 0.061 0.798 0.073 0.038 31 L 0.070 0.006 0.060 0.745 0.076 0.043 32 Q 0.092 0.005 0.057 0.684 0.084 0.078 33 V 0.097 0.005 0.046 0.705 0.063 0.085 34 C 0.107 0.005 0.033 0.649 0.085 0.121 35 E 0.068 0.005 0.032 0.656 0.105 0.134 36 S 0.036 0.003 0.036 0.692 0.092 0.140 37 G 0.013 0.002 0.037 0.820 0.065 0.064 38 E 0.008 0.001 0.035 0.886 0.039 0.031 39 M 0.004 0.001 0.039 0.913 0.026 0.017 40 L 0.004 0.001 0.016 0.948 0.015 0.016 41 L 0.003 0.001 0.021 0.953 0.013 0.010 42 E 0.002 0.001 0.020 0.943 0.019 0.015 43 Y 0.001 0.001 0.019 0.952 0.015 0.012 44 A 0.002 0.001 0.021 0.934 0.026 0.015 45 Q 0.002 0.001 0.029 0.897 0.051 0.020 46 T 0.002 0.001 0.031 0.733 0.135 0.098 47 H 0.002 0.003 0.030 0.393 0.274 0.297 48 R 0.003 0.002 0.182 0.346 0.364 0.103 49 D 0.008 0.004 0.219 0.232 0.408 0.129 50 Q 0.029 0.008 0.318 0.164 0.338 0.144 51 I 0.200 0.007 0.101 0.119 0.322 0.252 52 D 0.523 0.004 0.042 0.053 0.149 0.229 53 C 0.863 0.006 0.012 0.026 0.032 0.061 54 L 0.944 0.002 0.005 0.017 0.011 0.020 55 I 0.964 0.001 0.003 0.012 0.007 0.013 56 L 0.957 0.001 0.002 0.010 0.010 0.020 57 V 0.886 0.004 0.004 0.019 0.035 0.051 58 A 0.565 0.011 0.023 0.043 0.160 0.198 59 A 0.123 0.012 0.027 0.037 0.416 0.385 60 N 0.013 0.004 0.120 0.070 0.586 0.207 61 P 0.004 0.004 0.173 0.173 0.525 0.122 62 S 0.005 0.018 0.131 0.359 0.328 0.159 63 F 0.001 0.001 0.016 0.932 0.035 0.015 64 R 0.001 0.001 0.005 0.980 0.010 0.004 65 A 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.002 66 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 67 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 68 Q 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 69 Q 0.001 0.001 0.004 0.982 0.009 0.004 70 L 0.002 0.001 0.005 0.962 0.018 0.013 71 C 0.003 0.001 0.009 0.901 0.050 0.036 72 F 0.006 0.001 0.023 0.767 0.120 0.082 73 E 0.041 0.004 0.032 0.361 0.317 0.246 74 G 0.079 0.005 0.015 0.026 0.348 0.527 75 V 0.360 0.013 0.012 0.010 0.221 0.385 76 V 0.735 0.012 0.006 0.005 0.081 0.161 77 V 0.787 0.004 0.005 0.004 0.055 0.145 78 P 0.906 0.001 0.003 0.003 0.016 0.072 79 A 0.959 0.002 0.002 0.002 0.007 0.027 80 I 0.961 0.002 0.001 0.003 0.007 0.027 81 V 0.958 0.003 0.001 0.003 0.009 0.027 82 V 0.862 0.009 0.002 0.004 0.023 0.100 83 G 0.493 0.015 0.009 0.008 0.180 0.296 84 D 0.170 0.024 0.013 0.005 0.359 0.428 85 R 0.056 0.019 0.017 0.007 0.672 0.229 86 D 0.031 0.022 0.053 0.018 0.709 0.167 87 S 0.029 0.014 0.035 0.024 0.600 0.298 88 E 0.036 0.025 0.051 0.032 0.489 0.367 89 D 0.036 0.027 0.017 0.019 0.368 0.532 90 P 0.055 0.026 0.023 0.019 0.361 0.516 91 D 0.054 0.026 0.031 0.020 0.374 0.496 92 E 0.048 0.025 0.026 0.018 0.341 0.541 93 P 0.031 0.017 0.049 0.030 0.316 0.559 94 A 0.029 0.019 0.047 0.031 0.386 0.487 95 K 0.040 0.017 0.063 0.027 0.436 0.416 96 E 0.056 0.019 0.045 0.021 0.428 0.432 97 Q 0.108 0.014 0.042 0.022 0.360 0.455 98 L 0.370 0.036 0.024 0.029 0.215 0.326 99 Y 0.627 0.014 0.008 0.016 0.120 0.215 100 H 0.701 0.015 0.005 0.012 0.106 0.161 101 S 0.730 0.006 0.007 0.014 0.095 0.149 102 A 0.811 0.003 0.007 0.011 0.054 0.115 103 E 0.913 0.006 0.004 0.006 0.022 0.049 104 L 0.933 0.004 0.003 0.004 0.018 0.038 105 H 0.918 0.008 0.003 0.003 0.018 0.050 106 L 0.701 0.017 0.003 0.004 0.054 0.222 107 G 0.228 0.006 0.007 0.030 0.194 0.535 108 I 0.021 0.001 0.191 0.427 0.266 0.094 109 H 0.010 0.004 0.193 0.519 0.230 0.044 110 Q 0.003 0.002 0.186 0.646 0.138 0.025 111 L 0.003 0.001 0.150 0.701 0.092 0.053 112 E 0.002 0.002 0.097 0.805 0.063 0.031 113 Q 0.002 0.002 0.087 0.780 0.059 0.070 114 L 0.004 0.003 0.036 0.670 0.087 0.201 115 P 0.003 0.001 0.028 0.775 0.071 0.122 116 Y 0.003 0.002 0.023 0.886 0.036 0.051 117 Q 0.005 0.003 0.021 0.913 0.025 0.033 118 V 0.003 0.001 0.007 0.974 0.007 0.009 119 D 0.001 0.001 0.004 0.981 0.006 0.008 120 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 121 A 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 122 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 123 A 0.001 0.001 0.004 0.981 0.009 0.005 124 E 0.001 0.001 0.005 0.946 0.021 0.027 125 F 0.002 0.002 0.007 0.946 0.020 0.024 126 L 0.005 0.004 0.021 0.874 0.049 0.047 127 R 0.011 0.002 0.026 0.787 0.075 0.098 128 L 0.012 0.002 0.023 0.741 0.071 0.150 129 A 0.018 0.005 0.010 0.264 0.173 0.530 130 P 0.034 0.006 0.028 0.269 0.206 0.457 131 V 0.130 0.013 0.067 0.276 0.233 0.282 132 E 0.155 0.018 0.091 0.202 0.211 0.323 133 T 0.146 0.017 0.063 0.128 0.148 0.498 134 M 0.048 0.012 0.022 0.069 0.104 0.745 135 A 0.001 0.002 0.001 0.005 0.019 0.972