# TARGET T0138 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0138.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.993 2 L 0.029 0.040 0.008 0.010 0.020 0.033 0.861 3 S 0.042 0.011 0.007 0.012 0.295 0.029 0.603 4 Q 0.183 0.017 0.035 0.043 0.172 0.111 0.439 5 I 0.407 0.016 0.028 0.037 0.088 0.039 0.385 6 A 0.692 0.027 0.022 0.031 0.043 0.012 0.173 7 I 0.788 0.017 0.017 0.036 0.026 0.009 0.108 8 C 0.855 0.005 0.014 0.028 0.016 0.013 0.069 9 I 0.846 0.007 0.014 0.034 0.018 0.016 0.066 10 W 0.785 0.011 0.010 0.035 0.031 0.035 0.092 11 V 0.590 0.028 0.011 0.030 0.067 0.054 0.221 12 E 0.246 0.030 0.007 0.022 0.226 0.049 0.420 13 S 0.067 0.008 0.024 0.181 0.206 0.076 0.438 14 T 0.003 0.001 0.090 0.778 0.031 0.075 0.021 15 A 0.004 0.002 0.074 0.851 0.013 0.041 0.014 16 I 0.003 0.001 0.039 0.920 0.005 0.023 0.009 17 L 0.003 0.001 0.008 0.960 0.006 0.014 0.008 18 Q 0.006 0.001 0.010 0.946 0.005 0.025 0.008 19 D 0.004 0.001 0.009 0.943 0.008 0.028 0.008 20 C 0.010 0.002 0.012 0.936 0.007 0.021 0.012 21 Q 0.011 0.001 0.020 0.918 0.010 0.032 0.009 22 R 0.010 0.001 0.022 0.890 0.010 0.058 0.009 23 A 0.008 0.002 0.032 0.839 0.025 0.066 0.028 24 L 0.021 0.008 0.029 0.717 0.044 0.121 0.059 25 S 0.018 0.003 0.049 0.539 0.078 0.194 0.119 26 A 0.017 0.004 0.034 0.432 0.179 0.227 0.106 27 D 0.033 0.008 0.036 0.260 0.137 0.149 0.377 28 R 0.012 0.004 0.111 0.683 0.038 0.103 0.049 29 Y 0.024 0.002 0.115 0.619 0.033 0.164 0.043 30 Q 0.034 0.004 0.122 0.612 0.034 0.149 0.045 31 L 0.134 0.013 0.042 0.573 0.054 0.076 0.109 32 Q 0.189 0.013 0.058 0.506 0.048 0.067 0.118 33 V 0.204 0.011 0.056 0.513 0.047 0.069 0.100 34 C 0.098 0.009 0.055 0.589 0.049 0.081 0.119 35 E 0.070 0.015 0.052 0.528 0.089 0.101 0.144 36 S 0.038 0.007 0.032 0.508 0.101 0.089 0.226 37 G 0.005 0.001 0.028 0.835 0.029 0.051 0.050 38 E 0.002 0.001 0.027 0.918 0.013 0.028 0.011 39 M 0.002 0.001 0.025 0.924 0.008 0.028 0.012 40 L 0.002 0.001 0.013 0.956 0.005 0.017 0.007 41 L 0.001 0.001 0.012 0.963 0.004 0.014 0.006 42 E 0.001 0.001 0.017 0.945 0.003 0.029 0.004 43 Y 0.001 0.001 0.026 0.917 0.004 0.046 0.005 44 A 0.003 0.003 0.033 0.878 0.013 0.058 0.013 45 Q 0.003 0.001 0.050 0.785 0.012 0.133 0.016 46 T 0.003 0.001 0.024 0.723 0.064 0.138 0.047 47 H 0.008 0.006 0.038 0.383 0.091 0.111 0.362 48 R 0.003 0.001 0.226 0.222 0.054 0.447 0.045 49 D 0.005 0.001 0.299 0.079 0.062 0.535 0.020 50 Q 0.036 0.007 0.281 0.079 0.115 0.374 0.107 51 I 0.314 0.011 0.009 0.010 0.062 0.034 0.561 52 D 0.556 0.002 0.003 0.003 0.257 0.014 0.165 53 C 0.964 0.009 0.001 0.002 0.004 0.002 0.018 54 L 0.972 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.017 55 I 0.974 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.010 56 L 0.934 0.003 0.003 0.008 0.007 0.003 0.043 57 V 0.716 0.006 0.006 0.010 0.032 0.009 0.220 58 A 0.427 0.013 0.024 0.026 0.133 0.058 0.319 59 A 0.177 0.028 0.030 0.016 0.250 0.096 0.403 60 N 0.048 0.006 0.070 0.027 0.309 0.243 0.297 61 P 0.019 0.006 0.061 0.040 0.369 0.314 0.192 62 S 0.020 0.032 0.030 0.097 0.244 0.107 0.469 63 F 0.005 0.005 0.033 0.726 0.062 0.032 0.137 64 R 0.001 0.001 0.012 0.953 0.007 0.014 0.012 65 A 0.001 0.001 0.012 0.965 0.003 0.014 0.005 66 V 0.001 0.001 0.006 0.981 0.002 0.009 0.002 67 V 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.008 0.003 68 Q 0.002 0.001 0.006 0.974 0.001 0.015 0.002 69 Q 0.002 0.001 0.008 0.959 0.003 0.026 0.003 70 L 0.003 0.001 0.012 0.944 0.005 0.029 0.005 71 C 0.006 0.002 0.020 0.874 0.013 0.069 0.015 72 F 0.007 0.001 0.025 0.690 0.045 0.205 0.027 73 E 0.010 0.002 0.029 0.302 0.083 0.523 0.051 74 G 0.045 0.007 0.020 0.097 0.207 0.348 0.277 75 V 0.166 0.011 0.015 0.035 0.236 0.066 0.471 76 V 0.662 0.016 0.012 0.023 0.052 0.025 0.210 77 V 0.796 0.005 0.005 0.008 0.019 0.005 0.162 78 P 0.808 0.002 0.005 0.005 0.030 0.004 0.146 79 A 0.934 0.003 0.003 0.002 0.007 0.002 0.050 80 I 0.957 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.033 81 V 0.931 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.057 82 V 0.824 0.011 0.001 0.001 0.015 0.002 0.146 83 G 0.557 0.018 0.002 0.002 0.082 0.009 0.331 84 D 0.157 0.016 0.009 0.006 0.168 0.046 0.598 85 R 0.030 0.026 0.028 0.013 0.279 0.111 0.515 86 D 0.014 0.009 0.078 0.025 0.302 0.286 0.286 87 S 0.012 0.007 0.086 0.028 0.233 0.289 0.345 88 E 0.013 0.030 0.060 0.031 0.234 0.126 0.505 89 D 0.020 0.031 0.042 0.036 0.207 0.105 0.558 90 P 0.028 0.029 0.046 0.039 0.138 0.184 0.536 91 D 0.033 0.037 0.039 0.036 0.234 0.155 0.466 92 E 0.035 0.027 0.023 0.026 0.302 0.060 0.528 93 P 0.041 0.022 0.024 0.029 0.141 0.077 0.666 94 A 0.047 0.020 0.038 0.026 0.155 0.094 0.619 95 K 0.070 0.015 0.066 0.018 0.252 0.153 0.426 96 E 0.108 0.008 0.067 0.012 0.251 0.140 0.414 97 Q 0.232 0.027 0.050 0.011 0.206 0.051 0.423 98 L 0.488 0.030 0.024 0.008 0.111 0.032 0.308 99 Y 0.705 0.021 0.016 0.005 0.055 0.025 0.173 100 H 0.775 0.018 0.013 0.004 0.034 0.015 0.141 101 S 0.795 0.006 0.014 0.005 0.034 0.033 0.114 102 A 0.874 0.005 0.008 0.006 0.022 0.022 0.063 103 E 0.926 0.004 0.002 0.002 0.018 0.005 0.041 104 L 0.919 0.005 0.001 0.002 0.009 0.003 0.061 105 H 0.915 0.014 0.001 0.001 0.007 0.003 0.058 106 L 0.660 0.043 0.002 0.002 0.042 0.007 0.243 107 G 0.260 0.014 0.002 0.004 0.092 0.016 0.612 108 I 0.018 0.004 0.204 0.458 0.123 0.142 0.052 109 H 0.005 0.003 0.290 0.498 0.052 0.116 0.035 110 Q 0.003 0.002 0.356 0.509 0.024 0.076 0.030 111 L 0.002 0.002 0.237 0.695 0.015 0.033 0.017 112 E 0.003 0.001 0.140 0.700 0.020 0.118 0.018 113 Q 0.002 0.002 0.104 0.699 0.018 0.157 0.019 114 L 0.003 0.004 0.029 0.659 0.125 0.065 0.115 115 P 0.003 0.001 0.026 0.804 0.034 0.069 0.063 116 Y 0.004 0.001 0.016 0.897 0.016 0.042 0.024 117 Q 0.002 0.001 0.013 0.937 0.007 0.025 0.015 118 V 0.001 0.001 0.003 0.978 0.003 0.008 0.006 119 D 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.004 0.002 120 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.001 123 A 0.001 0.001 0.003 0.981 0.002 0.010 0.002 124 E 0.001 0.001 0.005 0.968 0.003 0.021 0.002 125 F 0.001 0.001 0.012 0.957 0.004 0.021 0.005 126 L 0.002 0.001 0.023 0.912 0.006 0.049 0.008 127 R 0.004 0.001 0.033 0.726 0.013 0.212 0.011 128 L 0.008 0.005 0.026 0.620 0.102 0.160 0.079 129 A 0.016 0.012 0.016 0.230 0.187 0.041 0.498 130 P 0.017 0.009 0.066 0.283 0.130 0.150 0.345 131 V 0.029 0.009 0.189 0.276 0.088 0.211 0.198 132 E 0.056 0.009 0.225 0.171 0.134 0.175 0.230 133 T 0.089 0.008 0.132 0.132 0.153 0.159 0.328 134 M 0.049 0.025 0.040 0.056 0.006 0.108 0.717 135 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999