# TARGET T0138 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0138.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.141 0.142 0.057 0.020 0.231 0.016 0.038 0.113 0.085 0.102 0.056 2 L 0.180 0.093 0.039 0.022 0.159 0.023 0.032 0.084 0.091 0.175 0.102 3 S 0.042 0.347 0.227 0.058 0.161 0.017 0.019 0.059 0.029 0.031 0.011 4 Q 0.201 0.119 0.031 0.011 0.227 0.013 0.037 0.159 0.081 0.067 0.056 5 I 0.194 0.179 0.031 0.013 0.402 0.010 0.011 0.063 0.027 0.025 0.043 6 A 0.170 0.138 0.026 0.008 0.490 0.013 0.020 0.078 0.017 0.014 0.026 7 I 0.342 0.067 0.011 0.003 0.468 0.004 0.005 0.028 0.010 0.013 0.049 8 C 0.226 0.110 0.020 0.018 0.450 0.018 0.017 0.054 0.024 0.017 0.046 9 I 0.146 0.163 0.036 0.010 0.401 0.010 0.019 0.094 0.050 0.031 0.040 10 W 0.211 0.098 0.017 0.006 0.334 0.008 0.033 0.111 0.053 0.062 0.067 11 V 0.131 0.127 0.043 0.027 0.233 0.038 0.089 0.111 0.056 0.093 0.052 12 E 0.071 0.276 0.248 0.055 0.177 0.017 0.016 0.035 0.018 0.049 0.038 13 S 0.048 0.260 0.118 0.028 0.162 0.016 0.021 0.194 0.110 0.029 0.015 14 T 0.008 0.019 0.012 0.008 0.015 0.015 0.044 0.545 0.271 0.053 0.010 15 A 0.014 0.017 0.007 0.002 0.023 0.005 0.033 0.673 0.155 0.059 0.011 16 I 0.010 0.023 0.007 0.002 0.013 0.004 0.012 0.747 0.123 0.051 0.007 17 L 0.009 0.012 0.005 0.003 0.014 0.004 0.012 0.775 0.133 0.028 0.005 18 Q 0.004 0.015 0.010 0.007 0.010 0.006 0.017 0.811 0.106 0.011 0.003 19 D 0.006 0.010 0.004 0.001 0.011 0.002 0.019 0.831 0.086 0.026 0.004 20 C 0.013 0.005 0.001 0.001 0.013 0.002 0.008 0.786 0.134 0.030 0.008 21 Q 0.002 0.009 0.003 0.003 0.006 0.009 0.030 0.793 0.135 0.008 0.001 22 R 0.013 0.012 0.004 0.002 0.020 0.003 0.032 0.746 0.122 0.034 0.010 23 A 0.016 0.020 0.010 0.007 0.024 0.018 0.074 0.644 0.131 0.049 0.007 24 L 0.046 0.080 0.017 0.005 0.088 0.007 0.036 0.450 0.148 0.095 0.028 25 S 0.029 0.060 0.026 0.018 0.057 0.026 0.060 0.455 0.171 0.081 0.016 26 A 0.024 0.098 0.061 0.030 0.058 0.038 0.086 0.327 0.115 0.142 0.022 27 D 0.148 0.097 0.035 0.007 0.198 0.007 0.021 0.242 0.106 0.084 0.055 28 R 0.012 0.010 0.003 0.002 0.019 0.004 0.011 0.535 0.350 0.043 0.009 29 Y 0.004 0.017 0.008 0.006 0.011 0.012 0.049 0.688 0.165 0.037 0.003 30 Q 0.021 0.027 0.008 0.003 0.034 0.006 0.033 0.583 0.161 0.115 0.010 31 L 0.107 0.053 0.009 0.004 0.143 0.008 0.021 0.402 0.142 0.066 0.047 32 Q 0.047 0.068 0.017 0.011 0.122 0.015 0.049 0.487 0.130 0.034 0.020 33 V 0.111 0.056 0.017 0.005 0.139 0.009 0.034 0.375 0.104 0.111 0.038 34 C 0.097 0.168 0.034 0.017 0.201 0.018 0.033 0.269 0.086 0.044 0.032 35 E 0.043 0.084 0.049 0.030 0.070 0.038 0.052 0.398 0.113 0.077 0.047 36 S 0.047 0.192 0.122 0.022 0.082 0.008 0.018 0.331 0.084 0.070 0.025 37 G 0.006 0.016 0.008 0.006 0.009 0.008 0.011 0.684 0.200 0.045 0.006 38 E 0.004 0.016 0.006 0.004 0.009 0.008 0.015 0.813 0.113 0.010 0.003 39 M 0.003 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.010 0.847 0.091 0.029 0.003 40 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.855 0.107 0.024 0.002 41 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.855 0.119 0.007 0.001 42 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 0.875 0.088 0.007 0.002 43 Y 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.016 0.795 0.134 0.042 0.002 44 A 0.010 0.017 0.002 0.001 0.022 0.002 0.012 0.690 0.210 0.028 0.005 45 Q 0.005 0.009 0.003 0.004 0.010 0.008 0.064 0.692 0.161 0.039 0.004 46 T 0.014 0.029 0.024 0.014 0.022 0.026 0.148 0.410 0.105 0.192 0.017 47 H 0.102 0.236 0.087 0.015 0.190 0.008 0.019 0.151 0.069 0.071 0.050 48 R 0.024 0.055 0.014 0.012 0.047 0.034 0.074 0.435 0.254 0.040 0.011 49 D 0.013 0.038 0.036 0.031 0.031 0.038 0.080 0.322 0.199 0.195 0.016 50 Q 0.131 0.094 0.025 0.006 0.163 0.009 0.043 0.141 0.114 0.217 0.056 51 I 0.290 0.120 0.014 0.002 0.381 0.002 0.003 0.032 0.027 0.052 0.078 52 D 0.062 0.063 0.028 0.044 0.150 0.096 0.224 0.199 0.051 0.058 0.024 53 C 0.326 0.092 0.015 0.006 0.498 0.002 0.002 0.014 0.004 0.013 0.027 54 L 0.136 0.137 0.008 0.007 0.676 0.008 0.005 0.010 0.002 0.002 0.008 55 I 0.346 0.030 0.002 0.001 0.587 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.028 56 L 0.239 0.088 0.008 0.003 0.582 0.005 0.007 0.012 0.002 0.005 0.048 57 V 0.270 0.113 0.024 0.008 0.401 0.011 0.012 0.022 0.009 0.029 0.099 58 A 0.140 0.216 0.134 0.046 0.218 0.022 0.025 0.056 0.033 0.039 0.072 59 A 0.034 0.171 0.132 0.119 0.069 0.076 0.070 0.082 0.073 0.144 0.030 60 N 0.051 0.287 0.102 0.046 0.148 0.046 0.075 0.111 0.074 0.040 0.020 61 P 0.024 0.056 0.044 0.043 0.039 0.042 0.040 0.196 0.168 0.268 0.081 62 S 0.035 0.212 0.111 0.011 0.073 0.006 0.022 0.257 0.123 0.124 0.025 63 F 0.014 0.044 0.027 0.003 0.019 0.002 0.003 0.643 0.181 0.056 0.009 64 R 0.002 0.009 0.003 0.001 0.004 0.002 0.010 0.877 0.087 0.003 0.001 65 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.914 0.069 0.003 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.056 0.003 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.901 0.087 0.007 0.001 68 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.918 0.069 0.002 0.001 69 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.925 0.043 0.007 0.001 70 L 0.005 0.004 0.001 0.001 0.009 0.003 0.024 0.820 0.106 0.024 0.003 71 C 0.010 0.011 0.006 0.005 0.009 0.007 0.037 0.673 0.173 0.061 0.007 72 F 0.005 0.037 0.019 0.013 0.016 0.031 0.117 0.598 0.122 0.041 0.003 73 E 0.025 0.139 0.084 0.073 0.048 0.039 0.117 0.177 0.113 0.156 0.027 74 G 0.067 0.178 0.102 0.037 0.106 0.014 0.019 0.052 0.061 0.257 0.107 75 V 0.084 0.322 0.048 0.004 0.317 0.006 0.025 0.096 0.051 0.029 0.017 76 V 0.332 0.087 0.021 0.006 0.331 0.006 0.010 0.028 0.021 0.072 0.087 77 V 0.090 0.312 0.107 0.053 0.292 0.044 0.035 0.025 0.009 0.015 0.019 78 P 0.268 0.126 0.036 0.010 0.474 0.008 0.007 0.017 0.007 0.012 0.036 79 A 0.174 0.128 0.018 0.006 0.621 0.004 0.006 0.013 0.005 0.006 0.019 80 I 0.164 0.106 0.009 0.001 0.700 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.010 81 V 0.263 0.070 0.006 0.001 0.611 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.039 82 V 0.236 0.078 0.020 0.022 0.302 0.028 0.034 0.031 0.021 0.099 0.129 83 G 0.061 0.344 0.221 0.046 0.237 0.009 0.013 0.018 0.012 0.022 0.018 84 D 0.078 0.203 0.116 0.041 0.149 0.027 0.042 0.089 0.085 0.112 0.058 85 R 0.043 0.304 0.211 0.045 0.163 0.019 0.038 0.067 0.055 0.036 0.019 86 D 0.043 0.081 0.044 0.031 0.083 0.032 0.063 0.213 0.237 0.139 0.035 87 S 0.056 0.129 0.077 0.018 0.139 0.017 0.047 0.193 0.151 0.141 0.032 88 E 0.064 0.091 0.046 0.019 0.097 0.021 0.042 0.165 0.153 0.242 0.061 89 D 0.066 0.277 0.175 0.025 0.189 0.011 0.026 0.089 0.052 0.061 0.029 90 P 0.096 0.244 0.134 0.021 0.179 0.016 0.039 0.114 0.066 0.053 0.037 91 D 0.068 0.257 0.191 0.025 0.162 0.013 0.033 0.095 0.067 0.061 0.029 92 E 0.055 0.300 0.264 0.034 0.128 0.016 0.032 0.077 0.040 0.031 0.022 93 P 0.059 0.291 0.174 0.027 0.135 0.023 0.044 0.100 0.062 0.055 0.030 94 A 0.085 0.266 0.159 0.021 0.199 0.015 0.024 0.089 0.062 0.050 0.030 95 K 0.083 0.138 0.079 0.041 0.128 0.047 0.083 0.147 0.110 0.097 0.048 96 E 0.093 0.209 0.097 0.043 0.208 0.029 0.034 0.092 0.080 0.076 0.040 97 Q 0.183 0.169 0.046 0.012 0.321 0.010 0.021 0.075 0.055 0.057 0.051 98 L 0.208 0.102 0.025 0.010 0.338 0.014 0.041 0.083 0.049 0.069 0.060 99 Y 0.239 0.151 0.045 0.021 0.329 0.013 0.018 0.033 0.018 0.054 0.080 100 H 0.138 0.223 0.073 0.033 0.330 0.034 0.038 0.045 0.016 0.037 0.032 101 S 0.371 0.065 0.013 0.008 0.334 0.010 0.011 0.033 0.020 0.035 0.099 102 A 0.144 0.177 0.032 0.030 0.479 0.024 0.015 0.038 0.017 0.018 0.027 103 E 0.264 0.098 0.009 0.003 0.550 0.005 0.007 0.021 0.008 0.007 0.029 104 L 0.242 0.083 0.008 0.003 0.557 0.006 0.007 0.023 0.011 0.008 0.052 105 H 0.361 0.048 0.009 0.004 0.294 0.004 0.009 0.013 0.015 0.084 0.160 106 L 0.043 0.412 0.280 0.030 0.183 0.007 0.007 0.013 0.007 0.011 0.009 107 G 0.072 0.466 0.203 0.018 0.148 0.005 0.004 0.017 0.009 0.023 0.035 108 I 0.014 0.012 0.006 0.009 0.036 0.028 0.040 0.471 0.356 0.021 0.006 109 H 0.008 0.012 0.013 0.006 0.010 0.007 0.030 0.625 0.199 0.072 0.018 110 Q 0.010 0.029 0.007 0.002 0.016 0.003 0.020 0.560 0.200 0.146 0.006 111 L 0.004 0.007 0.001 0.001 0.007 0.004 0.008 0.672 0.270 0.023 0.003 112 E 0.001 0.007 0.004 0.005 0.004 0.004 0.026 0.751 0.186 0.011 0.002 113 Q 0.003 0.005 0.004 0.002 0.003 0.004 0.032 0.403 0.156 0.378 0.010 114 L 0.035 0.192 0.049 0.004 0.074 0.002 0.009 0.373 0.142 0.095 0.025 115 P 0.009 0.031 0.010 0.005 0.018 0.008 0.028 0.707 0.161 0.017 0.006 116 Y 0.001 0.006 0.006 0.003 0.005 0.005 0.022 0.816 0.118 0.017 0.002 117 Q 0.006 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.886 0.072 0.011 0.002 118 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.902 0.086 0.007 0.001 119 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.053 0.002 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.937 0.045 0.003 0.001 121 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.938 0.039 0.006 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.865 0.110 0.019 0.001 123 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.876 0.094 0.006 0.001 124 E 0.001 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 0.031 0.852 0.084 0.016 0.002 125 F 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.042 0.729 0.168 0.041 0.003 126 L 0.015 0.027 0.003 0.002 0.032 0.004 0.029 0.583 0.245 0.047 0.011 127 R 0.007 0.010 0.003 0.004 0.016 0.013 0.089 0.611 0.176 0.066 0.005 128 L 0.029 0.045 0.030 0.021 0.050 0.019 0.084 0.246 0.139 0.312 0.026 129 A 0.029 0.270 0.226 0.055 0.109 0.019 0.042 0.146 0.060 0.031 0.013 130 P 0.073 0.098 0.045 0.013 0.096 0.013 0.035 0.307 0.162 0.108 0.050 131 V 0.051 0.081 0.031 0.011 0.128 0.016 0.042 0.309 0.210 0.090 0.031 132 E 0.053 0.062 0.030 0.017 0.093 0.028 0.068 0.373 0.186 0.063 0.025 133 T 0.064 0.103 0.035 0.009 0.127 0.010 0.046 0.288 0.152 0.135 0.031 134 M 0.082 0.111 0.047 0.023 0.138 0.022 0.044 0.222 0.116 0.146 0.048 135 A 0.057 0.162 0.093 0.038 0.141 0.028 0.053 0.198 0.101 0.094 0.036