# TARGET T0137 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0137.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 111 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.145 0.081 0.034 0.169 0.025 0.038 0.099 0.131 0.087 0.058 2 E 0.076 0.200 0.087 0.034 0.169 0.046 0.048 0.107 0.163 0.044 0.026 3 A 0.197 0.082 0.029 0.012 0.199 0.015 0.026 0.059 0.109 0.173 0.100 4 F 0.216 0.060 0.017 0.013 0.208 0.014 0.020 0.027 0.043 0.258 0.125 5 L 0.108 0.119 0.053 0.045 0.179 0.053 0.096 0.082 0.075 0.134 0.056 6 G 0.053 0.146 0.222 0.235 0.125 0.024 0.005 0.026 0.019 0.121 0.025 7 T 0.245 0.144 0.021 0.007 0.467 0.004 0.015 0.030 0.011 0.023 0.034 8 W 0.280 0.129 0.017 0.008 0.506 0.004 0.003 0.004 0.002 0.006 0.041 9 K 0.066 0.328 0.044 0.003 0.543 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.008 10 M 0.495 0.048 0.004 0.001 0.374 0.002 0.002 0.007 0.002 0.003 0.062 11 E 0.103 0.134 0.028 0.082 0.191 0.248 0.084 0.058 0.023 0.017 0.032 12 K 0.188 0.119 0.061 0.033 0.249 0.015 0.012 0.038 0.031 0.117 0.137 13 S 0.156 0.212 0.050 0.017 0.231 0.013 0.026 0.066 0.056 0.095 0.079 14 E 0.041 0.183 0.066 0.080 0.116 0.149 0.106 0.082 0.048 0.090 0.038 15 G 0.195 0.315 0.134 0.010 0.238 0.001 0.002 0.031 0.009 0.015 0.049 16 F 0.009 0.007 0.005 0.002 0.005 0.002 0.001 0.592 0.286 0.081 0.010 17 D 0.002 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.889 0.081 0.003 0.001 18 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.927 0.058 0.004 0.001 19 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.923 0.066 0.006 0.001 20 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.901 0.080 0.010 0.002 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.830 0.137 0.003 0.001 22 R 0.001 0.004 0.003 0.004 0.002 0.004 0.056 0.794 0.116 0.016 0.001 23 L 0.001 0.759 0.199 0.002 0.027 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 24 G 0.068 0.005 0.004 0.005 0.010 0.002 0.001 0.004 0.006 0.526 0.368 25 V 0.047 0.445 0.187 0.008 0.204 0.004 0.005 0.031 0.020 0.024 0.024 26 D 0.037 0.217 0.134 0.066 0.103 0.020 0.012 0.242 0.081 0.044 0.044 27 F 0.010 0.012 0.005 0.002 0.022 0.005 0.012 0.656 0.249 0.020 0.005 28 V 0.004 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.012 0.876 0.082 0.008 0.001 29 T 0.005 0.006 0.002 0.001 0.008 0.001 0.008 0.845 0.086 0.036 0.002 30 R 0.010 0.028 0.004 0.002 0.025 0.003 0.013 0.817 0.084 0.010 0.003 31 K 0.021 0.014 0.007 0.005 0.024 0.005 0.029 0.760 0.096 0.023 0.016 32 M 0.014 0.012 0.009 0.006 0.024 0.016 0.054 0.681 0.127 0.047 0.011 33 G 0.043 0.040 0.009 0.010 0.061 0.008 0.032 0.469 0.219 0.085 0.023 34 N 0.019 0.055 0.023 0.018 0.043 0.042 0.127 0.395 0.196 0.073 0.010 35 L 0.073 0.079 0.027 0.013 0.113 0.015 0.059 0.196 0.118 0.264 0.042 36 V 0.138 0.227 0.137 0.025 0.252 0.014 0.020 0.040 0.038 0.065 0.043 37 K 0.053 0.269 0.255 0.058 0.174 0.029 0.050 0.054 0.023 0.022 0.012 38 P 0.165 0.228 0.068 0.017 0.342 0.008 0.013 0.041 0.028 0.040 0.050 39 N 0.153 0.176 0.036 0.021 0.467 0.025 0.034 0.020 0.012 0.031 0.026 40 L 0.212 0.122 0.008 0.001 0.630 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.015 41 I 0.279 0.062 0.003 0.001 0.633 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 42 V 0.481 0.031 0.002 0.001 0.424 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 43 T 0.186 0.137 0.018 0.010 0.503 0.026 0.020 0.011 0.005 0.019 0.065 44 D 0.317 0.188 0.044 0.010 0.316 0.005 0.005 0.008 0.006 0.024 0.078 45 L 0.131 0.064 0.068 0.122 0.092 0.082 0.060 0.120 0.100 0.074 0.087 46 G 0.013 0.103 0.160 0.417 0.035 0.130 0.074 0.034 0.019 0.009 0.005 47 G 0.012 0.046 0.034 0.257 0.019 0.150 0.129 0.083 0.128 0.117 0.023 48 G 0.041 0.122 0.073 0.055 0.092 0.047 0.055 0.078 0.137 0.237 0.064 49 K 0.243 0.090 0.019 0.008 0.439 0.005 0.009 0.011 0.030 0.058 0.088 50 Y 0.248 0.094 0.007 0.001 0.623 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 51 K 0.250 0.103 0.012 0.001 0.607 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 52 M 0.402 0.070 0.006 0.002 0.470 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.041 53 R 0.313 0.089 0.013 0.014 0.405 0.046 0.037 0.010 0.006 0.016 0.053 54 S 0.268 0.122 0.015 0.003 0.537 0.003 0.003 0.004 0.002 0.006 0.037 55 E 0.324 0.056 0.010 0.010 0.307 0.016 0.014 0.017 0.016 0.069 0.162 56 S 0.112 0.248 0.155 0.078 0.295 0.024 0.018 0.012 0.009 0.021 0.028 57 T 0.168 0.143 0.051 0.036 0.226 0.032 0.045 0.068 0.081 0.087 0.062 58 F 0.131 0.170 0.130 0.066 0.241 0.033 0.047 0.027 0.032 0.069 0.054 59 K 0.160 0.180 0.078 0.049 0.258 0.047 0.067 0.026 0.026 0.033 0.077 60 T 0.322 0.110 0.014 0.008 0.390 0.013 0.011 0.005 0.007 0.026 0.093 61 T 0.206 0.099 0.009 0.012 0.584 0.020 0.023 0.009 0.006 0.014 0.019 62 E 0.519 0.015 0.001 0.001 0.424 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 63 C 0.228 0.080 0.005 0.009 0.627 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 64 S 0.414 0.020 0.002 0.001 0.374 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.162 65 F 0.278 0.163 0.034 0.005 0.471 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.035 66 K 0.113 0.214 0.266 0.087 0.248 0.024 0.006 0.005 0.002 0.006 0.026 67 L 0.036 0.040 0.023 0.181 0.038 0.229 0.219 0.113 0.064 0.035 0.022 68 G 0.022 0.016 0.042 0.141 0.019 0.036 0.029 0.064 0.077 0.470 0.083 69 E 0.107 0.342 0.084 0.007 0.352 0.007 0.014 0.033 0.019 0.024 0.012 70 K 0.359 0.082 0.022 0.008 0.400 0.007 0.008 0.018 0.010 0.015 0.071 71 F 0.143 0.234 0.063 0.040 0.361 0.028 0.022 0.040 0.019 0.022 0.028 72 K 0.337 0.104 0.035 0.010 0.295 0.017 0.019 0.041 0.029 0.036 0.075 73 E 0.256 0.142 0.038 0.009 0.305 0.018 0.025 0.048 0.036 0.035 0.087 74 V 0.140 0.281 0.046 0.021 0.337 0.019 0.019 0.031 0.020 0.040 0.047 75 T 0.215 0.213 0.117 0.040 0.197 0.028 0.035 0.057 0.022 0.027 0.047 76 P 0.058 0.031 0.098 0.236 0.039 0.151 0.057 0.113 0.086 0.080 0.051 77 D 0.003 0.240 0.242 0.397 0.018 0.038 0.035 0.016 0.007 0.005 0.001 78 S 0.009 0.011 0.018 0.054 0.007 0.024 0.025 0.051 0.097 0.586 0.118 79 R 0.049 0.463 0.112 0.007 0.260 0.008 0.015 0.027 0.029 0.019 0.011 80 E 0.339 0.077 0.015 0.004 0.455 0.002 0.005 0.005 0.007 0.015 0.076 81 V 0.309 0.154 0.026 0.010 0.403 0.009 0.014 0.006 0.005 0.018 0.046 82 A 0.237 0.131 0.035 0.034 0.379 0.054 0.040 0.009 0.008 0.020 0.052 83 S 0.254 0.144 0.021 0.007 0.518 0.004 0.002 0.003 0.003 0.007 0.036 84 L 0.330 0.063 0.005 0.001 0.564 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 85 I 0.231 0.114 0.006 0.001 0.612 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 86 T 0.098 0.252 0.007 0.001 0.623 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 87 V 0.368 0.136 0.178 0.042 0.066 0.023 0.011 0.032 0.024 0.011 0.109 88 E 0.001 0.001 0.030 0.264 0.001 0.297 0.117 0.187 0.097 0.004 0.001 89 N 0.001 0.168 0.135 0.681 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 90 G 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.004 0.012 0.020 0.848 0.105 91 V 0.025 0.504 0.058 0.001 0.390 0.001 0.003 0.004 0.004 0.007 0.003 92 M 0.445 0.022 0.002 0.001 0.479 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 93 K 0.182 0.182 0.026 0.012 0.500 0.025 0.025 0.006 0.003 0.008 0.030 94 H 0.350 0.093 0.013 0.003 0.486 0.002 0.003 0.004 0.004 0.005 0.036 95 E 0.273 0.104 0.024 0.006 0.487 0.011 0.012 0.008 0.007 0.017 0.051 96 Q 0.237 0.214 0.061 0.016 0.390 0.013 0.011 0.007 0.003 0.009 0.040 97 D 0.134 0.121 0.051 0.043 0.191 0.069 0.092 0.091 0.057 0.088 0.062 98 D 0.070 0.100 0.159 0.202 0.104 0.094 0.062 0.061 0.042 0.062 0.044 99 K 0.049 0.070 0.051 0.114 0.065 0.108 0.091 0.104 0.159 0.145 0.043 100 T 0.057 0.142 0.204 0.163 0.109 0.045 0.038 0.036 0.056 0.104 0.048 101 K 0.138 0.177 0.057 0.017 0.269 0.026 0.039 0.056 0.085 0.084 0.052 102 V 0.364 0.073 0.016 0.006 0.343 0.007 0.012 0.012 0.017 0.054 0.098 103 T 0.292 0.118 0.017 0.013 0.456 0.009 0.010 0.006 0.005 0.024 0.050 104 Y 0.253 0.106 0.009 0.003 0.598 0.003 0.002 0.002 0.001 0.005 0.019 105 I 0.389 0.052 0.004 0.002 0.529 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 106 E 0.468 0.029 0.002 0.002 0.444 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 107 R 0.197 0.202 0.021 0.002 0.543 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 108 V 0.185 0.204 0.007 0.001 0.582 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 109 V 0.585 0.053 0.040 0.014 0.104 0.016 0.005 0.008 0.003 0.005 0.167 110 E 0.003 0.011 0.089 0.549 0.007 0.246 0.044 0.033 0.013 0.003 0.001 111 G 0.001 0.042 0.076 0.839 0.001 0.019 0.009 0.007 0.003 0.004 0.001 112 N 0.003 0.012 0.012 0.013 0.005 0.008 0.013 0.028 0.039 0.809 0.059 113 E 0.039 0.507 0.089 0.004 0.332 0.002 0.005 0.005 0.004 0.008 0.006 114 L 0.445 0.032 0.002 0.001 0.492 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 115 K 0.342 0.080 0.005 0.006 0.492 0.030 0.010 0.001 0.001 0.002 0.029 116 A 0.384 0.035 0.002 0.002 0.554 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 117 T 0.360 0.040 0.002 0.001 0.569 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 118 V 0.280 0.120 0.005 0.001 0.571 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 119 K 0.453 0.072 0.058 0.012 0.241 0.010 0.003 0.003 0.002 0.008 0.140 120 V 0.007 0.035 0.076 0.553 0.012 0.198 0.070 0.027 0.017 0.004 0.003 121 D 0.003 0.016 0.025 0.455 0.003 0.158 0.107 0.047 0.074 0.097 0.014 122 E 0.029 0.203 0.217 0.091 0.104 0.019 0.015 0.021 0.046 0.203 0.053 123 V 0.309 0.092 0.007 0.001 0.539 0.001 0.002 0.004 0.004 0.007 0.035 124 V 0.294 0.055 0.014 0.015 0.479 0.022 0.041 0.011 0.005 0.016 0.049 125 C 0.282 0.131 0.020 0.013 0.463 0.003 0.004 0.007 0.004 0.021 0.055 126 V 0.315 0.099 0.012 0.004 0.502 0.007 0.008 0.004 0.003 0.010 0.037 127 R 0.280 0.130 0.020 0.003 0.513 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.042 128 T 0.315 0.113 0.017 0.007 0.411 0.013 0.012 0.012 0.007 0.016 0.077 129 Y 0.287 0.129 0.033 0.013 0.379 0.009 0.009 0.015 0.014 0.027 0.085 130 S 0.103 0.266 0.097 0.033 0.280 0.026 0.032 0.056 0.046 0.031 0.030 131 K 0.155 0.228 0.126 0.012 0.287 0.008 0.020 0.028 0.023 0.057 0.056 132 V 0.089 0.355 0.236 0.030 0.200 0.011 0.011 0.019 0.011 0.013 0.025 133 A 0.057 0.348 0.209 0.032 0.173 0.018 0.023 0.054 0.034 0.027 0.024