# TARGET T0136 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0136.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 72 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.072 0.165 0.090 0.044 0.106 0.023 0.029 0.154 0.111 0.155 0.051 2 E 0.037 0.242 0.170 0.041 0.123 0.016 0.020 0.174 0.093 0.061 0.022 3 N 0.023 0.033 0.017 0.010 0.033 0.013 0.028 0.482 0.291 0.053 0.018 4 N 0.017 0.027 0.014 0.005 0.032 0.007 0.030 0.578 0.214 0.064 0.012 5 N 0.019 0.035 0.014 0.005 0.027 0.005 0.018 0.531 0.204 0.128 0.015 6 L 0.023 0.086 0.032 0.006 0.062 0.005 0.015 0.548 0.172 0.040 0.010 7 K 0.004 0.034 0.015 0.008 0.013 0.019 0.061 0.703 0.120 0.016 0.006 8 L 0.064 0.036 0.023 0.005 0.060 0.003 0.010 0.425 0.124 0.207 0.042 9 A 0.005 0.011 0.004 0.001 0.010 0.002 0.004 0.749 0.181 0.027 0.004 10 S 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.005 0.014 0.885 0.078 0.005 0.001 11 T 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.856 0.077 0.043 0.002 12 M 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.871 0.093 0.025 0.001 13 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.924 0.061 0.003 0.001 14 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.944 0.038 0.003 0.001 15 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.934 0.044 0.009 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.050 0.005 0.001 17 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.033 0.001 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.947 0.035 0.010 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.053 0.005 0.001 20 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.032 0.002 0.001 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.028 0.006 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.033 0.005 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.931 0.060 0.003 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.050 0.002 0.001 25 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.926 0.051 0.007 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.835 0.120 0.013 0.001 27 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.090 0.726 0.125 0.042 0.002 28 A 0.005 0.207 0.100 0.018 0.033 0.045 0.224 0.272 0.040 0.053 0.003 29 G 0.044 0.217 0.151 0.049 0.069 0.036 0.059 0.105 0.035 0.174 0.061 30 G 0.049 0.198 0.182 0.062 0.067 0.030 0.037 0.140 0.047 0.112 0.074 31 G 0.025 0.117 0.110 0.036 0.051 0.015 0.009 0.424 0.109 0.070 0.033 32 E 0.003 0.009 0.004 0.001 0.007 0.002 0.004 0.810 0.148 0.009 0.003 33 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.922 0.064 0.004 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.059 0.006 0.001 35 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.912 0.074 0.006 0.001 36 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.907 0.061 0.008 0.001 37 K 0.003 0.014 0.009 0.001 0.010 0.004 0.027 0.845 0.058 0.027 0.003 38 Q 0.007 0.019 0.002 0.001 0.028 0.003 0.013 0.827 0.076 0.021 0.004 39 H 0.007 0.010 0.013 0.005 0.004 0.008 0.056 0.723 0.143 0.024 0.008 40 S 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.016 0.091 0.715 0.142 0.022 0.001 41 Q 0.002 0.688 0.168 0.026 0.020 0.005 0.014 0.049 0.015 0.011 0.002 42 G 0.011 0.021 0.022 0.010 0.011 0.005 0.004 0.025 0.020 0.729 0.143 43 K 0.046 0.326 0.093 0.013 0.128 0.023 0.052 0.212 0.045 0.043 0.019 44 Q 0.118 0.240 0.052 0.011 0.250 0.018 0.030 0.166 0.038 0.038 0.040 45 T 0.014 0.434 0.314 0.031 0.051 0.005 0.007 0.108 0.019 0.010 0.007 46 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.774 0.198 0.013 0.002 47 R 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.907 0.077 0.002 0.001 48 E 0.002 0.005 0.003 0.001 0.005 0.002 0.016 0.895 0.058 0.012 0.001 49 R 0.004 0.007 0.002 0.001 0.007 0.003 0.011 0.889 0.065 0.011 0.001 50 L 0.004 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.007 0.756 0.179 0.034 0.004 51 N 0.002 0.004 0.002 0.002 0.004 0.011 0.037 0.700 0.213 0.023 0.003 52 N 0.004 0.008 0.003 0.006 0.009 0.012 0.121 0.667 0.146 0.019 0.004 53 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.012 0.007 0.248 0.379 0.138 0.197 0.007 54 L 0.053 0.179 0.072 0.021 0.187 0.016 0.029 0.088 0.063 0.252 0.040 55 D 0.148 0.174 0.173 0.050 0.230 0.015 0.010 0.091 0.033 0.040 0.038 56 P 0.001 0.020 0.009 0.007 0.005 0.022 0.188 0.545 0.188 0.014 0.001 57 H 0.009 0.012 0.012 0.009 0.009 0.008 0.024 0.136 0.119 0.608 0.053 58 S 0.023 0.287 0.122 0.020 0.094 0.013 0.026 0.203 0.117 0.080 0.014 59 F 0.133 0.083 0.040 0.007 0.178 0.005 0.012 0.289 0.125 0.076 0.052 60 D 0.015 0.122 0.032 0.013 0.058 0.034 0.081 0.530 0.093 0.014 0.009 61 E 0.145 0.072 0.022 0.002 0.154 0.002 0.009 0.446 0.069 0.042 0.036 62 V 0.005 0.013 0.007 0.003 0.008 0.004 0.009 0.694 0.211 0.044 0.005 63 G 0.007 0.023 0.012 0.004 0.012 0.003 0.007 0.797 0.120 0.011 0.003 64 A 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.009 0.862 0.101 0.010 0.001 65 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 0.836 0.112 0.019 0.001 66 R 0.008 0.010 0.002 0.001 0.011 0.003 0.014 0.774 0.154 0.017 0.005 67 K 0.005 0.011 0.006 0.006 0.012 0.010 0.039 0.672 0.159 0.075 0.005 68 H 0.042 0.147 0.048 0.014 0.115 0.019 0.063 0.376 0.093 0.061 0.023 69 R 0.055 0.034 0.014 0.011 0.067 0.015 0.051 0.392 0.165 0.147 0.050 70 T 0.069 0.041 0.012 0.020 0.084 0.028 0.095 0.299 0.120 0.184 0.047 71 T 0.031 0.148 0.072 0.076 0.109 0.066 0.130 0.201 0.081 0.070 0.016 72 L 0.113 0.043 0.040 0.063 0.082 0.043 0.052 0.107 0.070 0.279 0.109 73 F 0.054 0.304 0.174 0.062 0.165 0.017 0.026 0.061 0.037 0.071 0.030 74 G 0.060 0.107 0.123 0.141 0.083 0.044 0.033 0.067 0.039 0.198 0.105 75 M 0.112 0.127 0.045 0.019 0.165 0.024 0.040 0.205 0.141 0.085 0.038 76 D 0.058 0.111 0.077 0.039 0.107 0.033 0.052 0.234 0.109 0.139 0.041 77 K 0.184 0.087 0.028 0.016 0.194 0.013 0.023 0.140 0.098 0.145 0.072 78 A 0.070 0.317 0.098 0.017 0.263 0.012 0.021 0.110 0.049 0.028 0.016 79 V 0.177 0.214 0.065 0.005 0.342 0.004 0.014 0.074 0.026 0.031 0.047 80 V 0.154 0.230 0.081 0.014 0.295 0.015 0.023 0.071 0.025 0.042 0.050