# TARGET T0136 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0136.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 294 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.008 0.003 0.010 0.082 0.184 0.713 2 E 0.018 0.012 0.039 0.258 0.260 0.412 3 N 0.016 0.009 0.044 0.380 0.270 0.281 4 N 0.019 0.007 0.055 0.406 0.227 0.286 5 N 0.021 0.006 0.058 0.523 0.201 0.191 6 L 0.016 0.005 0.047 0.631 0.168 0.132 7 K 0.011 0.006 0.043 0.676 0.144 0.119 8 L 0.013 0.006 0.033 0.660 0.129 0.159 9 A 0.005 0.001 0.033 0.825 0.071 0.065 10 S 0.003 0.001 0.023 0.878 0.051 0.044 11 T 0.002 0.001 0.020 0.918 0.031 0.028 12 M 0.003 0.001 0.011 0.956 0.015 0.014 13 E 0.003 0.001 0.013 0.961 0.012 0.011 14 G 0.003 0.001 0.014 0.959 0.013 0.011 15 R 0.002 0.001 0.011 0.945 0.014 0.026 16 V 0.002 0.001 0.011 0.931 0.019 0.037 17 E 0.001 0.001 0.012 0.944 0.018 0.024 18 Q 0.001 0.001 0.009 0.955 0.015 0.020 19 L 0.001 0.001 0.003 0.970 0.011 0.015 20 A 0.002 0.001 0.002 0.972 0.010 0.014 21 E 0.001 0.001 0.001 0.984 0.006 0.007 22 Q 0.001 0.001 0.002 0.981 0.007 0.008 23 R 0.002 0.001 0.002 0.980 0.008 0.008 24 Q 0.002 0.001 0.003 0.980 0.009 0.006 25 V 0.001 0.001 0.004 0.977 0.011 0.007 26 I 0.001 0.001 0.006 0.964 0.015 0.013 27 E 0.001 0.001 0.010 0.934 0.029 0.026 28 A 0.001 0.001 0.011 0.822 0.077 0.089 29 G 0.001 0.001 0.011 0.249 0.219 0.519 30 G 0.002 0.003 0.008 0.093 0.286 0.607 31 G 0.005 0.006 0.021 0.143 0.341 0.483 32 E 0.005 0.002 0.114 0.659 0.161 0.058 33 R 0.013 0.003 0.107 0.750 0.090 0.036 34 R 0.021 0.005 0.102 0.772 0.067 0.033 35 V 0.023 0.004 0.067 0.781 0.068 0.056 36 E 0.021 0.004 0.089 0.779 0.073 0.034 37 K 0.015 0.002 0.075 0.775 0.090 0.044 38 Q 0.012 0.002 0.058 0.661 0.159 0.108 39 H 0.016 0.007 0.048 0.450 0.275 0.203 40 S 0.015 0.003 0.056 0.265 0.475 0.187 41 Q 0.010 0.003 0.069 0.129 0.554 0.236 42 G 0.008 0.004 0.036 0.032 0.484 0.436 43 K 0.014 0.009 0.016 0.022 0.323 0.616 44 Q 0.016 0.013 0.006 0.031 0.156 0.778 45 T 0.008 0.006 0.003 0.024 0.071 0.889 46 A 0.002 0.001 0.016 0.949 0.016 0.016 47 R 0.001 0.001 0.015 0.968 0.013 0.003 48 E 0.001 0.001 0.015 0.965 0.016 0.002 49 R 0.002 0.001 0.010 0.972 0.011 0.003 50 L 0.002 0.001 0.013 0.971 0.010 0.003 51 N 0.002 0.001 0.031 0.943 0.018 0.005 52 N 0.003 0.001 0.028 0.930 0.023 0.015 53 L 0.011 0.008 0.025 0.831 0.066 0.060 54 L 0.035 0.031 0.017 0.458 0.172 0.287 55 D 0.039 0.017 0.013 0.114 0.676 0.141 56 P 0.051 0.008 0.013 0.035 0.801 0.092 57 H 0.047 0.002 0.009 0.015 0.788 0.140 58 S 0.488 0.016 0.007 0.010 0.369 0.111 59 F 0.801 0.029 0.002 0.011 0.037 0.119 60 D 0.856 0.021 0.005 0.016 0.031 0.072 61 E 0.820 0.013 0.009 0.014 0.045 0.098 62 V 0.380 0.011 0.024 0.024 0.150 0.411 63 G 0.110 0.010 0.066 0.024 0.384 0.407 64 A 0.028 0.008 0.111 0.058 0.445 0.350 65 F 0.017 0.018 0.118 0.079 0.498 0.270 66 R 0.014 0.013 0.127 0.167 0.513 0.166 67 K 0.012 0.004 0.072 0.209 0.451 0.252 68 H 0.015 0.009 0.073 0.410 0.328 0.166 69 R 0.016 0.009 0.049 0.443 0.279 0.204 70 T 0.022 0.007 0.065 0.594 0.173 0.139 71 T 0.030 0.012 0.066 0.640 0.142 0.110 72 L 0.022 0.006 0.052 0.706 0.120 0.095 73 F 0.017 0.004 0.051 0.752 0.110 0.065 74 G 0.016 0.003 0.043 0.731 0.124 0.083 75 M 0.015 0.004 0.038 0.697 0.130 0.117 76 D 0.021 0.010 0.035 0.472 0.220 0.242 77 K 0.027 0.006 0.039 0.425 0.258 0.245 78 A 0.030 0.015 0.032 0.258 0.271 0.394 79 V 0.023 0.016 0.030 0.145 0.302 0.484 80 V 0.018 0.014 0.021 0.065 0.312 0.569 81 P 0.018 0.014 0.034 0.070 0.352 0.512 82 A 0.027 0.021 0.038 0.032 0.596 0.285 83 D 0.063 0.007 0.061 0.021 0.596 0.252 84 G 0.284 0.010 0.068 0.021 0.438 0.178 85 V 0.742 0.014 0.018 0.006 0.141 0.080 86 V 0.914 0.007 0.003 0.001 0.031 0.043 87 T 0.921 0.002 0.002 0.002 0.026 0.047 88 G 0.930 0.003 0.001 0.002 0.021 0.044 89 R 0.928 0.004 0.001 0.002 0.021 0.045 90 G 0.920 0.002 0.001 0.001 0.028 0.048 91 T 0.924 0.005 0.001 0.001 0.042 0.026 92 I 0.855 0.012 0.002 0.001 0.101 0.028 93 L 0.186 0.002 0.008 0.003 0.734 0.067 94 G 0.081 0.004 0.016 0.003 0.811 0.085 95 R 0.604 0.015 0.003 0.001 0.246 0.131 96 P 0.887 0.007 0.001 0.001 0.034 0.071 97 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 98 H 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 99 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 100 A 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 101 S 0.946 0.003 0.001 0.001 0.012 0.038 102 Q 0.545 0.014 0.001 0.001 0.146 0.293 103 D 0.123 0.006 0.004 0.003 0.662 0.201 104 F 0.083 0.005 0.039 0.023 0.727 0.124 105 T 0.265 0.044 0.056 0.038 0.541 0.055 106 V 0.416 0.109 0.047 0.043 0.338 0.046 107 M 0.351 0.014 0.041 0.064 0.269 0.259 108 G 0.247 0.015 0.077 0.101 0.296 0.264 109 G 0.146 0.019 0.022 0.024 0.389 0.400 110 S 0.131 0.027 0.018 0.026 0.325 0.473 111 A 0.049 0.028 0.019 0.020 0.339 0.544 112 G 0.010 0.016 0.008 0.024 0.222 0.720 113 E 0.001 0.001 0.029 0.742 0.121 0.106 114 T 0.001 0.001 0.014 0.905 0.056 0.024 115 Q 0.001 0.001 0.006 0.979 0.012 0.003 116 S 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 117 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 118 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 119 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 120 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 121 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 122 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 123 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 124 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 125 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 126 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.008 0.003 127 L 0.001 0.001 0.014 0.966 0.014 0.005 128 L 0.001 0.001 0.037 0.883 0.058 0.020 129 T 0.001 0.001 0.030 0.638 0.145 0.186 130 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.087 0.907 131 T 0.013 0.001 0.001 0.001 0.123 0.861 132 P 0.117 0.001 0.001 0.001 0.091 0.789 133 F 0.961 0.004 0.001 0.001 0.009 0.025 134 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 135 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 136 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 137 Y 0.868 0.004 0.002 0.003 0.031 0.091 138 D 0.376 0.010 0.014 0.013 0.238 0.349 139 S 0.090 0.021 0.030 0.015 0.541 0.303 140 G 0.033 0.006 0.033 0.016 0.536 0.376 141 G 0.065 0.010 0.041 0.022 0.532 0.330 142 A 0.125 0.036 0.038 0.038 0.382 0.380 143 R 0.103 0.043 0.036 0.053 0.319 0.447 144 I 0.046 0.016 0.062 0.125 0.347 0.402 145 Q 0.023 0.013 0.045 0.134 0.323 0.462 146 E 0.008 0.005 0.058 0.577 0.246 0.106 147 G 0.005 0.003 0.043 0.635 0.198 0.116 148 I 0.002 0.002 0.051 0.844 0.080 0.021 149 D 0.002 0.001 0.061 0.858 0.066 0.012 150 S 0.001 0.001 0.048 0.853 0.073 0.024 151 L 0.001 0.001 0.015 0.922 0.039 0.023 152 S 0.001 0.001 0.007 0.897 0.039 0.056 153 G 0.001 0.003 0.007 0.932 0.022 0.035 154 Y 0.001 0.002 0.006 0.951 0.014 0.026 155 G 0.001 0.001 0.003 0.983 0.006 0.007 156 K 0.001 0.001 0.003 0.983 0.005 0.007 157 M 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.005 158 F 0.001 0.001 0.002 0.987 0.005 0.005 159 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.006 0.006 160 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.008 0.007 161 N 0.001 0.001 0.002 0.970 0.013 0.013 162 V 0.001 0.001 0.012 0.915 0.042 0.030 163 K 0.002 0.001 0.025 0.870 0.066 0.036 164 L 0.003 0.002 0.030 0.803 0.087 0.075 165 S 0.009 0.003 0.049 0.311 0.349 0.279 166 G 0.015 0.003 0.046 0.092 0.409 0.435 167 V 0.035 0.008 0.027 0.024 0.348 0.558 168 V 0.172 0.009 0.009 0.009 0.318 0.483 169 P 0.265 0.002 0.003 0.004 0.126 0.600 170 Q 0.939 0.005 0.001 0.001 0.011 0.043 171 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 172 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 173 I 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 174 I 0.867 0.005 0.002 0.003 0.030 0.093 175 A 0.604 0.021 0.004 0.006 0.115 0.250 176 G 0.185 0.019 0.012 0.005 0.603 0.176 177 P 0.044 0.005 0.052 0.011 0.767 0.120 178 C 0.018 0.004 0.049 0.007 0.822 0.100 179 A 0.032 0.010 0.040 0.011 0.769 0.139 180 G 0.069 0.007 0.018 0.017 0.458 0.432 181 G 0.189 0.016 0.052 0.035 0.455 0.253 182 A 0.403 0.023 0.085 0.030 0.311 0.148 183 S 0.549 0.008 0.139 0.038 0.178 0.088 184 Y 0.574 0.009 0.130 0.032 0.147 0.108 185 S 0.444 0.019 0.161 0.047 0.202 0.127 186 P 0.400 0.018 0.124 0.041 0.270 0.146 187 A 0.279 0.010 0.067 0.028 0.350 0.266 188 L 0.277 0.035 0.062 0.019 0.442 0.165 189 T 0.221 0.006 0.042 0.010 0.521 0.200 190 D 0.534 0.002 0.034 0.007 0.299 0.124 191 F 0.922 0.013 0.007 0.003 0.035 0.021 192 I 0.967 0.004 0.002 0.002 0.010 0.016 193 I 0.974 0.002 0.001 0.002 0.007 0.014 194 M 0.935 0.010 0.001 0.002 0.013 0.039 195 T 0.653 0.029 0.003 0.006 0.277 0.032 196 K 0.083 0.001 0.011 0.015 0.838 0.052 197 K 0.037 0.001 0.005 0.004 0.906 0.047 198 A 0.194 0.020 0.006 0.008 0.712 0.060 199 H 0.667 0.016 0.003 0.010 0.099 0.204 200 M 0.948 0.012 0.003 0.005 0.013 0.019 201 F 0.963 0.002 0.003 0.003 0.012 0.018 202 I 0.955 0.005 0.003 0.004 0.014 0.021 203 T 0.777 0.013 0.006 0.013 0.063 0.128 204 G 0.282 0.015 0.008 0.040 0.171 0.485 205 P 0.004 0.001 0.058 0.765 0.125 0.047 206 Q 0.001 0.001 0.048 0.840 0.088 0.023 207 V 0.001 0.001 0.031 0.947 0.019 0.001 208 I 0.001 0.001 0.012 0.962 0.024 0.002 209 K 0.001 0.001 0.011 0.957 0.027 0.003 210 S 0.002 0.001 0.012 0.909 0.067 0.011 211 V 0.002 0.001 0.008 0.867 0.087 0.035 212 T 0.002 0.008 0.005 0.827 0.074 0.084 213 G 0.007 0.003 0.005 0.239 0.179 0.566 214 E 0.042 0.007 0.010 0.227 0.174 0.539 215 D 0.069 0.021 0.013 0.188 0.168 0.541 216 V 0.046 0.009 0.010 0.252 0.166 0.518 217 T 0.031 0.005 0.013 0.207 0.141 0.603 218 A 0.024 0.004 0.106 0.529 0.155 0.182 219 D 0.018 0.002 0.164 0.462 0.196 0.158 220 E 0.012 0.002 0.210 0.481 0.196 0.099 221 L 0.009 0.002 0.064 0.485 0.232 0.208 222 G 0.004 0.001 0.010 0.195 0.186 0.603 223 G 0.018 0.006 0.009 0.258 0.178 0.532 224 A 0.039 0.013 0.010 0.544 0.124 0.272 225 E 0.023 0.005 0.023 0.748 0.093 0.107 226 A 0.030 0.002 0.025 0.816 0.062 0.065 227 H 0.059 0.005 0.035 0.755 0.074 0.072 228 M 0.034 0.002 0.041 0.839 0.047 0.037 229 A 0.035 0.002 0.043 0.828 0.057 0.036 230 I 0.026 0.001 0.045 0.854 0.048 0.026 231 S 0.027 0.001 0.019 0.757 0.088 0.108 232 G 0.040 0.004 0.004 0.056 0.173 0.723 233 N 0.232 0.024 0.007 0.048 0.173 0.516 234 I 0.414 0.020 0.016 0.061 0.194 0.295 235 H 0.337 0.020 0.070 0.083 0.279 0.212 236 F 0.413 0.011 0.088 0.062 0.232 0.194 237 V 0.436 0.016 0.031 0.037 0.244 0.236 238 A 0.309 0.029 0.016 0.023 0.248 0.375 239 E 0.107 0.022 0.010 0.021 0.289 0.551 240 D 0.016 0.008 0.014 0.032 0.340 0.591 241 D 0.002 0.001 0.123 0.545 0.246 0.084 242 D 0.001 0.001 0.099 0.775 0.107 0.018 243 A 0.001 0.001 0.059 0.859 0.069 0.012 244 A 0.001 0.001 0.015 0.954 0.017 0.012 245 E 0.001 0.001 0.005 0.978 0.008 0.009 246 L 0.001 0.001 0.007 0.981 0.007 0.005 247 I 0.001 0.001 0.008 0.982 0.005 0.004 248 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 249 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 250 K 0.001 0.001 0.002 0.987 0.004 0.007 251 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 252 L 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.003 253 S 0.001 0.001 0.015 0.965 0.013 0.007 254 F 0.001 0.001 0.018 0.918 0.034 0.029 255 L 0.002 0.003 0.022 0.539 0.196 0.238 256 P 0.004 0.007 0.076 0.364 0.394 0.156 257 Q 0.004 0.006 0.117 0.250 0.472 0.150 258 N 0.005 0.005 0.171 0.178 0.468 0.173 259 N 0.011 0.012 0.123 0.174 0.468 0.212 260 T 0.014 0.010 0.092 0.093 0.511 0.279 261 E 0.015 0.009 0.062 0.064 0.407 0.444 262 E 0.022 0.019 0.049 0.037 0.312 0.561 263 A 0.027 0.018 0.017 0.027 0.209 0.702 264 S 0.050 0.013 0.016 0.034 0.158 0.729 265 F 0.137 0.040 0.027 0.056 0.181 0.559 266 V 0.110 0.026 0.026 0.064 0.196 0.577 267 N 0.056 0.017 0.033 0.047 0.343 0.504 268 P 0.031 0.009 0.024 0.041 0.417 0.478 269 N 0.013 0.011 0.022 0.027 0.403 0.524 270 N 0.011 0.018 0.012 0.020 0.398 0.540 271 D 0.011 0.007 0.023 0.047 0.312 0.600 272 V 0.015 0.013 0.066 0.166 0.353 0.386 273 S 0.016 0.009 0.043 0.233 0.361 0.338 274 P 0.020 0.011 0.036 0.272 0.247 0.414 275 N 0.010 0.004 0.093 0.611 0.140 0.143 276 T 0.016 0.005 0.207 0.558 0.136 0.078 277 E 0.018 0.003 0.269 0.543 0.120 0.047 278 L 0.033 0.005 0.217 0.539 0.132 0.073 279 R 0.034 0.006 0.278 0.393 0.193 0.096 280 D 0.053 0.002 0.207 0.347 0.233 0.158 281 I 0.092 0.010 0.111 0.276 0.254 0.258 282 V 0.154 0.062 0.024 0.077 0.236 0.447 283 P 0.154 0.050 0.012 0.033 0.337 0.414 284 I 0.040 0.024 0.018 0.031 0.398 0.488 285 D 0.010 0.011 0.059 0.014 0.760 0.147 286 G 0.010 0.004 0.128 0.019 0.755 0.083 287 K 0.011 0.009 0.140 0.024 0.662 0.153 288 K 0.029 0.076 0.056 0.018 0.518 0.303 289 G 0.020 0.027 0.013 0.021 0.200 0.718 290 Y 0.001 0.003 0.001 0.002 0.020 0.974