# TARGET T0136 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0136-250-523.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.009 0.004 0.010 0.035 0.010 0.009 0.924 2 L 0.109 0.076 0.055 0.209 0.013 0.077 0.461 3 S 0.101 0.013 0.058 0.123 0.120 0.115 0.470 4 F 0.072 0.020 0.076 0.154 0.134 0.168 0.376 5 L 0.057 0.044 0.017 0.077 0.321 0.048 0.437 6 P 0.019 0.013 0.040 0.088 0.181 0.094 0.565 7 Q 0.009 0.012 0.087 0.192 0.203 0.236 0.260 8 N 0.006 0.009 0.108 0.222 0.143 0.245 0.267 9 N 0.005 0.010 0.104 0.187 0.151 0.239 0.304 10 T 0.010 0.009 0.083 0.209 0.139 0.253 0.298 11 E 0.011 0.017 0.075 0.170 0.204 0.134 0.389 12 E 0.016 0.021 0.039 0.152 0.159 0.063 0.549 13 A 0.017 0.009 0.039 0.140 0.063 0.053 0.680 14 S 0.029 0.010 0.060 0.159 0.053 0.089 0.600 15 F 0.032 0.017 0.082 0.182 0.073 0.074 0.542 16 V 0.030 0.023 0.078 0.221 0.087 0.081 0.481 17 N 0.018 0.007 0.068 0.238 0.105 0.148 0.415 18 P 0.014 0.006 0.059 0.200 0.102 0.182 0.437 19 N 0.013 0.017 0.057 0.203 0.164 0.104 0.442 20 N 0.015 0.014 0.044 0.238 0.148 0.055 0.486 21 D 0.014 0.009 0.086 0.339 0.064 0.121 0.366 22 V 0.012 0.009 0.121 0.324 0.080 0.136 0.318 23 S 0.009 0.016 0.133 0.357 0.090 0.133 0.262 24 P 0.005 0.005 0.090 0.262 0.127 0.257 0.254 25 N 0.005 0.004 0.066 0.128 0.107 0.476 0.214 26 T 0.010 0.010 0.089 0.098 0.210 0.230 0.353 27 E 0.026 0.019 0.108 0.110 0.173 0.126 0.437 28 L 0.034 0.016 0.209 0.180 0.104 0.125 0.332 29 R 0.071 0.020 0.214 0.181 0.101 0.120 0.293 30 D 0.108 0.013 0.170 0.158 0.086 0.124 0.341 31 I 0.140 0.052 0.080 0.156 0.103 0.061 0.407 32 V 0.148 0.043 0.034 0.097 0.135 0.032 0.510 33 P 0.104 0.025 0.038 0.058 0.110 0.083 0.583 34 I 0.040 0.045 0.051 0.059 0.169 0.106 0.529 35 D 0.017 0.020 0.061 0.035 0.164 0.113 0.590 36 G 0.011 0.008 0.073 0.046 0.168 0.411 0.283 37 K 0.010 0.009 0.062 0.030 0.275 0.402 0.212 38 K 0.016 0.008 0.015 0.017 0.508 0.054 0.381 39 G 0.044 0.029 0.008 0.017 0.125 0.040 0.737 40 Y 0.068 0.077 0.005 0.019 0.168 0.020 0.643 41 D 0.067 0.072 0.001 0.028 0.064 0.005 0.762 42 V 0.001 0.001 0.008 0.979 0.003 0.005 0.005 43 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.001 44 D 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.003 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 46 I 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.012 0.002 47 A 0.002 0.001 0.012 0.952 0.002 0.029 0.002 48 K 0.004 0.001 0.018 0.917 0.006 0.048 0.006 49 I 0.006 0.004 0.036 0.827 0.015 0.098 0.014 50 V 0.025 0.023 0.015 0.491 0.161 0.175 0.111 51 D 0.008 0.004 0.009 0.043 0.131 0.079 0.725 52 W 0.004 0.003 0.042 0.074 0.133 0.681 0.063 53 G 0.006 0.002 0.050 0.036 0.108 0.743 0.055 54 D 0.061 0.014 0.055 0.086 0.208 0.105 0.470 55 Y 0.269 0.047 0.031 0.143 0.092 0.069 0.350 56 L 0.365 0.048 0.039 0.136 0.079 0.054 0.279 57 E 0.289 0.027 0.068 0.136 0.073 0.106 0.301 58 V 0.213 0.026 0.101 0.103 0.113 0.107 0.337 59 K 0.271 0.026 0.144 0.075 0.111 0.073 0.300 60 A 0.185 0.013 0.154 0.078 0.130 0.116 0.324 61 G 0.143 0.015 0.092 0.073 0.157 0.219 0.301 62 Y 0.076 0.017 0.058 0.036 0.205 0.170 0.439 63 A 0.057 0.015 0.074 0.012 0.235 0.116 0.490 64 T 0.010 0.003 0.086 0.006 0.140 0.696 0.059 65 N 0.027 0.002 0.060 0.002 0.192 0.640 0.077 66 L 0.560 0.020 0.008 0.001 0.064 0.018 0.330 67 V 0.900 0.018 0.001 0.001 0.008 0.002 0.070 68 T 0.940 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.048 69 A 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 70 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 71 A 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 72 R 0.954 0.005 0.001 0.002 0.004 0.004 0.029 73 V 0.872 0.007 0.006 0.003 0.011 0.017 0.084 74 N 0.036 0.003 0.028 0.005 0.087 0.824 0.017 75 G 0.013 0.001 0.005 0.001 0.054 0.917 0.010 76 R 0.582 0.002 0.001 0.001 0.034 0.004 0.378 77 S 0.803 0.002 0.001 0.001 0.038 0.001 0.156 78 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 79 G 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 80 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 82 A 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 83 N 0.650 0.002 0.001 0.001 0.116 0.008 0.222 84 Q 0.099 0.006 0.005 0.001 0.213 0.020 0.656 85 P 0.039 0.011 0.107 0.012 0.232 0.456 0.142 86 S 0.066 0.037 0.158 0.021 0.221 0.362 0.134 87 V 0.183 0.032 0.159 0.032 0.188 0.180 0.227 88 M 0.220 0.041 0.062 0.062 0.136 0.189 0.290 89 S 0.182 0.027 0.057 0.047 0.170 0.287 0.229 90 G 0.174 0.015 0.039 0.036 0.238 0.231 0.266 91 C 0.201 0.040 0.028 0.038 0.236 0.136 0.320 92 L 0.097 0.059 0.016 0.056 0.283 0.094 0.396 93 D 0.013 0.006 0.006 0.078 0.218 0.040 0.640 94 I 0.001 0.002 0.026 0.780 0.053 0.085 0.054 95 N 0.001 0.001 0.018 0.886 0.015 0.067 0.013 96 A 0.001 0.001 0.009 0.945 0.009 0.029 0.009 97 S 0.001 0.001 0.002 0.972 0.008 0.009 0.008 98 D 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.006 0.006 99 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.003 100 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 105 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 106 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 107 C 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 108 D 0.001 0.001 0.002 0.974 0.002 0.020 0.002 109 S 0.001 0.001 0.004 0.898 0.003 0.092 0.003 110 F 0.001 0.001 0.004 0.454 0.027 0.500 0.015 111 N 0.001 0.002 0.002 0.032 0.090 0.743 0.131 112 I 0.014 0.005 0.001 0.003 0.196 0.007 0.776 113 P 0.138 0.007 0.001 0.001 0.078 0.004 0.771 114 L 0.814 0.005 0.001 0.001 0.019 0.001 0.159 115 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.012 116 Q 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 117 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 118 V 0.943 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.044 119 D 0.553 0.005 0.004 0.004 0.072 0.014 0.347 120 V 0.104 0.008 0.014 0.008 0.331 0.073 0.462 121 P 0.030 0.008 0.027 0.014 0.388 0.261 0.272 122 G 0.026 0.019 0.088 0.031 0.268 0.326 0.242 123 F 0.061 0.036 0.066 0.056 0.218 0.110 0.454 124 L 0.059 0.046 0.071 0.136 0.176 0.173 0.340 125 P 0.035 0.021 0.035 0.190 0.174 0.165 0.380 126 G 0.016 0.011 0.023 0.308 0.154 0.097 0.392 127 V 0.005 0.003 0.022 0.814 0.041 0.049 0.066 128 Q 0.004 0.002 0.020 0.865 0.032 0.037 0.041 129 Q 0.003 0.001 0.018 0.893 0.026 0.036 0.024 130 E 0.002 0.002 0.014 0.882 0.017 0.053 0.029 131 Y 0.002 0.002 0.007 0.878 0.015 0.072 0.024 132 G 0.002 0.001 0.005 0.822 0.019 0.125 0.027 133 G 0.003 0.001 0.006 0.813 0.037 0.075 0.065 134 I 0.003 0.002 0.009 0.877 0.025 0.019 0.064 135 I 0.001 0.001 0.004 0.955 0.013 0.011 0.015 136 R 0.001 0.001 0.002 0.975 0.005 0.012 0.005 137 H 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.013 0.003 138 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 139 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 140 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.002 141 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.002 142 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 143 Y 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.005 0.002 144 A 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.008 0.002 145 Y 0.001 0.001 0.005 0.964 0.003 0.023 0.004 146 S 0.003 0.001 0.011 0.854 0.009 0.115 0.007 147 E 0.002 0.001 0.016 0.461 0.014 0.490 0.015 148 A 0.005 0.009 0.012 0.198 0.225 0.287 0.264 149 T 0.009 0.013 0.009 0.030 0.295 0.194 0.450 150 V 0.033 0.007 0.001 0.004 0.445 0.017 0.493 151 P 0.067 0.003 0.001 0.001 0.141 0.010 0.778 152 K 0.824 0.005 0.001 0.001 0.028 0.003 0.138 153 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 154 T 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 155 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 156 V 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 157 L 0.716 0.002 0.001 0.001 0.064 0.005 0.212 158 R 0.279 0.006 0.002 0.001 0.319 0.020 0.373 159 K 0.094 0.027 0.025 0.005 0.398 0.130 0.322 160 A 0.091 0.046 0.036 0.005 0.316 0.195 0.311 161 Y 0.109 0.041 0.045 0.011 0.319 0.216 0.259 162 G 0.090 0.018 0.043 0.022 0.365 0.238 0.224 163 G 0.091 0.019 0.065 0.119 0.168 0.325 0.213 164 S 0.138 0.022 0.098 0.168 0.101 0.238 0.234 165 Y 0.221 0.020 0.134 0.213 0.096 0.223 0.093 166 L 0.300 0.035 0.111 0.221 0.074 0.128 0.131 167 A 0.304 0.044 0.090 0.215 0.066 0.095 0.186 168 M 0.247 0.051 0.066 0.131 0.091 0.165 0.248 169 C 0.138 0.027 0.074 0.121 0.112 0.157 0.370 170 N 0.027 0.007 0.401 0.251 0.064 0.126 0.125 171 R 0.007 0.004 0.451 0.267 0.043 0.207 0.022 172 D 0.006 0.003 0.464 0.199 0.044 0.257 0.025 173 L 0.021 0.032 0.123 0.258 0.205 0.214 0.147 174 G 0.028 0.021 0.024 0.042 0.157 0.341 0.386 175 A 0.043 0.004 0.007 0.014 0.277 0.073 0.583 176 D 0.154 0.003 0.008 0.007 0.389 0.074 0.366 177 A 0.895 0.013 0.004 0.003 0.015 0.006 0.064 178 V 0.968 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.023 179 Y 0.973 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.017 180 A 0.907 0.009 0.002 0.004 0.007 0.003 0.068 181 W 0.454 0.006 0.006 0.002 0.046 0.018 0.466 182 P 0.041 0.003 0.024 0.003 0.155 0.713 0.060 183 S 0.027 0.003 0.019 0.001 0.120 0.771 0.059 184 A 0.297 0.004 0.002 0.001 0.082 0.010 0.604 185 E 0.741 0.002 0.001 0.001 0.156 0.005 0.094 186 I 0.973 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 187 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 188 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.018 189 M 0.764 0.006 0.001 0.002 0.046 0.004 0.178 190 G 0.135 0.002 0.001 0.008 0.223 0.007 0.624 191 A 0.004 0.001 0.036 0.765 0.094 0.054 0.047 192 E 0.003 0.002 0.037 0.910 0.015 0.025 0.009 193 G 0.005 0.001 0.024 0.944 0.005 0.016 0.006 194 A 0.014 0.001 0.013 0.954 0.003 0.010 0.006 195 A 0.040 0.001 0.019 0.904 0.009 0.020 0.007 196 N 0.069 0.001 0.039 0.838 0.008 0.036 0.009 197 V 0.067 0.004 0.061 0.762 0.019 0.062 0.025 198 I 0.124 0.014 0.052 0.588 0.043 0.128 0.051 199 F 0.067 0.006 0.033 0.397 0.092 0.256 0.149 200 R 0.028 0.007 0.020 0.232 0.223 0.099 0.390 201 K 0.018 0.009 0.045 0.273 0.119 0.112 0.424 202 E 0.005 0.004 0.077 0.499 0.112 0.105 0.197 203 I 0.005 0.004 0.093 0.486 0.105 0.101 0.206 204 K 0.005 0.004 0.082 0.536 0.094 0.126 0.152 205 A 0.003 0.002 0.053 0.565 0.069 0.111 0.197 206 A 0.002 0.002 0.037 0.637 0.074 0.102 0.146 207 D 0.002 0.002 0.023 0.698 0.048 0.109 0.118 208 D 0.001 0.004 0.017 0.737 0.036 0.082 0.123 209 P 0.001 0.002 0.009 0.775 0.043 0.067 0.103 210 D 0.001 0.001 0.006 0.870 0.030 0.041 0.051 211 A 0.001 0.001 0.004 0.903 0.020 0.029 0.042 212 M 0.001 0.001 0.004 0.925 0.011 0.028 0.030 213 R 0.001 0.001 0.003 0.925 0.009 0.039 0.022 214 A 0.002 0.001 0.003 0.902 0.012 0.062 0.018 215 E 0.004 0.001 0.004 0.891 0.013 0.056 0.031 216 K 0.003 0.002 0.006 0.892 0.019 0.037 0.041 217 I 0.006 0.002 0.010 0.907 0.016 0.032 0.026 218 E 0.011 0.002 0.022 0.852 0.017 0.063 0.033 219 E 0.006 0.002 0.017 0.828 0.022 0.092 0.032 220 Y 0.006 0.002 0.023 0.782 0.054 0.065 0.067 221 Q 0.003 0.001 0.080 0.766 0.032 0.083 0.036 222 N 0.003 0.001 0.155 0.566 0.047 0.189 0.038 223 A 0.003 0.002 0.106 0.405 0.054 0.372 0.058 224 F 0.008 0.006 0.031 0.165 0.104 0.515 0.171 225 N 0.016 0.025 0.007 0.063 0.222 0.067 0.600 226 T 0.012 0.025 0.002 0.105 0.123 0.011 0.723 227 P 0.001 0.001 0.007 0.972 0.005 0.006 0.009 228 Y 0.001 0.001 0.005 0.985 0.002 0.005 0.003 229 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 0.002 230 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.003 0.002 231 A 0.001 0.001 0.005 0.974 0.002 0.014 0.003 232 A 0.001 0.001 0.012 0.866 0.005 0.110 0.005 233 R 0.001 0.001 0.007 0.184 0.011 0.791 0.006 234 G 0.004 0.003 0.005 0.020 0.084 0.801 0.083 235 Q 0.058 0.018 0.005 0.007 0.065 0.015 0.832 236 V 0.248 0.032 0.026 0.020 0.060 0.013 0.601 237 D 0.483 0.008 0.071 0.023 0.104 0.042 0.270 238 D 0.656 0.006 0.058 0.021 0.081 0.045 0.133 239 V 0.742 0.009 0.015 0.012 0.056 0.018 0.148 240 I 0.636 0.057 0.003 0.007 0.068 0.006 0.223 241 D 0.123 0.009 0.002 0.006 0.066 0.006 0.788 242 P 0.006 0.001 0.126 0.401 0.101 0.240 0.124 243 A 0.001 0.001 0.115 0.657 0.027 0.195 0.006 244 D 0.001 0.001 0.096 0.775 0.017 0.097 0.013 245 T 0.001 0.001 0.017 0.930 0.007 0.031 0.014 246 R 0.001 0.001 0.003 0.973 0.005 0.012 0.006 247 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.002 248 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 249 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 250 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 251 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 252 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 253 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 254 E 0.001 0.001 0.002 0.977 0.002 0.015 0.003 255 M 0.001 0.001 0.003 0.949 0.004 0.039 0.005 256 Y 0.001 0.001 0.010 0.894 0.012 0.065 0.017 257 A 0.001 0.001 0.018 0.671 0.022 0.265 0.021 258 T 0.002 0.002 0.029 0.300 0.063 0.510 0.095 259 K 0.008 0.011 0.031 0.143 0.245 0.139 0.422 260 R 0.024 0.018 0.051 0.058 0.161 0.152 0.536 261 Q 0.061 0.026 0.059 0.057 0.176 0.113 0.509 262 T 0.066 0.064 0.040 0.042 0.200 0.063 0.524 263 R 0.032 0.018 0.016 0.036 0.234 0.029 0.635 264 P 0.016 0.010 0.015 0.031 0.123 0.075 0.731 265 A 0.015 0.035 0.095 0.082 0.229 0.179 0.365 266 K 0.018 0.015 0.167 0.101 0.248 0.222 0.228 267 K 0.022 0.011 0.199 0.120 0.103 0.220 0.323 268 H 0.046 0.026 0.055 0.044 0.188 0.092 0.549 269 G 0.047 0.012 0.020 0.014 0.218 0.188 0.501 270 N 0.073 0.018 0.011 0.008 0.259 0.067 0.565 271 F 0.117 0.112 0.005 0.008 0.141 0.009 0.608 272 P 0.036 0.017 0.002 0.004 0.003 0.009 0.929 273 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999