# TARGET T0135 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0135.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.003 0.002 0.007 0.069 0.912 2 A 0.026 0.031 0.016 0.025 0.173 0.731 3 T 0.028 0.025 0.033 0.048 0.359 0.506 4 R 0.028 0.016 0.070 0.074 0.406 0.405 5 T 0.028 0.022 0.067 0.091 0.437 0.357 6 P 0.043 0.013 0.080 0.135 0.425 0.304 7 K 0.137 0.026 0.073 0.134 0.359 0.271 8 L 0.355 0.039 0.046 0.092 0.231 0.236 9 V 0.637 0.025 0.029 0.042 0.149 0.118 10 K 0.878 0.006 0.007 0.015 0.047 0.047 11 H 0.939 0.002 0.002 0.005 0.022 0.029 12 T 0.959 0.001 0.001 0.003 0.011 0.026 13 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 14 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 15 T 0.955 0.001 0.001 0.003 0.009 0.031 16 R 0.900 0.004 0.001 0.003 0.024 0.068 17 F 0.643 0.031 0.002 0.004 0.084 0.237 18 K 0.126 0.026 0.009 0.006 0.739 0.093 19 D 0.017 0.002 0.028 0.006 0.889 0.058 20 E 0.011 0.007 0.032 0.006 0.881 0.064 21 I 0.014 0.043 0.019 0.010 0.768 0.146 22 T 0.010 0.007 0.005 0.039 0.197 0.743 23 R 0.001 0.001 0.025 0.906 0.045 0.023 24 E 0.001 0.001 0.013 0.945 0.032 0.008 25 Q 0.001 0.001 0.013 0.972 0.011 0.004 26 I 0.001 0.001 0.005 0.987 0.003 0.003 27 D 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.002 28 N 0.001 0.001 0.008 0.983 0.005 0.003 29 Y 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.004 30 I 0.001 0.001 0.008 0.983 0.005 0.004 31 N 0.001 0.001 0.010 0.963 0.013 0.014 32 D 0.001 0.001 0.012 0.927 0.020 0.040 33 Y 0.001 0.001 0.018 0.916 0.030 0.035 34 T 0.001 0.001 0.034 0.881 0.053 0.031 35 N 0.001 0.001 0.044 0.860 0.060 0.036 36 L 0.002 0.001 0.054 0.837 0.074 0.032 37 L 0.003 0.001 0.086 0.791 0.093 0.026 38 D 0.005 0.002 0.089 0.692 0.147 0.065 39 L 0.012 0.006 0.084 0.555 0.183 0.160 40 I 0.034 0.010 0.076 0.169 0.462 0.249 41 P 0.053 0.004 0.081 0.102 0.479 0.282 42 S 0.276 0.008 0.075 0.082 0.358 0.202 43 M 0.667 0.008 0.028 0.052 0.147 0.098 44 K 0.840 0.005 0.010 0.029 0.046 0.072 45 S 0.879 0.004 0.006 0.018 0.032 0.060 46 F 0.767 0.006 0.006 0.027 0.064 0.130 47 N 0.586 0.011 0.005 0.027 0.117 0.255 48 W 0.250 0.016 0.005 0.020 0.222 0.487 49 G 0.125 0.016 0.006 0.015 0.338 0.500 50 T 0.142 0.027 0.012 0.020 0.348 0.452 51 D 0.118 0.035 0.013 0.021 0.385 0.428 52 L 0.101 0.036 0.025 0.042 0.406 0.390 53 G 0.053 0.019 0.025 0.038 0.348 0.517 54 M 0.036 0.016 0.188 0.153 0.379 0.228 55 E 0.014 0.007 0.168 0.190 0.330 0.291 56 S 0.008 0.006 0.112 0.159 0.279 0.436 57 A 0.002 0.005 0.259 0.486 0.179 0.069 58 E 0.001 0.002 0.331 0.479 0.142 0.045 59 L 0.001 0.001 0.511 0.337 0.131 0.019 60 N 0.004 0.002 0.372 0.307 0.272 0.043 61 R 0.006 0.002 0.184 0.144 0.504 0.161 62 G 0.019 0.014 0.044 0.026 0.562 0.334 63 Y 0.125 0.019 0.025 0.004 0.514 0.314 64 T 0.434 0.006 0.012 0.002 0.283 0.264 65 H 0.947 0.002 0.001 0.001 0.022 0.027 66 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 67 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 68 E 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 69 S 0.891 0.003 0.001 0.001 0.021 0.084 70 T 0.662 0.005 0.007 0.002 0.118 0.207 71 F 0.263 0.016 0.020 0.004 0.266 0.431 72 E 0.043 0.036 0.006 0.005 0.278 0.633 73 S 0.008 0.002 0.002 0.009 0.115 0.863 74 K 0.002 0.001 0.023 0.837 0.066 0.071 75 S 0.002 0.001 0.022 0.892 0.055 0.028 76 G 0.001 0.001 0.022 0.936 0.025 0.015 77 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.002 78 Q 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 79 E 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.001 80 Y 0.001 0.001 0.013 0.972 0.012 0.003 81 L 0.001 0.001 0.008 0.974 0.015 0.003 82 D 0.001 0.001 0.004 0.907 0.045 0.042 83 S 0.001 0.001 0.002 0.218 0.202 0.576 84 A 0.001 0.002 0.029 0.798 0.122 0.047 85 A 0.004 0.003 0.079 0.723 0.175 0.015 86 L 0.004 0.003 0.122 0.801 0.064 0.005 87 A 0.014 0.003 0.065 0.878 0.034 0.006 88 A 0.010 0.001 0.032 0.910 0.035 0.012 89 F 0.007 0.003 0.018 0.941 0.018 0.013 90 A 0.007 0.001 0.043 0.881 0.036 0.031 91 E 0.013 0.002 0.134 0.731 0.063 0.056 92 G 0.027 0.005 0.196 0.656 0.069 0.047 93 F 0.069 0.014 0.129 0.592 0.110 0.087 94 L 0.116 0.007 0.198 0.447 0.149 0.082 95 P 0.120 0.008 0.275 0.321 0.196 0.078 96 T 0.106 0.006 0.222 0.274 0.293 0.098 97 L 0.126 0.010 0.155 0.274 0.344 0.090 98 S 0.101 0.006 0.087 0.197 0.472 0.136 99 Q 0.077 0.002 0.060 0.171 0.453 0.236 100 R 0.426 0.005 0.022 0.100 0.252 0.195 101 L 0.823 0.010 0.004 0.058 0.038 0.066 102 V 0.911 0.004 0.001 0.034 0.012 0.037 103 I 0.859 0.006 0.004 0.052 0.024 0.055 104 D 0.774 0.007 0.014 0.052 0.049 0.104 105 Y 0.479 0.005 0.061 0.066 0.119 0.270 106 F 0.296 0.020 0.085 0.079 0.143 0.378 107 L 0.145 0.031 0.061 0.068 0.119 0.575 108 Y 0.003 0.003 0.001 0.005 0.020 0.967