# TARGET T0135 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0135.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.990 2 A 0.031 0.030 0.012 0.038 0.007 0.042 0.841 3 T 0.030 0.018 0.021 0.060 0.274 0.114 0.482 4 R 0.023 0.006 0.018 0.086 0.339 0.188 0.340 5 T 0.021 0.013 0.058 0.132 0.183 0.176 0.419 6 P 0.026 0.006 0.091 0.071 0.189 0.184 0.432 7 K 0.126 0.013 0.101 0.051 0.263 0.149 0.295 8 L 0.462 0.030 0.056 0.043 0.088 0.053 0.267 9 V 0.454 0.007 0.004 0.008 0.043 0.004 0.480 10 K 0.733 0.001 0.003 0.006 0.181 0.002 0.073 11 H 0.980 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 0.007 12 T 0.977 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.014 13 L 0.980 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.009 14 L 0.969 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.020 15 T 0.891 0.002 0.003 0.003 0.014 0.003 0.085 16 R 0.761 0.017 0.007 0.008 0.034 0.010 0.163 17 F 0.423 0.104 0.019 0.017 0.077 0.038 0.321 18 K 0.173 0.017 0.079 0.019 0.150 0.121 0.442 19 D 0.023 0.004 0.187 0.033 0.178 0.505 0.070 20 E 0.007 0.005 0.174 0.032 0.116 0.582 0.084 21 I 0.005 0.013 0.022 0.016 0.239 0.030 0.676 22 T 0.006 0.008 0.004 0.022 0.065 0.017 0.879 23 R 0.001 0.001 0.049 0.787 0.038 0.092 0.033 24 E 0.001 0.001 0.037 0.868 0.018 0.062 0.014 25 Q 0.001 0.001 0.028 0.918 0.009 0.027 0.016 26 I 0.001 0.001 0.004 0.977 0.004 0.007 0.006 27 D 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.008 0.003 28 N 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.011 0.002 29 Y 0.001 0.001 0.006 0.979 0.002 0.012 0.002 30 I 0.001 0.001 0.005 0.978 0.003 0.013 0.002 31 N 0.001 0.001 0.007 0.923 0.003 0.065 0.002 32 D 0.001 0.001 0.009 0.876 0.009 0.095 0.011 33 Y 0.001 0.002 0.024 0.865 0.020 0.058 0.032 34 T 0.001 0.001 0.090 0.780 0.016 0.104 0.008 35 N 0.001 0.001 0.147 0.679 0.015 0.144 0.014 36 L 0.001 0.003 0.187 0.678 0.016 0.083 0.032 37 L 0.002 0.003 0.173 0.653 0.015 0.131 0.023 38 D 0.009 0.002 0.162 0.468 0.029 0.281 0.049 39 L 0.014 0.013 0.159 0.431 0.075 0.185 0.123 40 I 0.063 0.027 0.056 0.160 0.117 0.086 0.492 41 P 0.082 0.004 0.062 0.084 0.205 0.271 0.290 42 S 0.267 0.007 0.056 0.071 0.209 0.217 0.173 43 M 0.694 0.012 0.010 0.031 0.032 0.018 0.204 44 K 0.874 0.004 0.003 0.018 0.026 0.006 0.069 45 S 0.896 0.007 0.004 0.013 0.011 0.007 0.062 46 F 0.833 0.006 0.007 0.013 0.020 0.015 0.107 47 N 0.708 0.009 0.009 0.015 0.063 0.025 0.171 48 W 0.386 0.016 0.018 0.023 0.116 0.052 0.389 49 G 0.197 0.013 0.026 0.022 0.222 0.108 0.412 50 T 0.157 0.021 0.036 0.031 0.258 0.138 0.358 51 D 0.101 0.044 0.028 0.033 0.206 0.096 0.492 52 L 0.069 0.023 0.049 0.074 0.210 0.154 0.421 53 G 0.042 0.022 0.042 0.088 0.188 0.163 0.454 54 M 0.021 0.014 0.122 0.312 0.128 0.158 0.244 55 E 0.018 0.012 0.115 0.360 0.094 0.139 0.263 56 S 0.014 0.006 0.119 0.463 0.083 0.120 0.193 57 A 0.016 0.006 0.128 0.563 0.057 0.095 0.136 58 E 0.023 0.004 0.124 0.546 0.069 0.122 0.114 59 L 0.021 0.008 0.168 0.474 0.047 0.203 0.079 60 N 0.026 0.009 0.161 0.281 0.120 0.238 0.165 61 R 0.034 0.007 0.086 0.117 0.209 0.377 0.171 62 G 0.076 0.012 0.029 0.030 0.201 0.325 0.326 63 Y 0.160 0.008 0.003 0.005 0.123 0.023 0.679 64 T 0.374 0.003 0.002 0.001 0.329 0.008 0.282 65 H 0.916 0.013 0.002 0.001 0.015 0.003 0.051 66 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 67 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 68 E 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 69 S 0.859 0.003 0.002 0.001 0.020 0.002 0.112 70 T 0.716 0.005 0.004 0.001 0.051 0.008 0.214 71 F 0.412 0.052 0.014 0.003 0.099 0.032 0.388 72 E 0.147 0.040 0.004 0.003 0.259 0.018 0.530 73 S 0.065 0.011 0.001 0.006 0.159 0.006 0.754 74 K 0.002 0.001 0.035 0.865 0.034 0.042 0.022 75 S 0.001 0.001 0.028 0.920 0.010 0.032 0.009 76 G 0.001 0.001 0.026 0.935 0.007 0.021 0.011 77 L 0.001 0.001 0.005 0.974 0.005 0.008 0.005 78 Q 0.002 0.001 0.005 0.970 0.003 0.013 0.007 79 E 0.001 0.001 0.008 0.941 0.004 0.040 0.004 80 Y 0.002 0.001 0.011 0.913 0.010 0.054 0.008 81 L 0.003 0.002 0.018 0.802 0.022 0.130 0.022 82 D 0.002 0.003 0.008 0.661 0.058 0.245 0.024 83 S 0.002 0.003 0.002 0.154 0.355 0.046 0.438 84 A 0.001 0.001 0.108 0.716 0.014 0.154 0.008 85 A 0.002 0.002 0.232 0.559 0.015 0.183 0.008 86 L 0.008 0.003 0.332 0.537 0.014 0.087 0.019 87 A 0.079 0.007 0.059 0.738 0.015 0.050 0.052 88 A 0.226 0.016 0.050 0.513 0.026 0.086 0.082 89 F 0.184 0.019 0.066 0.490 0.053 0.063 0.124 90 A 0.096 0.006 0.102 0.530 0.046 0.114 0.106 91 E 0.077 0.003 0.133 0.414 0.064 0.242 0.066 92 G 0.091 0.010 0.150 0.367 0.056 0.236 0.090 93 F 0.227 0.039 0.080 0.294 0.105 0.092 0.163 94 L 0.244 0.011 0.060 0.271 0.087 0.036 0.290 95 P 0.119 0.005 0.120 0.439 0.056 0.120 0.141 96 T 0.047 0.006 0.150 0.418 0.055 0.219 0.104 97 L 0.053 0.011 0.236 0.226 0.083 0.189 0.203 98 S 0.021 0.003 0.256 0.117 0.096 0.458 0.048 99 Q 0.020 0.001 0.113 0.063 0.065 0.691 0.047 100 R 0.171 0.005 0.018 0.056 0.160 0.079 0.511 101 L 0.704 0.011 0.003 0.031 0.101 0.019 0.131 102 V 0.910 0.008 0.002 0.015 0.005 0.004 0.057 103 I 0.938 0.005 0.002 0.019 0.003 0.003 0.029 104 D 0.849 0.002 0.003 0.017 0.012 0.006 0.110 105 Y 0.491 0.003 0.024 0.020 0.047 0.075 0.342 106 F 0.364 0.006 0.035 0.021 0.137 0.122 0.315 107 L 0.193 0.019 0.046 0.019 0.011 0.098 0.614 108 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998