# TARGET T0135 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0135.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.177 0.085 0.019 0.173 0.015 0.031 0.152 0.123 0.099 0.047 2 A 0.133 0.115 0.050 0.016 0.203 0.019 0.030 0.096 0.094 0.180 0.064 3 T 0.053 0.246 0.150 0.046 0.166 0.035 0.051 0.116 0.059 0.052 0.025 4 R 0.087 0.134 0.085 0.031 0.104 0.022 0.038 0.166 0.094 0.167 0.071 5 T 0.082 0.150 0.057 0.015 0.184 0.013 0.024 0.230 0.136 0.082 0.027 6 P 0.027 0.063 0.028 0.021 0.044 0.033 0.057 0.422 0.204 0.080 0.020 7 K 0.044 0.103 0.087 0.021 0.092 0.008 0.034 0.389 0.085 0.118 0.019 8 L 0.095 0.094 0.014 0.002 0.128 0.005 0.034 0.430 0.105 0.064 0.028 9 V 0.216 0.078 0.013 0.010 0.315 0.014 0.017 0.205 0.046 0.033 0.052 10 K 0.056 0.126 0.036 0.050 0.234 0.084 0.145 0.221 0.019 0.022 0.007 11 H 0.332 0.030 0.003 0.001 0.572 0.001 0.006 0.022 0.003 0.006 0.024 12 T 0.240 0.056 0.003 0.004 0.652 0.009 0.003 0.013 0.001 0.002 0.017 13 L 0.176 0.048 0.003 0.001 0.725 0.002 0.003 0.015 0.001 0.004 0.022 14 L 0.432 0.027 0.002 0.003 0.396 0.007 0.010 0.028 0.005 0.014 0.076 15 T 0.152 0.196 0.036 0.027 0.461 0.018 0.014 0.037 0.013 0.015 0.031 16 R 0.223 0.165 0.057 0.004 0.419 0.002 0.006 0.017 0.007 0.023 0.077 17 F 0.114 0.335 0.147 0.015 0.248 0.006 0.013 0.040 0.017 0.024 0.043 18 K 0.022 0.247 0.163 0.125 0.070 0.080 0.062 0.126 0.064 0.032 0.010 19 D 0.006 0.037 0.032 0.038 0.018 0.103 0.177 0.351 0.206 0.026 0.005 20 E 0.021 0.013 0.010 0.005 0.015 0.007 0.019 0.062 0.099 0.673 0.076 21 I 0.074 0.424 0.105 0.005 0.220 0.004 0.008 0.028 0.022 0.080 0.031 22 T 0.024 0.550 0.263 0.014 0.081 0.004 0.003 0.031 0.010 0.012 0.009 23 R 0.003 0.004 0.003 0.002 0.008 0.004 0.009 0.753 0.200 0.011 0.002 24 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.894 0.081 0.010 0.002 25 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.926 0.051 0.013 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.041 0.001 0.001 27 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.033 0.001 0.001 28 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.039 0.004 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.058 0.002 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.897 0.093 0.003 0.001 31 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.909 0.059 0.002 0.001 32 D 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.835 0.092 0.048 0.003 33 Y 0.004 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.762 0.186 0.026 0.004 34 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.872 0.107 0.003 0.001 35 N 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.014 0.815 0.114 0.045 0.001 36 L 0.005 0.004 0.002 0.001 0.006 0.002 0.013 0.713 0.201 0.050 0.003 37 L 0.007 0.027 0.003 0.002 0.017 0.003 0.029 0.652 0.236 0.020 0.004 38 D 0.006 0.010 0.003 0.005 0.013 0.006 0.062 0.597 0.198 0.091 0.007 39 L 0.025 0.018 0.010 0.009 0.035 0.020 0.146 0.429 0.142 0.149 0.017 40 I 0.090 0.104 0.046 0.017 0.136 0.013 0.031 0.242 0.140 0.127 0.055 41 P 0.016 0.092 0.070 0.038 0.044 0.048 0.076 0.387 0.185 0.035 0.009 42 S 0.067 0.074 0.041 0.010 0.125 0.008 0.040 0.221 0.173 0.202 0.040 43 M 0.263 0.109 0.014 0.003 0.337 0.004 0.009 0.064 0.056 0.070 0.071 44 K 0.088 0.136 0.027 0.015 0.273 0.046 0.099 0.180 0.067 0.047 0.021 45 S 0.324 0.073 0.011 0.010 0.325 0.007 0.009 0.049 0.035 0.072 0.085 46 F 0.159 0.176 0.041 0.036 0.406 0.023 0.021 0.033 0.025 0.041 0.040 47 N 0.262 0.104 0.049 0.014 0.346 0.012 0.018 0.035 0.021 0.042 0.098 48 W 0.105 0.168 0.076 0.068 0.211 0.026 0.037 0.062 0.056 0.106 0.084 49 G 0.043 0.127 0.191 0.231 0.093 0.068 0.046 0.060 0.050 0.062 0.030 50 T 0.102 0.132 0.048 0.022 0.164 0.044 0.077 0.132 0.118 0.099 0.062 51 D 0.195 0.091 0.037 0.009 0.315 0.005 0.014 0.053 0.061 0.125 0.094 52 L 0.073 0.134 0.065 0.038 0.142 0.036 0.056 0.131 0.148 0.140 0.038 53 G 0.081 0.199 0.149 0.041 0.192 0.018 0.025 0.125 0.058 0.076 0.036 54 M 0.077 0.093 0.036 0.016 0.098 0.021 0.041 0.317 0.170 0.094 0.036 55 E 0.036 0.118 0.102 0.044 0.080 0.035 0.057 0.309 0.111 0.082 0.026 56 S 0.083 0.075 0.047 0.019 0.095 0.013 0.020 0.323 0.147 0.123 0.055 57 A 0.034 0.085 0.028 0.008 0.073 0.007 0.014 0.449 0.212 0.074 0.017 58 E 0.030 0.035 0.017 0.012 0.044 0.010 0.036 0.568 0.189 0.044 0.014 59 L 0.027 0.045 0.025 0.016 0.043 0.024 0.089 0.497 0.172 0.049 0.012 60 N 0.052 0.070 0.032 0.036 0.069 0.047 0.125 0.264 0.127 0.148 0.029 61 R 0.047 0.245 0.189 0.075 0.127 0.038 0.027 0.060 0.063 0.095 0.032 62 G 0.117 0.074 0.067 0.046 0.102 0.020 0.032 0.063 0.081 0.261 0.136 63 Y 0.285 0.133 0.024 0.005 0.304 0.004 0.007 0.020 0.026 0.081 0.111 64 T 0.079 0.114 0.036 0.064 0.209 0.134 0.188 0.067 0.031 0.056 0.022 65 H 0.330 0.076 0.011 0.009 0.478 0.004 0.007 0.012 0.006 0.025 0.043 66 A 0.322 0.064 0.004 0.005 0.566 0.005 0.003 0.002 0.001 0.002 0.026 67 F 0.212 0.083 0.005 0.002 0.661 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.026 68 E 0.462 0.019 0.002 0.001 0.359 0.001 0.003 0.003 0.001 0.010 0.139 69 S 0.233 0.178 0.017 0.025 0.436 0.023 0.010 0.010 0.009 0.018 0.041 70 T 0.192 0.179 0.049 0.005 0.455 0.003 0.004 0.009 0.008 0.024 0.073 71 F 0.263 0.158 0.036 0.006 0.304 0.006 0.009 0.043 0.040 0.046 0.088 72 E 0.047 0.107 0.042 0.033 0.104 0.097 0.165 0.199 0.110 0.062 0.035 73 S 0.079 0.446 0.285 0.010 0.126 0.001 0.001 0.009 0.005 0.016 0.022 74 K 0.004 0.005 0.003 0.002 0.011 0.002 0.002 0.459 0.480 0.029 0.002 75 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.844 0.135 0.004 0.001 76 G 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.766 0.146 0.070 0.002 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.830 0.147 0.012 0.001 78 Q 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.833 0.129 0.007 0.006 79 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.028 0.771 0.146 0.045 0.001 80 Y 0.006 0.017 0.002 0.001 0.021 0.001 0.027 0.666 0.213 0.041 0.004 81 L 0.006 0.008 0.001 0.002 0.012 0.004 0.121 0.670 0.145 0.029 0.002 82 D 0.004 0.018 0.010 0.005 0.016 0.045 0.349 0.312 0.094 0.140 0.007 83 S 0.446 0.034 0.007 0.001 0.254 0.001 0.003 0.041 0.034 0.034 0.146 84 A 0.005 0.010 0.003 0.001 0.013 0.004 0.008 0.383 0.542 0.029 0.003 85 A 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.007 0.065 0.656 0.222 0.040 0.001 86 L 0.023 0.024 0.016 0.007 0.023 0.005 0.012 0.340 0.235 0.297 0.018 87 A 0.067 0.155 0.013 0.002 0.207 0.002 0.012 0.335 0.148 0.037 0.021 88 A 0.115 0.044 0.019 0.007 0.134 0.008 0.033 0.412 0.126 0.050 0.053 89 F 0.047 0.067 0.037 0.027 0.081 0.018 0.037 0.479 0.123 0.068 0.015 90 A 0.055 0.048 0.014 0.017 0.098 0.014 0.058 0.437 0.170 0.062 0.026 91 E 0.015 0.045 0.038 0.041 0.031 0.046 0.081 0.426 0.213 0.053 0.010 92 G 0.054 0.078 0.022 0.005 0.113 0.008 0.077 0.403 0.121 0.092 0.029 93 F 0.158 0.089 0.030 0.011 0.118 0.018 0.031 0.136 0.116 0.208 0.085 94 L 0.047 0.303 0.137 0.031 0.155 0.015 0.025 0.164 0.083 0.024 0.016 95 P 0.030 0.085 0.030 0.015 0.056 0.016 0.038 0.434 0.229 0.050 0.017 96 T 0.039 0.032 0.021 0.017 0.044 0.027 0.112 0.377 0.187 0.121 0.022 97 L 0.065 0.046 0.019 0.020 0.075 0.026 0.037 0.310 0.208 0.144 0.049 98 S 0.013 0.066 0.040 0.082 0.032 0.092 0.134 0.338 0.153 0.044 0.006 99 Q 0.024 0.032 0.027 0.033 0.032 0.027 0.079 0.237 0.141 0.319 0.048 100 R 0.141 0.180 0.028 0.009 0.315 0.010 0.028 0.105 0.071 0.069 0.044 101 L 0.150 0.101 0.010 0.003 0.622 0.001 0.006 0.039 0.014 0.023 0.030 102 V 0.230 0.067 0.005 0.001 0.628 0.002 0.009 0.029 0.004 0.005 0.019 103 I 0.289 0.061 0.009 0.007 0.493 0.009 0.007 0.024 0.007 0.017 0.077 104 D 0.267 0.086 0.030 0.020 0.385 0.022 0.027 0.048 0.018 0.021 0.076 105 Y 0.162 0.143 0.038 0.013 0.296 0.011 0.019 0.090 0.081 0.078 0.069 106 F 0.149 0.206 0.035 0.009 0.386 0.013 0.028 0.082 0.035 0.022 0.037 107 L 0.174 0.075 0.022 0.013 0.228 0.032 0.062 0.119 0.070 0.122 0.083 108 Y 0.087 0.191 0.104 0.053 0.193 0.034 0.053 0.090 0.059 0.086 0.049