# TARGET T0134 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0134.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.008 0.006 0.001 0.007 0.083 0.895 2 E 0.046 0.053 0.005 0.031 0.125 0.740 3 P 0.062 0.022 0.015 0.057 0.195 0.649 4 V 0.049 0.025 0.037 0.099 0.300 0.490 5 Q 0.044 0.023 0.032 0.083 0.319 0.498 6 N 0.028 0.012 0.063 0.133 0.343 0.422 7 G 0.021 0.013 0.082 0.126 0.395 0.363 8 A 0.020 0.014 0.124 0.152 0.424 0.266 9 P 0.015 0.013 0.177 0.143 0.445 0.207 10 E 0.022 0.008 0.135 0.187 0.394 0.253 11 E 0.025 0.012 0.095 0.129 0.350 0.389 12 E 0.036 0.023 0.045 0.069 0.322 0.506 13 Q 0.033 0.055 0.016 0.032 0.237 0.628 14 L 0.022 0.027 0.009 0.020 0.178 0.745 15 P 0.027 0.026 0.022 0.014 0.457 0.454 16 P 0.020 0.014 0.108 0.083 0.562 0.213 17 E 0.013 0.004 0.071 0.099 0.667 0.146 18 S 0.028 0.013 0.024 0.057 0.736 0.142 19 S 0.075 0.010 0.019 0.172 0.521 0.203 20 Y 0.079 0.030 0.034 0.277 0.455 0.124 21 S 0.148 0.033 0.056 0.248 0.399 0.116 22 L 0.180 0.022 0.099 0.219 0.300 0.180 23 L 0.268 0.028 0.101 0.139 0.294 0.170 24 A 0.289 0.018 0.089 0.121 0.382 0.100 25 E 0.321 0.018 0.053 0.062 0.404 0.142 26 N 0.215 0.007 0.025 0.012 0.599 0.142 27 S 0.360 0.007 0.017 0.008 0.436 0.173 28 Y 0.791 0.019 0.004 0.003 0.098 0.085 29 V 0.902 0.004 0.002 0.002 0.041 0.048 30 K 0.917 0.002 0.001 0.002 0.021 0.057 31 M 0.945 0.004 0.001 0.001 0.010 0.039 32 T 0.921 0.003 0.001 0.002 0.020 0.052 33 C 0.864 0.008 0.001 0.003 0.030 0.094 34 D 0.594 0.026 0.005 0.003 0.243 0.130 35 I 0.247 0.011 0.010 0.006 0.520 0.206 36 R 0.087 0.011 0.013 0.004 0.643 0.242 37 G 0.090 0.083 0.012 0.008 0.546 0.262 38 S 0.086 0.036 0.013 0.012 0.466 0.388 39 L 0.053 0.028 0.220 0.064 0.501 0.134 40 Q 0.062 0.015 0.215 0.039 0.603 0.066 41 E 0.067 0.011 0.244 0.040 0.586 0.052 42 D 0.069 0.009 0.091 0.027 0.624 0.181 43 S 0.205 0.053 0.026 0.010 0.471 0.235 44 Q 0.365 0.008 0.005 0.002 0.192 0.428 45 V 0.790 0.004 0.001 0.001 0.036 0.168 46 T 0.948 0.003 0.001 0.001 0.009 0.039 47 V 0.978 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 48 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 49 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 50 V 0.968 0.002 0.001 0.001 0.009 0.020 51 L 0.892 0.004 0.001 0.001 0.046 0.056 52 E 0.573 0.008 0.007 0.003 0.205 0.203 53 N 0.198 0.015 0.016 0.004 0.566 0.202 54 R 0.094 0.009 0.054 0.011 0.708 0.123 55 S 0.072 0.011 0.035 0.019 0.652 0.210 56 S 0.085 0.009 0.130 0.108 0.567 0.101 57 S 0.148 0.006 0.105 0.245 0.323 0.173 58 I 0.310 0.025 0.106 0.294 0.171 0.093 59 L 0.370 0.017 0.073 0.264 0.140 0.136 60 K 0.424 0.009 0.031 0.313 0.082 0.141 61 G 0.477 0.008 0.015 0.315 0.055 0.129 62 M 0.455 0.013 0.009 0.406 0.026 0.091 63 E 0.363 0.006 0.009 0.548 0.014 0.060 64 L 0.196 0.002 0.022 0.686 0.023 0.071 65 S 0.140 0.005 0.028 0.708 0.040 0.079 66 V 0.073 0.002 0.060 0.788 0.038 0.040 67 L 0.081 0.003 0.050 0.771 0.051 0.044 68 D 0.097 0.004 0.068 0.701 0.075 0.055 69 S 0.108 0.007 0.044 0.629 0.127 0.085 70 L 0.091 0.012 0.040 0.577 0.159 0.121 71 N 0.140 0.005 0.050 0.398 0.201 0.206 72 A 0.135 0.006 0.094 0.362 0.228 0.174 73 R 0.184 0.017 0.087 0.334 0.167 0.210 74 M 0.245 0.021 0.056 0.329 0.153 0.196 75 A 0.226 0.044 0.021 0.146 0.157 0.405 76 R 0.103 0.045 0.022 0.055 0.464 0.310 77 P 0.023 0.012 0.027 0.023 0.792 0.123 78 Q 0.014 0.007 0.019 0.007 0.848 0.105 79 G 0.014 0.020 0.022 0.007 0.834 0.104 80 S 0.053 0.036 0.030 0.012 0.572 0.298 81 S 0.124 0.114 0.067 0.027 0.366 0.303 82 V 0.086 0.034 0.073 0.032 0.476 0.298 83 H 0.078 0.026 0.046 0.024 0.539 0.287 84 D 0.079 0.033 0.027 0.018 0.541 0.302 85 G 0.094 0.013 0.025 0.018 0.440 0.410 86 V 0.382 0.031 0.013 0.016 0.226 0.332 87 P 0.524 0.043 0.008 0.013 0.127 0.286 88 V 0.417 0.023 0.011 0.018 0.118 0.413 89 P 0.233 0.016 0.100 0.039 0.186 0.427 90 F 0.216 0.018 0.147 0.046 0.249 0.325 91 Q 0.195 0.023 0.101 0.038 0.303 0.339 92 L 0.079 0.044 0.027 0.018 0.297 0.534 93 P 0.048 0.021 0.019 0.010 0.516 0.387 94 P 0.039 0.025 0.046 0.016 0.532 0.343 95 G 0.030 0.015 0.042 0.013 0.633 0.268 96 V 0.055 0.041 0.033 0.007 0.620 0.244 97 S 0.071 0.020 0.021 0.005 0.447 0.436 98 N 0.070 0.019 0.041 0.005 0.512 0.352 99 E 0.135 0.019 0.111 0.008 0.504 0.223 100 A 0.322 0.018 0.063 0.008 0.387 0.203 101 Q 0.643 0.005 0.011 0.004 0.147 0.189 102 Y 0.895 0.004 0.001 0.003 0.020 0.077 103 V 0.959 0.003 0.001 0.004 0.006 0.028 104 F 0.965 0.001 0.001 0.006 0.003 0.025 105 T 0.955 0.002 0.001 0.020 0.003 0.021 106 I 0.867 0.003 0.001 0.046 0.008 0.075 107 Q 0.732 0.004 0.005 0.120 0.025 0.114 108 S 0.517 0.007 0.016 0.201 0.059 0.199 109 I 0.276 0.008 0.022 0.490 0.079 0.125 110 V 0.139 0.003 0.032 0.712 0.070 0.044 111 M 0.098 0.003 0.036 0.792 0.051 0.019 112 A 0.057 0.004 0.038 0.836 0.051 0.015 113 Q 0.054 0.001 0.049 0.791 0.074 0.030 114 K 0.082 0.010 0.054 0.654 0.122 0.078 115 L 0.103 0.010 0.027 0.592 0.118 0.150 116 K 0.218 0.005 0.016 0.367 0.129 0.265 117 G 0.461 0.008 0.011 0.215 0.090 0.215 118 T 0.673 0.017 0.009 0.125 0.045 0.131 119 L 0.762 0.004 0.008 0.112 0.021 0.093 120 S 0.848 0.004 0.013 0.055 0.018 0.063 121 F 0.824 0.005 0.016 0.043 0.030 0.082 122 I 0.825 0.009 0.011 0.046 0.047 0.062 123 A 0.836 0.005 0.007 0.020 0.052 0.080 124 K 0.588 0.010 0.011 0.020 0.172 0.199 125 N 0.365 0.029 0.019 0.028 0.328 0.231 126 D 0.219 0.028 0.029 0.035 0.485 0.204 127 E 0.119 0.036 0.024 0.040 0.558 0.223 128 G 0.071 0.024 0.023 0.024 0.568 0.290 129 A 0.073 0.026 0.028 0.044 0.532 0.297 130 T 0.105 0.028 0.062 0.058 0.494 0.252 131 H 0.121 0.016 0.093 0.041 0.521 0.208 132 E 0.316 0.018 0.069 0.022 0.380 0.195 133 K 0.437 0.022 0.068 0.021 0.244 0.209 134 L 0.562 0.013 0.026 0.015 0.170 0.214 135 D 0.634 0.014 0.009 0.010 0.118 0.214 136 F 0.753 0.021 0.003 0.008 0.058 0.157 137 R 0.752 0.021 0.004 0.007 0.056 0.161 138 L 0.571 0.015 0.007 0.011 0.117 0.279 139 H 0.379 0.011 0.012 0.009 0.188 0.401 140 F 0.374 0.034 0.031 0.009 0.233 0.319 141 S 0.410 0.012 0.025 0.006 0.268 0.280 142 C 0.419 0.016 0.049 0.007 0.285 0.223 143 S 0.538 0.013 0.029 0.003 0.211 0.206 144 S 0.706 0.003 0.020 0.006 0.115 0.151 145 Y 0.862 0.004 0.005 0.004 0.036 0.088 146 L 0.876 0.014 0.001 0.003 0.028 0.078 147 I 0.726 0.005 0.002 0.004 0.076 0.186 148 T 0.444 0.011 0.002 0.003 0.143 0.397 149 T 0.256 0.018 0.003 0.005 0.212 0.506 150 P 0.197 0.019 0.008 0.011 0.206 0.560 151 C 0.190 0.051 0.011 0.016 0.218 0.513 152 Y 0.087 0.023 0.032 0.066 0.292 0.500 153 S 0.015 0.003 0.039 0.445 0.174 0.324 154 D 0.004 0.001 0.015 0.880 0.049 0.051 155 A 0.001 0.001 0.007 0.980 0.009 0.003 156 F 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.001 157 A 0.003 0.001 0.006 0.983 0.007 0.001 158 K 0.003 0.001 0.007 0.977 0.010 0.003 159 L 0.006 0.001 0.007 0.963 0.015 0.009 160 L 0.010 0.002 0.006 0.948 0.020 0.014 161 E 0.037 0.004 0.007 0.785 0.087 0.079 162 S 0.044 0.008 0.049 0.423 0.287 0.188 163 G 0.020 0.003 0.024 0.034 0.459 0.459 164 D 0.064 0.006 0.036 0.027 0.504 0.362 165 L 0.218 0.074 0.020 0.016 0.425 0.247 166 S 0.292 0.024 0.014 0.009 0.416 0.246 167 M 0.485 0.013 0.027 0.004 0.349 0.123 168 S 0.378 0.008 0.025 0.004 0.406 0.179 169 S 0.573 0.005 0.011 0.003 0.270 0.137 170 I 0.821 0.004 0.005 0.002 0.081 0.086 171 K 0.827 0.017 0.003 0.002 0.062 0.090 172 V 0.711 0.017 0.006 0.006 0.165 0.095 173 D 0.339 0.002 0.017 0.020 0.373 0.249 174 G 0.564 0.010 0.020 0.026 0.226 0.155 175 I 0.778 0.013 0.014 0.032 0.085 0.078 176 R 0.864 0.004 0.006 0.026 0.028 0.073 177 M 0.913 0.009 0.003 0.019 0.014 0.042 178 S 0.868 0.020 0.002 0.027 0.011 0.071 179 F 0.120 0.001 0.013 0.829 0.016 0.022 180 Q 0.002 0.001 0.009 0.984 0.004 0.001 181 N 0.002 0.001 0.012 0.974 0.008 0.002 182 L 0.002 0.001 0.008 0.982 0.005 0.001 183 L 0.003 0.001 0.002 0.986 0.004 0.004 184 A 0.003 0.001 0.003 0.987 0.004 0.002 185 K 0.002 0.001 0.002 0.982 0.009 0.004 186 I 0.003 0.001 0.004 0.965 0.018 0.009 187 C 0.004 0.003 0.009 0.935 0.032 0.016 188 F 0.008 0.002 0.024 0.874 0.066 0.025 189 H 0.016 0.003 0.031 0.754 0.128 0.067 190 H 0.022 0.001 0.018 0.449 0.219 0.291 191 H 0.106 0.009 0.005 0.073 0.173 0.634 192 F 0.393 0.045 0.003 0.028 0.109 0.421 193 S 0.624 0.008 0.005 0.029 0.081 0.253 194 V 0.809 0.004 0.009 0.044 0.041 0.093 195 V 0.832 0.007 0.006 0.039 0.034 0.082 196 E 0.748 0.008 0.005 0.072 0.053 0.114 197 R 0.414 0.015 0.013 0.100 0.116 0.342 198 V 0.130 0.020 0.012 0.054 0.175 0.609 199 D 0.045 0.006 0.052 0.099 0.293 0.504 200 S 0.016 0.005 0.256 0.418 0.202 0.103 201 C 0.023 0.012 0.298 0.491 0.145 0.031 202 A 0.041 0.005 0.241 0.460 0.210 0.042 203 S 0.075 0.005 0.151 0.441 0.254 0.074 204 M 0.109 0.010 0.125 0.382 0.302 0.072 205 Y 0.132 0.016 0.089 0.281 0.348 0.134 206 S 0.176 0.014 0.093 0.201 0.372 0.144 207 R 0.245 0.042 0.083 0.185 0.284 0.161 208 S 0.218 0.049 0.064 0.162 0.331 0.176 209 I 0.087 0.017 0.036 0.061 0.715 0.083 210 Q 0.043 0.006 0.015 0.021 0.811 0.104 211 G 0.062 0.005 0.014 0.011 0.810 0.098 212 H 0.346 0.019 0.005 0.004 0.483 0.142 213 H 0.710 0.020 0.002 0.001 0.089 0.177 214 V 0.902 0.006 0.001 0.001 0.029 0.061 215 C 0.938 0.002 0.001 0.001 0.016 0.042 216 L 0.961 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 217 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 218 V 0.965 0.002 0.001 0.001 0.013 0.019 219 K 0.915 0.005 0.001 0.001 0.037 0.042 220 K 0.703 0.017 0.005 0.001 0.163 0.110 221 G 0.214 0.009 0.014 0.003 0.596 0.164 222 E 0.086 0.010 0.038 0.004 0.784 0.078 223 N 0.101 0.012 0.038 0.006 0.709 0.133 224 S 0.332 0.012 0.021 0.007 0.418 0.210 225 V 0.732 0.024 0.004 0.007 0.078 0.154 226 S 0.790 0.041 0.003 0.007 0.070 0.090 227 V 0.672 0.033 0.004 0.008 0.160 0.122 228 D 0.298 0.005 0.008 0.005 0.422 0.263 229 G 0.171 0.017 0.014 0.007 0.569 0.220 230 K 0.150 0.035 0.017 0.013 0.534 0.252 231 C 0.122 0.030 0.027 0.021 0.483 0.318 232 S 0.049 0.024 0.013 0.018 0.421 0.474 233 D 0.019 0.014 0.036 0.182 0.420 0.330 234 S 0.001 0.001 0.027 0.865 0.072 0.034 235 T 0.001 0.001 0.031 0.887 0.059 0.019 236 L 0.001 0.001 0.033 0.930 0.028 0.006 237 L 0.001 0.001 0.008 0.962 0.014 0.013 238 S 0.001 0.001 0.007 0.971 0.013 0.007 239 N 0.001 0.001 0.005 0.968 0.013 0.013 240 L 0.001 0.001 0.003 0.976 0.006 0.014 241 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.005 242 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 243 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 244 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 245 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 246 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.007 0.004 247 T 0.001 0.001 0.005 0.964 0.014 0.016 248 L 0.005 0.003 0.011 0.923 0.022 0.036 249 A 0.008 0.006 0.014 0.802 0.044 0.126 250 K 0.005 0.002 0.009 0.528 0.048 0.408 251 C 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.970