# TARGET T0134 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0134.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 2 E 0.033 0.022 0.002 0.040 0.005 0.010 0.887 3 P 0.070 0.057 0.014 0.110 0.098 0.030 0.622 4 V 0.066 0.019 0.052 0.232 0.063 0.086 0.482 5 Q 0.045 0.014 0.075 0.255 0.109 0.131 0.371 6 N 0.031 0.010 0.085 0.239 0.178 0.196 0.261 7 G 0.029 0.009 0.064 0.180 0.106 0.191 0.419 8 A 0.006 0.004 0.021 0.048 0.040 0.023 0.859 9 P 0.025 0.014 0.102 0.177 0.046 0.169 0.467 10 E 0.026 0.013 0.139 0.192 0.137 0.193 0.299 11 E 0.027 0.024 0.157 0.132 0.172 0.160 0.328 12 E 0.050 0.016 0.065 0.087 0.239 0.157 0.386 13 Q 0.041 0.026 0.045 0.044 0.215 0.108 0.520 14 L 0.032 0.075 0.015 0.023 0.330 0.028 0.497 15 P 0.013 0.009 0.005 0.006 0.100 0.021 0.845 16 P 0.011 0.011 0.031 0.032 0.195 0.204 0.517 17 E 0.012 0.018 0.060 0.109 0.150 0.216 0.436 18 S 0.013 0.015 0.058 0.194 0.125 0.061 0.534 19 S 0.017 0.010 0.086 0.590 0.070 0.094 0.132 20 Y 0.030 0.015 0.082 0.688 0.030 0.079 0.076 21 S 0.046 0.017 0.061 0.739 0.022 0.035 0.080 22 L 0.087 0.007 0.065 0.711 0.022 0.052 0.055 23 L 0.100 0.005 0.074 0.583 0.036 0.149 0.053 24 A 0.086 0.009 0.095 0.463 0.044 0.223 0.079 25 E 0.059 0.010 0.125 0.291 0.083 0.295 0.137 26 N 0.052 0.004 0.090 0.083 0.238 0.181 0.351 27 S 0.062 0.006 0.086 0.067 0.293 0.344 0.141 28 Y 0.273 0.024 0.031 0.026 0.138 0.264 0.244 29 V 0.545 0.009 0.004 0.011 0.035 0.010 0.386 30 K 0.890 0.003 0.002 0.005 0.023 0.005 0.071 31 M 0.947 0.008 0.002 0.003 0.005 0.003 0.033 32 T 0.921 0.002 0.002 0.003 0.008 0.004 0.059 33 C 0.830 0.010 0.003 0.005 0.025 0.005 0.123 34 D 0.508 0.015 0.007 0.005 0.055 0.015 0.394 35 I 0.166 0.011 0.039 0.013 0.185 0.249 0.337 36 R 0.069 0.012 0.042 0.012 0.267 0.330 0.269 37 G 0.058 0.026 0.034 0.013 0.279 0.076 0.515 38 S 0.082 0.022 0.017 0.017 0.119 0.043 0.700 39 L 0.048 0.009 0.241 0.175 0.125 0.268 0.135 40 Q 0.043 0.008 0.347 0.116 0.124 0.239 0.123 41 E 0.028 0.008 0.341 0.075 0.135 0.321 0.094 42 D 0.034 0.006 0.090 0.036 0.305 0.368 0.161 43 S 0.099 0.006 0.015 0.008 0.372 0.223 0.278 44 Q 0.404 0.010 0.004 0.001 0.104 0.030 0.447 45 V 0.799 0.016 0.001 0.001 0.016 0.002 0.165 46 T 0.917 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.071 47 V 0.961 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.031 48 A 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 49 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 50 V 0.980 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 51 L 0.880 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.103 52 E 0.587 0.012 0.003 0.001 0.136 0.017 0.245 53 N 0.178 0.022 0.022 0.015 0.328 0.090 0.344 54 R 0.039 0.011 0.046 0.039 0.310 0.261 0.294 55 S 0.053 0.016 0.069 0.066 0.156 0.232 0.408 56 S 0.029 0.005 0.235 0.240 0.115 0.251 0.125 57 S 0.049 0.005 0.184 0.320 0.099 0.223 0.120 58 I 0.092 0.027 0.173 0.317 0.103 0.137 0.151 59 L 0.214 0.014 0.053 0.313 0.079 0.089 0.238 60 K 0.205 0.004 0.053 0.360 0.114 0.136 0.127 61 G 0.247 0.009 0.052 0.418 0.051 0.144 0.079 62 M 0.347 0.010 0.020 0.368 0.050 0.040 0.165 63 E 0.459 0.013 0.006 0.278 0.032 0.020 0.192 64 L 0.277 0.007 0.015 0.430 0.036 0.037 0.200 65 S 0.254 0.008 0.016 0.401 0.090 0.050 0.181 66 V 0.171 0.004 0.023 0.634 0.054 0.027 0.087 67 L 0.115 0.008 0.019 0.732 0.033 0.023 0.070 68 D 0.098 0.005 0.019 0.735 0.038 0.036 0.070 69 S 0.100 0.005 0.024 0.696 0.039 0.061 0.075 70 L 0.042 0.004 0.021 0.760 0.040 0.092 0.041 71 N 0.056 0.003 0.032 0.628 0.045 0.157 0.080 72 A 0.055 0.005 0.038 0.613 0.050 0.102 0.136 73 R 0.116 0.014 0.053 0.590 0.048 0.083 0.096 74 M 0.152 0.008 0.059 0.494 0.067 0.104 0.115 75 A 0.119 0.033 0.055 0.457 0.082 0.132 0.123 76 R 0.095 0.028 0.027 0.110 0.199 0.062 0.479 77 P 0.048 0.012 0.046 0.034 0.134 0.183 0.544 78 Q 0.009 0.006 0.039 0.015 0.121 0.733 0.077 79 G 0.006 0.004 0.053 0.006 0.213 0.599 0.118 80 S 0.030 0.023 0.032 0.007 0.261 0.065 0.582 81 S 0.082 0.096 0.100 0.025 0.184 0.159 0.354 82 V 0.079 0.046 0.149 0.021 0.128 0.203 0.373 83 H 0.075 0.062 0.126 0.020 0.221 0.160 0.336 84 D 0.081 0.020 0.063 0.029 0.292 0.189 0.325 85 G 0.114 0.022 0.038 0.020 0.163 0.203 0.440 86 V 0.202 0.064 0.015 0.016 0.134 0.028 0.542 87 P 0.259 0.057 0.010 0.012 0.101 0.017 0.543 88 V 0.173 0.075 0.018 0.023 0.060 0.015 0.637 89 P 0.153 0.036 0.070 0.024 0.052 0.043 0.620 90 F 0.172 0.016 0.110 0.026 0.110 0.146 0.420 91 Q 0.127 0.073 0.094 0.023 0.189 0.138 0.357 92 L 0.043 0.097 0.017 0.009 0.344 0.023 0.466 93 P 0.009 0.013 0.009 0.001 0.079 0.021 0.868 94 P 0.003 0.005 0.032 0.003 0.218 0.642 0.098 95 G 0.003 0.004 0.032 0.001 0.138 0.750 0.072 96 V 0.013 0.036 0.071 0.005 0.199 0.128 0.548 97 S 0.029 0.082 0.052 0.004 0.237 0.071 0.526 98 N 0.069 0.019 0.091 0.009 0.336 0.211 0.265 99 E 0.194 0.032 0.105 0.015 0.146 0.281 0.227 100 A 0.287 0.065 0.033 0.009 0.073 0.040 0.493 101 Q 0.496 0.012 0.011 0.006 0.118 0.028 0.329 102 Y 0.752 0.010 0.007 0.016 0.070 0.013 0.131 103 V 0.947 0.003 0.001 0.003 0.004 0.002 0.041 104 F 0.948 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.045 105 T 0.975 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.017 106 I 0.945 0.003 0.001 0.010 0.003 0.001 0.038 107 Q 0.896 0.002 0.002 0.036 0.020 0.002 0.042 108 S 0.795 0.004 0.005 0.122 0.009 0.005 0.060 109 I 0.686 0.003 0.010 0.207 0.020 0.017 0.056 110 V 0.548 0.004 0.016 0.328 0.028 0.027 0.049 111 M 0.235 0.003 0.043 0.514 0.043 0.070 0.092 112 A 0.106 0.009 0.078 0.535 0.062 0.112 0.098 113 Q 0.170 0.004 0.106 0.338 0.110 0.184 0.089 114 K 0.134 0.008 0.085 0.324 0.084 0.286 0.078 115 L 0.257 0.042 0.031 0.118 0.160 0.132 0.261 116 K 0.275 0.008 0.020 0.074 0.176 0.174 0.273 117 G 0.504 0.007 0.017 0.052 0.165 0.072 0.183 118 T 0.791 0.008 0.010 0.023 0.030 0.017 0.121 119 L 0.900 0.004 0.007 0.013 0.015 0.007 0.054 120 S 0.936 0.002 0.002 0.006 0.013 0.003 0.038 121 F 0.896 0.003 0.003 0.007 0.010 0.004 0.078 122 I 0.896 0.006 0.002 0.007 0.011 0.005 0.073 123 A 0.686 0.009 0.005 0.012 0.046 0.014 0.228 124 K 0.463 0.018 0.012 0.017 0.174 0.039 0.278 125 N 0.179 0.030 0.019 0.021 0.140 0.048 0.563 126 D 0.041 0.012 0.062 0.035 0.151 0.231 0.469 127 E 0.012 0.004 0.049 0.035 0.143 0.669 0.087 128 G 0.008 0.005 0.053 0.034 0.256 0.525 0.119 129 A 0.015 0.012 0.024 0.044 0.333 0.096 0.475 130 T 0.034 0.032 0.040 0.078 0.209 0.134 0.472 131 H 0.064 0.013 0.096 0.186 0.171 0.201 0.269 132 E 0.078 0.013 0.174 0.300 0.103 0.152 0.181 133 K 0.109 0.024 0.169 0.362 0.091 0.105 0.140 134 L 0.211 0.018 0.106 0.273 0.068 0.066 0.258 135 D 0.254 0.012 0.087 0.209 0.102 0.091 0.245 136 F 0.445 0.013 0.053 0.167 0.084 0.070 0.167 137 R 0.516 0.019 0.037 0.123 0.048 0.077 0.181 138 L 0.460 0.021 0.026 0.085 0.091 0.050 0.267 139 H 0.474 0.014 0.017 0.024 0.110 0.052 0.309 140 F 0.479 0.024 0.010 0.014 0.137 0.023 0.313 141 S 0.478 0.024 0.009 0.008 0.086 0.024 0.371 142 C 0.566 0.018 0.021 0.015 0.066 0.043 0.271 143 S 0.584 0.008 0.023 0.013 0.174 0.050 0.148 144 S 0.839 0.011 0.010 0.008 0.033 0.020 0.079 145 Y 0.889 0.007 0.005 0.007 0.014 0.013 0.064 146 L 0.877 0.019 0.003 0.004 0.016 0.012 0.069 147 I 0.636 0.016 0.002 0.002 0.058 0.016 0.269 148 T 0.159 0.017 0.003 0.001 0.312 0.030 0.478 149 T 0.074 0.018 0.009 0.006 0.444 0.046 0.403 150 P 0.045 0.016 0.029 0.015 0.195 0.121 0.580 151 C 0.054 0.031 0.033 0.025 0.121 0.069 0.666 152 Y 0.062 0.038 0.049 0.080 0.142 0.090 0.538 153 S 0.024 0.014 0.059 0.301 0.202 0.108 0.291 154 D 0.022 0.014 0.068 0.575 0.077 0.070 0.173 155 A 0.020 0.005 0.045 0.729 0.052 0.077 0.072 156 F 0.031 0.004 0.043 0.815 0.018 0.047 0.042 157 A 0.025 0.003 0.075 0.809 0.021 0.033 0.033 158 K 0.040 0.001 0.063 0.804 0.019 0.051 0.022 159 L 0.043 0.005 0.103 0.740 0.016 0.060 0.031 160 L 0.072 0.015 0.075 0.621 0.063 0.097 0.057 161 E 0.083 0.009 0.056 0.427 0.061 0.250 0.114 162 S 0.046 0.010 0.039 0.134 0.245 0.265 0.261 163 G 0.028 0.012 0.025 0.030 0.287 0.403 0.214 164 D 0.049 0.014 0.030 0.008 0.209 0.165 0.525 165 L 0.198 0.046 0.065 0.018 0.195 0.134 0.345 166 S 0.237 0.029 0.043 0.014 0.164 0.118 0.395 167 M 0.131 0.015 0.193 0.037 0.182 0.213 0.229 168 S 0.255 0.015 0.084 0.020 0.207 0.186 0.233 169 S 0.482 0.011 0.042 0.011 0.124 0.045 0.285 170 I 0.778 0.016 0.006 0.008 0.030 0.011 0.151 171 K 0.827 0.024 0.004 0.004 0.014 0.010 0.117 172 V 0.798 0.016 0.015 0.004 0.020 0.021 0.127 173 D 0.107 0.007 0.062 0.013 0.104 0.665 0.042 174 G 0.101 0.002 0.044 0.008 0.164 0.611 0.069 175 I 0.829 0.003 0.003 0.004 0.022 0.013 0.126 176 R 0.952 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 177 M 0.943 0.009 0.001 0.002 0.006 0.001 0.039 178 S 0.862 0.011 0.001 0.005 0.011 0.002 0.109 179 F 0.191 0.004 0.056 0.584 0.038 0.029 0.099 180 Q 0.029 0.001 0.041 0.844 0.031 0.020 0.035 181 N 0.017 0.001 0.025 0.911 0.012 0.018 0.017 182 L 0.009 0.001 0.010 0.952 0.004 0.012 0.011 183 L 0.011 0.001 0.006 0.944 0.006 0.021 0.011 184 A 0.008 0.001 0.007 0.946 0.009 0.019 0.010 185 K 0.017 0.001 0.008 0.930 0.014 0.019 0.011 186 I 0.027 0.004 0.014 0.897 0.011 0.028 0.018 187 C 0.052 0.005 0.019 0.804 0.021 0.070 0.029 188 F 0.052 0.003 0.041 0.639 0.036 0.184 0.046 189 H 0.053 0.002 0.033 0.473 0.093 0.262 0.083 190 H 0.061 0.008 0.027 0.254 0.167 0.335 0.149 191 H 0.104 0.008 0.009 0.056 0.242 0.216 0.364 192 F 0.323 0.022 0.009 0.036 0.101 0.037 0.472 193 S 0.554 0.013 0.005 0.020 0.044 0.011 0.353 194 V 0.548 0.009 0.022 0.056 0.058 0.041 0.267 195 V 0.628 0.023 0.020 0.067 0.058 0.046 0.158 196 E 0.507 0.015 0.027 0.060 0.063 0.058 0.269 197 R 0.426 0.018 0.025 0.064 0.105 0.095 0.266 198 V 0.281 0.016 0.019 0.070 0.208 0.056 0.350 199 D 0.136 0.011 0.053 0.130 0.250 0.177 0.242 200 S 0.085 0.010 0.084 0.303 0.140 0.248 0.131 201 C 0.137 0.028 0.082 0.335 0.054 0.203 0.160 202 A 0.200 0.015 0.080 0.311 0.081 0.158 0.156 203 S 0.323 0.012 0.096 0.189 0.084 0.156 0.140 204 M 0.178 0.013 0.143 0.235 0.095 0.202 0.135 205 Y 0.314 0.015 0.088 0.161 0.106 0.161 0.153 206 S 0.321 0.011 0.072 0.138 0.110 0.130 0.218 207 R 0.485 0.026 0.037 0.099 0.101 0.060 0.193 208 S 0.417 0.029 0.042 0.101 0.070 0.089 0.252 209 I 0.240 0.025 0.049 0.048 0.160 0.266 0.212 210 Q 0.018 0.002 0.016 0.013 0.138 0.779 0.034 211 G 0.022 0.002 0.013 0.004 0.214 0.656 0.088 212 H 0.218 0.009 0.011 0.007 0.188 0.063 0.505 213 H 0.625 0.040 0.005 0.002 0.065 0.022 0.240 214 V 0.829 0.011 0.006 0.002 0.019 0.005 0.127 215 C 0.921 0.004 0.008 0.002 0.008 0.005 0.051 216 L 0.943 0.002 0.006 0.003 0.006 0.006 0.034 217 L 0.942 0.002 0.005 0.003 0.009 0.006 0.033 218 V 0.932 0.007 0.003 0.004 0.008 0.003 0.044 219 K 0.883 0.011 0.003 0.003 0.015 0.005 0.080 220 K 0.620 0.012 0.013 0.007 0.083 0.066 0.199 221 G 0.249 0.015 0.024 0.006 0.171 0.253 0.282 222 E 0.117 0.019 0.057 0.007 0.333 0.201 0.266 223 N 0.091 0.005 0.033 0.005 0.493 0.213 0.160 224 S 0.334 0.017 0.023 0.003 0.191 0.145 0.288 225 V 0.750 0.019 0.002 0.001 0.028 0.006 0.195 226 S 0.868 0.025 0.001 0.001 0.011 0.009 0.086 227 V 0.787 0.048 0.002 0.001 0.015 0.012 0.137 228 D 0.263 0.024 0.009 0.003 0.209 0.192 0.300 229 G 0.051 0.009 0.018 0.004 0.441 0.351 0.127 230 K 0.088 0.067 0.042 0.009 0.201 0.230 0.363 231 C 0.060 0.109 0.036 0.009 0.224 0.178 0.384 232 S 0.018 0.047 0.015 0.007 0.537 0.072 0.303 233 D 0.007 0.015 0.018 0.052 0.393 0.068 0.446 234 S 0.001 0.002 0.096 0.731 0.028 0.118 0.024 235 T 0.001 0.004 0.084 0.780 0.025 0.088 0.018 236 L 0.001 0.003 0.069 0.866 0.012 0.030 0.019 237 L 0.001 0.001 0.015 0.949 0.004 0.014 0.015 238 S 0.001 0.001 0.012 0.947 0.006 0.026 0.008 239 N 0.001 0.001 0.013 0.950 0.004 0.026 0.005 240 L 0.001 0.001 0.010 0.961 0.005 0.018 0.005 241 L 0.001 0.001 0.007 0.971 0.004 0.014 0.004 242 E 0.001 0.001 0.004 0.957 0.003 0.032 0.003 243 E 0.001 0.001 0.005 0.929 0.003 0.058 0.006 244 M 0.001 0.002 0.004 0.946 0.006 0.026 0.015 245 K 0.003 0.001 0.010 0.946 0.007 0.022 0.012 246 A 0.005 0.001 0.013 0.933 0.014 0.023 0.011 247 T 0.007 0.001 0.022 0.920 0.011 0.026 0.012 248 L 0.022 0.004 0.023 0.848 0.021 0.058 0.024 249 A 0.034 0.002 0.032 0.596 0.035 0.243 0.059 250 K 0.028 0.007 0.028 0.312 0.004 0.379 0.242 251 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997