# TARGET T0133 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0133.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.008 0.028 0.045 0.264 0.613 2 N 0.074 0.026 0.050 0.063 0.309 0.478 3 S 0.078 0.039 0.057 0.071 0.410 0.344 4 I 0.092 0.023 0.100 0.081 0.532 0.173 5 K 0.106 0.010 0.063 0.071 0.544 0.206 6 N 0.184 0.024 0.032 0.037 0.473 0.249 7 V 0.241 0.063 0.013 0.024 0.328 0.330 8 P 0.261 0.017 0.016 0.026 0.221 0.459 9 A 0.357 0.015 0.123 0.064 0.215 0.225 10 R 0.514 0.013 0.102 0.065 0.153 0.153 11 V 0.573 0.017 0.092 0.068 0.128 0.122 12 L 0.499 0.011 0.038 0.071 0.135 0.246 13 S 0.424 0.020 0.020 0.061 0.166 0.310 14 R 0.252 0.042 0.014 0.053 0.205 0.433 15 R 0.091 0.034 0.010 0.021 0.686 0.158 16 P 0.033 0.006 0.009 0.017 0.791 0.144 17 G 0.018 0.004 0.007 0.015 0.816 0.140 18 H 0.092 0.072 0.010 0.041 0.621 0.164 19 S 0.180 0.065 0.012 0.129 0.186 0.428 20 L 0.138 0.024 0.043 0.397 0.147 0.250 21 E 0.077 0.007 0.077 0.582 0.133 0.125 22 A 0.038 0.005 0.061 0.670 0.116 0.109 23 E 0.039 0.005 0.047 0.646 0.121 0.142 24 R 0.024 0.004 0.033 0.794 0.072 0.073 25 E 0.021 0.003 0.029 0.795 0.085 0.067 26 Q 0.011 0.002 0.026 0.827 0.067 0.067 27 F 0.012 0.006 0.019 0.745 0.085 0.134 28 D 0.005 0.002 0.012 0.858 0.059 0.063 29 K 0.001 0.001 0.006 0.949 0.023 0.020 30 T 0.001 0.001 0.005 0.925 0.025 0.043 31 Q 0.001 0.001 0.001 0.978 0.005 0.014 32 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.004 33 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 34 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.002 35 I 0.001 0.001 0.003 0.986 0.008 0.002 36 S 0.001 0.001 0.015 0.968 0.013 0.003 37 K 0.001 0.001 0.031 0.942 0.019 0.008 38 A 0.001 0.001 0.016 0.904 0.038 0.040 39 I 0.008 0.028 0.022 0.426 0.130 0.387 40 N 0.018 0.011 0.010 0.046 0.183 0.732 41 S 0.025 0.004 0.370 0.044 0.296 0.262 42 Q 0.045 0.018 0.486 0.025 0.284 0.140 43 E 0.055 0.010 0.483 0.046 0.248 0.158 44 A 0.081 0.025 0.077 0.044 0.303 0.470 45 P 0.040 0.021 0.034 0.046 0.235 0.624 46 V 0.031 0.031 0.041 0.084 0.209 0.605 47 K 0.023 0.016 0.051 0.130 0.205 0.575 48 E 0.041 0.028 0.112 0.150 0.380 0.289 49 K 0.084 0.010 0.090 0.158 0.407 0.252 50 H 0.168 0.029 0.085 0.150 0.389 0.179 51 A 0.316 0.022 0.065 0.149 0.334 0.114 52 R 0.523 0.009 0.060 0.101 0.186 0.122 53 R 0.722 0.006 0.048 0.068 0.081 0.075 54 I 0.886 0.004 0.015 0.043 0.028 0.025 55 I 0.932 0.003 0.003 0.034 0.012 0.016 56 L 0.921 0.001 0.002 0.031 0.014 0.030 57 G 0.851 0.005 0.002 0.043 0.027 0.073 58 T 0.631 0.012 0.005 0.062 0.126 0.163 59 H 0.319 0.010 0.015 0.088 0.333 0.235 60 H 0.107 0.012 0.031 0.106 0.541 0.204 61 E 0.059 0.007 0.052 0.271 0.495 0.117 62 K 0.034 0.004 0.043 0.516 0.302 0.101 63 G 0.042 0.007 0.037 0.636 0.192 0.085 64 A 0.058 0.003 0.030 0.754 0.099 0.056 65 F 0.086 0.004 0.017 0.811 0.040 0.042 66 T 0.120 0.005 0.016 0.824 0.019 0.017 67 F 0.132 0.003 0.010 0.817 0.016 0.021 68 W 0.156 0.001 0.014 0.783 0.022 0.023 69 S 0.116 0.002 0.030 0.777 0.039 0.036 70 Y 0.064 0.002 0.040 0.814 0.045 0.034 71 A 0.068 0.002 0.058 0.716 0.091 0.065 72 I 0.101 0.006 0.059 0.595 0.139 0.100 73 G 0.086 0.013 0.055 0.405 0.244 0.196 74 L 0.056 0.011 0.031 0.136 0.351 0.415 75 P 0.045 0.015 0.048 0.067 0.477 0.348 76 L 0.018 0.009 0.102 0.055 0.718 0.099 77 P 0.012 0.005 0.104 0.081 0.692 0.106 78 S 0.017 0.007 0.055 0.147 0.582 0.193 79 S 0.034 0.004 0.007 0.203 0.423 0.329 80 S 0.038 0.006 0.004 0.558 0.094 0.300 81 I 0.091 0.015 0.002 0.822 0.018 0.052 82 L 0.040 0.001 0.001 0.945 0.003 0.010 83 S 0.007 0.001 0.001 0.989 0.001 0.002 84 W 0.004 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 85 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 86 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 87 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 88 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 90 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 91 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 92 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 93 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 94 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.002 95 R 0.001 0.001 0.010 0.958 0.021 0.010 96 D 0.001 0.001 0.007 0.869 0.062 0.060 97 G 0.001 0.005 0.004 0.259 0.140 0.590 98 H 0.002 0.010 0.010 0.092 0.351 0.534 99 P 0.003 0.004 0.085 0.433 0.343 0.131 100 N 0.003 0.004 0.167 0.416 0.343 0.067 101 V 0.003 0.005 0.163 0.593 0.209 0.027 102 L 0.008 0.005 0.107 0.666 0.153 0.061 103 H 0.003 0.003 0.140 0.710 0.122 0.022 104 D 0.003 0.001 0.110 0.751 0.118 0.017 105 C 0.005 0.002 0.075 0.775 0.108 0.035 106 Q 0.009 0.003 0.075 0.754 0.117 0.041 107 R 0.020 0.004 0.064 0.618 0.168 0.126 108 Y 0.044 0.007 0.041 0.502 0.209 0.197 109 R 0.036 0.003 0.036 0.616 0.194 0.116 110 S 0.033 0.002 0.036 0.513 0.219 0.195 111 N 0.112 0.007 0.049 0.603 0.113 0.115 112 I 0.294 0.010 0.040 0.536 0.052 0.067 113 R 0.349 0.007 0.032 0.515 0.034 0.065 114 E 0.377 0.006 0.036 0.477 0.030 0.073 115 I 0.218 0.005 0.062 0.602 0.040 0.073 116 G 0.179 0.004 0.117 0.543 0.075 0.082 117 D 0.120 0.004 0.127 0.516 0.122 0.111 118 L 0.139 0.023 0.074 0.398 0.194 0.173 119 W 0.102 0.019 0.053 0.251 0.352 0.224 120 G 0.042 0.006 0.046 0.157 0.479 0.271 121 H 0.025 0.012 0.059 0.108 0.534 0.262 122 L 0.018 0.018 0.063 0.112 0.538 0.250 123 R 0.009 0.008 0.100 0.147 0.557 0.179 124 D 0.006 0.006 0.087 0.175 0.564 0.161 125 Q 0.006 0.010 0.067 0.204 0.469 0.244 126 Y 0.009 0.014 0.048 0.494 0.238 0.198 127 G 0.012 0.004 0.023 0.656 0.137 0.168 128 H 0.009 0.004 0.032 0.827 0.059 0.069 129 L 0.009 0.005 0.036 0.913 0.017 0.020 130 V 0.007 0.001 0.020 0.952 0.010 0.010 131 N 0.004 0.001 0.016 0.961 0.009 0.010 132 I 0.002 0.001 0.011 0.977 0.005 0.006 133 Y 0.001 0.001 0.006 0.984 0.004 0.006 134 T 0.001 0.001 0.007 0.982 0.004 0.005 135 K 0.001 0.001 0.006 0.974 0.009 0.010 136 L 0.001 0.001 0.005 0.968 0.008 0.017 137 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.004 0.006 138 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 139 T 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.004 140 K 0.002 0.001 0.006 0.974 0.009 0.008 141 I 0.004 0.001 0.010 0.958 0.015 0.012 142 S 0.009 0.002 0.014 0.932 0.027 0.017 143 F 0.009 0.002 0.025 0.891 0.042 0.031 144 H 0.019 0.004 0.061 0.764 0.095 0.057 145 L 0.026 0.012 0.061 0.620 0.178 0.103 146 K 0.011 0.018 0.067 0.395 0.296 0.214 147 H 0.004 0.014 0.037 0.054 0.762 0.128 148 P 0.003 0.004 0.101 0.023 0.782 0.088 149 Q 0.003 0.006 0.121 0.018 0.807 0.047 150 F 0.008 0.020 0.078 0.015 0.837 0.042 151 P 0.024 0.022 0.041 0.025 0.658 0.229 152 A 0.022 0.018 0.047 0.024 0.589 0.301 153 G 0.038 0.033 0.040 0.022 0.626 0.242 154 L 0.055 0.034 0.051 0.043 0.473 0.343 155 E 0.120 0.038 0.044 0.047 0.394 0.358 156 V 0.147 0.044 0.084 0.126 0.330 0.269 157 T 0.136 0.022 0.057 0.122 0.261 0.402 158 D 0.076 0.009 0.240 0.312 0.222 0.141 159 E 0.079 0.012 0.170 0.481 0.137 0.122 160 V 0.083 0.013 0.105 0.519 0.119 0.160 161 L 0.067 0.011 0.057 0.581 0.119 0.164 162 E 0.073 0.009 0.057 0.528 0.146 0.187 163 K 0.072 0.005 0.094 0.576 0.143 0.110 164 A 0.076 0.007 0.101 0.473 0.198 0.145 165 A 0.114 0.017 0.086 0.289 0.277 0.218 166 G 0.143 0.008 0.042 0.114 0.398 0.294 167 T 0.151 0.026 0.035 0.046 0.357 0.385 168 D 0.110 0.028 0.024 0.031 0.566 0.241 169 V 0.018 0.003 0.113 0.167 0.637 0.062 170 N 0.014 0.002 0.112 0.242 0.574 0.056 171 N 0.058 0.009 0.103 0.285 0.496 0.049 172 I 0.256 0.011 0.046 0.262 0.240 0.185 173 F 0.603 0.014 0.020 0.154 0.069 0.139 174 Q 0.823 0.008 0.017 0.064 0.032 0.055 175 L 0.825 0.005 0.013 0.061 0.028 0.068 176 T 0.852 0.008 0.010 0.056 0.023 0.051 177 V 0.774 0.005 0.015 0.077 0.042 0.086 178 E 0.668 0.013 0.011 0.065 0.066 0.177 179 M 0.218 0.007 0.080 0.504 0.108 0.082 180 F 0.054 0.003 0.103 0.660 0.130 0.049 181 D 0.030 0.003 0.128 0.664 0.134 0.041 182 Y 0.015 0.004 0.073 0.778 0.094 0.035 183 M 0.007 0.001 0.015 0.852 0.066 0.060 184 D 0.004 0.002 0.011 0.853 0.064 0.066 185 C 0.003 0.002 0.007 0.771 0.058 0.160 186 E 0.001 0.001 0.005 0.852 0.035 0.107 187 L 0.001 0.001 0.006 0.857 0.035 0.101 188 K 0.001 0.001 0.013 0.938 0.024 0.024 189 L 0.001 0.001 0.008 0.973 0.011 0.008 190 S 0.001 0.001 0.004 0.974 0.012 0.010 191 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.006 0.006 192 S 0.001 0.001 0.002 0.983 0.009 0.006 193 V 0.001 0.001 0.002 0.985 0.008 0.004 194 F 0.001 0.001 0.018 0.946 0.023 0.011 195 R 0.001 0.001 0.024 0.934 0.029 0.012 196 Q 0.001 0.001 0.022 0.924 0.031 0.021 197 L 0.004 0.003 0.021 0.878 0.051 0.043 198 N 0.012 0.005 0.041 0.706 0.116 0.120 199 T 0.023 0.003 0.044 0.500 0.211 0.219 200 A 0.056 0.010 0.040 0.270 0.307 0.318 201 I 0.109 0.026 0.034 0.153 0.297 0.381 202 A 0.104 0.015 0.054 0.133 0.344 0.349 203 V 0.085 0.018 0.084 0.093 0.380 0.340 204 S 0.091 0.011 0.108 0.090 0.450 0.250 205 Q 0.100 0.011 0.097 0.067 0.495 0.230 206 M 0.143 0.027 0.044 0.049 0.532 0.204 207 S 0.059 0.016 0.042 0.115 0.664 0.105 208 S 0.025 0.006 0.060 0.208 0.637 0.063 209 G 0.031 0.002 0.035 0.214 0.627 0.091 210 Q 0.150 0.015 0.032 0.490 0.237 0.075 211 C 0.447 0.028 0.015 0.342 0.065 0.103 212 R 0.595 0.036 0.018 0.234 0.033 0.084 213 L 0.258 0.007 0.092 0.407 0.058 0.177 214 A 0.045 0.005 0.113 0.691 0.034 0.112 215 P 0.005 0.001 0.075 0.883 0.012 0.024 216 L 0.002 0.001 0.036 0.941 0.006 0.014 217 I 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 218 Q 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 219 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 220 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 221 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 222 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 223 C 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.007 224 S 0.001 0.001 0.001 0.971 0.005 0.024 225 H 0.001 0.001 0.001 0.913 0.010 0.075 226 L 0.001 0.001 0.002 0.975 0.005 0.018 227 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 228 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 229 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 230 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 231 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 232 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 233 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 234 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 235 F 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.005 236 K 0.002 0.001 0.007 0.956 0.017 0.018 237 L 0.005 0.005 0.015 0.893 0.039 0.043 238 H 0.014 0.009 0.046 0.687 0.161 0.083 239 S 0.015 0.003 0.062 0.521 0.271 0.127 240 C 0.016 0.008 0.056 0.342 0.320 0.258 241 L 0.016 0.019 0.014 0.160 0.342 0.449 242 P 0.005 0.003 0.008 0.136 0.186 0.661 243 A 0.001 0.001 0.116 0.698 0.123 0.060 244 D 0.001 0.001 0.137 0.709 0.110 0.041 245 T 0.001 0.001 0.122 0.800 0.051 0.024 246 L 0.002 0.001 0.030 0.902 0.026 0.040 247 Q 0.002 0.001 0.022 0.919 0.028 0.029 248 G 0.001 0.001 0.035 0.908 0.030 0.025 249 H 0.002 0.001 0.034 0.906 0.031 0.025 250 R 0.001 0.001 0.035 0.917 0.030 0.016 251 D 0.001 0.001 0.028 0.904 0.036 0.030 252 R 0.001 0.001 0.024 0.914 0.029 0.031 253 F 0.001 0.001 0.010 0.939 0.022 0.027 254 H 0.001 0.001 0.006 0.934 0.026 0.033 255 E 0.001 0.001 0.008 0.939 0.025 0.027 256 Q 0.001 0.001 0.008 0.951 0.023 0.017 257 F 0.001 0.001 0.006 0.966 0.015 0.012 258 H 0.001 0.001 0.007 0.946 0.023 0.023 259 S 0.001 0.001 0.008 0.952 0.017 0.022 260 L 0.001 0.001 0.008 0.967 0.010 0.014 261 R 0.001 0.001 0.014 0.963 0.013 0.010 262 N 0.001 0.001 0.020 0.956 0.016 0.008 263 F 0.001 0.001 0.016 0.950 0.021 0.012 264 F 0.001 0.001 0.017 0.929 0.037 0.015 265 R 0.002 0.001 0.030 0.846 0.082 0.038 266 R 0.002 0.001 0.022 0.707 0.155 0.114 267 A 0.002 0.002 0.022 0.659 0.178 0.136 268 S 0.002 0.003 0.012 0.376 0.298 0.309 269 D 0.002 0.001 0.022 0.733 0.123 0.120 270 M 0.010 0.002 0.030 0.725 0.160 0.073 271 L 0.036 0.004 0.051 0.662 0.169 0.078 272 Y 0.139 0.018 0.081 0.568 0.119 0.075 273 F 0.200 0.010 0.111 0.462 0.131 0.085 274 K 0.152 0.002 0.189 0.429 0.142 0.086 275 R 0.145 0.003 0.153 0.416 0.138 0.144 276 L 0.278 0.013 0.060 0.292 0.177 0.180 277 I 0.280 0.019 0.038 0.166 0.190 0.308 278 Q 0.457 0.016 0.015 0.081 0.127 0.303 279 I 0.338 0.023 0.029 0.049 0.208 0.354 280 P 0.134 0.008 0.026 0.044 0.292 0.496 281 R 0.131 0.020 0.036 0.029 0.295 0.489 282 L 0.108 0.068 0.009 0.015 0.282 0.517 283 P 0.061 0.038 0.009 0.014 0.501 0.377 284 E 0.046 0.025 0.017 0.029 0.469 0.415 285 G 0.018 0.022 0.019 0.031 0.500 0.410 286 P 0.015 0.028 0.026 0.036 0.592 0.303 287 P 0.029 0.019 0.067 0.067 0.441 0.378 288 N 0.030 0.016 0.126 0.105 0.473 0.250 289 F 0.042 0.020 0.121 0.122 0.452 0.243 290 L 0.056 0.051 0.094 0.206 0.324 0.270 291 R 0.076 0.033 0.064 0.251 0.281 0.295 292 A 0.029 0.008 0.176 0.373 0.276 0.139 293 S 0.016 0.005 0.187 0.322 0.283 0.186 294 A 0.009 0.004 0.165 0.436 0.250 0.137 295 L 0.005 0.010 0.134 0.579 0.185 0.087 296 A 0.003 0.004 0.259 0.472 0.210 0.051 297 E 0.004 0.002 0.254 0.485 0.184 0.071 298 H 0.008 0.004 0.176 0.390 0.235 0.186 299 I 0.014 0.023 0.111 0.319 0.281 0.252 300 K 0.035 0.009 0.046 0.136 0.286 0.489 301 P 0.046 0.011 0.050 0.072 0.222 0.599 302 V 0.076 0.027 0.025 0.062 0.202 0.608 303 V 0.087 0.007 0.016 0.048 0.155 0.687 304 V 0.195 0.022 0.014 0.065 0.146 0.558 305 I 0.222 0.029 0.016 0.050 0.164 0.519 306 P 0.181 0.014 0.034 0.075 0.212 0.484 307 E 0.114 0.009 0.082 0.094 0.287 0.413 308 E 0.104 0.012 0.051 0.064 0.311 0.458 309 A 0.051 0.015 0.027 0.034 0.265 0.608 310 P 0.019 0.011 0.011 0.024 0.171 0.764 311 E 0.009 0.013 0.009 0.030 0.127 0.812 312 E 0.001 0.002 0.002 0.007 0.030 0.959