# TARGET T0132 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0132.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 94 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.008 0.010 0.030 0.164 0.759 2 S 0.054 0.027 0.035 0.056 0.268 0.560 3 A 0.065 0.022 0.036 0.046 0.277 0.555 4 N 0.078 0.038 0.024 0.039 0.278 0.542 5 F 0.076 0.038 0.010 0.019 0.248 0.608 6 T 0.083 0.027 0.010 0.012 0.315 0.552 7 D 0.079 0.014 0.094 0.030 0.437 0.347 8 K 0.143 0.013 0.121 0.024 0.414 0.286 9 N 0.357 0.029 0.095 0.026 0.266 0.227 10 G 0.369 0.039 0.028 0.023 0.157 0.384 11 R 0.242 0.046 0.017 0.020 0.154 0.521 12 Q 0.114 0.024 0.026 0.030 0.305 0.500 13 S 0.052 0.011 0.034 0.025 0.605 0.272 14 K 0.048 0.007 0.056 0.020 0.734 0.135 15 G 0.120 0.006 0.033 0.018 0.661 0.161 16 V 0.595 0.013 0.009 0.007 0.221 0.155 17 L 0.864 0.007 0.001 0.004 0.031 0.094 18 L 0.942 0.004 0.001 0.003 0.011 0.040 19 L 0.955 0.003 0.001 0.003 0.010 0.028 20 R 0.941 0.002 0.003 0.004 0.016 0.036 21 T 0.912 0.002 0.004 0.004 0.025 0.054 22 L 0.907 0.007 0.003 0.005 0.027 0.052 23 A 0.752 0.025 0.002 0.007 0.058 0.155 24 M 0.402 0.020 0.010 0.014 0.191 0.363 25 P 0.086 0.015 0.367 0.041 0.350 0.142 26 S 0.055 0.008 0.472 0.034 0.332 0.099 27 D 0.058 0.017 0.481 0.036 0.324 0.084 28 T 0.125 0.091 0.106 0.035 0.349 0.293 29 N 0.062 0.048 0.027 0.029 0.707 0.128 30 A 0.017 0.007 0.065 0.059 0.792 0.060 31 N 0.018 0.003 0.041 0.037 0.844 0.057 32 G 0.085 0.009 0.033 0.041 0.752 0.080 33 D 0.518 0.034 0.007 0.063 0.139 0.239 34 I 0.707 0.088 0.004 0.056 0.060 0.087 35 F 0.468 0.022 0.008 0.148 0.135 0.219 36 G 0.195 0.010 0.014 0.402 0.148 0.231 37 G 0.047 0.008 0.013 0.559 0.102 0.272 38 W 0.004 0.001 0.006 0.968 0.008 0.013 39 I 0.004 0.001 0.008 0.976 0.007 0.005 40 M 0.002 0.001 0.006 0.980 0.007 0.004 41 S 0.002 0.001 0.007 0.976 0.009 0.005 42 Q 0.001 0.001 0.007 0.982 0.007 0.004 43 M 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.004 44 D 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.007 45 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 46 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 47 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 52 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 53 E 0.002 0.001 0.004 0.968 0.015 0.010 54 I 0.008 0.008 0.008 0.829 0.107 0.040 55 A 0.020 0.013 0.011 0.124 0.615 0.217 56 H 0.008 0.002 0.009 0.015 0.806 0.160 57 G 0.052 0.011 0.009 0.008 0.773 0.148 58 R 0.343 0.013 0.005 0.004 0.296 0.339 59 V 0.855 0.005 0.001 0.001 0.038 0.099 60 V 0.960 0.002 0.001 0.001 0.008 0.029 61 T 0.982 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 62 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 63 A 0.930 0.003 0.001 0.001 0.020 0.046 64 V 0.757 0.005 0.009 0.003 0.154 0.072 65 E 0.285 0.002 0.032 0.007 0.497 0.175 66 S 0.489 0.008 0.018 0.005 0.344 0.136 67 M 0.832 0.024 0.006 0.002 0.091 0.045 68 N 0.903 0.003 0.002 0.001 0.042 0.050 69 F 0.920 0.002 0.003 0.001 0.043 0.031 70 I 0.841 0.006 0.003 0.001 0.072 0.077 71 K 0.847 0.005 0.002 0.001 0.053 0.092 72 P 0.827 0.006 0.003 0.001 0.054 0.109 73 I 0.715 0.022 0.002 0.001 0.070 0.190 74 S 0.504 0.026 0.004 0.002 0.399 0.066 75 V 0.151 0.011 0.006 0.001 0.768 0.062 76 G 0.060 0.001 0.002 0.001 0.878 0.059 77 D 0.561 0.009 0.001 0.001 0.371 0.057 78 V 0.948 0.005 0.001 0.001 0.010 0.037 79 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 80 C 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 81 C 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 82 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 83 G 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 84 Q 0.986 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 85 C 0.974 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 86 L 0.948 0.001 0.001 0.001 0.028 0.020 87 K 0.849 0.010 0.002 0.002 0.097 0.040 88 V 0.431 0.006 0.010 0.006 0.445 0.101 89 G 0.148 0.005 0.012 0.008 0.656 0.171 90 R 0.322 0.015 0.008 0.003 0.450 0.201 91 S 0.682 0.029 0.002 0.001 0.129 0.157 92 S 0.832 0.004 0.001 0.001 0.035 0.128 93 I 0.963 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 94 K 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 95 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 96 K 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 97 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 98 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 99 V 0.960 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 100 W 0.925 0.003 0.001 0.001 0.020 0.050 101 V 0.828 0.010 0.006 0.004 0.059 0.093 102 K 0.592 0.011 0.016 0.012 0.180 0.190 103 K 0.331 0.022 0.022 0.015 0.385 0.224 104 V 0.238 0.019 0.033 0.036 0.495 0.180 105 A 0.153 0.027 0.039 0.060 0.520 0.200 106 S 0.091 0.019 0.030 0.051 0.635 0.174 107 E 0.051 0.007 0.025 0.039 0.662 0.216 108 P 0.078 0.015 0.033 0.034 0.573 0.266 109 I 0.114 0.028 0.036 0.034 0.525 0.264 110 G 0.165 0.009 0.027 0.028 0.350 0.422 111 E 0.412 0.020 0.024 0.027 0.203 0.314 112 R 0.604 0.020 0.017 0.022 0.134 0.203 113 Y 0.740 0.009 0.009 0.013 0.081 0.148 114 C 0.785 0.008 0.005 0.009 0.063 0.131 115 V 0.815 0.009 0.004 0.005 0.056 0.110 116 T 0.820 0.007 0.005 0.005 0.061 0.102 117 D 0.864 0.003 0.006 0.003 0.053 0.072 118 A 0.923 0.001 0.003 0.002 0.031 0.041 119 V 0.975 0.002 0.001 0.001 0.010 0.013 120 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 121 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 122 F 0.975 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 123 V 0.934 0.001 0.001 0.001 0.014 0.050 124 A 0.842 0.006 0.001 0.001 0.032 0.120 125 V 0.607 0.095 0.001 0.001 0.058 0.239 126 D 0.110 0.072 0.001 0.001 0.771 0.046 127 N 0.005 0.001 0.005 0.001 0.980 0.009 128 N 0.004 0.001 0.003 0.001 0.984 0.008 129 G 0.025 0.026 0.003 0.001 0.923 0.022 130 R 0.143 0.037 0.001 0.001 0.143 0.676 131 S 0.447 0.181 0.003 0.001 0.067 0.302 132 R 0.363 0.051 0.005 0.001 0.114 0.466 133 T 0.262 0.063 0.008 0.002 0.130 0.536 134 I 0.130 0.037 0.008 0.002 0.183 0.639 135 P 0.142 0.029 0.014 0.002 0.318 0.494 136 R 0.093 0.025 0.010 0.002 0.453 0.418 137 E 0.078 0.007 0.008 0.002 0.381 0.523 138 N 0.132 0.047 0.009 0.004 0.258 0.551 139 N 0.185 0.034 0.007 0.005 0.206 0.564 140 Q 0.146 0.039 0.007 0.010 0.162 0.635 141 E 0.042 0.014 0.002 0.009 0.122 0.811 142 L 0.015 0.003 0.002 0.049 0.119 0.812 143 E 0.001 0.001 0.010 0.917 0.032 0.039 144 K 0.001 0.001 0.007 0.944 0.029 0.018 145 A 0.001 0.001 0.009 0.956 0.026 0.007 146 L 0.002 0.001 0.005 0.948 0.026 0.018 147 A 0.002 0.001 0.007 0.921 0.042 0.027 148 L 0.001 0.001 0.007 0.907 0.042 0.042 149 I 0.002 0.001 0.011 0.870 0.067 0.049 150 S 0.002 0.001 0.015 0.894 0.060 0.029 151 E 0.002 0.001 0.030 0.836 0.071 0.060 152 Q 0.003 0.003 0.035 0.579 0.127 0.254 153 P 0.003 0.003 0.029 0.360 0.137 0.469 154 L 0.001 0.001 0.002 0.023 0.049 0.925