# TARGET T0132 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0132.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 94 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 S 0.093 0.039 0.013 0.048 0.005 0.038 0.764 3 A 0.124 0.021 0.024 0.039 0.184 0.076 0.532 4 N 0.154 0.020 0.032 0.042 0.157 0.096 0.498 5 F 0.126 0.030 0.011 0.021 0.190 0.030 0.591 6 T 0.081 0.015 0.010 0.013 0.113 0.040 0.728 7 D 0.086 0.017 0.061 0.042 0.206 0.221 0.366 8 K 0.116 0.014 0.079 0.045 0.211 0.213 0.321 9 N 0.235 0.040 0.088 0.040 0.148 0.085 0.364 10 G 0.366 0.040 0.031 0.032 0.098 0.048 0.385 11 R 0.336 0.057 0.020 0.019 0.115 0.063 0.391 12 Q 0.203 0.026 0.017 0.017 0.156 0.068 0.511 13 S 0.095 0.012 0.021 0.009 0.220 0.178 0.465 14 K 0.047 0.006 0.033 0.008 0.343 0.451 0.112 15 G 0.185 0.009 0.021 0.005 0.330 0.193 0.255 16 V 0.631 0.014 0.006 0.003 0.056 0.011 0.280 17 L 0.922 0.010 0.002 0.001 0.008 0.002 0.054 18 L 0.955 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.032 19 L 0.946 0.002 0.003 0.002 0.006 0.002 0.040 20 R 0.935 0.002 0.003 0.002 0.009 0.002 0.046 21 T 0.913 0.003 0.003 0.002 0.012 0.003 0.064 22 L 0.897 0.003 0.003 0.001 0.015 0.003 0.078 23 A 0.807 0.018 0.002 0.002 0.029 0.004 0.139 24 M 0.482 0.019 0.002 0.002 0.078 0.007 0.410 25 P 0.123 0.007 0.162 0.048 0.162 0.189 0.309 26 S 0.032 0.006 0.274 0.053 0.151 0.379 0.105 27 D 0.042 0.013 0.358 0.058 0.118 0.249 0.162 28 T 0.062 0.034 0.113 0.066 0.269 0.133 0.324 29 N 0.041 0.015 0.056 0.064 0.168 0.207 0.449 30 A 0.035 0.014 0.084 0.114 0.169 0.351 0.233 31 N 0.025 0.004 0.056 0.145 0.111 0.563 0.095 32 G 0.065 0.007 0.038 0.171 0.252 0.291 0.177 33 D 0.116 0.026 0.019 0.313 0.156 0.065 0.305 34 I 0.147 0.038 0.013 0.525 0.051 0.074 0.152 35 F 0.057 0.006 0.012 0.724 0.026 0.086 0.088 36 G 0.027 0.002 0.010 0.844 0.029 0.053 0.035 37 G 0.019 0.001 0.008 0.915 0.025 0.013 0.021 38 W 0.009 0.001 0.010 0.959 0.006 0.008 0.008 39 I 0.004 0.001 0.011 0.963 0.003 0.013 0.006 40 M 0.002 0.001 0.014 0.947 0.005 0.024 0.008 41 S 0.002 0.001 0.005 0.947 0.010 0.027 0.008 42 Q 0.001 0.001 0.002 0.954 0.009 0.022 0.012 43 M 0.001 0.001 0.001 0.963 0.010 0.010 0.015 44 D 0.001 0.001 0.001 0.976 0.006 0.010 0.008 45 M 0.001 0.001 0.001 0.986 0.004 0.007 0.003 46 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 47 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 52 K 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.013 0.001 53 E 0.001 0.001 0.002 0.932 0.003 0.061 0.002 54 I 0.001 0.001 0.004 0.796 0.011 0.180 0.009 55 A 0.003 0.004 0.008 0.378 0.113 0.368 0.127 56 H 0.006 0.003 0.014 0.054 0.296 0.345 0.282 57 G 0.032 0.004 0.010 0.020 0.568 0.126 0.241 58 R 0.143 0.006 0.007 0.008 0.274 0.065 0.496 59 V 0.605 0.012 0.004 0.004 0.077 0.013 0.287 60 V 0.942 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.041 61 T 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 62 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 63 A 0.964 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.025 64 V 0.883 0.003 0.008 0.002 0.026 0.030 0.048 65 E 0.617 0.005 0.027 0.004 0.139 0.130 0.078 66 S 0.660 0.006 0.020 0.003 0.105 0.071 0.135 67 M 0.883 0.010 0.002 0.001 0.012 0.008 0.084 68 N 0.950 0.006 0.001 0.001 0.010 0.003 0.029 69 F 0.942 0.004 0.002 0.001 0.009 0.006 0.035 70 I 0.876 0.004 0.004 0.002 0.020 0.009 0.085 71 K 0.719 0.002 0.004 0.002 0.087 0.008 0.178 72 P 0.756 0.003 0.003 0.001 0.042 0.009 0.187 73 I 0.745 0.012 0.001 0.001 0.018 0.003 0.219 74 S 0.620 0.014 0.002 0.001 0.018 0.005 0.340 75 V 0.266 0.008 0.047 0.003 0.131 0.365 0.181 76 G 0.036 0.004 0.041 0.001 0.177 0.715 0.026 77 D 0.151 0.006 0.039 0.001 0.235 0.167 0.402 78 V 0.773 0.005 0.001 0.001 0.024 0.013 0.184 79 V 0.961 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 80 C 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 81 C 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 82 Y 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 83 G 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 84 Q 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 85 C 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 86 L 0.922 0.004 0.001 0.001 0.014 0.003 0.056 87 K 0.800 0.008 0.003 0.001 0.030 0.022 0.136 88 V 0.363 0.005 0.010 0.002 0.215 0.247 0.158 89 G 0.155 0.005 0.005 0.001 0.404 0.270 0.160 90 R 0.094 0.006 0.009 0.001 0.502 0.240 0.149 91 S 0.297 0.013 0.007 0.001 0.276 0.064 0.342 92 S 0.823 0.006 0.001 0.001 0.036 0.008 0.126 93 I 0.968 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.023 94 K 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 95 I 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 96 K 0.985 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 97 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 98 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 99 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 100 W 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 101 V 0.837 0.002 0.002 0.001 0.025 0.008 0.124 102 K 0.450 0.010 0.011 0.006 0.228 0.040 0.256 103 K 0.260 0.022 0.021 0.010 0.153 0.050 0.484 104 V 0.204 0.014 0.065 0.024 0.169 0.275 0.248 105 A 0.156 0.020 0.054 0.035 0.208 0.322 0.205 106 S 0.126 0.019 0.046 0.023 0.323 0.122 0.341 107 E 0.055 0.008 0.054 0.046 0.278 0.306 0.252 108 P 0.057 0.011 0.056 0.037 0.205 0.440 0.195 109 I 0.083 0.009 0.044 0.044 0.212 0.310 0.297 110 G 0.146 0.008 0.019 0.036 0.218 0.192 0.381 111 E 0.390 0.017 0.020 0.065 0.137 0.054 0.318 112 R 0.638 0.025 0.010 0.039 0.051 0.016 0.221 113 Y 0.786 0.009 0.007 0.022 0.029 0.008 0.139 114 C 0.884 0.008 0.006 0.010 0.013 0.006 0.075 115 V 0.903 0.004 0.006 0.007 0.016 0.007 0.057 116 T 0.912 0.005 0.005 0.003 0.017 0.004 0.054 117 D 0.919 0.002 0.004 0.002 0.020 0.004 0.049 118 A 0.928 0.002 0.002 0.001 0.023 0.003 0.041 119 V 0.964 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.023 120 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 121 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 122 F 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 123 V 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 124 A 0.913 0.002 0.001 0.001 0.017 0.002 0.066 125 V 0.824 0.030 0.001 0.001 0.036 0.003 0.106 126 D 0.268 0.030 0.003 0.001 0.022 0.009 0.668 127 N 0.019 0.001 0.014 0.001 0.055 0.869 0.041 128 N 0.005 0.001 0.009 0.001 0.052 0.923 0.008 129 G 0.033 0.003 0.005 0.001 0.632 0.147 0.179 130 R 0.104 0.022 0.001 0.001 0.212 0.008 0.652 131 S 0.355 0.335 0.001 0.001 0.028 0.003 0.276 132 R 0.422 0.036 0.004 0.002 0.040 0.008 0.488 133 T 0.341 0.017 0.009 0.002 0.140 0.026 0.464 134 I 0.174 0.045 0.014 0.007 0.164 0.037 0.559 135 P 0.076 0.035 0.025 0.010 0.106 0.042 0.706 136 R 0.046 0.009 0.030 0.007 0.150 0.068 0.691 137 E 0.058 0.010 0.053 0.011 0.175 0.127 0.565 138 N 0.069 0.047 0.039 0.013 0.171 0.050 0.612 139 N 0.055 0.047 0.016 0.011 0.129 0.017 0.724 140 Q 0.039 0.024 0.016 0.011 0.072 0.069 0.770 141 E 0.010 0.012 0.006 0.009 0.185 0.046 0.733 142 L 0.003 0.008 0.001 0.025 0.140 0.007 0.816 143 E 0.001 0.001 0.013 0.925 0.013 0.026 0.022 144 K 0.001 0.001 0.014 0.927 0.009 0.033 0.016 145 A 0.001 0.001 0.007 0.966 0.006 0.010 0.011 146 L 0.001 0.001 0.001 0.982 0.005 0.004 0.006 147 A 0.002 0.001 0.001 0.975 0.004 0.009 0.009 148 L 0.001 0.001 0.003 0.965 0.003 0.019 0.008 149 I 0.003 0.001 0.004 0.934 0.008 0.037 0.012 150 S 0.004 0.001 0.008 0.891 0.011 0.072 0.014 151 E 0.004 0.001 0.013 0.766 0.024 0.154 0.037 152 Q 0.007 0.004 0.018 0.519 0.119 0.142 0.190 153 P 0.012 0.013 0.035 0.396 0.006 0.204 0.334 154 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.989