# TARGET T0132 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0132.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 94 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.156 0.124 0.062 0.031 0.217 0.022 0.033 0.098 0.087 0.103 0.068 2 S 0.100 0.226 0.115 0.026 0.246 0.014 0.022 0.088 0.075 0.052 0.037 3 A 0.114 0.208 0.070 0.012 0.262 0.011 0.028 0.124 0.084 0.050 0.037 4 N 0.134 0.124 0.055 0.015 0.213 0.013 0.048 0.124 0.075 0.144 0.053 5 F 0.047 0.288 0.174 0.059 0.170 0.035 0.052 0.068 0.037 0.051 0.018 6 T 0.094 0.276 0.201 0.038 0.223 0.009 0.010 0.038 0.025 0.046 0.040 7 D 0.061 0.140 0.050 0.021 0.131 0.030 0.058 0.187 0.187 0.099 0.035 8 K 0.069 0.202 0.111 0.021 0.188 0.014 0.035 0.127 0.097 0.096 0.041 9 N 0.190 0.102 0.025 0.009 0.219 0.015 0.041 0.113 0.096 0.120 0.069 10 G 0.069 0.289 0.131 0.023 0.218 0.020 0.036 0.083 0.047 0.053 0.029 11 R 0.124 0.236 0.109 0.020 0.238 0.013 0.018 0.060 0.044 0.083 0.057 12 Q 0.091 0.242 0.204 0.037 0.169 0.024 0.029 0.084 0.043 0.047 0.030 13 S 0.027 0.226 0.252 0.063 0.087 0.053 0.075 0.123 0.047 0.037 0.011 14 K 0.082 0.103 0.056 0.041 0.113 0.027 0.069 0.189 0.136 0.125 0.060 15 G 0.064 0.163 0.120 0.060 0.136 0.026 0.023 0.088 0.056 0.205 0.059 16 V 0.148 0.233 0.024 0.003 0.495 0.005 0.016 0.028 0.010 0.020 0.017 17 L 0.429 0.046 0.003 0.001 0.483 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.027 18 L 0.208 0.142 0.012 0.012 0.544 0.029 0.014 0.010 0.002 0.004 0.023 19 L 0.404 0.046 0.004 0.001 0.493 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.041 20 R 0.362 0.081 0.014 0.017 0.370 0.016 0.011 0.015 0.008 0.015 0.091 21 T 0.158 0.250 0.057 0.010 0.456 0.006 0.005 0.010 0.006 0.009 0.033 22 L 0.250 0.161 0.036 0.002 0.484 0.002 0.004 0.010 0.006 0.008 0.038 23 A 0.282 0.158 0.048 0.015 0.332 0.014 0.022 0.019 0.014 0.029 0.066 24 M 0.038 0.384 0.321 0.066 0.129 0.013 0.008 0.011 0.008 0.010 0.011 25 P 0.081 0.146 0.094 0.046 0.151 0.025 0.036 0.174 0.183 0.038 0.025 26 S 0.021 0.045 0.029 0.030 0.036 0.051 0.134 0.307 0.251 0.080 0.016 27 D 0.065 0.051 0.027 0.015 0.098 0.024 0.064 0.130 0.087 0.366 0.073 28 T 0.107 0.258 0.036 0.019 0.274 0.020 0.026 0.082 0.049 0.086 0.041 29 N 0.152 0.121 0.204 0.087 0.129 0.034 0.025 0.069 0.043 0.054 0.083 30 A 0.031 0.027 0.049 0.053 0.035 0.045 0.057 0.346 0.248 0.083 0.028 31 N 0.013 0.267 0.169 0.199 0.036 0.045 0.067 0.077 0.045 0.069 0.013 32 G 0.018 0.047 0.052 0.102 0.026 0.030 0.020 0.075 0.060 0.454 0.115 33 D 0.104 0.159 0.037 0.011 0.187 0.021 0.044 0.198 0.111 0.087 0.041 34 I 0.167 0.073 0.031 0.021 0.161 0.034 0.060 0.199 0.081 0.094 0.077 35 F 0.042 0.168 0.104 0.045 0.104 0.023 0.051 0.282 0.080 0.077 0.025 36 G 0.019 0.059 0.061 0.107 0.022 0.033 0.018 0.430 0.163 0.068 0.020 37 G 0.003 0.008 0.013 0.014 0.008 0.008 0.019 0.708 0.189 0.024 0.005 38 W 0.005 0.009 0.003 0.001 0.008 0.001 0.007 0.856 0.102 0.006 0.002 39 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.893 0.093 0.007 0.001 40 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.906 0.086 0.001 0.001 41 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.927 0.064 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.874 0.098 0.021 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.850 0.143 0.003 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.931 0.057 0.001 0.001 45 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.948 0.041 0.004 0.001 46 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.058 0.001 0.001 47 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.043 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.031 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.029 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.045 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.882 0.107 0.004 0.001 52 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.042 0.827 0.111 0.008 0.001 53 E 0.003 0.007 0.003 0.002 0.006 0.014 0.293 0.564 0.086 0.020 0.002 54 I 0.040 0.020 0.009 0.015 0.025 0.064 0.309 0.232 0.085 0.159 0.041 55 A 0.055 0.270 0.090 0.070 0.149 0.055 0.052 0.105 0.055 0.068 0.030 56 H 0.017 0.023 0.022 0.142 0.018 0.167 0.132 0.134 0.110 0.211 0.022 57 G 0.013 0.220 0.327 0.116 0.059 0.032 0.044 0.063 0.049 0.068 0.009 58 R 0.123 0.327 0.091 0.007 0.340 0.003 0.012 0.032 0.019 0.018 0.029 59 V 0.287 0.131 0.017 0.004 0.468 0.005 0.009 0.018 0.010 0.010 0.042 60 V 0.212 0.154 0.017 0.004 0.539 0.009 0.012 0.015 0.004 0.008 0.025 61 T 0.443 0.037 0.003 0.001 0.455 0.002 0.003 0.007 0.003 0.006 0.040 62 V 0.238 0.195 0.033 0.016 0.444 0.013 0.007 0.019 0.006 0.006 0.024 63 A 0.342 0.124 0.026 0.003 0.381 0.004 0.005 0.013 0.005 0.017 0.078 64 V 0.259 0.086 0.025 0.050 0.206 0.039 0.020 0.068 0.065 0.056 0.126 65 E 0.009 0.050 0.049 0.251 0.023 0.197 0.174 0.141 0.066 0.034 0.006 66 S 0.163 0.062 0.020 0.011 0.177 0.007 0.014 0.047 0.068 0.290 0.141 67 M 0.306 0.123 0.009 0.002 0.510 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.034 68 N 0.184 0.127 0.037 0.018 0.461 0.026 0.036 0.022 0.011 0.030 0.047 69 F 0.292 0.160 0.055 0.014 0.349 0.002 0.003 0.014 0.011 0.030 0.070 70 I 0.125 0.158 0.075 0.096 0.169 0.072 0.074 0.052 0.049 0.084 0.045 71 K 0.020 0.383 0.394 0.029 0.116 0.012 0.012 0.013 0.010 0.007 0.006 72 P 0.224 0.290 0.063 0.002 0.306 0.001 0.003 0.009 0.015 0.024 0.063 73 I 0.176 0.328 0.068 0.005 0.354 0.006 0.008 0.008 0.007 0.012 0.029 74 S 0.044 0.316 0.447 0.044 0.116 0.009 0.002 0.004 0.002 0.005 0.011 75 V 0.007 0.008 0.006 0.055 0.012 0.171 0.393 0.228 0.108 0.008 0.003 76 G 0.010 0.010 0.024 0.139 0.007 0.026 0.022 0.041 0.086 0.579 0.057 77 D 0.035 0.479 0.105 0.015 0.235 0.009 0.031 0.017 0.013 0.049 0.009 78 V 0.310 0.071 0.006 0.001 0.577 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 79 V 0.225 0.067 0.003 0.002 0.661 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.032 80 C 0.247 0.054 0.003 0.001 0.664 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.022 81 C 0.343 0.071 0.007 0.003 0.531 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.035 82 Y 0.397 0.010 0.003 0.016 0.156 0.019 0.019 0.005 0.006 0.086 0.284 83 G 0.076 0.405 0.139 0.034 0.308 0.003 0.002 0.002 0.001 0.009 0.020 84 Q 0.099 0.272 0.044 0.001 0.570 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 85 C 0.594 0.021 0.001 0.001 0.345 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 86 L 0.101 0.117 0.023 0.054 0.254 0.228 0.153 0.033 0.008 0.011 0.017 87 K 0.404 0.067 0.030 0.027 0.249 0.020 0.009 0.014 0.010 0.036 0.134 88 V 0.041 0.105 0.100 0.306 0.074 0.107 0.061 0.053 0.051 0.072 0.029 89 G 0.023 0.106 0.107 0.205 0.046 0.112 0.128 0.054 0.050 0.133 0.036 90 R 0.174 0.121 0.051 0.036 0.203 0.040 0.071 0.056 0.084 0.098 0.066 91 S 0.225 0.140 0.038 0.017 0.413 0.018 0.027 0.011 0.014 0.030 0.067 92 S 0.302 0.085 0.009 0.002 0.558 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 0.030 93 I 0.205 0.106 0.007 0.001 0.671 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 94 K 0.500 0.014 0.001 0.001 0.452 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 95 I 0.190 0.111 0.004 0.003 0.672 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 96 K 0.477 0.013 0.001 0.001 0.483 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 97 V 0.229 0.062 0.002 0.002 0.693 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 98 E 0.398 0.022 0.001 0.001 0.549 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 99 V 0.419 0.063 0.008 0.002 0.470 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.030 100 W 0.353 0.086 0.018 0.009 0.356 0.012 0.010 0.012 0.005 0.014 0.123 101 V 0.228 0.124 0.078 0.050 0.255 0.036 0.024 0.055 0.039 0.037 0.075 102 K 0.056 0.121 0.069 0.117 0.094 0.097 0.087 0.119 0.118 0.092 0.030 103 K 0.148 0.169 0.068 0.025 0.293 0.016 0.025 0.071 0.062 0.065 0.059 104 V 0.113 0.086 0.021 0.014 0.147 0.014 0.043 0.228 0.185 0.100 0.050 105 A 0.077 0.083 0.046 0.029 0.110 0.038 0.098 0.195 0.112 0.166 0.046 106 S 0.074 0.224 0.148 0.086 0.167 0.040 0.037 0.083 0.044 0.067 0.031 107 E 0.038 0.157 0.137 0.089 0.075 0.071 0.077 0.143 0.087 0.096 0.029 108 P 0.044 0.058 0.078 0.057 0.052 0.061 0.077 0.187 0.117 0.215 0.053 109 I 0.081 0.204 0.089 0.032 0.164 0.033 0.057 0.135 0.074 0.090 0.041 110 G 0.098 0.107 0.096 0.054 0.143 0.035 0.023 0.093 0.058 0.187 0.106 111 E 0.176 0.139 0.033 0.009 0.292 0.013 0.030 0.153 0.063 0.054 0.039 112 R 0.254 0.084 0.024 0.013 0.289 0.012 0.016 0.121 0.055 0.064 0.069 113 Y 0.114 0.226 0.051 0.016 0.353 0.014 0.032 0.130 0.031 0.020 0.013 114 C 0.394 0.066 0.009 0.003 0.344 0.004 0.014 0.079 0.017 0.017 0.053 115 V 0.252 0.125 0.026 0.022 0.355 0.029 0.032 0.068 0.018 0.022 0.052 116 T 0.193 0.144 0.029 0.023 0.387 0.041 0.055 0.072 0.015 0.018 0.022 117 D 0.395 0.053 0.011 0.012 0.318 0.021 0.026 0.030 0.013 0.032 0.089 118 A 0.188 0.173 0.023 0.016 0.538 0.013 0.008 0.009 0.003 0.009 0.021 119 V 0.371 0.031 0.003 0.001 0.541 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.043 120 F 0.308 0.065 0.003 0.002 0.588 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 121 T 0.356 0.042 0.005 0.002 0.562 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 122 F 0.414 0.049 0.003 0.001 0.498 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 123 V 0.289 0.125 0.016 0.003 0.519 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.040 124 A 0.245 0.185 0.029 0.001 0.492 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.038 125 V 0.041 0.385 0.029 0.021 0.456 0.017 0.005 0.009 0.003 0.015 0.020 126 D 0.008 0.094 0.817 0.065 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 127 N 0.001 0.001 0.010 0.009 0.001 0.011 0.026 0.598 0.342 0.003 0.001 128 N 0.001 0.854 0.127 0.006 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 129 G 0.004 0.005 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.647 0.328 130 R 0.030 0.601 0.130 0.003 0.190 0.006 0.007 0.015 0.004 0.009 0.006 131 S 0.138 0.340 0.186 0.004 0.292 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.025 132 R 0.021 0.399 0.472 0.015 0.076 0.003 0.005 0.004 0.002 0.001 0.003 133 T 0.058 0.481 0.209 0.006 0.211 0.003 0.006 0.010 0.005 0.003 0.009 134 I 0.035 0.317 0.381 0.023 0.154 0.008 0.020 0.023 0.012 0.010 0.016 135 P 0.096 0.272 0.165 0.034 0.193 0.043 0.065 0.050 0.026 0.039 0.017 136 R 0.056 0.250 0.157 0.040 0.163 0.023 0.036 0.094 0.079 0.077 0.026 137 E 0.068 0.296 0.120 0.011 0.195 0.006 0.020 0.094 0.079 0.070 0.042 138 N 0.179 0.232 0.040 0.007 0.317 0.007 0.013 0.031 0.033 0.084 0.057 139 N 0.059 0.391 0.213 0.009 0.262 0.006 0.010 0.013 0.010 0.012 0.016 140 Q 0.156 0.350 0.127 0.005 0.199 0.004 0.007 0.027 0.016 0.040 0.069 141 E 0.063 0.404 0.163 0.019 0.187 0.022 0.034 0.056 0.014 0.023 0.016 142 L 0.006 0.643 0.302 0.005 0.028 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.002 143 E 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.843 0.134 0.007 0.002 144 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.056 0.003 0.001 145 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.051 0.008 0.001 146 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.038 0.002 0.001 147 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.937 0.043 0.006 0.001 148 L 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.904 0.057 0.017 0.002 149 I 0.003 0.008 0.004 0.002 0.005 0.002 0.007 0.868 0.088 0.011 0.003 150 S 0.003 0.013 0.005 0.003 0.006 0.006 0.034 0.831 0.086 0.010 0.003 151 E 0.005 0.016 0.017 0.007 0.010 0.009 0.026 0.671 0.113 0.115 0.011 152 Q 0.012 0.037 0.019 0.008 0.023 0.011 0.026 0.613 0.171 0.068 0.012 153 P 0.016 0.057 0.016 0.006 0.038 0.008 0.043 0.596 0.164 0.047 0.009 154 L 0.014 0.041 0.022 0.014 0.034 0.032 0.108 0.502 0.120 0.101 0.013