# TARGET T0132 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0132.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 89 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 S 0.097 0.038 0.010 0.054 0.004 0.033 0.764 3 A 0.154 0.035 0.021 0.044 0.159 0.068 0.520 4 N 0.178 0.026 0.033 0.049 0.141 0.087 0.487 5 F 0.174 0.022 0.020 0.030 0.173 0.063 0.519 6 T 0.124 0.014 0.019 0.022 0.182 0.086 0.552 7 D 0.128 0.017 0.030 0.031 0.272 0.100 0.421 8 K 0.165 0.016 0.034 0.035 0.192 0.085 0.473 9 N 0.289 0.034 0.043 0.033 0.110 0.061 0.429 10 G 0.403 0.030 0.025 0.029 0.081 0.040 0.392 11 R 0.421 0.064 0.017 0.018 0.083 0.041 0.357 12 Q 0.249 0.026 0.015 0.016 0.113 0.060 0.520 13 S 0.118 0.012 0.018 0.007 0.209 0.178 0.458 14 K 0.039 0.005 0.029 0.005 0.349 0.488 0.086 15 G 0.139 0.007 0.019 0.003 0.363 0.237 0.233 16 V 0.605 0.012 0.006 0.002 0.064 0.011 0.301 17 L 0.933 0.008 0.001 0.001 0.007 0.002 0.048 18 L 0.968 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 19 L 0.959 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.032 20 R 0.945 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.042 21 T 0.914 0.003 0.002 0.001 0.010 0.001 0.068 22 L 0.882 0.003 0.002 0.001 0.015 0.002 0.095 23 A 0.787 0.018 0.001 0.001 0.026 0.003 0.164 24 M 0.470 0.022 0.002 0.002 0.073 0.007 0.425 25 P 0.118 0.006 0.139 0.041 0.171 0.175 0.349 26 S 0.029 0.005 0.249 0.050 0.161 0.396 0.111 27 D 0.039 0.014 0.334 0.055 0.125 0.262 0.171 28 T 0.057 0.035 0.113 0.065 0.274 0.141 0.315 29 N 0.041 0.015 0.056 0.071 0.172 0.209 0.435 30 A 0.034 0.013 0.074 0.130 0.159 0.391 0.198 31 N 0.027 0.005 0.044 0.168 0.102 0.560 0.093 32 G 0.072 0.008 0.028 0.212 0.239 0.249 0.192 33 D 0.125 0.026 0.014 0.358 0.137 0.057 0.282 34 I 0.141 0.031 0.011 0.577 0.044 0.067 0.127 35 F 0.049 0.005 0.010 0.761 0.021 0.077 0.076 36 G 0.020 0.002 0.008 0.876 0.024 0.043 0.027 37 G 0.014 0.001 0.005 0.933 0.021 0.010 0.016 38 W 0.006 0.001 0.007 0.972 0.004 0.006 0.005 39 I 0.002 0.001 0.007 0.974 0.002 0.010 0.004 40 M 0.001 0.001 0.008 0.963 0.004 0.019 0.005 41 S 0.001 0.001 0.003 0.961 0.006 0.022 0.005 42 Q 0.001 0.001 0.002 0.964 0.007 0.018 0.008 43 M 0.001 0.001 0.001 0.969 0.008 0.009 0.012 44 D 0.001 0.001 0.001 0.980 0.005 0.009 0.006 45 M 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.008 0.003 46 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 47 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 52 K 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.012 0.001 53 E 0.001 0.001 0.002 0.938 0.002 0.056 0.001 54 I 0.001 0.001 0.003 0.818 0.008 0.164 0.006 55 A 0.002 0.003 0.006 0.424 0.105 0.341 0.117 56 H 0.006 0.003 0.013 0.058 0.286 0.328 0.307 57 G 0.029 0.003 0.009 0.022 0.556 0.139 0.242 58 R 0.146 0.007 0.007 0.010 0.273 0.061 0.496 59 V 0.642 0.012 0.003 0.005 0.059 0.011 0.268 60 V 0.943 0.006 0.002 0.002 0.007 0.001 0.040 61 T 0.971 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.021 62 V 0.972 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.019 63 A 0.950 0.003 0.002 0.001 0.005 0.005 0.034 64 V 0.853 0.004 0.013 0.003 0.033 0.034 0.059 65 E 0.598 0.005 0.037 0.007 0.136 0.132 0.084 66 S 0.635 0.007 0.030 0.005 0.107 0.082 0.135 67 M 0.849 0.013 0.004 0.002 0.016 0.013 0.103 68 N 0.927 0.008 0.002 0.002 0.014 0.006 0.041 69 F 0.920 0.004 0.003 0.002 0.014 0.010 0.046 70 I 0.852 0.005 0.005 0.003 0.025 0.012 0.099 71 K 0.706 0.003 0.004 0.003 0.091 0.007 0.186 72 P 0.764 0.003 0.002 0.001 0.037 0.008 0.185 73 I 0.754 0.013 0.001 0.001 0.016 0.003 0.212 74 S 0.602 0.013 0.003 0.001 0.020 0.006 0.356 75 V 0.230 0.008 0.047 0.002 0.140 0.414 0.160 76 G 0.031 0.003 0.036 0.001 0.162 0.745 0.023 77 D 0.155 0.005 0.033 0.001 0.221 0.173 0.412 78 V 0.782 0.006 0.001 0.001 0.023 0.013 0.175 79 V 0.961 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.029 80 C 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 81 C 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 82 Y 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 83 G 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 84 Q 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 85 C 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 86 L 0.926 0.004 0.001 0.001 0.014 0.003 0.051 87 K 0.839 0.008 0.003 0.001 0.023 0.017 0.108 88 V 0.452 0.005 0.010 0.002 0.167 0.218 0.147 89 G 0.175 0.005 0.005 0.001 0.359 0.318 0.137 90 R 0.107 0.006 0.009 0.001 0.489 0.234 0.155 91 S 0.302 0.010 0.007 0.001 0.280 0.065 0.336 92 S 0.838 0.005 0.001 0.001 0.034 0.008 0.113 93 I 0.969 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 94 K 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 95 I 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 96 K 0.984 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 97 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 98 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 99 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 100 W 0.955 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 101 V 0.784 0.003 0.006 0.003 0.032 0.014 0.158 102 K 0.399 0.009 0.030 0.012 0.244 0.079 0.227 103 K 0.280 0.020 0.055 0.022 0.178 0.091 0.354 104 V 0.256 0.018 0.086 0.032 0.159 0.173 0.276 105 A 0.213 0.018 0.060 0.039 0.176 0.270 0.223 106 S 0.166 0.020 0.057 0.028 0.255 0.162 0.313 107 E 0.070 0.009 0.046 0.038 0.300 0.269 0.268 108 P 0.063 0.011 0.044 0.028 0.226 0.371 0.257 109 I 0.077 0.007 0.038 0.041 0.228 0.337 0.271 110 G 0.125 0.007 0.020 0.037 0.220 0.235 0.357 111 E 0.382 0.016 0.015 0.070 0.143 0.045 0.329 112 R 0.658 0.025 0.006 0.042 0.040 0.012 0.217 113 Y 0.810 0.008 0.005 0.026 0.021 0.005 0.124 114 C 0.890 0.007 0.005 0.014 0.010 0.005 0.069 115 V 0.902 0.004 0.007 0.011 0.015 0.006 0.055 116 T 0.921 0.004 0.006 0.005 0.016 0.003 0.045 117 D 0.937 0.001 0.003 0.003 0.014 0.003 0.039 118 A 0.950 0.002 0.001 0.001 0.014 0.002 0.029 119 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.017 120 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 121 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 122 F 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 123 V 0.963 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 124 A 0.907 0.002 0.001 0.001 0.019 0.002 0.069 125 V 0.825 0.031 0.001 0.001 0.035 0.004 0.104 126 D 0.261 0.032 0.003 0.001 0.020 0.010 0.673 127 N 0.019 0.001 0.013 0.001 0.051 0.875 0.039 128 N 0.004 0.001 0.008 0.001 0.049 0.929 0.007 129 G 0.030 0.002 0.005 0.001 0.640 0.158 0.162 130 R 0.110 0.022 0.001 0.001 0.195 0.008 0.663 131 S 0.367 0.337 0.001 0.001 0.024 0.003 0.267 132 R 0.442 0.031 0.004 0.002 0.044 0.008 0.468 133 T 0.361 0.016 0.010 0.002 0.141 0.027 0.443 134 I 0.183 0.051 0.016 0.009 0.165 0.037 0.540 135 P 0.071 0.029 0.024 0.011 0.102 0.035 0.728 136 R 0.042 0.007 0.040 0.010 0.146 0.095 0.660 137 E 0.055 0.011 0.062 0.013 0.166 0.144 0.549 138 N 0.061 0.050 0.044 0.016 0.171 0.048 0.611 139 N 0.057 0.048 0.017 0.014 0.130 0.019 0.716 140 Q 0.040 0.020 0.021 0.017 0.086 0.083 0.733 141 E 0.012 0.013 0.011 0.017 0.196 0.064 0.686 142 L 0.005 0.010 0.003 0.048 0.158 0.012 0.764 143 E 0.001 0.001 0.017 0.902 0.017 0.031 0.032 144 K 0.001 0.001 0.015 0.921 0.011 0.034 0.018 145 A 0.001 0.001 0.008 0.958 0.007 0.013 0.013 146 L 0.001 0.001 0.002 0.977 0.007 0.005 0.008 147 A 0.003 0.001 0.002 0.968 0.005 0.009 0.012 148 L 0.002 0.001 0.005 0.957 0.005 0.020 0.010 149 I 0.005 0.001 0.008 0.913 0.013 0.041 0.019 150 S 0.005 0.001 0.014 0.817 0.013 0.129 0.021 151 E 0.005 0.001 0.014 0.643 0.037 0.246 0.054 152 Q 0.010 0.004 0.013 0.389 0.184 0.183 0.216 153 P 0.014 0.012 0.016 0.241 0.007 0.155 0.556 154 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.998