# TARGET T0132 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0132.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 89 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.140 0.164 0.102 0.043 0.220 0.022 0.028 0.080 0.066 0.077 0.058 2 S 0.097 0.248 0.123 0.022 0.247 0.013 0.021 0.085 0.067 0.045 0.034 3 A 0.117 0.212 0.075 0.011 0.262 0.010 0.026 0.114 0.079 0.054 0.040 4 N 0.139 0.124 0.055 0.018 0.217 0.019 0.052 0.132 0.071 0.119 0.054 5 F 0.051 0.243 0.127 0.054 0.175 0.040 0.062 0.101 0.054 0.072 0.021 6 T 0.104 0.194 0.159 0.057 0.194 0.014 0.018 0.057 0.040 0.108 0.056 7 D 0.066 0.220 0.106 0.033 0.152 0.024 0.038 0.123 0.108 0.094 0.036 8 K 0.051 0.329 0.186 0.021 0.184 0.011 0.024 0.079 0.050 0.041 0.024 9 N 0.189 0.127 0.034 0.008 0.241 0.013 0.035 0.114 0.096 0.082 0.061 10 G 0.069 0.282 0.117 0.019 0.221 0.023 0.041 0.099 0.052 0.049 0.029 11 R 0.149 0.225 0.087 0.013 0.261 0.011 0.016 0.049 0.035 0.091 0.063 12 Q 0.095 0.253 0.209 0.037 0.177 0.025 0.027 0.075 0.037 0.038 0.027 13 S 0.025 0.232 0.301 0.078 0.082 0.050 0.056 0.092 0.037 0.037 0.011 14 K 0.067 0.101 0.058 0.051 0.101 0.033 0.085 0.199 0.148 0.110 0.048 15 G 0.055 0.142 0.129 0.062 0.112 0.025 0.027 0.081 0.055 0.249 0.064 16 V 0.141 0.249 0.020 0.003 0.506 0.004 0.016 0.019 0.007 0.019 0.016 17 L 0.432 0.040 0.002 0.001 0.496 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 18 L 0.192 0.134 0.009 0.010 0.590 0.027 0.010 0.006 0.001 0.002 0.017 19 L 0.449 0.029 0.002 0.001 0.472 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.041 20 R 0.357 0.091 0.015 0.016 0.380 0.012 0.007 0.008 0.005 0.013 0.096 21 T 0.124 0.311 0.079 0.006 0.435 0.003 0.003 0.005 0.003 0.006 0.026 22 L 0.243 0.192 0.046 0.002 0.465 0.001 0.003 0.007 0.004 0.005 0.033 23 A 0.285 0.155 0.052 0.017 0.313 0.019 0.031 0.022 0.015 0.027 0.063 24 M 0.036 0.375 0.329 0.077 0.118 0.016 0.010 0.012 0.008 0.010 0.010 25 P 0.083 0.154 0.098 0.048 0.167 0.024 0.033 0.157 0.172 0.038 0.026 26 S 0.022 0.045 0.029 0.029 0.037 0.049 0.127 0.312 0.253 0.081 0.016 27 D 0.064 0.050 0.026 0.014 0.096 0.023 0.071 0.139 0.086 0.361 0.070 28 T 0.107 0.266 0.035 0.019 0.276 0.020 0.025 0.080 0.046 0.084 0.041 29 N 0.141 0.127 0.241 0.092 0.120 0.031 0.021 0.060 0.038 0.048 0.080 30 A 0.027 0.023 0.040 0.041 0.030 0.042 0.058 0.377 0.268 0.071 0.024 31 N 0.014 0.272 0.178 0.184 0.038 0.037 0.057 0.079 0.047 0.079 0.014 32 G 0.019 0.055 0.059 0.106 0.029 0.032 0.021 0.080 0.060 0.427 0.111 33 D 0.110 0.148 0.032 0.009 0.192 0.020 0.044 0.216 0.111 0.078 0.040 34 I 0.164 0.067 0.028 0.021 0.150 0.038 0.066 0.205 0.084 0.100 0.078 35 F 0.041 0.166 0.102 0.052 0.100 0.027 0.058 0.279 0.077 0.075 0.023 36 G 0.021 0.061 0.066 0.123 0.023 0.034 0.017 0.398 0.154 0.079 0.024 37 G 0.004 0.010 0.016 0.018 0.009 0.010 0.021 0.703 0.180 0.024 0.005 38 W 0.005 0.009 0.004 0.001 0.009 0.001 0.007 0.860 0.096 0.006 0.003 39 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.897 0.089 0.007 0.001 40 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.913 0.079 0.001 0.001 41 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.930 0.060 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.887 0.089 0.018 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.858 0.134 0.004 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.928 0.058 0.001 0.001 45 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.946 0.039 0.004 0.001 46 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.064 0.002 0.001 47 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.049 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.033 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.030 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.041 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.894 0.097 0.004 0.001 52 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.029 0.848 0.107 0.006 0.001 53 E 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.010 0.232 0.634 0.088 0.018 0.002 54 I 0.033 0.021 0.009 0.012 0.024 0.054 0.308 0.283 0.091 0.135 0.031 55 A 0.060 0.219 0.072 0.061 0.140 0.061 0.068 0.137 0.066 0.081 0.034 56 H 0.020 0.029 0.025 0.150 0.021 0.171 0.126 0.132 0.100 0.202 0.023 57 G 0.014 0.207 0.288 0.140 0.058 0.037 0.042 0.065 0.049 0.089 0.011 58 R 0.128 0.316 0.076 0.007 0.356 0.004 0.013 0.035 0.020 0.018 0.028 59 V 0.308 0.112 0.013 0.003 0.475 0.004 0.008 0.017 0.009 0.009 0.042 60 V 0.209 0.160 0.018 0.004 0.536 0.010 0.013 0.016 0.004 0.007 0.023 61 T 0.470 0.032 0.003 0.001 0.426 0.002 0.002 0.008 0.004 0.007 0.045 62 V 0.223 0.211 0.044 0.025 0.403 0.019 0.009 0.025 0.009 0.007 0.025 63 A 0.334 0.132 0.030 0.003 0.359 0.003 0.005 0.015 0.007 0.024 0.087 64 V 0.279 0.082 0.022 0.036 0.205 0.031 0.017 0.068 0.072 0.057 0.131 65 E 0.008 0.043 0.040 0.226 0.021 0.209 0.192 0.155 0.071 0.030 0.005 66 S 0.164 0.052 0.016 0.011 0.157 0.007 0.014 0.049 0.068 0.316 0.146 67 M 0.297 0.126 0.008 0.002 0.514 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.034 68 N 0.206 0.110 0.034 0.018 0.454 0.023 0.031 0.021 0.012 0.033 0.059 69 F 0.261 0.181 0.071 0.021 0.325 0.002 0.003 0.016 0.013 0.037 0.071 70 I 0.113 0.165 0.089 0.105 0.160 0.059 0.067 0.052 0.053 0.092 0.045 71 K 0.018 0.362 0.411 0.034 0.101 0.016 0.016 0.016 0.013 0.008 0.005 72 P 0.198 0.317 0.068 0.001 0.311 0.001 0.003 0.009 0.015 0.021 0.054 73 I 0.211 0.284 0.046 0.004 0.379 0.006 0.008 0.007 0.007 0.014 0.034 74 S 0.045 0.303 0.450 0.050 0.120 0.008 0.002 0.004 0.002 0.004 0.011 75 V 0.009 0.011 0.008 0.069 0.015 0.175 0.340 0.240 0.118 0.010 0.004 76 G 0.009 0.011 0.030 0.195 0.007 0.038 0.037 0.052 0.096 0.482 0.043 77 D 0.037 0.463 0.113 0.016 0.221 0.009 0.032 0.021 0.018 0.059 0.012 78 V 0.266 0.093 0.008 0.001 0.599 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 79 V 0.233 0.059 0.003 0.001 0.660 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.033 80 C 0.245 0.059 0.004 0.001 0.653 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.026 81 C 0.340 0.076 0.009 0.004 0.517 0.003 0.002 0.003 0.002 0.005 0.040 82 Y 0.360 0.014 0.004 0.020 0.166 0.022 0.026 0.008 0.009 0.110 0.262 83 G 0.080 0.391 0.150 0.040 0.291 0.004 0.003 0.003 0.002 0.013 0.023 84 Q 0.085 0.318 0.058 0.001 0.524 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 85 C 0.595 0.023 0.002 0.001 0.336 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.037 86 L 0.091 0.126 0.025 0.053 0.249 0.229 0.157 0.034 0.008 0.011 0.016 87 K 0.422 0.070 0.026 0.017 0.269 0.013 0.008 0.015 0.010 0.031 0.119 88 V 0.051 0.095 0.088 0.268 0.084 0.123 0.067 0.059 0.054 0.075 0.035 89 G 0.029 0.119 0.102 0.208 0.055 0.112 0.119 0.054 0.051 0.115 0.037 90 R 0.167 0.116 0.056 0.041 0.185 0.038 0.061 0.050 0.085 0.122 0.079 91 S 0.212 0.165 0.039 0.016 0.407 0.018 0.027 0.012 0.017 0.028 0.059 92 S 0.355 0.060 0.007 0.002 0.513 0.003 0.002 0.001 0.002 0.010 0.045 93 I 0.186 0.120 0.008 0.001 0.672 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 94 K 0.525 0.011 0.001 0.001 0.430 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 95 I 0.185 0.114 0.005 0.004 0.672 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 96 K 0.490 0.013 0.001 0.001 0.463 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 97 V 0.227 0.072 0.003 0.003 0.684 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 98 E 0.363 0.029 0.001 0.001 0.577 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 99 V 0.449 0.059 0.007 0.001 0.442 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 100 W 0.347 0.095 0.021 0.011 0.324 0.016 0.013 0.018 0.007 0.018 0.128 101 V 0.180 0.126 0.089 0.080 0.197 0.048 0.028 0.075 0.060 0.048 0.070 102 K 0.037 0.100 0.064 0.127 0.063 0.097 0.092 0.168 0.152 0.078 0.021 103 K 0.133 0.130 0.054 0.024 0.222 0.018 0.038 0.109 0.089 0.110 0.073 104 V 0.151 0.096 0.021 0.012 0.180 0.014 0.034 0.179 0.153 0.097 0.064 105 A 0.090 0.096 0.045 0.026 0.143 0.031 0.071 0.202 0.119 0.127 0.049 106 S 0.104 0.181 0.092 0.054 0.181 0.032 0.037 0.099 0.062 0.114 0.045 107 E 0.042 0.210 0.168 0.073 0.095 0.052 0.063 0.126 0.073 0.075 0.023 108 P 0.053 0.068 0.085 0.062 0.061 0.061 0.075 0.196 0.107 0.177 0.055 109 I 0.064 0.175 0.090 0.038 0.128 0.036 0.067 0.178 0.093 0.095 0.038 110 G 0.085 0.110 0.097 0.051 0.132 0.034 0.023 0.109 0.063 0.196 0.101 111 E 0.152 0.137 0.034 0.010 0.273 0.013 0.032 0.183 0.071 0.058 0.036 112 R 0.244 0.085 0.023 0.010 0.303 0.010 0.016 0.136 0.056 0.057 0.060 113 Y 0.109 0.218 0.049 0.017 0.343 0.014 0.032 0.155 0.034 0.018 0.013 114 C 0.356 0.067 0.010 0.003 0.351 0.004 0.016 0.104 0.021 0.019 0.050 115 V 0.249 0.121 0.023 0.019 0.347 0.026 0.032 0.091 0.021 0.020 0.050 116 T 0.193 0.128 0.028 0.023 0.372 0.043 0.059 0.094 0.018 0.020 0.024 117 D 0.375 0.061 0.013 0.010 0.356 0.016 0.023 0.035 0.012 0.026 0.072 118 A 0.222 0.147 0.018 0.013 0.529 0.013 0.009 0.012 0.004 0.008 0.024 119 V 0.320 0.048 0.005 0.002 0.567 0.003 0.004 0.005 0.001 0.005 0.040 120 F 0.343 0.058 0.003 0.002 0.548 0.003 0.002 0.003 0.001 0.004 0.033 121 T 0.342 0.055 0.007 0.004 0.549 0.011 0.004 0.002 0.001 0.003 0.023 122 F 0.371 0.061 0.004 0.001 0.524 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 123 V 0.315 0.116 0.015 0.003 0.492 0.004 0.003 0.003 0.001 0.003 0.046 124 A 0.214 0.218 0.042 0.001 0.477 0.002 0.003 0.004 0.001 0.005 0.034 125 V 0.049 0.371 0.031 0.021 0.447 0.020 0.006 0.012 0.004 0.018 0.021 126 D 0.008 0.107 0.800 0.066 0.007 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 127 N 0.001 0.001 0.013 0.010 0.001 0.011 0.027 0.579 0.352 0.004 0.001 128 N 0.001 0.846 0.128 0.006 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 129 G 0.004 0.004 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.680 0.293 130 R 0.028 0.600 0.145 0.004 0.170 0.007 0.009 0.017 0.005 0.010 0.006 131 S 0.135 0.348 0.190 0.004 0.279 0.001 0.003 0.005 0.003 0.006 0.026 132 R 0.020 0.418 0.452 0.013 0.079 0.003 0.005 0.004 0.002 0.001 0.003 133 T 0.069 0.465 0.191 0.005 0.227 0.003 0.008 0.013 0.006 0.003 0.010 134 I 0.046 0.295 0.339 0.032 0.164 0.012 0.028 0.029 0.016 0.015 0.024 135 P 0.086 0.274 0.172 0.039 0.189 0.040 0.058 0.052 0.031 0.042 0.016 136 R 0.048 0.246 0.171 0.042 0.137 0.025 0.040 0.101 0.092 0.076 0.023 137 E 0.084 0.319 0.106 0.007 0.243 0.004 0.016 0.074 0.058 0.050 0.040 138 N 0.179 0.236 0.042 0.008 0.327 0.008 0.013 0.025 0.028 0.072 0.061 139 N 0.067 0.378 0.197 0.008 0.297 0.004 0.007 0.010 0.007 0.009 0.016 140 Q 0.153 0.334 0.120 0.007 0.204 0.005 0.009 0.033 0.020 0.046 0.071 141 E 0.067 0.404 0.157 0.020 0.187 0.021 0.032 0.057 0.015 0.023 0.017 142 L 0.009 0.639 0.277 0.007 0.037 0.002 0.001 0.017 0.003 0.003 0.003 143 E 0.004 0.002 0.002 0.003 0.004 0.004 0.002 0.838 0.127 0.010 0.004 144 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.060 0.003 0.001 145 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.927 0.057 0.008 0.001 146 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.938 0.050 0.003 0.001 147 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.908 0.060 0.009 0.002 148 L 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.002 0.010 0.860 0.090 0.021 0.002 149 I 0.010 0.012 0.007 0.004 0.011 0.003 0.017 0.770 0.136 0.022 0.008 150 S 0.004 0.014 0.008 0.004 0.009 0.013 0.075 0.713 0.139 0.018 0.003 151 E 0.017 0.039 0.028 0.013 0.029 0.015 0.047 0.451 0.145 0.193 0.023 152 Q 0.038 0.196 0.104 0.025 0.103 0.024 0.028 0.253 0.115 0.086 0.028 153 P 0.064 0.113 0.039 0.010 0.123 0.011 0.036 0.361 0.140 0.073 0.031 154 L 0.069 0.116 0.047 0.016 0.135 0.021 0.042 0.282 0.123 0.115 0.034