# TARGET T0129 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0129.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.003 0.004 0.035 0.094 0.855 2 L 0.019 0.023 0.013 0.110 0.165 0.670 3 I 0.013 0.013 0.027 0.227 0.198 0.521 4 S 0.011 0.009 0.058 0.310 0.189 0.422 5 H 0.008 0.005 0.048 0.509 0.170 0.259 6 S 0.003 0.003 0.038 0.609 0.140 0.207 7 D 0.001 0.002 0.041 0.852 0.054 0.049 8 L 0.001 0.002 0.019 0.934 0.029 0.015 9 N 0.001 0.001 0.018 0.938 0.031 0.011 10 Q 0.001 0.001 0.011 0.940 0.036 0.012 11 Q 0.001 0.001 0.010 0.944 0.031 0.012 12 L 0.001 0.001 0.017 0.926 0.041 0.014 13 K 0.002 0.001 0.036 0.859 0.070 0.031 14 S 0.002 0.001 0.046 0.833 0.079 0.039 15 A 0.004 0.001 0.032 0.755 0.096 0.111 16 G 0.007 0.004 0.022 0.141 0.234 0.591 17 I 0.033 0.008 0.024 0.087 0.299 0.550 18 G 0.032 0.012 0.019 0.060 0.221 0.655 19 F 0.046 0.041 0.006 0.069 0.185 0.654 20 N 0.023 0.004 0.003 0.061 0.083 0.826 21 A 0.002 0.001 0.005 0.958 0.011 0.023 22 T 0.002 0.001 0.003 0.981 0.009 0.005 23 E 0.003 0.001 0.003 0.978 0.011 0.005 24 L 0.003 0.001 0.002 0.980 0.010 0.005 25 H 0.002 0.001 0.002 0.978 0.013 0.004 26 G 0.003 0.001 0.007 0.920 0.045 0.024 27 F 0.003 0.001 0.008 0.924 0.046 0.018 28 L 0.004 0.007 0.015 0.902 0.056 0.017 29 S 0.005 0.001 0.014 0.835 0.086 0.059 30 G 0.020 0.003 0.030 0.467 0.203 0.278 31 L 0.133 0.024 0.054 0.395 0.214 0.180 32 L 0.164 0.048 0.054 0.377 0.187 0.170 33 C 0.088 0.019 0.070 0.248 0.285 0.290 34 G 0.039 0.018 0.033 0.084 0.324 0.502 35 G 0.007 0.010 0.020 0.033 0.524 0.406 36 L 0.002 0.004 0.189 0.066 0.603 0.135 37 K 0.003 0.005 0.217 0.065 0.565 0.145 38 D 0.003 0.006 0.282 0.172 0.408 0.130 39 Q 0.003 0.003 0.170 0.496 0.202 0.126 40 S 0.003 0.005 0.098 0.708 0.110 0.076 41 W 0.002 0.002 0.036 0.929 0.022 0.009 42 L 0.002 0.001 0.013 0.964 0.015 0.005 43 P 0.002 0.001 0.008 0.972 0.011 0.006 44 L 0.003 0.001 0.008 0.977 0.007 0.003 45 L 0.003 0.001 0.013 0.971 0.009 0.003 46 Y 0.003 0.001 0.020 0.957 0.014 0.005 47 Q 0.004 0.001 0.017 0.941 0.021 0.016 48 F 0.006 0.003 0.014 0.896 0.037 0.045 49 S 0.014 0.012 0.017 0.611 0.157 0.189 50 N 0.010 0.006 0.047 0.402 0.338 0.197 51 D 0.009 0.005 0.098 0.232 0.482 0.174 52 N 0.012 0.007 0.101 0.130 0.533 0.218 53 H 0.020 0.017 0.066 0.115 0.443 0.340 54 A 0.024 0.020 0.041 0.115 0.385 0.415 55 Y 0.023 0.025 0.030 0.115 0.334 0.472 56 P 0.015 0.009 0.081 0.383 0.267 0.245 57 T 0.004 0.001 0.108 0.669 0.129 0.088 58 G 0.003 0.002 0.098 0.782 0.076 0.040 59 L 0.002 0.001 0.032 0.911 0.036 0.017 60 V 0.002 0.001 0.009 0.951 0.021 0.017 61 Q 0.001 0.001 0.010 0.940 0.024 0.024 62 P 0.001 0.001 0.014 0.955 0.015 0.015 63 V 0.002 0.001 0.010 0.961 0.013 0.013 64 T 0.001 0.001 0.008 0.969 0.011 0.010 65 E 0.001 0.001 0.008 0.968 0.010 0.013 66 L 0.001 0.001 0.005 0.970 0.008 0.016 67 Y 0.002 0.001 0.006 0.968 0.010 0.014 68 E 0.001 0.001 0.006 0.967 0.013 0.014 69 Q 0.001 0.001 0.009 0.961 0.014 0.014 70 I 0.003 0.002 0.016 0.925 0.027 0.027 71 S 0.003 0.002 0.055 0.860 0.053 0.027 72 Q 0.003 0.001 0.075 0.838 0.060 0.023 73 T 0.004 0.002 0.066 0.822 0.066 0.041 74 L 0.008 0.004 0.092 0.780 0.082 0.035 75 S 0.014 0.006 0.106 0.671 0.143 0.060 76 D 0.021 0.006 0.084 0.387 0.313 0.189 77 V 0.031 0.009 0.049 0.108 0.605 0.198 78 E 0.039 0.009 0.026 0.021 0.584 0.322 79 G 0.145 0.005 0.014 0.005 0.507 0.324 80 F 0.755 0.008 0.003 0.001 0.108 0.125 81 T 0.947 0.003 0.001 0.001 0.011 0.038 82 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 83 E 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 84 L 0.950 0.001 0.001 0.001 0.009 0.039 85 G 0.863 0.004 0.001 0.001 0.017 0.115 86 L 0.588 0.037 0.001 0.001 0.074 0.300 87 T 0.232 0.061 0.002 0.001 0.577 0.127 88 E 0.062 0.017 0.003 0.001 0.806 0.110 89 D 0.007 0.005 0.002 0.001 0.962 0.023 90 E 0.006 0.003 0.009 0.012 0.950 0.020 91 N 0.026 0.020 0.013 0.056 0.661 0.224 92 V 0.060 0.045 0.034 0.373 0.401 0.085 93 F 0.063 0.012 0.026 0.547 0.181 0.171 94 T 0.074 0.059 0.027 0.571 0.125 0.144 95 Q 0.009 0.005 0.040 0.865 0.050 0.030 96 A 0.001 0.001 0.017 0.962 0.013 0.008 97 D 0.001 0.001 0.016 0.965 0.012 0.006 98 S 0.001 0.001 0.013 0.977 0.006 0.003 99 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 100 S 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 101 D 0.001 0.001 0.004 0.980 0.009 0.007 102 W 0.001 0.001 0.009 0.971 0.012 0.007 103 A 0.001 0.001 0.009 0.970 0.014 0.006 104 N 0.001 0.001 0.017 0.928 0.035 0.018 105 Q 0.001 0.001 0.025 0.920 0.032 0.021 106 F 0.002 0.002 0.039 0.883 0.045 0.030 107 L 0.003 0.003 0.064 0.861 0.046 0.021 108 L 0.004 0.003 0.088 0.799 0.067 0.039 109 G 0.006 0.002 0.117 0.651 0.123 0.102 110 I 0.006 0.002 0.089 0.464 0.194 0.244 111 G 0.010 0.007 0.085 0.219 0.309 0.370 112 L 0.021 0.012 0.118 0.267 0.374 0.208 113 A 0.027 0.015 0.133 0.201 0.354 0.270 114 Q 0.044 0.015 0.167 0.137 0.414 0.224 115 P 0.025 0.006 0.194 0.181 0.353 0.241 116 E 0.027 0.014 0.196 0.184 0.355 0.223 117 L 0.021 0.016 0.192 0.288 0.349 0.135 118 A 0.024 0.013 0.134 0.246 0.380 0.203 119 K 0.025 0.012 0.113 0.243 0.416 0.189 120 E 0.033 0.011 0.037 0.387 0.275 0.257 121 K 0.025 0.007 0.010 0.482 0.172 0.304 122 G 0.013 0.006 0.006 0.510 0.126 0.338 123 E 0.016 0.007 0.008 0.766 0.039 0.164 124 I 0.002 0.001 0.005 0.981 0.004 0.007 125 G 0.001 0.001 0.007 0.985 0.003 0.003 126 E 0.001 0.001 0.009 0.983 0.004 0.003 127 A 0.001 0.001 0.004 0.990 0.002 0.002 128 V 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.001 129 D 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 130 D 0.001 0.001 0.006 0.981 0.005 0.007 131 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 132 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.003 133 D 0.001 0.001 0.002 0.985 0.007 0.005 134 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.007 0.003 135 C 0.001 0.001 0.010 0.967 0.015 0.007 136 Q 0.001 0.001 0.016 0.947 0.022 0.014 137 L 0.001 0.001 0.015 0.858 0.043 0.081 138 G 0.004 0.004 0.008 0.071 0.166 0.747 139 Y 0.010 0.027 0.009 0.028 0.253 0.674 140 D 0.013 0.044 0.017 0.023 0.740 0.163 141 E 0.006 0.004 0.078 0.061 0.802 0.050 142 D 0.006 0.003 0.079 0.062 0.776 0.074 143 D 0.007 0.010 0.043 0.071 0.740 0.129 144 N 0.008 0.012 0.010 0.148 0.228 0.593 145 E 0.002 0.002 0.011 0.839 0.083 0.064 146 E 0.001 0.001 0.010 0.880 0.078 0.031 147 E 0.001 0.001 0.008 0.896 0.064 0.030 148 L 0.001 0.001 0.003 0.956 0.022 0.017 149 A 0.001 0.001 0.002 0.977 0.012 0.009 150 E 0.001 0.001 0.002 0.969 0.014 0.014 151 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.006 0.012 152 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 153 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 154 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 155 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 156 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 157 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 158 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 159 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 160 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 161 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 163 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 164 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 165 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 166 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.006 0.005 167 Y 0.001 0.001 0.005 0.952 0.020 0.022 168 S 0.001 0.001 0.020 0.880 0.055 0.043 169 H 0.003 0.006 0.032 0.821 0.078 0.059 170 F 0.005 0.005 0.055 0.374 0.260 0.301 171 N 0.005 0.004 0.030 0.079 0.327 0.555 172 E 0.012 0.007 0.024 0.028 0.337 0.592 173 G 0.026 0.036 0.025 0.024 0.264 0.624 174 E 0.052 0.027 0.024 0.020 0.226 0.650 175 I 0.068 0.023 0.052 0.023 0.235 0.598 176 E 0.068 0.013 0.037 0.020 0.212 0.650 177 S 0.099 0.029 0.059 0.019 0.275 0.519 178 K 0.074 0.014 0.015 0.012 0.261 0.624 179 P 0.065 0.014 0.024 0.013 0.237 0.647 180 V 0.098 0.053 0.017 0.017 0.202 0.613 181 L 0.072 0.029 0.010 0.020 0.155 0.714 182 H 0.002 0.004 0.001 0.004 0.033 0.955