# TARGET T0129 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0129.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.003 0.983 2 L 0.034 0.030 0.014 0.114 0.016 0.049 0.742 3 I 0.035 0.021 0.030 0.132 0.152 0.133 0.497 4 S 0.023 0.018 0.043 0.199 0.123 0.146 0.448 5 H 0.013 0.006 0.035 0.439 0.105 0.062 0.340 6 S 0.003 0.001 0.053 0.835 0.025 0.047 0.034 7 D 0.002 0.003 0.050 0.866 0.014 0.045 0.019 8 L 0.001 0.001 0.037 0.913 0.006 0.029 0.012 9 N 0.001 0.001 0.020 0.946 0.006 0.019 0.007 10 Q 0.001 0.001 0.013 0.946 0.004 0.028 0.006 11 Q 0.001 0.001 0.015 0.934 0.004 0.040 0.006 12 L 0.001 0.004 0.025 0.878 0.013 0.058 0.020 13 K 0.001 0.001 0.072 0.763 0.016 0.126 0.020 14 S 0.002 0.001 0.071 0.643 0.036 0.226 0.021 15 A 0.002 0.003 0.083 0.470 0.050 0.326 0.065 16 G 0.006 0.006 0.047 0.138 0.142 0.357 0.305 17 I 0.017 0.002 0.064 0.073 0.355 0.324 0.164 18 G 0.064 0.019 0.066 0.094 0.127 0.253 0.377 19 F 0.025 0.023 0.005 0.033 0.105 0.008 0.801 20 N 0.029 0.016 0.001 0.029 0.018 0.004 0.903 21 A 0.001 0.001 0.044 0.915 0.005 0.028 0.009 22 T 0.001 0.001 0.065 0.875 0.011 0.042 0.006 23 E 0.001 0.001 0.074 0.892 0.005 0.026 0.003 24 L 0.002 0.001 0.020 0.943 0.003 0.023 0.008 25 H 0.007 0.002 0.024 0.877 0.009 0.068 0.013 26 G 0.020 0.001 0.031 0.858 0.016 0.058 0.016 27 F 0.025 0.003 0.029 0.878 0.016 0.032 0.018 28 L 0.043 0.007 0.035 0.834 0.013 0.050 0.019 29 S 0.050 0.004 0.036 0.678 0.020 0.188 0.024 30 G 0.065 0.003 0.048 0.509 0.071 0.221 0.083 31 L 0.156 0.011 0.065 0.469 0.073 0.139 0.087 32 L 0.221 0.031 0.062 0.314 0.086 0.157 0.128 33 C 0.156 0.041 0.060 0.145 0.133 0.254 0.210 34 G 0.063 0.016 0.034 0.038 0.234 0.307 0.310 35 G 0.024 0.013 0.049 0.026 0.279 0.332 0.278 36 L 0.015 0.026 0.062 0.034 0.284 0.249 0.330 37 K 0.009 0.009 0.041 0.032 0.256 0.152 0.501 38 D 0.005 0.006 0.094 0.234 0.166 0.244 0.250 39 Q 0.003 0.005 0.065 0.492 0.135 0.216 0.085 40 S 0.004 0.012 0.039 0.661 0.081 0.099 0.104 41 W 0.001 0.001 0.017 0.956 0.006 0.014 0.007 42 L 0.001 0.001 0.007 0.976 0.003 0.005 0.008 43 P 0.001 0.001 0.005 0.983 0.002 0.004 0.004 44 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.004 0.002 45 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.006 0.003 46 Y 0.001 0.001 0.006 0.973 0.002 0.016 0.002 47 Q 0.001 0.001 0.006 0.942 0.004 0.044 0.004 48 F 0.002 0.003 0.012 0.809 0.031 0.120 0.022 49 S 0.006 0.014 0.017 0.483 0.074 0.270 0.136 50 N 0.006 0.008 0.034 0.232 0.141 0.204 0.375 51 D 0.005 0.003 0.056 0.142 0.197 0.491 0.107 52 N 0.006 0.003 0.035 0.055 0.234 0.542 0.125 53 H 0.013 0.022 0.022 0.037 0.245 0.070 0.591 54 A 0.047 0.094 0.030 0.078 0.177 0.062 0.512 55 Y 0.026 0.020 0.031 0.142 0.160 0.071 0.550 56 P 0.007 0.005 0.098 0.508 0.089 0.087 0.206 57 T 0.006 0.003 0.124 0.697 0.043 0.083 0.045 58 G 0.006 0.004 0.211 0.633 0.020 0.090 0.036 59 L 0.004 0.002 0.159 0.695 0.019 0.077 0.043 60 V 0.005 0.004 0.063 0.792 0.028 0.064 0.045 61 Q 0.006 0.002 0.039 0.821 0.031 0.065 0.035 62 P 0.002 0.001 0.024 0.886 0.012 0.047 0.027 63 V 0.001 0.001 0.009 0.960 0.006 0.013 0.010 64 T 0.001 0.001 0.006 0.973 0.004 0.013 0.003 65 E 0.001 0.001 0.004 0.976 0.002 0.015 0.002 66 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.010 0.003 67 Y 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.008 0.001 68 E 0.001 0.001 0.002 0.976 0.002 0.017 0.002 69 Q 0.001 0.001 0.004 0.967 0.002 0.024 0.002 70 I 0.002 0.001 0.007 0.958 0.005 0.021 0.006 71 S 0.002 0.001 0.021 0.930 0.006 0.033 0.007 72 Q 0.003 0.001 0.035 0.869 0.010 0.073 0.010 73 T 0.005 0.002 0.057 0.768 0.013 0.136 0.020 74 L 0.019 0.010 0.111 0.493 0.061 0.192 0.115 75 S 0.035 0.004 0.163 0.325 0.084 0.276 0.113 76 D 0.037 0.007 0.148 0.165 0.126 0.392 0.126 77 V 0.069 0.009 0.059 0.042 0.262 0.186 0.373 78 E 0.088 0.006 0.023 0.017 0.397 0.295 0.175 79 G 0.393 0.010 0.013 0.005 0.182 0.127 0.271 80 F 0.762 0.004 0.001 0.001 0.010 0.003 0.219 81 T 0.965 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.025 82 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 83 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 84 L 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 85 G 0.881 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.100 86 L 0.459 0.029 0.001 0.001 0.051 0.003 0.456 87 T 0.115 0.009 0.010 0.001 0.089 0.042 0.734 88 E 0.005 0.005 0.027 0.003 0.134 0.771 0.055 89 D 0.003 0.003 0.025 0.003 0.237 0.661 0.068 90 E 0.014 0.017 0.021 0.014 0.330 0.072 0.532 91 N 0.044 0.088 0.026 0.030 0.112 0.072 0.627 92 V 0.041 0.027 0.190 0.291 0.095 0.182 0.174 93 F 0.032 0.013 0.146 0.446 0.085 0.119 0.158 94 T 0.025 0.013 0.192 0.491 0.060 0.129 0.090 95 Q 0.011 0.005 0.131 0.618 0.049 0.099 0.086 96 A 0.004 0.005 0.059 0.766 0.029 0.058 0.080 97 D 0.002 0.001 0.033 0.835 0.029 0.078 0.022 98 S 0.001 0.002 0.022 0.871 0.014 0.061 0.028 99 L 0.001 0.001 0.013 0.964 0.003 0.015 0.005 100 S 0.001 0.001 0.005 0.980 0.003 0.009 0.002 101 D 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.009 0.002 102 W 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.010 0.002 103 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.013 0.004 104 N 0.001 0.001 0.007 0.957 0.003 0.032 0.002 105 Q 0.001 0.001 0.011 0.929 0.004 0.052 0.003 106 F 0.002 0.002 0.015 0.926 0.005 0.041 0.009 107 L 0.006 0.003 0.020 0.874 0.017 0.060 0.020 108 L 0.008 0.001 0.047 0.716 0.028 0.175 0.025 109 G 0.014 0.006 0.058 0.529 0.085 0.222 0.086 110 I 0.023 0.015 0.069 0.392 0.090 0.275 0.136 111 G 0.027 0.009 0.057 0.199 0.151 0.405 0.152 112 L 0.053 0.031 0.070 0.130 0.206 0.244 0.265 113 A 0.062 0.048 0.032 0.092 0.237 0.121 0.408 114 Q 0.012 0.009 0.111 0.477 0.129 0.085 0.176 115 P 0.003 0.003 0.229 0.580 0.031 0.121 0.033 116 E 0.005 0.004 0.222 0.569 0.026 0.137 0.038 117 L 0.004 0.007 0.208 0.636 0.020 0.073 0.053 118 A 0.002 0.003 0.103 0.688 0.031 0.139 0.034 119 K 0.003 0.002 0.071 0.686 0.029 0.172 0.037 120 E 0.003 0.004 0.022 0.739 0.059 0.096 0.077 121 K 0.003 0.004 0.007 0.704 0.073 0.120 0.088 122 G 0.004 0.006 0.008 0.725 0.080 0.081 0.096 123 E 0.001 0.002 0.006 0.911 0.016 0.032 0.032 124 I 0.001 0.001 0.002 0.961 0.007 0.016 0.012 125 G 0.001 0.001 0.002 0.975 0.005 0.015 0.003 126 E 0.001 0.001 0.005 0.969 0.005 0.013 0.006 127 A 0.001 0.001 0.013 0.971 0.001 0.010 0.004 128 V 0.001 0.001 0.012 0.965 0.003 0.017 0.002 129 D 0.001 0.001 0.005 0.953 0.007 0.029 0.005 130 D 0.001 0.001 0.002 0.943 0.010 0.023 0.021 131 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 132 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 133 D 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.009 0.001 134 I 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.006 0.002 135 C 0.001 0.001 0.005 0.967 0.002 0.021 0.003 136 Q 0.001 0.001 0.011 0.747 0.006 0.227 0.007 137 L 0.002 0.001 0.011 0.345 0.041 0.558 0.042 138 G 0.006 0.009 0.013 0.099 0.154 0.402 0.316 139 Y 0.010 0.023 0.013 0.037 0.262 0.040 0.614 140 D 0.012 0.028 0.017 0.032 0.115 0.022 0.774 141 E 0.004 0.003 0.262 0.402 0.063 0.154 0.113 142 D 0.005 0.002 0.195 0.377 0.076 0.286 0.060 143 D 0.005 0.006 0.131 0.414 0.162 0.134 0.148 144 N 0.002 0.005 0.017 0.342 0.174 0.042 0.417 145 E 0.001 0.001 0.012 0.930 0.013 0.033 0.011 146 E 0.001 0.001 0.012 0.906 0.013 0.058 0.011 147 E 0.001 0.001 0.015 0.908 0.009 0.053 0.014 148 L 0.001 0.001 0.009 0.926 0.010 0.031 0.022 149 A 0.001 0.001 0.007 0.917 0.019 0.039 0.016 150 E 0.001 0.001 0.004 0.917 0.013 0.047 0.017 151 A 0.001 0.001 0.003 0.902 0.012 0.049 0.033 152 L 0.001 0.001 0.002 0.950 0.008 0.029 0.010 153 E 0.001 0.001 0.002 0.969 0.006 0.016 0.006 154 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 155 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 156 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 157 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 158 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 159 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 160 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 161 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 163 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 164 M 0.002 0.001 0.006 0.983 0.001 0.008 0.001 165 L 0.002 0.001 0.014 0.958 0.001 0.025 0.001 166 F 0.005 0.001 0.020 0.917 0.006 0.045 0.006 167 Y 0.009 0.004 0.093 0.768 0.016 0.080 0.029 168 S 0.019 0.005 0.123 0.599 0.058 0.154 0.042 169 H 0.016 0.004 0.120 0.483 0.055 0.262 0.061 170 F 0.019 0.024 0.034 0.263 0.234 0.201 0.225 171 N 0.013 0.011 0.012 0.034 0.301 0.185 0.443 172 E 0.020 0.009 0.008 0.015 0.470 0.077 0.402 173 G 0.035 0.026 0.008 0.009 0.206 0.048 0.669 174 E 0.038 0.045 0.007 0.009 0.110 0.018 0.774 175 I 0.023 0.026 0.009 0.007 0.041 0.027 0.868 176 E 0.017 0.016 0.018 0.008 0.073 0.068 0.800 177 S 0.018 0.034 0.016 0.014 0.336 0.076 0.506 178 K 0.013 0.019 0.013 0.023 0.417 0.035 0.482 179 P 0.017 0.016 0.012 0.020 0.159 0.051 0.725 180 V 0.034 0.048 0.018 0.022 0.128 0.089 0.661 181 L 0.016 0.039 0.010 0.017 0.011 0.074 0.833 182 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999