# TARGET T0129 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0129.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.120 0.080 0.036 0.118 0.024 0.046 0.162 0.157 0.147 0.045 2 L 0.063 0.226 0.129 0.026 0.169 0.017 0.034 0.133 0.108 0.064 0.030 3 I 0.037 0.132 0.066 0.019 0.094 0.022 0.056 0.309 0.175 0.059 0.031 4 S 0.053 0.094 0.068 0.022 0.076 0.014 0.028 0.229 0.152 0.214 0.049 5 H 0.030 0.095 0.053 0.013 0.076 0.007 0.011 0.425 0.208 0.065 0.018 6 S 0.003 0.017 0.008 0.005 0.007 0.009 0.020 0.751 0.161 0.016 0.004 7 D 0.004 0.016 0.005 0.001 0.007 0.001 0.014 0.800 0.106 0.041 0.004 8 L 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.817 0.123 0.043 0.003 9 N 0.002 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.007 0.882 0.083 0.007 0.002 10 Q 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.014 0.890 0.068 0.011 0.001 11 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.909 0.058 0.010 0.001 12 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.835 0.111 0.029 0.005 13 K 0.001 0.006 0.003 0.002 0.002 0.004 0.025 0.763 0.181 0.011 0.001 14 S 0.003 0.013 0.007 0.005 0.007 0.008 0.064 0.765 0.098 0.027 0.002 15 A 0.012 0.176 0.108 0.018 0.062 0.015 0.042 0.290 0.123 0.141 0.014 16 G 0.083 0.030 0.011 0.012 0.047 0.010 0.014 0.110 0.098 0.453 0.131 17 I 0.022 0.231 0.123 0.028 0.122 0.040 0.067 0.198 0.119 0.042 0.008 18 G 0.127 0.243 0.096 0.009 0.243 0.005 0.014 0.045 0.042 0.117 0.060 19 F 0.091 0.410 0.164 0.011 0.253 0.007 0.011 0.011 0.006 0.015 0.020 20 N 0.008 0.547 0.367 0.007 0.060 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 21 A 0.009 0.007 0.006 0.003 0.017 0.004 0.008 0.564 0.368 0.011 0.004 22 T 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.003 0.014 0.724 0.220 0.020 0.001 23 E 0.006 0.013 0.003 0.001 0.014 0.003 0.040 0.711 0.139 0.064 0.005 24 L 0.019 0.007 0.004 0.004 0.018 0.007 0.030 0.716 0.136 0.050 0.008 25 H 0.010 0.031 0.018 0.040 0.020 0.017 0.064 0.543 0.193 0.053 0.011 26 G 0.014 0.063 0.055 0.035 0.040 0.019 0.039 0.484 0.157 0.083 0.011 27 F 0.044 0.045 0.020 0.008 0.048 0.007 0.064 0.523 0.168 0.054 0.020 28 L 0.070 0.028 0.013 0.014 0.068 0.029 0.099 0.392 0.147 0.099 0.040 29 S 0.031 0.096 0.046 0.054 0.068 0.044 0.127 0.273 0.145 0.099 0.016 30 G 0.035 0.098 0.132 0.101 0.074 0.027 0.031 0.189 0.127 0.155 0.030 31 L 0.072 0.111 0.039 0.015 0.150 0.020 0.075 0.332 0.121 0.042 0.024 32 L 0.122 0.047 0.025 0.033 0.120 0.048 0.099 0.205 0.101 0.124 0.075 33 C 0.049 0.184 0.100 0.084 0.136 0.051 0.106 0.137 0.060 0.072 0.020 34 G 0.043 0.142 0.118 0.108 0.092 0.046 0.036 0.085 0.073 0.208 0.049 35 G 0.031 0.096 0.152 0.137 0.067 0.081 0.054 0.084 0.063 0.177 0.058 36 L 0.059 0.151 0.116 0.043 0.085 0.025 0.053 0.211 0.113 0.091 0.054 37 K 0.034 0.142 0.119 0.041 0.056 0.033 0.035 0.135 0.098 0.262 0.045 38 D 0.058 0.117 0.032 0.013 0.118 0.024 0.047 0.356 0.165 0.049 0.019 39 Q 0.010 0.019 0.015 0.012 0.016 0.016 0.034 0.479 0.201 0.170 0.028 40 S 0.005 0.033 0.011 0.002 0.014 0.003 0.027 0.712 0.152 0.037 0.003 41 W 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.694 0.216 0.072 0.003 42 L 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.881 0.097 0.002 0.001 43 P 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.918 0.061 0.002 0.001 44 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.030 0.910 0.043 0.006 0.001 45 L 0.015 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.005 0.814 0.121 0.026 0.005 46 Y 0.004 0.018 0.005 0.005 0.012 0.009 0.015 0.828 0.097 0.007 0.001 47 Q 0.009 0.021 0.007 0.001 0.035 0.003 0.029 0.806 0.071 0.012 0.006 48 F 0.023 0.009 0.004 0.004 0.027 0.015 0.127 0.651 0.087 0.044 0.009 49 S 0.033 0.117 0.051 0.030 0.079 0.022 0.069 0.357 0.131 0.090 0.020 50 N 0.060 0.087 0.091 0.063 0.059 0.034 0.033 0.299 0.123 0.118 0.033 51 D 0.008 0.167 0.116 0.071 0.033 0.066 0.169 0.222 0.088 0.052 0.007 52 N 0.031 0.083 0.072 0.095 0.044 0.054 0.046 0.096 0.051 0.316 0.113 53 H 0.103 0.127 0.075 0.052 0.138 0.036 0.039 0.102 0.081 0.165 0.083 54 A 0.052 0.177 0.207 0.097 0.107 0.050 0.044 0.101 0.047 0.071 0.047 55 Y 0.067 0.259 0.211 0.037 0.130 0.011 0.014 0.120 0.047 0.061 0.042 56 P 0.035 0.074 0.052 0.021 0.066 0.022 0.022 0.412 0.189 0.087 0.021 57 T 0.006 0.027 0.019 0.014 0.012 0.020 0.050 0.650 0.175 0.023 0.006 58 G 0.012 0.026 0.010 0.003 0.022 0.003 0.017 0.599 0.169 0.124 0.015 59 L 0.012 0.020 0.006 0.002 0.014 0.003 0.010 0.710 0.161 0.054 0.007 60 V 0.014 0.014 0.005 0.002 0.017 0.002 0.012 0.720 0.167 0.037 0.010 61 Q 0.002 0.022 0.011 0.007 0.008 0.005 0.019 0.825 0.093 0.008 0.002 62 P 0.006 0.034 0.011 0.002 0.011 0.001 0.012 0.831 0.067 0.024 0.003 63 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.871 0.108 0.013 0.001 64 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.936 0.052 0.001 0.001 65 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.926 0.049 0.015 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.916 0.073 0.006 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.920 0.071 0.003 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.925 0.058 0.004 0.001 69 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.907 0.049 0.016 0.001 70 I 0.003 0.011 0.002 0.001 0.007 0.001 0.006 0.824 0.126 0.018 0.002 71 S 0.004 0.007 0.002 0.002 0.006 0.004 0.017 0.779 0.147 0.029 0.003 72 Q 0.003 0.010 0.006 0.005 0.008 0.012 0.073 0.732 0.128 0.021 0.003 73 T 0.011 0.012 0.004 0.002 0.017 0.006 0.046 0.645 0.174 0.075 0.008 74 L 0.062 0.034 0.004 0.001 0.089 0.004 0.025 0.501 0.155 0.095 0.029 75 S 0.017 0.039 0.011 0.015 0.047 0.048 0.069 0.506 0.172 0.065 0.011 76 D 0.149 0.100 0.071 0.027 0.115 0.023 0.041 0.211 0.120 0.101 0.042 77 V 0.032 0.052 0.047 0.030 0.048 0.042 0.066 0.279 0.260 0.120 0.023 78 E 0.020 0.182 0.148 0.154 0.054 0.058 0.088 0.094 0.085 0.103 0.015 79 G 0.058 0.083 0.097 0.112 0.075 0.012 0.011 0.025 0.036 0.336 0.154 80 F 0.131 0.319 0.040 0.006 0.452 0.003 0.004 0.006 0.004 0.014 0.020 81 T 0.277 0.070 0.009 0.005 0.554 0.015 0.024 0.005 0.003 0.007 0.031 82 F 0.383 0.050 0.004 0.002 0.534 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 83 E 0.301 0.091 0.010 0.007 0.527 0.016 0.005 0.002 0.001 0.003 0.037 84 L 0.254 0.121 0.016 0.004 0.546 0.005 0.003 0.002 0.002 0.004 0.042 85 G 0.272 0.095 0.015 0.003 0.301 0.001 0.003 0.002 0.007 0.101 0.200 86 L 0.034 0.434 0.326 0.027 0.164 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 87 T 0.017 0.305 0.547 0.062 0.040 0.004 0.002 0.006 0.004 0.004 0.007 88 E 0.001 0.003 0.002 0.009 0.002 0.098 0.474 0.287 0.121 0.003 0.001 89 D 0.018 0.009 0.012 0.010 0.010 0.008 0.007 0.033 0.081 0.704 0.108 90 E 0.116 0.306 0.035 0.006 0.297 0.008 0.007 0.023 0.036 0.109 0.055 91 N 0.101 0.037 0.030 0.045 0.113 0.063 0.087 0.191 0.124 0.125 0.083 92 V 0.077 0.145 0.043 0.021 0.137 0.008 0.014 0.197 0.151 0.171 0.037 93 F 0.098 0.134 0.043 0.030 0.159 0.033 0.039 0.267 0.077 0.065 0.053 94 T 0.057 0.170 0.090 0.037 0.093 0.019 0.027 0.344 0.077 0.042 0.044 95 Q 0.058 0.052 0.032 0.012 0.053 0.006 0.015 0.462 0.139 0.113 0.057 96 A 0.008 0.026 0.009 0.007 0.014 0.009 0.008 0.724 0.167 0.024 0.004 97 D 0.002 0.008 0.004 0.003 0.004 0.003 0.016 0.856 0.090 0.011 0.002 98 S 0.002 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.010 0.868 0.077 0.027 0.002 99 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.896 0.083 0.011 0.001 100 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.919 0.068 0.002 0.001 101 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.940 0.044 0.003 0.001 102 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.054 0.009 0.001 103 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.886 0.101 0.006 0.001 104 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.892 0.084 0.006 0.001 105 Q 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.040 0.877 0.057 0.013 0.001 106 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.028 0.842 0.108 0.011 0.001 107 L 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.047 0.706 0.182 0.042 0.004 108 L 0.003 0.011 0.010 0.014 0.007 0.026 0.111 0.639 0.139 0.037 0.003 109 G 0.007 0.025 0.026 0.025 0.014 0.025 0.095 0.527 0.153 0.096 0.007 110 I 0.022 0.241 0.138 0.036 0.080 0.025 0.055 0.212 0.111 0.065 0.015 111 G 0.045 0.077 0.067 0.058 0.066 0.025 0.031 0.164 0.116 0.288 0.063 112 L 0.112 0.092 0.021 0.007 0.167 0.013 0.043 0.262 0.140 0.106 0.038 113 A 0.039 0.146 0.076 0.033 0.079 0.030 0.060 0.249 0.117 0.143 0.029 114 Q 0.069 0.103 0.073 0.028 0.133 0.009 0.013 0.247 0.150 0.131 0.043 115 P 0.013 0.050 0.027 0.014 0.031 0.017 0.053 0.582 0.182 0.025 0.006 116 E 0.043 0.079 0.039 0.009 0.073 0.009 0.049 0.449 0.122 0.103 0.024 117 L 0.054 0.067 0.021 0.009 0.081 0.015 0.028 0.359 0.206 0.131 0.030 118 A 0.033 0.084 0.048 0.029 0.054 0.022 0.052 0.377 0.201 0.076 0.024 119 K 0.073 0.089 0.032 0.012 0.092 0.012 0.048 0.301 0.122 0.175 0.045 120 E 0.101 0.109 0.054 0.034 0.163 0.047 0.062 0.227 0.065 0.103 0.036 121 K 0.053 0.100 0.047 0.076 0.075 0.091 0.115 0.224 0.073 0.105 0.041 122 G 0.035 0.067 0.115 0.161 0.048 0.037 0.029 0.211 0.059 0.172 0.066 123 E 0.071 0.152 0.064 0.027 0.098 0.014 0.021 0.370 0.085 0.065 0.032 124 I 0.028 0.037 0.019 0.016 0.046 0.026 0.020 0.619 0.146 0.029 0.013 125 G 0.011 0.017 0.017 0.021 0.012 0.012 0.022 0.703 0.116 0.045 0.024 126 E 0.010 0.031 0.011 0.003 0.020 0.002 0.008 0.747 0.112 0.049 0.007 127 A 0.003 0.015 0.006 0.001 0.005 0.001 0.003 0.784 0.161 0.019 0.002 128 V 0.003 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.814 0.152 0.006 0.001 129 D 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.031 0.878 0.072 0.003 0.001 130 D 0.044 0.013 0.007 0.001 0.018 0.002 0.011 0.743 0.080 0.063 0.018 131 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.692 0.235 0.062 0.003 132 Q 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.880 0.103 0.001 0.001 133 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.845 0.118 0.018 0.001 134 I 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.039 0.788 0.120 0.036 0.002 135 C 0.022 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.012 0.648 0.211 0.052 0.033 136 Q 0.004 0.007 0.002 0.004 0.011 0.013 0.040 0.673 0.163 0.080 0.003 137 L 0.016 0.426 0.138 0.021 0.173 0.018 0.042 0.089 0.033 0.039 0.006 138 G 0.102 0.052 0.044 0.032 0.060 0.011 0.017 0.059 0.048 0.401 0.174 139 Y 0.052 0.254 0.130 0.037 0.115 0.023 0.025 0.092 0.066 0.128 0.078 140 D 0.090 0.296 0.117 0.017 0.301 0.004 0.004 0.047 0.033 0.040 0.050 141 E 0.014 0.040 0.017 0.007 0.039 0.012 0.033 0.432 0.340 0.058 0.008 142 D 0.022 0.058 0.019 0.005 0.054 0.008 0.038 0.528 0.156 0.098 0.015 143 D 0.015 0.082 0.022 0.010 0.049 0.027 0.099 0.448 0.093 0.137 0.018 144 N 0.138 0.196 0.095 0.005 0.160 0.003 0.008 0.231 0.038 0.073 0.054 145 E 0.003 0.007 0.003 0.002 0.005 0.005 0.004 0.818 0.134 0.016 0.004 146 E 0.001 0.008 0.003 0.001 0.003 0.003 0.007 0.914 0.053 0.004 0.002 147 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.866 0.070 0.045 0.002 148 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.903 0.073 0.014 0.001 149 A 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.915 0.059 0.004 0.001 150 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 0.917 0.044 0.009 0.002 151 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.901 0.065 0.022 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.060 0.002 0.001 153 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.037 0.001 0.001 154 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.036 0.002 0.001 155 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.056 0.001 0.001 156 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.055 0.001 0.001 157 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.044 0.001 0.001 158 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.055 0.001 0.001 159 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.067 0.001 0.001 160 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.955 0.041 0.001 0.001 161 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.053 0.001 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.939 0.056 0.001 0.001 163 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.932 0.059 0.001 0.001 164 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.912 0.063 0.002 0.001 165 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.036 0.885 0.061 0.005 0.001 166 F 0.006 0.007 0.002 0.001 0.013 0.006 0.041 0.789 0.109 0.023 0.003 167 Y 0.015 0.025 0.008 0.005 0.032 0.010 0.034 0.620 0.172 0.068 0.010 168 S 0.007 0.034 0.015 0.009 0.021 0.018 0.093 0.543 0.215 0.043 0.004 169 H 0.022 0.035 0.016 0.012 0.036 0.031 0.264 0.346 0.112 0.111 0.015 170 F 0.069 0.230 0.061 0.023 0.181 0.030 0.075 0.156 0.072 0.074 0.028 171 N 0.065 0.108 0.088 0.109 0.099 0.051 0.048 0.093 0.077 0.194 0.068 172 E 0.050 0.248 0.222 0.052 0.132 0.025 0.047 0.087 0.063 0.054 0.020 173 G 0.063 0.265 0.190 0.030 0.146 0.016 0.031 0.059 0.065 0.095 0.039 174 E 0.060 0.363 0.241 0.017 0.162 0.010 0.029 0.041 0.034 0.022 0.021 175 I 0.133 0.290 0.131 0.011 0.245 0.009 0.014 0.026 0.030 0.054 0.057 176 E 0.081 0.260 0.146 0.045 0.196 0.035 0.057 0.053 0.050 0.047 0.030 177 S 0.131 0.246 0.159 0.028 0.217 0.013 0.018 0.030 0.039 0.072 0.048 178 K 0.052 0.349 0.246 0.055 0.159 0.022 0.026 0.030 0.026 0.015 0.019 179 P 0.183 0.237 0.073 0.008 0.367 0.007 0.012 0.027 0.020 0.017 0.049 180 V 0.114 0.248 0.076 0.014 0.359 0.013 0.030 0.055 0.035 0.022 0.035 181 L 0.197 0.107 0.031 0.017 0.291 0.025 0.030 0.057 0.048 0.102 0.094 182 H 0.163 0.170 0.084 0.026 0.321 0.011 0.015 0.035 0.029 0.070 0.077