# TARGET T0094 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0094.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.55215 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.01 0.25 0.73 2 E 0.01 0.70 0.29 3 E 0.01 0.79 0.20 4 V 0.02 0.78 0.20 5 K 0.03 0.79 0.18 6 K 0.05 0.74 0.21 7 D 0.12 0.58 0.30 8 V 0.28 0.46 0.26 9 Y 0.49 0.31 0.19 10 S 0.64 0.25 0.11 11 V 0.71 0.16 0.13 12 W 0.66 0.11 0.23 13 A 0.45 0.07 0.48 14 L 0.21 0.03 0.77 15 P 0.05 0.03 0.92 16 D 0.01 0.55 0.44 17 E 0.00 0.67 0.33 18 E 0.00 0.74 0.26 19 S 0.00 0.75 0.25 20 E 0.00 0.86 0.14 21 P 0.00 0.94 0.06 22 R 0.00 0.96 0.04 23 F 0.00 0.98 0.02 24 K 0.00 0.99 0.01 25 K 0.00 0.99 0.01 26 L 0.00 0.99 0.01 27 M 0.00 0.97 0.03 28 E 0.00 0.97 0.03 29 A 0.00 0.94 0.06 30 L 0.01 0.82 0.17 31 R 0.01 0.81 0.18 32 S 0.02 0.73 0.26 33 E 0.02 0.63 0.35 34 F 0.04 0.32 0.64 35 T 0.05 0.19 0.76 36 G 0.03 0.06 0.91 37 P 0.09 0.07 0.84 38 R 0.24 0.06 0.70 39 F 0.36 0.06 0.58 40 V 0.25 0.03 0.71 41 P 0.15 0.04 0.82 42 H 0.19 0.03 0.78 43 V 0.55 0.02 0.43 44 T 0.73 0.02 0.25 45 V 0.79 0.03 0.18 46 A 0.67 0.03 0.30 47 V 0.54 0.06 0.40 48 S 0.35 0.08 0.57 49 A 0.40 0.07 0.53 50 Y 0.46 0.09 0.44 51 L 0.37 0.10 0.53 52 T 0.18 0.12 0.70 53 A 0.01 0.91 0.09 54 D 0.00 0.96 0.04 55 E 0.00 0.98 0.02 56 A 0.00 0.97 0.02 57 K 0.00 0.99 0.01 58 K 0.00 0.99 0.01 59 M 0.00 0.99 0.01 60 F 0.00 0.98 0.02 61 E 0.00 0.98 0.02 62 S 0.00 0.95 0.05 63 A 0.02 0.87 0.12 64 C 0.04 0.62 0.34 65 D 0.03 0.41 0.56 66 G 0.03 0.14 0.82 67 L 0.23 0.05 0.72 68 K 0.40 0.06 0.54 69 A 0.54 0.08 0.37 70 Y 0.56 0.05 0.39 71 T 0.57 0.05 0.38 72 A 0.68 0.04 0.29 73 T 0.70 0.05 0.25 74 V 0.45 0.25 0.30 75 D 0.32 0.31 0.37 76 R 0.33 0.35 0.32 77 V 0.40 0.26 0.34 78 S 0.39 0.20 0.42 79 T 0.12 0.31 0.57 80 G 0.08 0.29 0.62 81 T 0.20 0.39 0.41 82 F 0.38 0.34 0.28 83 F 0.57 0.25 0.18 84 F 0.71 0.15 0.15 85 Q 0.76 0.10 0.14 86 C 0.84 0.07 0.09 87 V 0.91 0.05 0.04 88 F 0.92 0.06 0.03 89 L 0.89 0.07 0.04 90 L 0.90 0.03 0.07 91 L 0.68 0.05 0.27 92 Q 0.32 0.07 0.61 93 T 0.18 0.13 0.68 94 T 0.12 0.30 0.58 95 P 0.13 0.55 0.32 96 E 0.13 0.66 0.21 97 V 0.12 0.74 0.14 98 M 0.07 0.79 0.14 99 E 0.04 0.80 0.17 100 A 0.02 0.81 0.17 101 G 0.02 0.79 0.19 102 E 0.03 0.77 0.21 103 H 0.04 0.70 0.26 104 C 0.07 0.67 0.26 105 K 0.06 0.66 0.28 106 N 0.06 0.64 0.31 107 H 0.09 0.46 0.45 108 F 0.16 0.14 0.70 109 N 0.18 0.06 0.76 110 C 0.16 0.10 0.75 111 S 0.15 0.09 0.76 112 T 0.14 0.10 0.76 113 T 0.15 0.08 0.76 114 T 0.30 0.09 0.61 115 P 0.37 0.15 0.48 116 Y 0.37 0.18 0.45 117 M 0.23 0.24 0.53 118 P 0.11 0.34 0.55 119 H 0.11 0.52 0.37 120 L 0.21 0.59 0.20 121 S 0.28 0.59 0.13 122 L 0.35 0.56 0.09 123 L 0.24 0.64 0.11 124 Y 0.17 0.68 0.15 125 A 0.15 0.48 0.37 126 E 0.18 0.28 0.55 127 L 0.11 0.21 0.67 128 T 0.04 0.16 0.80 129 E 0.00 0.92 0.08 130 E 0.00 0.92 0.08 131 E 0.00 0.93 0.07 132 K 0.01 0.89 0.10 133 K 0.01 0.90 0.10 134 N 0.01 0.87 0.13 135 A 0.01 0.84 0.15 136 Q 0.02 0.81 0.17 137 E 0.02 0.83 0.15 138 K 0.04 0.77 0.19 139 A 0.10 0.70 0.20 140 Y 0.23 0.46 0.31 141 T 0.29 0.33 0.38 142 L 0.27 0.29 0.45 143 D 0.12 0.21 0.67 144 S 0.05 0.16 0.78 145 S 0.04 0.11 0.85 146 L 0.04 0.03 0.93 147 D 0.05 0.05 0.90 148 G 0.15 0.05 0.80 149 L 0.25 0.07 0.69 150 S 0.40 0.07 0.53 151 F 0.50 0.12 0.39 152 R 0.59 0.10 0.31 153 L 0.63 0.15 0.22 154 N 0.63 0.11 0.26 155 R 0.63 0.16 0.21 156 L 0.61 0.20 0.18 157 A 0.70 0.21 0.09 158 L 0.79 0.13 0.09 159 C 0.68 0.13 0.19 160 K 0.50 0.09 0.41 161 T 0.20 0.07 0.74 162 D 0.09 0.05 0.87 163 T 0.02 0.07 0.91 164 E 0.01 0.09 0.90 165 D 0.02 0.23 0.75 166 K 0.04 0.18 0.78 167 T 0.06 0.20 0.74 168 L 0.05 0.26 0.69 169 E 0.09 0.19 0.72 170 T 0.17 0.17 0.65 171 W 0.29 0.28 0.43 172 E 0.54 0.16 0.30 173 T 0.63 0.14 0.23 174 V 0.73 0.11 0.16 175 A 0.82 0.08 0.10 176 V 0.79 0.11 0.10 177 C 0.71 0.09 0.20 178 N 0.38 0.06 0.56 179 L 0.18 0.05 0.77 180 N 0.03 0.04 0.93 181 P 0.01 0.02 0.98